au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

[inviteeaf0d456]

bon alors il n' y a plus personne quand il s'agit de reconnaître que les premiers cas détectés et analysés du variant Omicron l'ont été chez des gens vaccinés, qui plus est des diplomates en voyage, dont ni la durée du séjour ni le pays d'origine ne sont connus, ce qui rend quand même assez fumeuses toutes les théories à base de "c'est arrivé dans un pays faiblement vacciné" et tout ce qui s'ensuit?
Je trouve le bannissement et les mots employés très durs pour une information qui est finalement vraie mais qui ne plait pas. C'est l'inquisition ici ou un forum scientifique?
Vachement révélateur.
-----

[mh34]

1) comment avez-vous la certitude qu'il s'agit s'agit bien des premiers cas?
2)

des diplomates en voyage, dont ni la durée du séjour ni le pays d'origine ne sont connus,

vous plaisantez j'imagine?

3)

Je trouve le bannissement et les mots employés très durs pour une information qui est finalement vraie mais qui ne plait pas. C'est l'inquisition ici ou un forum scientifique?
Vachement révélateur.

12. Tout acte de modération est écrit en vert ; dans les autres cas les modérateurs s’expriment à titre personnel. Les critiques ou les commentaires sur les actes de modération doivent être effectués par messages privés.

Vous pouvez ne pas l'apprécier, mais le fait de poster sur ce forum implique le respect de la charte comme précisé ici ;

Nous insistons sur le fait que vous devez respecter les règles détaillées ci-dessous. Lors de votre phase d'inscription, si vous êtes d'accord avec les règles, veuillez cocher la case « J'ai lu les règles du Forum FS Generation et j'accepte de les respecter.

[Flyingbike]

bon alors il n' y a plus personne quand il s'agit de reconnaître que les premiers cas détectés et analysés du variant Omicron l'ont été chez des gens vaccinés, qui plus est des diplomates en voyage, dont ni la durée du séjour ni le pays d'origine ne sont connus, ce qui rend quand même assez fumeuses toutes les théories à base de "c'est arrivé dans un pays faiblement vacciné" et tout ce qui s'ensuit?
Je trouve le bannissement et les mots employés très durs pour une information qui est finalement vraie mais qui ne plait pas. C'est l'inquisition ici ou un forum scientifique?
Vachement révélateur.

Vous avez saisi la nuance entre "premiers cas detectés" et "apparition du virus" ??

Personne ne peut dire que le variant est issu d'une mutation chez un vacciné. Et s'il a été détecté chez un vacciné en premier, ça n'aJAMAIS voulu dire qu'il était apparu chez cette personne.


Au sujet de la sanction, comme cela a été dit vous n'avez pas à en discuter ici, et de toute façon vous ne connaissez pas le contexte et les antécédents du bonhomme.

[MissJenny]

On peut arguer que puisque pour passer une frontière ou prendre l'avion il faut un test covid, il est normal que les voyageurs soient plus souvent trouvés porteurs du virus que les autres.

Mais pour détecter un nouveau variant il faut séquencer le prélèvement et ça personne ne connaît les critères qui font que tel prélèvement est séquencé. Ces critères doivent varier selon les pays. En France par exemple on séquence beaucoup moins qu'au Royaume-Uni, ce qui implique que si un nouveau variant apparaît en Europe et s'y répand discrètement, il y a plus de chances qu'il soit identifié au Royaume-Uni plutôt qu'en France.

[MissJenny]

annulé (couillonnade)

[inviteca0583eb]

Les premières études semblent indiquer que l'avantage que possède l'omicron est dû au fait qu'il multiplie la charge virale au niveau des voies respiratoires (et des muqueuses), ce qui lui permet d'être transmis plus tôt et en plus grande quantité par un hôte infectieux, et de contourner plus facilement les défenses immunitaires d'un contact immunisé par une infection antérieure (ou par le vaccin).

C'est finalement assez logique.
Je me demande d'ailleurs si une nouvelle mutation favorable pourrait être la production (faire produire par les cellules en fait) par le virus d'un agent protéique qui augmenterait l'éternuement (peut-être en s'attaquant directement aux cellules nerveuses de la muqueuse impliquées dans l'éternuement)
Lorsqu'on parle du virus on se focalise beaucoup sur les mutations en rapport avec sa structure (protéines spike) mais ce virus peut produire j'imagine d'autres protéines non spécifiquement en rapport avec sa multiplication.

