Comparer des valeurs d'IC50

[invitec8093774]

Bonjour à tous,

Dans le cadre d'un travail je souhaite aborder et comparer l'efficacité de différents inhibiteurs de la PLpro (papain-like protein) du SARS-CoV 2. Il s'agit d'une protéase à cystéine qui a une activité mesurée généralement par analyse FRET en utilisant un tétrapeptide représentant sa séquence de clivage de référence (Lys-Arg-Gly-Gly) fusionné à un fluorophore. Ces données permettent ensuite de mettre le fluorophore en compétition avec l'inhibiteur choisi et cela permet de mesurer la fameuse IC50.
Après cette brève introduction, je vais donc vous présenter mon problème : ces IC50 sont toujours données en µM d'inhibiteur requis pour atteindre 50% d'inhibition. Le problème est donc que d'après moi (mais assez logiquement) la quantité nécessaire en µM pour atteindre une IC50 varie grandement selon la concentration initiale en PLpro.
Certains articles précisent la concentration en PLpro :

• 100 nM pour https://link.springer.com/article/10...1-00564-x#Sec2
• 100 nM aussi pour https://www.nature.com/articles/s41467-020-20718-8
• 300 nM pour https://www.nature.com/articles/s41467-021-21060-3#Sec7
• Aucune donnée dans le matériel et méthode pour https://www.nature.com/articles/s41598-021-83229-6#Sec8

Ma question est donc si la valeur d'IC50 est donnée uniquement sur base de la molarité en inhibiteur et pas de la molarité en inhibiteur/molarité en enzyme, comment puis-je comparer différents inhibiteurs ?

N'hésitez pas à me dire si je n'ai pas été clair, merci d'avance,

Madlife
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[vpharmaco]

Tu peux déterminer la constante d'inhibition, Ki, des inhibiteurs en utilisant l'équation de Cheng-Prussof (si tu connais la constante de Mickaelis du substrat) : https://fr.wikipedia.org/wiki/Concen...itrice_médiane
Néanmoins, le résultat sera a prendre avec des pincettes car je suppose que les différents papiers n'utilisent pas strictement le même test (tampon, durée d'incubation, etc - Idéalement, le Km devrait avoir été mesuré dans chacune des conditions expérimentales)

[invitec8093774]

Bonjour Vpharmaco,

Merci pour ta réponse, c'est donc bien ce que je craignais, je ne peux comparer que les Ki :/
Généralement le Kcat/Km de l'enzyme est donné comme indice de l'efficacité de l'activité catalytique peut être qu'en consultant le supplemental data je pourrai trouver le Km uniquement, mais ça commence à rendre mon analyse plutôt chronophage...
Peut-être que donner les IC50 en précisant à chaque fois avec quelle quantité initiale d'enzyme cela a été calculé est le meilleur compromis.

Merci pour ton aide précieuse en tout cas !
Bonne journée
Madlife