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Longueur chaine latérale



  1. #1
    le_programmeur_en_bio

    Longueur chaine latérale


    ------

    bonjour,

    je rêve de trouver un tableau où serait marquée la longueur de la chaine latérale d'un acide aminée : quelqu'un aurait-il un lien ?

    sous google, "longueur chaine latérale acides aminés" donne un paquet de pages mais aucune ne donne une valeur numérique. Les sites donnant des informations générales sur les acides aminés, donnent : Pki, volume de Van Der Waals, hydrophobicité, j'en passe et des meilleurs... mais pas ce que je cherche

    J'ai entendu dire que la longueur d'un chaine latérale n'est pas fixe, qu'elle peut varier suivant son environnement : une valeur moyenne ferait mon bonheur

    bon, ça fait des heures que je suis passé à google + "amion acid side chain length", mais ça ne donne toujours rien...

    je suis persuadé qu'un tel tableau existe... mais où ???


    -----

  2. #2
    philou21

    Re : longueur chaine latérale

    bonjour
    pourquoi ne les mesures-tu pas toi même ?

  3. #3
    le_programmeur_en_bio

    Re : longueur chaine latérale

    et bien, il n'existe pas de fichier .pdb pour la protéine que j'étudie. Elle est tellement mal connue qu'on ne possède même pas de modèle approchant.

    alors finalement, j'ai pris un fichier pdb quelconque et je mesure la longueur avec les outils fourni par Swiss-PdbViewer.

    bien que je trouve cette méthode un peu bancale, je m'en contenterai pour l'instant.

    ma modélisation comporte plusieurs problèmes que je dois encore résoudre, et, dans un premier temps, je voulais obtenir des mesures de longueur grossière (ce que je fais actuellement) pour quelque tests préliminaires.

    mais j'aurai préféré utiliser des longueurs plus "officielles", parues dans un article par exemple.

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