[agitateur]

Oui enfin là, c'est pas juste une petite mutation ou même une pile de mutation successives.
Tu parles de "créer" une nouvelle protéine à effet irritant ( ou autre effet nocif ), c'est d'une autre dimension ! Statistiquement, il faut se méfier du 0.000000% de chance, car zéro c'est vraiment peu....mais quand même, c'est une hypothèse dont la faisabilité se situe très très loin après la virgule, et en ordre de grandeur à côté c'est considérablement moins que le passage bat vers homme ( par exemple ).
Ce serait sans doute plus accessible ( ou moins fortement improbable ) en recombinant que par le jeux des mutations, d'ailleurs.

[inviteca0583eb]

Oui enfin là, c'est pas juste une petite mutation ou même une pile de mutation successives.
Tu parles de "créer" une nouvelle protéine à effet irritant ( ou autre effet nocif ), c'est d'une autre dimension !

Oui je sais et j'ai bien conscience que ce code génétique doit déjà quasiment exister (ou peut-être déjà exister)
Et justement je me demandais quelles autres protéines (non en rapporte avec sa multiplication) produisait le virus (on n'en parle jamais c'est pour ça aussi que je l'évoque).
Après si ça se trouve ça peut aussi être des mutations sur la protéine Spike qui permettrait d'attaquer (également ?) certaines cellules nerveuses de la muqueuse (faisant alors éternuer)

[polo974]

J'ai une autre question:
Dans quelles proportion, une infection par le Omicron protège contre les variants anterieurs?

Ça doit être une question que beaucoup de monde se pose vu les implications que cela induit.

[yves95210]

J'ai une autre question:
Dans quelles proportion, une infection par le Omicron protège contre les variants anterieurs?

Ça doit être une question que beaucoup de monde se pose vu les implications que cela induit.

Je pense que pour le moment on n'en n'a pas la moindre idée : les premières études (en population réelle ou in-vitro (ou ex-vivo)) citées dans l'autre fil ne donnent que des estimations de la réduction du risque d'infection par l'Omicron suite à une infection par un variant antérieur, ou suite à la vaccination.

[agitateur]

Et justement je me demandais quelles autres protéines (non en rapporte avec sa multiplication) produisait le virus (on n'en parle jamais c'est pour ça aussi que je l'évoque).
Après si ça se trouve ça peut aussi être des mutations sur la protéine Spike qui permettrait d'attaquer (également ?) certaines cellules nerveuses de la muqueuse (faisant alors éternuer)

Il code pour reproduire son matos génétique, mais aussi par la force des choses les protéines de structures sans lesquelles les nouveaux virions n'existeraient pas.
http://virologie.free.fr/documents/v...onaviridae.htm

Pour ce qui est des effets induits par une "attaque" des cellules cibles, effectivement, ça conduit à leur destruction in fine avec une forte charge virale. Que les tissus cibles concernés soient altérés et que ça conduise à de la taux, irritation, c'est un corollaire attendu ( pas besoin d'une proteine active en plus )

[inviteca0583eb]

Que les tissus cibles concernés soient altérés et que ça conduise à de la taux, irritation, c'est un corollaire attendu ( pas besoin d'une proteine active en plus )

Peut-être mais je ne sais pas si on connais toutes les protéines codées par ce virus.

Sinon effectivement il n'est peut-être pas obligé de faire appel à une protéine supplémentaire si on admet que l'attachement de la capside via les protéines spikes peut conduire à une irritation.
De ce point de vue là justement on peut peut-être penser qu'un virion qui n'irait pas détruire la cellule nerveuse mais juste s'y attacher serait plus efficace.
C'est un peu ce genre de mécanisme que j'essaie d'entrevoir.
Est ce qu'il pourrait y avoir une mutation qui empêcherait la décapsulation du virion dans la cellule spécifiquement dans les cellules nerveuses tout en gardant la capacité à s'y attacher ?

