barre code SNP (polymorphisme mononucléotidique)

[Sanchos]

Bonjour,


J'ai lu dans un article assez récent qu'a partir des SNP (polymorphisme mononucléotidique) on pouvait connaitre l'origine géographique d'une espèce comme par exemple le plasmodium vivax en créant un code barre à partir du SNP mais j'ai du mal a comprendre comment sa fonctionne...

Selon moi :

Ils selectionnent comment une SNP et comment ça fonctionne genre ils vont calculer la distance génétique entre chaque SNP et puis comparer avec l'échantillon de base ?

Une explication de votre part me serait très très bénéfique merci d'avance
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[minushabens]

quel article?

[Sanchos]

Bonjour,

Je m'excuse du retard problème de connexion internet.

Voici le lien de l'article : https://journals.plos.org/plosgeneti...type=printable

Je t'avoue ne pas trop comprendre malgré ma relecture et mes recherches en parallèle pourtant je trouve cette article très interessant c'est pour cela que je l'ai choisi.

J'ai du mal a comprendre au niveau des marqueurs moléculaires choisi. Ils séquencent tout le génome de différents espèces de Plasmodium Vivax et utilisent des marqueurs de type SNP mais ce que je comprends pas c'est qu'ils choisisent 71 marqueurs SNP sur plusieurs milliers de SNP présent dans l'ADN de Plasmodium Vivax selon quoi ? Selon une comparaison de séquence d'ADN à partir d'une consensus ? Bon après y'a la partie Biostatistique aussi qui est assez flou sans sans explication mais enfin j'essaie de compendre comme je peux en tout cas merci infiniment pour ton aide.

[minushabens]

ok je viens de le regarder rapidement. Ils sont partis de génomes complets (donc contenant tous les SNP possibles) et ils en ont extrait 71 par une méthode statisque (qu'ils appellent "machine learning parce que ça fait plus "high tech" que statistique) qui reconstruisent bien l'origine géographique. L'intérêt est que si on a un prélèvement dont on veut connaître l'origine, on n'a pas besoin de séquencer complètement le génome mais juste de génotyper les 71 marqueurs. C'est moins cher et plus rapide.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Sanchos]

Ok d'accord ! Merci beaucoup ça m'éclaire un peu ! J'aurais voulu savoir aussi pourquoi a un moment il parle de MAF (Minor Allele Frequency) ça concerne les variantes allélique rare et commune ? Il me semble qu'on a des variantes alléliques rares et communes, cela me perturbais également

[minushabens]

ils disent que 89% des 700000 SNP ont un allèle majoritaire dont la fréquence dans leur échantillon est supérieur à 95% (les allèles minoritaires représentent moins de 5% des prélèvements. Ces SNP sont moins intéressants a priori que les autres pour discriminer les populations de vivax. Il vaut mieux choisir des SNP qui ont plus de diversité allélique.

[Sanchos]

Ok ok d'accord je vois. Donc en gros il faudrait prendre les allèles minoritaires qui sont des variantes rares pour pouvoir travaillé sur les populations de P.vivax si j'ai bien compris ?

Dernières questions et j'arrete de t'embeté : J'ai vue également qu'ils comparaient les SNP en étudiant la distance génétique ?

Juste pour etre sur d'avoir bien compris ... Une SNP peut touché n'importe qu'elle région de l'ADN qu'elle soit codante ou non ? C'est juste une substitution d'un nucléotide sur une position donnée ?

Après je me demande sur quoi on se base pour dire que c'est une SNP ou non ? Y'a bien une séquence consensus non ?

Promis c'est les dernières questions en tout cas merci beaucoup pour ton aide !

[Sanchos]

J'ai fais des recherches pour approfondir comme c'est un travail sur le Plasmodium vivax, j'ai pu voir que Plasmodium Vivax a 14 chromosomes du coup pour trouver les SNP les biologistes ont comparés les séquences nucléotidiques de chaques chromosomes entre les différentes espèces de différentes zones géographiques pour rélever les SNP au sein de la famille Plasmodium Vivax ?

[minushabens]

pour ta première question, c'est en fait l'inverse: si on veut pouvoir discriminer des populations de vivax il vaut mieux choisier des SNP pour lesquels l'allèle majoritaire n'est pas trop fréquent: des SNP qui ont une hétérozygosité attendue assez grande.

je ne comprends pas bien la deuxième question.

pour les autres questions, un SNP peut être n'importe où dans le génome. On le découvre quand on a séquencé un certain nombre d'individus. On constate simplement qu'en telle position on ne trouve pas toujours la même valeur. Il existe d'ailleurs des biais dans ce processus. Par exemple chez Homo sapiens on a séquencé (au moins dans les premiers temps) beaucoup plus de génomes d'Européens que d'Africains ou Asiatiques. Du coup certaines positions qui sont polymorphes au niveau mondial mais qui sont fixées chez les Européens n'ont pas été identifiées. Maintenant je pense que c'est plus ou moins rentré dans l'ordre pour Homo sapiens. Pour vivax c'est moins évident.

Mais dans tous les cas, à chaque fois qu'on obtient le génome d'un nouvel individu on est susceptible d'identifier de nouveaux SNP. En pratique on ne considère comme polymorphes que les positions où l'allèle majoritaire a une fréquence de moins de 99%.