au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?
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au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?



  1. #1
    yves95210

    au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?


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    Bonjour,

    Je signale un article intéressant sur le site de Nature : "Beyond Omicron: what’s next for COVID’s viral evolution". L'article, s'appuyant sur les travaux de spécialistes de la biologie évolutive, sur la connaissance de l'évolution d'autres virus à ARN (coronavirus endémiques, grippe) et sur celle des évolutions du SARS-CoV-2 depuis son émergence, explore les différents scénarios possibles.

    C'est bien trop long pour que j'en poste une traduction, mais si vous ne lisez pas l'anglais, le traducteur en ligne Deepl fait en général du bon boulot. Voici juste la traduction du début de l'article, histoire de vous motiver à lire la suite :

    Alors que le monde se dirigeait vers une pandémie au début de 2020, le biologiste de l'évolution Jesse Bloom s'est penché sur l'avenir du SRAS-CoV-2. Comme de nombreux spécialistes des virus à l'époque, il a prédit que le nouvel agent pathogène ne serait pas éradiqué. Il deviendrait plutôt endémique - le cinquième coronavirus à s'établir de façon permanente chez l'homme, aux côtés de quatre coronavirus "saisonniers" qui provoquent des rhumes relativement bénins et circulent chez l'homme depuis des décennies ou plus.

    M. Bloom, qui est basé au Fred Hutchinson Cancer Research Center de Seattle, dans l'État de Washington, a estimé que ces coronavirus saisonniers pouvaient fournir une feuille de route pour l'évolution du SRAS-CoV-2 et l'avenir de la pandémie. Mais on sait peu de choses sur la façon dont ces autres virus continuent de se développer. L'un des exemples les mieux étudiés - un coronavirus saisonnier appelé 229E - infecte les gens à plusieurs reprises au cours de leur vie. Mais on ne sait pas si ces réinfections sont le résultat de l'affaiblissement des réponses immunitaires de leurs hôtes humains ou si des modifications du virus l'aident à échapper à l'immunité. Pour le savoir, Bloom s'est procuré des échantillons de sang vieux de plusieurs dizaines d'années provenant de personnes probablement exposées au 229E, et a recherché des anticorps contre différentes versions du virus remontant aux années 1980.

    Les résultats ont été frappants. Les échantillons de sang des années 1980 contenaient des niveaux élevés d'anticorps bloquant l'infection contre une version de 1984 du 229E. Mais ils avaient une capacité bien moindre à neutraliser une version des années 1990 du virus. Ils étaient encore moins efficaces contre les variantes de 229E des années 2000 et 2010. Il en allait de même pour les échantillons de sang des années 1990 : les personnes étaient immunisées contre les virus du passé récent, mais pas contre ceux du futur, ce qui suggère que le virus évoluait pour échapper à l'immunité.

    "Maintenant que nous avons eu presque deux ans pour voir comment le SRAS-CoV-2 évolue, je pense qu'il y a des parallèles évidents avec le 229E", dit Bloom. Des variantes telles que Omicron et Delta portent des mutations qui émoussent la puissance des anticorps produits contre les anciennes versions du SRAS-CoV-2. Et les forces à l'origine de ce "changement antigénique" risquent de se renforcer à mesure que la majeure partie de la planète s'immunise contre le virus par l'infection, la vaccination ou les deux. Les chercheurs se pressent pour caractériser la variante Omicron hautement mutée. Mais sa progression rapide en Afrique du Sud suggère qu'il a déjà trouvé un moyen d'échapper à l'immunité humaine.

    L'évolution du SRAS-CoV-2 au cours des prochains mois et des prochaines années déterminera la fin de cette crise mondiale, à savoir si le virus se transforme en un autre rhume ordinaire ou en quelque chose de plus menaçant comme la grippe ou pire encore. La campagne de vaccination mondiale, qui a permis de délivrer près de 8 milliards de doses, modifie le paysage évolutif, et on ne sait pas comment le virus va relever ce défi. Entre-temps, alors que certains pays lèvent les restrictions visant à contrôler la propagation du virus, les possibilités pour le SRAS-CoV-2 de faire des bonds évolutifs importants augmentent.


    Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)

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  2. #2
    Gwinver

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Bonsoir.

    En clair, et comme on peut commencer à s'en douter au fil des variants et des vagues, il ya une assez forte probabilité que ce virus continue à être présent et qu'il faille vivre avec.
    Sa capacité de mutation est élevée et il pourrait nécessiter plusieurs vaccins annuels pour le combattre, contrairement à la grippe qui ne nécessite qu'un nouveau vaccin chaque année. De plus, il faudrait chaque année atteindre un taux élevé de vaccination, bien plus que pour la grippe.

