Enzymo - conversion de vi (Do/min) en mol/min

[inviteccdf7609]

Bonjour,

Je bloque sur mon rapport de Tp sur une bête conversion de la vitesse initiale de ma réaction qui est en Do/min et je souhaiterais des mol/min

Quelqu'un peut m'aider ?

Merci d'avance
-----

[moco]

Qu'est-ce que tu appelles Do (ou Do/min) ?

[inviteccdf7609]

En fait c'est bon ! Do pour densité optique mais je l'avais sous les yeux et je me suis emmêler les crayon avec une valeur d'absorbance...

Merci quand même

[invited3d06926]

Bonsoir,

Je fais remonter le sujet car j'ai le même souci pour un compte rendu de TP, donc j'aimerais bien savoir à quoi équivaut une unité DO en mol ?
Je dois convertir une vitesse vi DO/min en μmol/min.

Merci.

[A voir en vidéo sur Futura]

[invited3d06926]

Bonsoir,

Je fais remonter le sujet car j'ai le même souci pour un compte rendu de TP, donc j'aimerais bien savoir à quoi équivaut une unité DO en mol ?
Je dois convertir une vitesse vi DO/min en μmol/min.

Merci.

Edit : dans le sujet du TP, on me donne comme donnée le coefficient d'extinction molaire du pNP (substrat) : ɛ = 17 800 L/mol/cm .
Je pense que c'est assez simple comme conversion, mais après plusieurs recherches, je ne vois pas comment faire :\
Est-ce-qu'il faut utiliser par exemple la loi de Beer-Lambert ? Ou c'est plus simple ?

[Neon20]

Bonsoir,

Tu utilises la loi de Beer-Lambert par trouver V0 à partir de ΔA/Δt :
ΔA/Δt = ɛlΔP/Δt


V0 = ΔP/Δt

et ΔA/Δt= ɛlV0

donc V0=(ΔA/Δt)/ɛl


avec P =quantité de produit formée ou de substrat consommée en µmol (en réalité, il faut écrire l'équation de la réaction pour savoir si la quantité de produit produite est égale à la quantité de substrat consommée car il faut que les coefficients stoechiométriques soient égales à 1 pour que ce soit le cas, mais en réalité c'est souvent le cas en enzymo).

Pour les unités:
V0 en U/L avec 1 U = 1 µmol.min^-1.L^-1
Δt en min
ɛ en L.µmol^-1.cm^-1
l en cm
DO est unité bidon(une unité de biologiste, quoi) qui ne représente rien(car une absorbance n'a pas d'unité) à part embrouiller les gens et qui n'a pas lieu d'exister.
Le compte est bon .

[Neon20]

Bonsoir,

Tu utilises la loi de Beer-Lambert par trouver V0 à partir de ΔA/Δt :
ΔA/Δt = ɛlΔP/Δt


V0 = ΔP/Δt

et ΔA/Δt= ɛlV0

donc V0=(ΔA/Δt)/ɛl


avec P =quantité de produit formée ou de substrat consommée en µmol (en réalité, il faut écrire l'équation de la réaction pour savoir si la quantité de produit produite est égale à la quantité de substrat consommée car il faut que les coefficients stoechiométriques soient égales à 1 pour que ce soit le cas, mais en réalité c'est souvent le cas en enzymo).

Pour les unités:
V0 en U/L avec 1 U = 1 µmol.min^-1.L^-1
Δt en min
ɛ en L.mol^-1.cm^-1
l en cm
DO est unité bidon(une unité de biologiste, quoi) qui ne représente rien(car une absorbance n'a pas d'unité) à part embrouiller les gens et qui n'a pas lieu d'exister.
Le compte est bon .

[Neon20]

Petit oubli:
" P =quantité de produit formée ou de substrat consommée en µmol (en réalité, il faut écrire l'équation de la réaction pour savoir si la quantité de produit produite est égale à la quantité de substrat consommée car il faut que les coefficients stoechiométriques soient égales à 1 pour que ce soit le cas, mais en réalité c'est souvent le cas en enzymo) par unité de volume(en L), c'est une concentration. "

[Neon20]

Correction de quelques petites erreurs qui m'ont échappé:

V0 en U/L avec 1 U/L = 1 µmol.min-1.L-1

1U= 1 µmol/min

Tu utilises la loi de Beer-Lambert pour trouver V0 à partir de ΔA/Δt :

