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SOS Modélisation - Unix



  1. #1
    nabotdechimie

    SOS Modélisation - Unix


    ------

    !!!!!!!!!!!!!! Attention question très pointue!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! !
    vous tapez pas tout mon barratin si vous n'utilisez pas le même support de modélisation

    Salut aux courageux.

    J'ai un gros problème à l'interface entre la modélisation moléculaire (donc ce forum) et l'utilisation d'Unix (donc plutôt informatique), plate forme sur laquelle tourne le logiciel de modélisation que j'utilise.

    En fait, j'utilise le logiciel InsightII, d'accelrys, sur une bécane Octane de Silicon graphics.

    Je commence à bidouiller un peu les programmes de dynamique et de minimisation d'après les conseils d'un gars qui connait un peu le domaine, pour utiliser le type de méthode utilisée par les types qui publient.

    Donc voilà. Lorsque je lance une dynamique et/ou minimisation depuis InsightII, avec le module Discover, je fixe les interactions, etc... tout marche bien.

    Mais depuis peu, j'essaie de travailler avec la méthode suivante.

    dans Discover, quand je lance le run, je demande à céer un fichier . car et un .COM

    j'édite le fichier .inp créée en même temps, de façon a obtenir la séquence minimisation-dynamique voulue, et notemment, j'augmente la température du système de 300 à 400k pour faire un recuit simulé. Et là les problèmes arrivent :

    à chaque tentative, ça plante.

    après avoir fouillé tout le fichier .out et .log créés

    dans le fichier point .out, le problème vient à priori du fait que le système a acquis une énergie gigantesque (100milliards de kcal/A au lieu de 5000 ) Cette énergie reste la même lorsque je reviens à 300k, et là ça devient gênant.

    Le logiciel propose comme solution de modifier la valeur de la var DEMAX, mais je ne sais pas ce que c'est et de toute façon, même si le calcul est réalisé, les résultats seront inexploitables.


    d'autre part, dans le .log, il y a apparemment vérification de la licence pour Discover et pour Charmm, et là, il me dit que ma licence Discover n'est pas bonne, "error -5" alors qu'elle est bien entendu valable.

    Je suis dans l'impasse.

    Merci de votre aide.

    -----
    Aucune question n'est idiote, seules les réponses peuvent l'être. N'hésitez pas ;-)

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  3. #2
    reinette

    Re : SOS Modélisation - Unix

    Coucou,

    un autre chimiste qui passe sa vie devant des ecrans!!!

    Je suis sur de la dynamique ab-initio, donc pas tout a fait la même chose. Mais un point m'interpelle : comment fixes tu ta temperature? As tu des parametres de thermostat? Autre chose : est ce que tu fais une equilibration avant?

    J'ai eu un apercu sur INSIGHT II (et peut etre le module discover) , mais rien de tres pousse. Je ne pourrais donc pas t'aider beaucoup sur les bidouilles.

    Bon courage dans tous les cas.

  4. #3
    nabotdechimie

    Re : SOS Modélisation - Unix

    Salut reinette.

    Déjà merci d'avoir lu jusqu'au bout.

    En fait quand je fixe les paramètres de dynamique, il y a une case correspondant à la température à laquelle doit être faite la dynamique, et oui, il y a une équilibration préliminaire pour atteindre la température demandée.
    Aucune question n'est idiote, seules les réponses peuvent l'être. N'hésitez pas ;-)

  5. #4
    reinette

    Re : SOS Modélisation - Unix

    Et si tu n'augmentes pas la température de 300 a 400 ca marche?

    Les problemes que tu decris ensuite me font craindre une mauvaise installation des differents packages. J'espere pour toi que ce n'est pas ca

    Bon courage!

  6. #5
    nabotdechimie

    Re : SOS Modélisation - Unix

    je viens d'essayer et ça na pas marché non plus, ça commence à vraiment m'inquiéter, et m'énerver aussi. L'informatique, c'est bien quand ça marche, sinon, c'est vraiment la grosse m....
    Aucune question n'est idiote, seules les réponses peuvent l'être. N'hésitez pas ;-)

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    fafapas

    Re : SOS Modélisation - Unix

    Monte un peu...moi j'ai un gars qui fait tout ça pour moi

    Si je comprennais un peu mieux je lui demanderais, je vais essayer de transferrer ta question...par contre le délai risque d'être long...il est surbooké ce gars là. Je crois qu'il connait bien le logiciel que tu utilise...même s'il en a un autre ici...

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  10. #7
    nabotdechimie

    Re : SOS Modélisation - Unix

    sympa fafapas, mais quand tu sors de master2 Recherche, et que va en thèse dans une star-up, ben t'es obligé d'être polyvalent, d'apprendre sur le tas, et voilà comment j'ai attéri sur ce forum...

    Parfois les problèmes mènent à des solutions inattendues.
    Aucune question n'est idiote, seules les réponses peuvent l'être. N'hésitez pas ;-)

  11. #8
    reinette

    Re : SOS Modélisation - Unix

    Salut,

    Je viens de relire ton premier post. DEMAX est probablement la variation maximale d'energie que tu toleres. Reste a vior dans quelle unite c'est etc. (j'ai un logiciel qui jongle entre SI et unites atomiques...).

    Petite question "a deux francs six sous" : ton energie, c'est quoi? energie totale? potentielle? cinetique? Est ce qu'il te donne la température en sortie egalement? Est que tu as un parametre pour fixer la variation maximal de temperature que tu autorises?

    courage

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