pic epidemiologique

[kite4life]

Bonjour,

Ma question, bien qu'inspirée par la situation d'épidémie actuelle du coronavirus, ne se limite pas à ce virus, mais à tout virus potentiel.
Les experts en épidémiologie semblent être capable de modéliser l'évolution du virus et notamment le moment de son pic.

J'aimerais connaitre les grandeurs en jeu qui peuvent intervenir dans cette modélisation.

Quelques grandeurs auxquelles j'ai pu penser sont:

• Le climat (temperature humidite moyenne etc...)
• La densité de population
• notre mode de vie (nombre de contact moyen entre personne au quotidien)
• environnement biologique
• la viralité du virus

Il y en a probablement bien plus.

Mais surtout, je ne suis pas arrivé à trouver un paramètre qui explique qu'un pic puisse avoir lieu "rapidement"
Je m'explique: avec les paramètres cités, un pic peut avoir lieu lorsque suffisamment de personnes, sont soit immunisées soit mortes, alors la densité de population pouvant être à nouveau contaminée diminue et le virus peut voir sa progression ralentir. OK, mais ça suppose d'avoir déjà contaminé une part significative de la population.

Mais dans le cas du coronavirus par exemple, ils prévoyaient un pic en mai... pas de quoi contaminer suffisamment de monde au point de faire baisser la densité de population contaminable...

Le climat ne semble pas trop jouer ici non plus. Ca peut etre le cas pour certains virus.

J'ai dit que ma question concernait tout les virus, mes remarques sur le cas particulier du coronavirus me laissent penser qu'il doit exister un paramètre essentiel, permettant de définir le pic, auquel je n'aurais pas pensé. Lequel? ou lesquels?...

Voila, c'est juste de la curiosité intellectuelle, je ne cherche pas particulièrement à épiloguer sur l'actualité virale.

Merci

PS: J'ai un petit niveau en biologie, disons, celui d'un bon élève de terminale.
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[invite6f9dc52a]

Bonjour aussi

Mais surtout, je ne suis pas arrivé à trouver un paramètre qui explique qu'un pic puisse avoir lieu "rapidement"

En fait, stricto sensu, il n'y en pas, c'est le profil de l'évolution qui permet éventuellement de le dire. Si par exemple, la contagiosité est extrême, quand tous les gens potentiellement contaminables l'ont été, le nombre de cas ne peut que décroitre et on va se retrouver de l'autre coté du pic.

Je m'explique: avec les paramètres cités, un pic peut avoir lieu lorsque suffisamment de personnes, sont soit immunisées soit mortes, alors la densité de population pouvant être à nouveau contaminée diminue et le virus peut voir sa progression ralentir. OK, mais ça suppose d'avoir déjà contaminé une part significative de la population.

C'est ça.

Mais dans le cas du coronavirus par exemple, ils prévoyaient un pic en mai... pas de quoi contaminer suffisamment de monde au point de faire baisser la densité de population contaminable...

C'est encore ça. A priori, on verra en mai...

Le climat ne semble pas trop jouer ici non plus. Ca peut etre le cas pour certains virus.

Oui mais en fait, on ne peut avoir aucune certitude en ce domaine. On compare ce qu'on sait de ce(tte classe de) virus et les chiffres provisoires des évolutions sous différents climats.

J'ai dit que ma question concernait tout les virus, mes remarques sur le cas particulier du coronavirus me laissent penser qu'il doit exister un paramètre essentiel, permettant de définir le pic, auquel je n'aurais pas pensé. Lequel? ou lesquels?...

En fait, ce que vous avez cité est très bien et en ne conservant que les plus importants (à priori), ça donne à peu près:
La densité de population
Notre mode de vie (nombre de contact moyen entre personne au quotidien)
La viralité du virus (contagiosité, virulence, la qualité de l'immunisation, forme de la pathologie(s) engendrée(s), etc.).

[erik]

On peut rajouter comme paramètre le temps que met une personne contaminée à devenir contagieuse.

Je pense que cette conférence pourrait vous intéresser :
Peut-on anticiper le devenir d'une épidémie ?

[invite9dc7b526]

un paramètre important est celui qu'on note R0: c'est le nombre moyen de personnes infectées par un infectieux au cours de son infection (i.e. pas par unité de temps) et à condition qu'il se trouve dans une population entièrement susceptible (personne autour de lui n'est immunisé ou malade). C'est facile de se convaincre (et on peut démontrer) qu'une épidémie ne peut se développer que si R0>1. R0 dépend de la densité de population, du mode de transmission, des conditions climatiques dans le cas des pathogènes transmis par les aérosols, etc. Il y a diverses façons d'estimer R0. A l'aide de ce paramètre, du délai entre l'infection et la moment où on devient infectieux, ainsi que la durée d'infectiosité, on peut prédire la courbe épidémique et donc son pic. Dès que l'épidémie de coronavirus a commencé des estimations ont été faites. Plus on avancera dans l'épidémie et plus ces estimations seront affinées.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite51d17075]

justement, sur ce point, les intervenants ( épidémiologiques ) sur les chaînes d'info semblent dire que le R0 observé hors de Chine serait de 2 actuellement.
mais je ne sais quel crédit apporté à cette estimation.
Cdt

[invite9dc7b526]

j'ai vu ce chiffre aussi. Donc un peu plus que la grippe, et avec une mortalité induite de 2% contre 0.05% pour la grippe. Donc à mon humble avis les mesures de prévention exceptionnelles sont justifiées.

[erik]

justement, sur ce point, les intervenants ( épidémiologiques ) sur les chaînes d'info semblent dire que le R0 observé hors de Chine serait de 2 actuellement.
mais je ne sais quel crédit apporté à cette estimation.