[invited3d06926]

Bonjour,

Merci pour ta réponse détaillée. Par contre il y a quelque chose qui me bloque, pourquoi est-ce-qu'il y a tous ces Δ (delta) dans tes formules ?? Il faut vraiment calculer des variations ?
J'avais bien pensé à utiliser la loi de Beer-Lambert, sauf que ... je l'ai trouvée sous la forme ɛ = A/(cd) avec ɛ connu, A absorbance (DO) connue car mesurée, donc le but c'est de trouver c la concentration en mol/L, mais ... je n'ai pas la valeur de d la petite distance traversée dans la cuve en cm :\ donc comment faire ?
Et après, une fois que j'ai la concentration en mol/L, je prends le résultat tel quel et je dis que c'est des (μ)mol/min ?

Et pourquoi faut-il calculer v0 ?
Haha attention je suis en biologie mais comme je n'ai pas d'avis sur la DO, pour moi j'ai compris que c'est une densité optique ou absorbance et c'est déjà pas mal pour l'instant.

[invited3d06926]

Edit : je viens de faire un calcul d'après la loi de Beer Lambert en prenant comme valeurs :
A = 18 DO (mesurée pendant le tp)
ɛ = 17 800 L/mol/cm (donnée)
d = 1 cm (en général il paraît que c'est la taille de la cuve utilisée et c'est assez standard)

D'où : c = A/(ɛd) = 18/(17800x1) = 1,011.10-3 mol/L
Ainsi c = 1011 μmol/L donc vi = 1011 μmol/min

C'est cohérent ?

[Neon20]

Mon prof d'enzymo appelle la vitesse initiale V0, d'autres l'appellent Vi et d'autres V, ça n'a pas d'importance.

je n'ai pas la valeur de d la petite distance traversée dans la cuve en cm :\ donc comment faire ?

En général, on prend une cuve de 1cm d'épaisseur , ça simplifie les choses. Donc quand rien n'est précisé dans l'énoncé, tu admets que l= 1 cm.

il y a quelque chose qui me bloque, pourquoi est-ce-qu'il y a tous ces Δ (delta) dans tes formules ??

Tu introduis un intervalle de temps Δt dans ta formule qui correspond normalement à la durée de ton expérience. Sinon comment veux-tu calculer une vitesse?

N'empêche, j'adore les profs qui donnent des TP sans faire le moindre cours à leurs élèves sur le sujet qui sera abordé afin que ce soit totalement incompréhensible pour eux, c'est tellement intelligent comme manière de procéder . tu es censé avoir cette formule dans ton cours d'enzymo sinon tu ne peux pas répondre aux questions de ton TP.

A vrai dire, elle se démontre facilement: Tu pars de A= ɛlc . Tu divises par la durée Δt de ton expérience des deux côtés et tu as ΔA/Δt= ɛlΔc
Tu sais que Vi=Δc/Δt... Donc qu'en déduis-tu? (à toi de continuer)

Edit : je viens de faire un calcul d'après la loi de Beer Lambert en prenant comme valeurs :
A = 18 DO (mesurée pendant le tp)
ɛ = 17 800 L/mol/cm (donnée)
d = 1 cm (en général il paraît que c'est la taille de la cuve utilisée et c'est assez standard)

D'où : c = A/(ɛd) = 18/(17800x1) = 1,011.10-3 mol/L
Ainsi c = 1011 μmol/L donc vi = 1011 μmol/min

C'est cohérent ?

Non. On va reprendre:
Vi s'exprime en U/L, c'est-à-dire en μmol.L^-1.min^-1. Il te manque donc un temps qui est Δt.

Est-ce que A = 18 DO ou 18 DO/min?

[invited3d06926]

La vitesse dans mon tp c'est vi, admettons.
Oui la cuve faisait environ 1 cm d'épaisseur.

J'avoue que la loi de Beer-Lambert on ne l'a pas écrite dans notre cours d'enzymologie, et ce n'est même pas écrit dans le sujet du tp ... on l'a vue l'an dernier en géologie je crois donc je m'en rappelais vaguement, mais bon rien à voir x) C'est sûrement parce que je suis à la fac (L2), ceci explique cela x)

Pour la valeur de 18 DO, je l'ai trouvée à partir d'un graphique DO = f(temps) et des tangentes à l'origine, calcul du coefficient directeur des tangentes = vitesse en DO/s puis je l'ai convertie en DO/min comme demandé. On a mesuré l'absorbance de chaque solution pendant 1 minute, donc c'est ça le Δt ?

