appellation d'une enzyme

[invitec24e8b7e]

Bonjour tout le monde,

je suis un étudiant en deuxième année de DUT chimie et je travaille en ce moment sur un projet de recherche sur la catalyse organique enzymatique.

Mon problème est le suivant : pour présenter le projet, j'aurais voulu mettre la formule chimique de mon enzyme, mais je ne la trouve nulle part ! Est-ce normal ? Y a-t-il un autre moyen de modéliser une enzyme ? Si vous voulez savoir mon enzyme est la ''Acylase I from Aspergillus melleus'' (en anglais) aussi appelée Aminoacylase et doit normalement être chirale (très important puisqu'on fait une résolution chirale)
-----

[JPL]

Comme les enzyme sont des protéines la formule chimique développée serait trop volumineuse. Et même une formule réduite à la liste des abréviations des aminoacides serait trop longue (probablement une à plusieurs centaines d’aa, plus peut-être un site coenzymatique).

Dans ces cas on se contente du nom officiel.

[MissJenny]

une raison pour laquelle on ne donne pas la formule chimique d'une protéine est ce qu'on appelle le polymorphisme : dans un organisme donné les mutations font qu'il existe un certain nombre de variants de la même protéine. Par exemple chez les humains on connaît plusieurs centaines de variants de la beta-globine (l'une des deux chaînes qui composent l'hémoglobine).

[MissJenny]

trop tard pour éditer : je crois qu'en fait c'est plusieurs centaines de versions du gène de la beta-globine, ça fait beaucoup moins de protéines distinctes parce que la plupart des mutations sont synonymes (i.e. produisent des codons différents qui sont traduits dans le même acide aminé). Mais il doit quand-même y avoir plusieurs dizaines de variants de la protéine.

[A voir en vidéo sur Futura]

[Flyingbike]

Bonjour

Parler de la chiralité d'une enzyme n'a pas beaucoup de sens....

Qu'entendez vous par "modéliser" ?

Une enzyme se décrit à différents niveaux : la nomenclature EC, qui est purement biochimique, au niveau génétique, au niveau protéique (dépendant du niveau précédent), au niveau de sa structure fonctionnelle....

Un peu plus de précision ?

[invitec24e8b7e]

bonjour,

l'enzyme que nous utilisons nous sert de catalyseur pour favoriser une réaction (plutôt que de l'accélérer) et pour que cela se fasse il faudrait (d'après notre prof/tuteur) que cette enzyme soit chirale. Je ne m'y connais pas beaucoup dans le domaine des catalyseurs mais étant donné que le but est de séparer deux énantiomères d'une mélange chiral (en plusieurs étapes, pas seulement avec celle là), l'utilisation d'un catalyseur chiral ne me paraissait pas absurde.

Ce que je voulais dire par "modéliser" serait de pouvoir montrer la forme de cette molécules puisque l'on doit présenter notre notre projet. Donc une description permettant d'indiquer uniquement une réaction chimique devrait suffire (je ne sais pas si j'ai bien répondu a la question)

merci de votre aide

[Resartus]

Bonjour,

Le site wikipedia anglais donne beaucoup d'infos sur ces types d'enzimes (malheureusement, pas de version française)
https://en.wikipedia.org/wiki/Aminoacylase
La structure est très compliquée, mais vous trouverez surement des choses à mettre dans votre dossier dans la partie "mechanism"

[Flyingbike]

Il n’y aurait pas une confusion entre chiralite et stéréospécificité d’une réaction ?

[JPL]

Je le pense en effet.