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RMN HSQC help !!!



  1. #1
    lisiquo

    RMN HSQC help !!!

    Bonjour a tous,
    Je continue mon periple dans la RMN pour ceux qui auraient lu mes messages precedents. Je m'attaque maintenant a l'experience appelee HSQC. J'ai compris les grandes lignes mais pas encore le detail. Je l'utilise pour verifier qu'une molecule donnee se fixe sur ma proteine d'interet. Je l'ai utilisee a plusieurs reprises sur 2 proteines differentes sans obtenir de resultats probants. Pour l'une, le ligand connu a entraine un shift de presque tous les pics par comparaison au spectre sans ligand et au spectre avec les nouvelles molecules. Pour l'autre, les pics sont pas terribles. J'ai verifie le pH, il est le meme pour tous les tubes. J'ai egalement fait attention a la temperature. Alors comment mener a bien une telle experience ? quels sont les trucs pour l'ameliorer ?

    -----


  2. #2
    CoucouHibou

    Re : RMN HSQC help !!!

    Salut lisiquo,

    bon, je vais essayer de t'aider, mais sur ce coup là je ne suis pas très sûr de moi. Donc, tu as besoin de caractériser quoi ? Parce que si je me rappelle bien, la HSQC passe par un transfert de polarisation d'un noyau présent en grande quantité (proton par ex) vers un autre noyau, dilué ou pas (13C, 15N etc...).

    Moralité, tu verras apparaître de nouveaux pics s'il y a formation de liaison (peut-être cela peut-il marcher pour les liaisons H ? Je vais me renseigner) et/ou tu verras des modifications de déplacements chimiques, couplages J etc... pour les atomes dans la zone d'interaction (à cause de nouvelles liaison éventuelles (fortes ou faibles), changements de conformation etc...)

    Pour voir comment optimiser la HSQC, d'abord confirme moi qu'il s'agit bien de la séquence suivante :

    canal I (hydrogène par exemple) :
    canal S (carbone, azote...) :

    S'il s'agit bien de ça, la seule chose que tu auras à faire c'est optimiser le paramètre de manière à ce qu'il y ait à peu près ou JC-H est la valeur caractéristique du couplage J carbone proton (ou azote proton ou ce que tu veux) dans ton composé.

    Ton cyclage de phase doit aussi être bien fait pour une HSQC, mais pour ça je suppose que tu utilises une expérience "préfabriquée" par tes collègues voir par le vendeur du spectro, donc ça doit déjà être fait .

    Voilà, n'hésite pas à poser des question, revérifie ce que je viens de te dire, je suis plutôt un solidiste pas encore biologiste (mais ça va venir ), je me suis basé sur mes connaissances de cours et sur le bouquin de Levitt (un exercice sur la HMQC) que je t'avais déjà conseillé.

    Bon courage, cordialement,

    Hibou

    PS si je puis me permettre, tu as aussi d'autres types d'expérience, genre NOESY, pour caractériser des interactions (notamment les interactions faibles...)

  3. #3
    CoucouHibou

    Re : RMN HSQC help !!!

    Salut,

    au temps pour moi, j'ai recherché un peu dans mes cours, la HSQC est bien plus simple au niveau théorique que la HMQC. La séquence d'impulsion elle même est par contre un peu plus complexe d'aspect, mais consiste simplement en un transfert de polarisation proton -> hétéroatome de type INEPT, une évolution libre (hétéroatome) pendant un temps t1, puis retransfert INEPT hétéroatome -> proton et évolution libre (proton) pendant un temps t2.

    Ce qu'il te faut donc optimiser dans cette expérience, c'est le transfert INEPT. Essaye des expériences HSQC en 1D (tu mets t1=0) et fais varier le paramètre de ton transfert INEPT de manière à obtenir le maximum d'intensité.

    Je ne sais pas si ça t'aidera, n'hésite pas à reposer des questions, bon courage, cordialement

    Hibou

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