pKa et acides aminés dans le site actif de la phospholipase C

[invite5b3844b0]

Bonjour tout le monde !!!
Alors voilà mon problme, j'ai mes partiels bientot, et en biochimie je comprend vraiment rien de rien ! Je connais les 20 acides aminés et leur formule, mais je voulais savoir,
quand on nous parle de pH, d'écrire l'acide aminé à ph = 7,0 ou a 3,9 ou 4, ça change quoi sur la formule ? Et à quoi sert le pKa ?

Par exemple il y a une chose que je ne comprend pas, voici l'énoncé :

Deux résidus d'acide aminé du site actif de la PLC sont essentiels à la reconnaissance de la partie sérine de la phosphatidylsérine : la Lys69 et l'Asp180 qui se font face.

Le pKa des fonctions acide et amine de la sérine sont respectivement 2,2 et 9,2. Ecrivez les équilibres acido-basique de cet acide aminé en déterminant la charge gloale de la molécule à chaque étape.

je comprend pas toute cette histoire de pKa....
LA fonction acide c'est COOH et amine NH2 et la sérine c'est HOCH2-

comment établir les équillibres avec ça ? quelqu'un pourrait mexpliquer svp ? =D merciii beaucoup d'avance
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[moco]

Tout acide aminé possède deux valeurs de pKa. Pour le tien, c'est 2,2 et 9.
Tout acide aminé possède la formule NH₂-CHR-COOH. C'est le résidu R qui varie d'un acide à l'autre
Lorsque la solution est très acide, et plus précisément si le pH de la solution est plus petit que le premier pK_a, donc ici 2,2, l'acide est protoné sur NH₂, et sa formule est :
NH₃⁺-CHR-COOH
Lorsque la solution est très basique, et plus précisément si son pH est supérieur au 2ème pK_a, ici 9, l'acide est déprotoné sur -COOH, et se formule est donnée par NH₂-CHR-COO^-.
Si la solution est neutre ou presque, ou plus précisément si son pH est compris entre les deux pK_a (donc entre pH 2,2 et pH 9 pour toi), l'acide aminé est sous forme ordinaire NH₂-CHR-COOH, mais on admet qu'il est l'objet d'un transfert de protons intermoléculaire, et qu'il devient le zwitterion NH₃⁺-CHR-COO^-

[invitea6009146]

bonjour , dèsolè moco , mais je trouve un petite problemme ,
vous avez : ph= pka+ log B /a
PH-pka = logB/A
donc : si ph-PKA>0 cela veut dir que la bas et tro dominante
on applique cela sur le cooh
cooh =acide =A
coo=base=b
ph-pka>0 donc ph >2,2 le cooh ce trouve sou la forme b et donc coo
la meme chose pour le Nh2/NH3
bonne journè

[invite088c2894]

Bonsoir moco a également ajouté...

... mais on admet qu'il est l'objet d'un transfert de protons intermoléculaire, et qu'il devient le zwitterion NH₃⁺-CHR-COO^-

Ce qui est en effet le cas... De plus , les tables de pka des acides aminés sont en général données dans l'eau. Or, au coeur des protéines on est tout sauf en milieux acqueux les pka peuvent etre modulés par l'enzyme.

Pour trouver la charge globale tu dois faire un petit diagramme de prédominance.

Cordialement

[A voir en vidéo sur Futura]