[Bounoume]

Oui je sais et j'ai bien conscience que ce code génétique doit déjà quasiment exister (ou peut-être déjà exister)
Et justement je me demandais quelles autres protéines (non en rapporte avec sa multiplication) produisait le virus (on n'en parle jamais c'est pour ça aussi que je l'évoque).
Après si ça se trouve ça peut aussi être des mutations sur la protéine Spike qui permettrait d'attaquer (également ?) certaines cellules nerveuses de la muqueuse (faisant alors éternuer)

https://scholar.google.fr/scholar?hl...eceptors&btnG=
ceci, un exemple de coronavirus non humain
https://www.nature.com/articles/s41598-018-25640-0
je ne retrouve pas une référence qui décrit la suite ses protéines codées par son ARN .....

tu peux probablement trouver la réponse avec d' autres requêtes à google scholar.....
de mémoire, effectivement la majeure partie de l' ARN code pour des protéines très diverses.... autres que la méchante spike et les protéines d' enveloppe .......

[Bounoume]

trouvé par exemple
https://www.researchgate.net/profile...-Sequences.pdf
et
https://www.sciencedirect.com/scienc...52014421000492
et (le vieux sars-cov... quand même intéressant...)
https://www.sciencedirect.com/scienc...66354206001586
et, conseillé par les 'vieux' du Forum si tu n' aimes pas lire en anglais....
https://www.deepl.com/translator

edit..... doublé.... tout est déjà dans l' article cité au dessus
http://virologie.free.fr/documents/v...onaviridae.htm
j' ai causé ici pour ne rien dire...

[LouisBer]

On entend tous et n'importe quoi au sujet de ce variant, je ne suis pas à ce jour quoi en penser!
Il s'avère moins dangereux mais beaucoup plus virulent, ce qui suscite beaucoup d’inquiétude...

Bref,
Joyeux Noël ! faites attention à vous tous.

[MissJenny]

Il s'avère moins dangereux mais beaucoup plus virulent, ce qui suscite beaucoup d’inquiétude...

virulent signifie dangereux. Tu voulais sans-doute dire beaucoup plus transmissible.

[Amanuensis]

Bonjour,

Sur la base de https://www.theguardian.com/world/20...ance-zoe-study, et d'autres sources, il me semble qu'on peut imaginer un scénario très positif, et peut-être considérera-t-on Omicron comme un joli cadeau de Noël.

De jour en jour il se confirme que Omicron est bénin, résultant en une infection comparable à un "bête" rhume (même si cela n'exclut pas, comme les rhumes et les grippes, des cas de complication, par comorbidité, surinfection et autres).

Si (et c'est un grand "si") Omicron "vaccine" contre les variants précédents (en particulier Delta), cela pourrait signer la fin de la pandémie à moyen terme.

Le scénario est alors une énorme "pandémie" de rhumes, qui va affoler les gouvernements (et les populations), mais avec en même temps une chute des infections par Delta et des cas graves, jusqu'à ce que l'immunité donnée par Omicron soit généralisée. Le (ex-SARS)-Cov-2 aura rejoint ses collègues coronavirus endémiques à l'origine d'une partie de nos "rhumes".

L'article indique même le mécanisme à l'oeuvre :

"there was evidence that the virus was changing the way it behaved, in terms of cells that it infected, leading to changing symptoms."

(En fait pas "the virus", mais la nouvelle souche... La souche Delta ne changera pas de comportement !)

“It appears to be shifting towards a virus that infects higher up in the respiratory tract and is therefore adapting to be more transmissible partly because it is changing the cell types it infects,”

Si cela rend l'infection plus transmissible, on peut aussi faire l'hypothèse que l'infection des voies respiratoires supérieures permet à l'organisme de mettre en oeuvre les défenses immunitaires ("un rhume dure une semaine") et ainsi protéger les voies respiratoires inférieures (et donc limiter les cas graves).

J'ai lu dans le temps qu'une épidémie vers les 1890s aurait été assez similaire à la pandémie actuelles, et n'a duré que 3 ans (mais fait plusieurs millions de morts). Il n'est pas certain qu'il s'agissait d'un coronavirus (une autre possibilité est une grippe), mais que cela se soit arrêté en 3 ans sans vaccin, sans confinement, pourrait avoir résulté d'un même mécanisme.