A = 18 DO car c'est une absorbance, alors que 18 DO/min c'est une vitesse (absorbance rapportée au temps).
Il faut donc écrire, pour trouver la valeur de vi en μmol/min : vi = A/ɛl ? (je me mélange un peu les pinceaux, j'avoue).

[Neon20]

vi = A/ɛl ?

Non. Tu vois bien que ça colle pas avec les unités!

vitesse en DO/s puis je l'ai convertie en DO/min comme demandé.

Voilà, ça c'est ton ΔA/Δt en min^-1 (ou DO/min, comme tu veux. De toute façon, DO=rien).


Tu n'as plus qu'à remplacer ΔA/Δt dans la formule que je t'ai déjà donnée Vi=(ΔA/Δt)/ɛl et à trouver la bonne unité pour Vi, et ce sera bon.

[Neon20]

En utilisant cette formule Vi=(ΔA/Δt)/ɛl (/!\aux unités que tu prends pour ɛ ), tu obtiendras Vi en U/L c'est-à-dire en µmol.min^-1.L^-1.

Il ne te restera plus qu'à multiplier ce résultat par le volume de l'échantillon(en L) que tu as analysé, ce qui te donnera une valeur en U c'est-à-dire en µmol.min^-1.

[invited3d06926]

Et ben justement, en écrivant cette formule sur un papier, je retombe sur le même résultat que dans mon calcul précédent de vi

J'ai donc pris (ΔA/Δt) = 18 DO/min (une des vitesses calculées), puis j'ai écrit cette formule :
vi = (ΔA/Δt)/ɛl = 18/(17800x1) = 1,011.10^-3 mol/min/L
En µmol ça fait 1011 µmol/min/L.
Donc pour virer le "/L", on doit multiplier par le volume de la solution qui est 2.10^-3 L.
Ainsi vi = 1011 x 2.10^-3 = 2,022 µmol/min, c'est ça ?

[Neon20]

en écrivant cette formule sur un papier, je retombe sur le même résultat que dans mon calcul précédent de vi

Sauf que la formule utilisée était différente et donc le résultat que tu trouves maintenant n'avait pas les mêmes unités que ton résultat précédent. Par conséquent, ta formule et ton résultat étaient faux.

vi = A/ɛl c'est faux alors que vi =(ΔA/Δt) /ɛl c'est juste.

Il faut comprendre ce que tu fais. Tu ne pourras pas utiliser des formules au pif éternellement car cela risquera de te jouer des tours sur un exercice un peu plus compliqué.

Donc pour virer le "/L", on doit multiplier par le volume de la solution qui est 2.10-3 L.
Ainsi vi = 1011 x 2.10-3 = 2,022 µmol/min, c'est ça ?

Oui. C'est bien ce que j'ai écrit:
"Il ne te restera plus qu'à multiplier ce résultat par le volume de l'échantillon(en L) que tu as analysé, ce qui te donnera une valeur en U c'est-à-dire en µmol.min-1."

[Neon20]

D'ailleurs, as-tu fait attention aux unités(particulièrement à celle d'ɛ) ?

Vérifier les unités dans une formule, c'est quand même une compétence qui est censée être acquise après avoir eu son bac.

[invited3d06926]

Merci pour ton aide en tout cas, si on me demande de refaire cette conversion je saurai faire car j'aurai compris le cheminement.
Oui j'ai regardé les unités, ɛ était donné dans l'énoncé du tp en L.µmol^-1.cm^-1 et cette unité colle avec la loi de Beer-Lambert. J'ai aussi bien vérifié l'unité de la vitesse vi.
Vérifier les unités dans une formule, j'ai appris à le faire seulement l'an dernier en L1, au lycée même en filière scientifique on ne nous a pas tellement appris à le faire ... alors oui il y a un gouffre entre le lycée et la fac, c'est bien connu, ils n'accordent pas leurs violons entre eux du tout ... résultat, nous sommes beaucoup à avoir des sacrées lacunes en particulier au niveau des maths. C'est bien pour ça que souvent je demande de l'aide ici pour des calculs de chimie, parce que pas mal de profs bâclent leurs cours et ne nous expliquent pas tout (sûrement qu'ils n'ont pas le temps, on va dire ça).