Bioinformatique

[invite55f07f7d]

Bonsoir à tous!
j'aurais besoin d'aide s'il vous plait j'ai deux question en bioinformatique que j'aimerai confirmer:
- quel programme de BLAST utiliser pour analyser une séquence ADN 18s ? ( je me suis dit que puisque c'est une seq nucléique on utilise soit le BLASTN, le BLASTX ou le TBLASTX puisque les 3 permettent la recherche de seq nucléique mais ce qui me dérange c'est le fait qu'on apréciser ADN 18s esq ça va changer la réponse ?)


pour cet arbre phylogénétique sur la figure j'ai deux petites question:
- comment savoir quel sequence mettre dans s1 s2 et s3 ?
- comment savoir si cet arbre est raciné ou non raciné ?

je vous remerci d'avance pour vos réponses !
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[Great.J]

Hello

Tes séquences sont des séquences protéiques donc ... pas de blast sur acide nucléique.
C'est trompeur de parler de séquence d'ADN 18S) car le 18S, déjà, c'est de l'ARN (l'ARN 18S), sinon, c'est la séquence ADN codant l'ARN 18S.

Ton alignement est le début de ta réflexion. Une fois tes séquences alignées, tu construit un arbre phylogénétique à partir de méthodes de constructions. Il faut que tu décide de laquelle tu va utiliser ...

En ce qui concerne le type d'arbre que tu as, la réponse est diapo 6 (lien)