Et cela a pu se passer pour bien d'autres coronavirus maintenant sources de rhumes. Peut-être est-ce là aussi une adaptation biologique de la lignée humaine : privilégier les variants très transmissibles et affectant les voies supérieures, bien armées pour une réponse immunitaire suffisamment rapide.

Bref, un scénario optimiste du point de vue médical ! (Même si cela va mettre les autorités dans une situation difficile, puisque 1- les chiffres d'infection vont exploser, 2- Les tests devront être adaptés, 3- la vaccination pourrait devenir moins utile que se prendre un rhume... (car l'immunité ne sera pas limitée à une réaction à la protéine S).

Avertissement : ne pas prendre cela comme un encouragement à ne pas utiliser les vaccins existants, car le Delta sévira quand même au moins un certain temps, et l'optimisme n'est pas la certitude !

[Poone]

Bonjour,

Sur la base de https://www.theguardian.com/world/20...ance-zoe-study, et d'autres sources, il me semble qu'on peut imaginer un scénario très positif, et peut-être considérera-t-on Omicron comme un joli cadeau de Noël.

De jour en jour il se confirme que Omicron est bénin, résultant en une infection comparable à un "bête" rhume (même si cela n'exclut pas, comme les rhumes et les grippes, des cas de complication, par comorbidité, surinfection et autres).

Si (et c'est un grand "si") Omicron "vaccine" contre les variants précédents (en particulier Delta), cela pourrait signer la fin de la pandémie à moyen terme.

Le scénario est alors une énorme "pandémie" de rhumes, qui va affoler les gouvernements (et les populations), mais avec en même temps une chute des infections par Delta et des cas graves, jusqu'à ce que l'immunité donnée par Omicron soit généralisée. Le (ex-SARS)-Cov-2 aura rejoint ses collègues coronavirus endémiques à l'origine d'une partie de nos "rhumes".

L'article indique même le mécanisme à l'oeuvre :

"there was evidence that the virus was changing the way it behaved, in terms of cells that it infected, leading to changing symptoms."

(En fait pas "the virus", mais la nouvelle souche... La souche Delta ne changera pas de comportement !)

“It appears to be shifting towards a virus that infects higher up in the respiratory tract and is therefore adapting to be more transmissible partly because it is changing the cell types it infects,”

Si cela rend l'infection plus transmissible, on peut aussi faire l'hypothèse que l'infection des voies respiratoires supérieures permet à l'organisme de mettre en oeuvre les défenses immunitaires ("un rhume dure une semaine") et ainsi protéger les voies respiratoires inférieures (et donc limiter les cas graves).

J'ai lu dans le temps qu'une épidémie vers les 1890s aurait été assez similaire à la pandémie actuelles, et n'a duré que 3 ans (mais fait plusieurs millions de morts). Il n'est pas certain qu'il s'agissait d'un coronavirus (une autre possibilité est une grippe), mais que cela se soit arrêté en 3 ans sans vaccin, sans confinement, pourrait avoir résulté d'un même mécanisme.

Et cela a pu se passer pour bien d'autres coronavirus maintenant sources de rhumes. Peut-être est-ce là aussi une adaptation biologique de la lignée humaine : privilégier les variants très transmissibles et affectant les voies supérieures, bien armées pour une réponse immunitaire suffisamment rapide.

Bref, un scénario optimiste du point de vue médical ! (Même si cela va mettre les autorités dans une situation difficile, puisque 1- les chiffres d'infection vont exploser, 2- Les tests devront être adaptés, 3- la vaccination pourrait devenir moins utile que se prendre un rhume... (car l'immunité ne sera pas limitée à une réaction à la protéine S).

Avertissement : ne pas prendre cela comme un encouragement à ne pas utiliser les vaccins existants, car le Delta sévira quand même au moins un certain temps, et l'optimisme n'est pas la certitude !

Hypothèse en effet sur la table qui corroborent les dires de certains scientifiques sur la normalisation de ce virus en un simple rhume en 3 ou 4 ans.
Un virologue suisse parle même que le masque augmenterait la durée de la pandémie.
Si on part sur cette hypothèse, on pourrait se demander si pour un vacciné ou un jeune il est pas en terme de santé publique plus intéressant de ne pas porter de masque pour faire circuler plus vite le virus.

