simulation, où en est-on ?

[djamoussa]

Salut,

Voilà je me pose la question de ce qu'il est a l'heure actuelle possible de prévoir par la calcul de chimie quantique.
Le peu que j'en ai vu est fondé sur la méthode LCAO mais bien qu'a priori le calcul soit faisable ( posable pour ainsi dire ) sa résolution demande une puissance de calcul dingue, un temps compté en semaine et en faisant des approximations sur pas mal de paramètres.

Des projets comme BOINC et d'autres peuvent-ils a termes permettre de simuler un environnement aussi complexe qu'un être vivant ? De connaitre et prévoir les interactions et effet de molécules médicaments sur l'homme ?

Je me doute qu'on en est loin mais la seule hausse de la puissance de calcul permettra-t-elle d'approcher ce "graal" ?
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[philou21]

Salut,

Voilà je me pose la question de ce qu'il est a l'heure actuelle possible de prévoir par la calcul de chimie quantique.
Le peu que j'en ai vu est fondé sur la méthode LCAO mais bien qu'a priori le calcul soit faisable ( posable pour ainsi dire ) sa résolution demande une puissance de calcul dingue, un temps compté en semaine et en faisant des approximations sur pas mal de paramètres.

Des projets comme BOINC et d'autres peuvent-ils a termes permettre de simuler un environnement aussi complexe qu'un être vivant ? De connaitre et prévoir les interactions et effet de molécules médicaments sur l'homme ?

Je me doute qu'on en est loin mais la seule hausse de la puissance de calcul permettra-t-elle d'approcher ce "graal" ?

les ordinateurs ont une puissance de calcul dingue...

l'optimisation géométrique d'une molécule comportant quelques dizaines d'atomes lourds (hors hydrogène) ne prend que quelque heures sur un seul processeur (avec un niveau de théorie correct).

[djamoussa]

l'optimisation géométrique d'une molécule comportant quelques dizaines d'atomes lourds (hors hydrogène) ne prend que quelque heures sur un seul processeur (avec un niveau de théorie correct).

Ah bon ? j'aurai pensé beaucoup plus !

Cela dit, c'est toujours le cas si on prend des proteines ?
Est-il donc deja possible de prévoir les effets d'un médicament par exemple sur l'homme ? de savoir que tel agencement d'atomes déclenchera telle cascade de réactions ? de sculter en quelque sorte la molécule en sachant se qu'elle doit être pour obtenir la réponse qu'on a choisi ?

Je pensais que les êtres vivants et toutes les réactions qui se déroulent en eux était trop complexes pour être "calculés" dans leur ensemble.

Si c'est le cas sa parait vertigineux !!!

[HarleyApril]

pour un calcul dans le vide, tout va bien pour des petites molécules
on peut également construire un environnement d'eau pour rendre compte des interactions entre la molécule et l'eau
par contre, si on veut modéliser une protéine qui n'a pas encore été cristallisée, ça se complique
on procède par homologie avec des protéines déjà cristallisées
par exemple, dans le cas des récepteurs à sept domaines transmembranaires, on pratiquait à partir de la rhodopsine bovine. La publication récente de structures cristallisées de récepteurs à la sérotonine montre que cette réalité n'est pas éloignée des modèles construits. Il reste cependant une grande incertitude au niveau des boucles extracellulaires qui ne sont pas innocentes.
Où et comment se met ensuite un ligand dans un tel récepteur ? Qu'est-ce qui lui confère une propriété agoniste ou agoniste inverse ?
Voilà des questions 'simples' auxquelles on ne sait pas encore répondre.
Je te laisse deviner tout le travail qu'il reste à faire pour modéliser le devenir d'une petite molécule dans l'organisme ...

[A voir en vidéo sur Futura]

[djamoussa]

Merci beaucoup pour ces précisions.