Bonjour à tous,j'ai quelques difficultés à répondre à cette question d'un de mes exercice:
Dans le cas ou l'on sélectionne des ARN/protéines à séquencer pour rechercher une relation entre micro-organismes de parenté lointaine,quelles sont les propriétés moléculaires à considéré ?
En fait je pense que c'est plus la question que je ne comprends pas,qu'est ce qui est entendu par propriétés moléculaires.
Cordialement,et merci d'avance.
Est-ce que la question concerne les différence entre ARN/protéines et ADN ? Les propriétés auxquelles je peux penser (neutralité, conservation) me paraissent ne pas différer selon qu'on regarde le génome ou le transcriptome ou le protéome.
Re bonjour, non je ne crois pas que cela concerne la différence ARN et ADN.En fait,imaginons que nous prenons l'ARN de différentes espèces de micro-organisme pour établir une sorte de phylogénie,que faudrait-il considérer comme caractères pour réaliser cela? (je suppose que l'ARN ou les séquences protéiques des différents organismes doivent avoir des similitudes,mais je ne vois pas quoi exactement,et ces micro-organisme sont dit de parenté lointaine du coup je suppose qu'ils ont un ancêtre commun,mais je n'ai pas plus de précision).
Merci pour votre précédente réponse
pour reconstruire une phylogénie, on choisit des marqueurs neutres (c'est-à-dire dont les différents variants ont la même valeur sélective). Il y a des techniques qui permettent d'estimer si un marqueur est neutre, à condition d'avoir plusieurs individus par espèce. Comme là il est question d'espèces "ayant une parenté lointaine" il faut choisir des marqueurs relativement conservés (i.e. dont l'évolution n'a pas été trop rapide). Si on prend des marqueurs à évolution rapide, on aura fréquemment des phénomènes de réversion qui rendent les choses inextricables. en général on choisit, soit des marqueurs dans des parties non codantes du génome (mais ils n'existent que pour les microorganismes eucaryotes), soit des gènes de ménage (qui évoluent lentement et sont sous sélection purifiante).
Ah d'accord!Merci beaucoup pour votre réponse,nous pourrions donc par exemple utiliser l'ARN ribosomique 16S pour les procaryotes,puisque sa vitesse d'évolution est lente c'est bien cela?
oui. En général on séquence le gène correspondant, plutôt que l'ARN lui-même.
D'accord merci beaucoup pour votre réponse,passer une bonne journée!