[MissJenny]

Le scénario est alors une énorme "pandémie" de rhumes (...)

c'est un peu ce que tout le monde espère. Mais le risque avec un tel scenario c'est que le virus continue à évoluer et qu'un de ces quatre un nouveau variant, tout aussi transmissible mais plus virulent apparaisse. Et la probabilité d'apparition d'un tel variant est proportionnelle à la taille de la population de virus. C'est pourquoi à mon avis on n'a pas tellement intérêt à le laisser circuler à sa guise.

[Lil00]

Si on part sur cette hypothèse, on pourrait se demander si pour un vacciné ou un jeune il est pas en terme de santé publique plus intéressant de ne pas porter de masque pour faire circuler plus vite le virus.

Bonjour,
Mais tant qu'il reste assez de non vaccinés (ou non infectés guéris) à risque susceptibles de saturer les hôpitaux, il ne faut pas que ça circule trop vite. J'ai l'impression que ça circule aujourd'hui bien assez vite !

[inviteca0583eb]

Oui d'autant qu'il ne faut pas oublier que le variant delta est encore bien présent.

[LouisBer]

Oui mais en virologie ce terme peut refléter aussi l'activité virale, donc plus virulent ou peut virulent signifie plus actif ou peu actif !

Enfin, vivement la fin de tous ça ! On en a ras le bol.

[invite8da976cf]

Enfin, vivement la fin de tous ça ! On en a ras le bol.

Les laboratoires de virologie sont à pleine activité, comme les chinois, celui de Wuhan est, depuis sa création, exemplaire. (la France se trouve d'ailleurs honorée d'y être conceptrice ). Il y a fort à voir que celui-ci a besoin de moyens pour aboutir les luttes qu'il même contre les aléas de la nature... Afin d'efficacité, de soutien, connaissez-vous un site sur lequel il est possible de déposer une obole, à leur intension, pour activer "la fin de tout ça" ? Je te comprends : "on en a ras le bol", faut que ça aboutisse, maintenant. Donnons communément, sans précipitation, notre soutient financier aux laboratoires manipulant les virus, à la hauteur du "plus qu'à vivre" de chacun. Non? Ok, mais pourquoi non ?

[ann72]

Bonsoir !
Les variations semblent pour l'instant aller dans le sens d'un virus moins virulent et plus actif .
Les précédents variants peuvent ils revenir , comme la grippe qui est plus ou moins virulente chaque année , ou bien sporadiquement quelques cas ?

[gunthiern]

Bonsoir !
Les variations semblent pour l'instant aller dans le sens d'un virus moins virulent et plus actif .
Les précédents variants peuvent ils revenir , comme la grippe qui est plus ou moins virulente chaque année , ou bien sporadiquement quelques cas ?

C'est ce qui se dit, je pense que j'espère comme tout le monde que c'est ce qui va se produire.

[yves95210]

Si (et c'est un grand "si") Omicron "vaccine" contre les variants précédents (en particulier Delta), cela pourrait signer la fin de la pandémie à moyen terme.

Un premier élément de réponse, en provenance d'Afrique du Sud :

Omicron has been shown to be highly transmissible and have extensive evasion of neutralizing antibody immunity elicited by vaccination and previous SARS-CoV-2 infection. Omicron infections are rapidly expanding worldwide often in the face of high levels of Delta infections. Here we characterized developing immunity to Omicron and investigated whether neutralizing immunity elicited by Omicron also enhances neutralizing immunity of the Delta variant. We enrolled both previously vaccinated and unvaccinated individuals who were infected with SARS-CoV-2 in the Omicron infection wave in South Africa soon after symptom onset. We then measured their ability to neutralize both Omicron and Delta virus at enrollment versus a median of 14 days after enrollment. Neutralization of Omicron increased 14-fold over this time, showing a developing antibody response to the variant. Importantly, there was an enhancement of Delta virus neutralization, which increased 4.4-fold. The increase in Delta variant neutralization in individuals infected with Omicron may result in decreased ability of Delta to re-infect those individuals. Along with emerging data indicating that Omicron, at this time in the pandemic, is less pathogenic than Delta, such an outcome may have positive implications in terms of decreasing the Covid-19 burden of severe disease.