L'OMS estimait (à la mi février) un R0 de 2 à 2.5 :
Page 10 du document :
https://www.who.int/docs/default-sou...nal-report.pdf

[kite4life]

Bonjour à tous.

Déjà, merci pour vos nombreuses réponses, très intéressantes

Je n'ai pas eu le temps de visualiser l’intégralité de la conférence encore, mais une partie, et je pense avoir un peu mieux compris. Il est vrai que la dispersion d'un virus se fait de manière exponentielle. On néglige souvent le caractère explosif de cette fonction et effectivement un pic en mai me semble plus réaliste maintenant...

En effet, j'ai aussi entendu parler du R0: le nombre de personne que chaque malade peut contaminer. Je ne l'ai pas mis dans ma liste mais il y est indirectement. Je pense que ce R0 pourrait très bien se modéliser en fonction de la contagiosité intrinsèque du virus et du nombre moyen de contact que nous avons au quotidien (probablement le modèle suivant: R0 = probabilité de transmettre l'infection lors d'un contact x nombre de contact moyen pendant la période infectieuse).

Avec ce modèle, on peut voir que le R0 ne dépend pas que du virus mais aussi de nos comportements et modes de vie. Toujours si ce modèle est bon, il est possible de le faire varier, et en le faisant passer sous la barre des 1 effectivement l’épidémie ne peut se développer comme cela était mentionné par Minushabens, ça parait logique.
Reste à savoir si le R0 de 2 observé en Chine correspond à un R0 qui intègre déjà les mesures de confinement ou s'il est mesuré dans un mode de vie chinois "standard", et que vaut-il pour nos modes de vie à nous?

Je vais prendre un peu plus de temps pour finir de regarder la vidéo et lire l'article, mais je voulais vous remercier.

Au revoir.

[invite9dc7b526]

Souvent on écrit R0 comme le produit : durée d'infectiosité X nombre de contacts par unité de temps X probabilité de transmission si contact. On peut agir sur la durée en isolant les patients dès qu'ils sont diagnostiqués, sur le taux de contacts en modifiant les habitudes, par exemple l'usage des transports en commun, etc et sur la proba de transmission par des mesures de protection individuelles (gants, masques, vaccin s'il en existe...).

[invite7b7f1ad0]

Bonjour, ne doit-on pas intégrer le facteur mutation?

[invite9dc7b526]

Les mutations et leurs effets étant imprévisibles, on n'en tient pas compte dans les modèles épidémiologiques classiques. On les fait intervenir justement quand on veut étudier l'évolution d'un pathogène, mais dans le cas du covid je ne pense pas qu'on en soit là.

[invite51d17075]

On les fait intervenir justement quand on veut étudier l'évolution d'un pathogène, mais dans le cas du covid je ne pense pas qu'on en soit là.

Il me semble au contraire que ce point est surveillé de près.
( il faudrait retrouver le ou les articles ).
s'il est peu évoqué, c'est qu'à ce jour, le virus hors chine est le même qu'au départ.
mais une mutation peut intervenir ( en bien ou en mal ).
et si c'est dans le second cas, on ne rigole plus du tout.

[invite9dc7b526]

C'est surveillé mais on ne peut pas introduire l'évolution dans un modèle qui cherche à prédire la courbe épidémique puisqu'elle est totalement imprévisible.

[Yvan_Delaserge]

Comment comparer la contagiosite de la grippe et celle du covid ?

On nous dit que l'on a jusqu'a present 80 000 malades diagnostiques en Chine, donc moins d'une personne sur 10 000 dans ce pays d'un milliard d'habitants. La courbe a l'air d'avoir atteint son pic la-bas. Au terme de l'epidemie, on devrait donc avoir atteint le double, soit environ 1,6 personnes/10 000.

Dans le cas de la grippe, on voit lors des epidemies hivernales, qu'environ 6 personnes /1000 ont la grippe.

Pourtant, dans le cas de la grippe, on a dans la population une certaine immunite croisee avec les souches ayant circule les annees precedentes. On a aussi un certain nombre de personnes vaccinees. Rien de tout cela avec le covid.

Nonobstant les R0 tres proches entre les deux virus, peut-on en conclure que le covid est bien moins transmissible que la grippe?

[invite7f291776]

bonjour

On nous dit que l'on a jusqu'a present 80 000 malades diagnostiques en Chine, donc moins d'une personne sur 10 000 dans ce pays d'un milliard d'habitants. La courbe a l'air d'avoir atteint son pic la-bas. Au terme de l'epidemie, on devrait donc avoir atteint le double, soit environ 1,6 personnes/10 000.

Les autorités chinoises disent-elles tout, ne cachent-elles pas des choses et d’autres ?

Jusqu’ici les chiffres qu’elles donnent, de morts et de personnes infectées etc., semblent ridicules en regard du milliard de chinois qui se promènent en Chine. Et si c’étaient les bons – chiffres – comment expliquer que le virus quitte tranquille la Chine quand quelques individus seulement – en pourcentage par rapport au milliard de chinois – viennent d’ailleurs et repartent de Chine et choppent facile, le virus en Chine ?

Donc ce qu’il faut peut-être conclure c’est que les chiffres sont sous-estimés ou au pire, sciemment falsifiés.

avec les paramètres cités, un pic peut avoir lieu lorsque suffisamment de personnes, sont soit immunisées soit mortes, alors la densité de population pouvant être à nouveau contaminée diminue et le virus peut voir sa progression ralentir. OK, mais ça suppose d'avoir déjà contaminé une part significative de la population.

Des articles de presse ici ou là, disent le pic quand 70 % de la population est infectée.

… si c’est le cas le conovariolibus a encore de beaux jours devant lui en France

[Yvan_Delaserge]

Attendons de voir comment ça tourne en Italie.