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Logiciels pour construire des molécules



  1. #1
    Tomzack

    Logiciels pour construire des molécules

    Bonjour,

    Je cherche un logiciel (gratuit) pour construire des molecule et pour pouvoir ensuite la voir et connaïtre ses dimensions par exemple ( plus grande distance entre deux atomes non liées, "volume").

    Donc pas de chemdraw.

    J'ai trouvé rasmol mais c'est pour des grosses protéines ( moi c'est des molecule de M < 300 gr.mol-1) et on peut pas construire les molécules.

    il y aurai cacao mais c'est peut etre aller loin pour ce que je veut faire...

    quelqu'un a une idée?

    a+

    -----


  2. Publicité
  3. #2
    shaddock91

    Re : logiciels pour construire des molecules

    Bonjour. RAS mol marche très bien avec des petites molécules, je l'ai utilisé comme plug-in d'Isis Draw avec des molécules MW<500

  4. #3
    Tomzack

    Re : logiciels pour construire des molecules

    bon voila j'ai isis draw et rasmol.

    Pour l'instant je maîtrise pas trop : je dessine une molecule d'éthanol avec des liaison a priori 3D (les espèces de triangles la... ça porte un nom d'ailleurs ces liaisons ?) ensuite voir sous rasmol et bim ! un truc 2D tout miteux. va falloir que je progresse..

    Mais bon pour mon objectif qui de determiner les distances entre atome (lié ou non) je sens que ça va pas êtr terrible car apparemen faudrait tout donner( distance interatomique, angles) ce qui est pas évident...

  5. #4
    Morbo

    Re : logiciels pour construire des molecules

    Moi je me suis fourni ici et c'est vraiment bien, en plus il y a des trucs en plus comme la verrerie etc etc et c'est légal !!

    http://www.acdlabs.com/download/

  6. #5
    shaddock91

    Re : logiciels pour construire des molecules

    Bonsoir

    On dessine d'abord en 2D avec Isis et on passe en 3D avec RasMol.
    IsisDraw est une référence pro employée surtout dans les industries. L'utilisation d'Isis depuis un download du site de MDL est tout à fait gratuite et légale...

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    shaddock91

    Re : logiciels pour construire des molecules

    Il y a dans Isis une fonction "clean" qui permet de réorganiser les distances et orientations entre atomes.

  9. Publicité
  10. #7
    bir

    Re : logiciels pour construire des molecules

    n'hésitez pas de consulter le site suivant :
    http://www.ccp14.ac.uk/

  11. #8
    Tomzack

    Re : logiciels pour construire des molecules

    Pour ceux que ça interesse toujours, j'ai fini par utiliser molekel pour le volume des molecules et les distances interatomiques.

    Sur chemfinder on trouve les formats xyz ou pdb (ie, en 3D) des molecules pour ne pas avoir a les construire.

    Comment vous determiner vos fichiers 3D de vos molecules? Vous les construisez ou vous les downloadez?

    a+

  12. #9
    un_chimiste

    Re : logiciels pour construire des molecules

    ca depend du composé...si la structure est connue (par diffraction X, par exemple) elle est décrite dans un fichier nommé CIF...ce fichier peut être transformé avec un logiciel BABEL en xyz, etc
    sinon on peut construire une molécule et calculer sa structure par HF ou par MM (par Gaussian <- payant, Mopac <- gratuit, etc)

  13. #10
    mec_b_13

    Re : logiciels pour construire des molecules

    slt les ami moi je cherche un logiciel nomer chemdraw ou un autre qui s apel macdraw et si qq un pourra m aider a le telecharger depuis l internet je le serai reconaissant...et merci a tous

  14. #11
    Anacarsis_47

    Re : logiciels pour construire des molécules

    Citation Envoyé par Tomzack Voir le message
    Bonjour,

    Je cherche un logiciel (gratuit) pour construire des molecule et pour pouvoir ensuite la voir et connaïtre ses dimensions par exemple ( plus grande distance entre deux atomes non liées, "volume").

    Donc pas de chemdraw.

    J'ai trouvé rasmol mais c'est pour des grosses protéines ( moi c'est des molecule de M < 300 gr.mol-1) et on peut pas construire les molécules.

    il y aurai cacao mais c'est peut etre aller loin pour ce que je veut faire...

    quelqu'un a une idée?

    a+
    Si tu veux vraiment avoir les distances interatomiques et les angles formés entre les atomes, il faut utiliser un programme de calcul ab initio tel que Hyperchem.
    Il procède directement à partir des orbitales atomiques et par itération (méthode de Hartree-Fock) calcule les orbitales moléculaires de la molécule en cherchant les niveaux d'énergie les plus bas.

    Mais c'est un programme payant....

  15. #12
    loyal.sdm

    Wink Re : logiciels pour construire des molécules

    bonsoir
    voila ma spcialité c'est la science des materiaux, alors le logiciel "carinev3" est vraiment le top du top.

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  17. #13
    PaulHuxe

    Re : logiciels pour construire des molécules

    Pour quelque chose de général, Chemdraw est très bien aussi.
    Tu dessine ta molécule, tu cliques sur 3D optimisation. Et là tu l'envoies sur Rasmol.

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