[inviteeaf0d456]

j'évoquais il y a quelques temps mes réserves au sujet de la 3è dose, apparemment les israeliens ont tenu le même raisonnement! (mais pour la 4è sachant qu'ils ont commencé plus tôt).
Il vaut peut-être mieux laisser Omicron circuler que de vacciner avec un vaccin trop éloigné de la souche du virus en circulation vu que celui-ci semble bien moins grave, et en plus Omicron agirait comme un "vaccin" contre les autres variants.
https://www.lesechos.fr/monde/afriqu...pendue-1375396

le grand nombre de personnes infectées par Omicron, attendu en Israël et dans le monde, peut augmenter considérablement le niveau d'immunité de l'ensemble de la population et aider à éradiquer Delta et certains autres variants. » Ainsi, en Israël notamment, Omicron pourrait devenir la cinquième et dernière vague, espèrent certains. La contagion de masse par une souche, apparemment moins grave, permettrait peut-être de parvenir à l'immunité collective tant attendue.

[yves95210]

j'évoquais il y a quelques temps mes réserves au sujet de la 3è dose, apparemment les israeliens ont tenu le même raisonnement! (mais pour la 4è sachant qu'ils ont commencé plus tôt).

Au sujet de la 3e dose, il n'y a pas photo : on sait à quel point la protection apportée par la vaccination initiale décline avec le temps. Et même si les données (en particulier britanniques, après les sud-africaines) commencent à confirmer que Omicron est moins dangereux, les autres variants (essentiellement Delta) circulent encore largement.

En particulier en France où l'incidence de Delta avait atteint un plateau (très élevé !) dans la première quinzaine de décembre, mais n'a pas vraiment baissé depuis. Aujourd'hui la très grande majorité des hospitalisations sont dues à des infections par le variant Delta et l'occupation des lits de réa en est déjà à la moitié de la valeur atteinte lors du pic de la première vague. Compte-tenu du nombre de cas, ce n'est que la vaccination (et le rappel) qui permet d'éviter que les hôpitaux soient débordés.

En revanche il n'y a encore aujourd'hui aucun élément justifiant une 4e dose, même en Israël où la campagne d'injection de la 3e dose a débuté plus tôt. Au mieux on commencera à avoir des données courant janvier sur l'éventuelle décroissance de la protection 3 mois après la 3e dose (40% des Israéliens l'avaient reçu début octobre).

[yves95210]

En particulier en France où l'incidence de Delta avait atteint un plateau (très élevé !) dans la première quinzaine de décembre, mais n'a pas vraiment baissé depuis. Aujourd'hui la très grande majorité des hospitalisations sont dues à des infections par le variant Delta et l'occupation des lits de réa en est déjà à la moitié de la valeur atteinte lors du pic de la première vague. Compte-tenu du nombre de cas, ce n'est que la vaccination (et le rappel) qui permet d'éviter que les hôpitaux soient débordés.

Pour illustrer cela, voici un graphique pour l'Ile de France, région où la vague d'Omicron est la plus précoce. Les admissions à l'hôpital jusqu'au 26/12 reflètent bien le nombre estimé de cas dus au variant Delta (possédant la mutation L452R) 6 jours avant l'admission (donc jusqu'au 20/12, date à laquelle Omicron représentait déjà 50% des nouveaux cas).
Jusque-là, Omicron semble n'avoir eu aucun impact sur les hospitalisations (mais attention : 75% des infectés ont moins de 40 ans, et n'ont donc qu'un faible risque d'être hospitalisés; le nombre de cas des >60 ans n'a commencé à augmenter significativement qu'une semaine après celui des <40 ans. Il faut encore attendre une semaine pour pouvoir estimer le rapport entre les nombres de cas graves causés par les deux variants).

[Nicophil]

En revanche il n'y a encore aujourd'hui aucun élément justifiant une 4e dose, même en Israël où la campagne d'injection de la 3e dose a débuté plus tôt. Au mieux on commencera à avoir des données courant janvier

La 3e dose ayant été massivement mise en oeuvre en Israël dès août, il y a déjà largement des données...