Bonjour,
Pour l'ARN polymérase du Sars-Covid 2, je vois comme "small molecule - unique ligand" le Zinc cf ici (définition d'un small molecule ligand)
Est ce que cela veut dire que le Zinc est un cofacteur qui facilite la réplication du Sars-Covid 2 ou alors est ce que je comprends mal ce que cela signifie ?
Merci d'avance.
Bonjour,
La question nécessite une réponse en 2 temps;
- Le zinc est un cofacteur connu des polymérases (ARN ou ADN). Sa concentration cellulaire est finement régulée puisque des concentrations intracellulaires élevées de zinc sont délétères pour la cellule. Il a été observé que le zinc pouvait inhiber le fonctionnement des polymérases ARN virales in vitro (voir ici). Voilà rapidement ce qu'on sait sur le zinc et les polymérases virales.
- La résolution de structure 3D de protéines peut se résumer à la prise d'une photo "nanoscopique" d'une protéine à un instant T. Selon les méthodes utilisées, il arrive que des molécules de petites tailles se retrouvent sur la photo parce que des interactions se sont formées entre la protéine d'intérêt et ces small molecules. Parfois l'ajout de celles-ci dans la solution de travail permet de stabiliser la protéine, parfois ces ligands sont ajoutés afin de déterminer les interactions entre la protéines d'intérêt et le ligand. Dans le cas du SARS-Cov-2 et de sa polymérase, les auteurs de la publication n'ont pas l'air de s'être attadé sur le sujet dans leur article. Le fait que le zinc soit nommé comme co-facteur laisse à penser qu'il est normal de le retrouver ici et qu'il doit être impliqué dans le fonctionnement de cette protéine.
Hello
Le zinc est effectivement un cofacteur important pour certaines protéines notamment celles qui interagissent avec l'ADN.
Le Zinc que l'on voit ici n'est probablement pas artefactuel, d'ailleurs on voit qu'il est complexé a trois résidus cystéines (dont le soufre est représenté en jaune). Cela constitue un motif assez courant que l'on nomme "doigt de zinc" ou "zinc finger"
Article détaillé ici : https://en.wikipedia.org/wiki/Zinc_finger
La vie trouve toujours un chemin
Oui j'ai oublié d'évoquer ce point. J'ai regardé les méthodes de l'article et à aucun moment ils n'utilisent un tampon contenant du zinc dans les étapes de purification de la protéine, ce qui laisse à penser que ce zinc n'est pas un artefact.Le Zinc que l'on voit ici n'est probablement pas artefactuel
Je vous remercie tous les deux pour vos explications.
Tu as très bien fait d'évoquer cette éventualité et de toute façon ton hypothèse était la bonneEnvoyé par TanguyE
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