  3. #3
    MissJenny

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Cet article est bien fait. Merci à Yves95210 de nous l'avoir signalé.

    des chercheurs français s'intéressent eux aussi aux variants : https://covid-ete.ouvaton.org/Rapport15.html

  4. #4
    Archi3

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gwinver Voir le message
    Bonsoir.

    En clair, et comme on peut commencer à s'en douter au fil des variants et des vagues, il ya une assez forte probabilité que ce virus continue à être présent et qu'il faille vivre avec.
    Sa capacité de mutation est élevée et il pourrait nécessiter plusieurs vaccins annuels pour le combattre, contrairement à la grippe qui ne nécessite qu'un nouveau vaccin chaque année. De plus, il faudrait chaque année atteindre un taux élevé de vaccination, bien plus que pour la grippe.
    en réalité le vaccin contre la grippe vaccine contre plusieurs souches.
    Il y a quand même un phénomène naturel qui fera baisser la pression sur les hôpitaux, c'est que malheureusement une fois que la population la plus sensible aura été largement "écrétée", le nombre de personnes susceptibles de décéder va baisser. Ca a d'ailleurs probablement déjà un impact en plus de celui de la vaccination.

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    MissJenny

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Archi3 Voir le message
    Il y a quand même un phénomène naturel qui fera baisser la pression sur les hôpitaux, c'est que malheureusement une fois que la population la plus sensible aura été largement "écrétée", le nombre de personnes susceptibles de décéder va baisser.
    malheureusement il y a sans cesse des personnes qui entrent dans la classe "à risque". Si par exemple tu la définis par un âge plus grand que 80 ans, il doit y avoir plusieurs dizaines de millions de personnes qui arrivent à cet âge chaque année (chaque année naissent environ cent cinquante millions d'humains).

  7. #6
    Gwinver

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Bonjour.

    Tout à fait, le mécanisme de "sélection naturelle" est à l'échelle de la génération, soit environ 30 ans.
    L'espoir serait du côté de la diminution de virulence (au sens gravité) des virus.

  8. #7
    Gyrocompas

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Bonjour,
    Les réflexions sur l'état d'une population quand elle est exposée à un risque ne doit pas faire oublier qu'une pandémie existe.
    Les efforts nationaux, même en étant très efficaces, peuvent être anéantis quand exposé à une nouvelle variation venue d'une zone moins armée pour y répondre.
    Remarquer le chacun pour soi qui s'installe dès que le risque grimpe, n'augure aucune amélioration dans les mois (optimiste) à venir.
    Seule bonne nouvelle, on s'approche de la fin de l'alphabet.

  9. #8
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gwinver Voir le message
    Bonsoir.

    En clair, et comme on peut commencer à s'en douter au fil des variants et des vagues, il ya une assez forte probabilité que ce virus continue à être présent et qu'il faille vivre avec.
    ça, c'est déjà une certitude...

    Sa capacité de mutation est élevée et il pourrait nécessiter plusieurs vaccins annuels pour le combattre, contrairement à la grippe qui ne nécessite qu'un nouveau vaccin chaque année. De plus, il faudrait chaque année atteindre un taux élevé de vaccination, bien plus que pour la grippe.
    ... mais là tu ne retiens qu'un des nombreux scénarios possibles (plus ou moins probables) qu'évoquent les spécialistes cités par l'article.

    On en saura peut-être plus à la fin de la vague de variant omicron (le premier à disposer d'une telle aptitude à contourner l'immunité acquise),
    - sur la capacité de l'immunité acquise grâce aux vaccins (non spécifiquement adaptés à ce variant) ou suite à une infection par un variant antérieur à éviter les cas graves,
    - sur la rapidité (qu'on espère moins grande qu'après le schéma vaccinal initial) avec laquelle l'immunité contre l'infection décline après le rappel,
    - sur la possibilité que des personnes infectées plusieurs fois (par des variants différents) ou vaccinées + infectées développent une meilleure protection immunitaire (face un panel plus important de mutations du virus) au moins contre le risque de Covid grave, ce qui pourrait progressivement nous rapprocher de la situation qu'on connaît avec les autres coronavirus endémiques,
    etc.

    D'autre part, je rappelle que les vaccins contre le (ou plutôt les) virus de la grippe, bien qu'adaptés chaque année, ne protègent qu'à 50-60%, alors qu'a priori (mais on en saura bientôt plus) l'efficacité des vaccins actuels contre le risque de Covid grave reste plus élevée même avec le variant omicron, bien qu'ils aient été conçus à partir du génome du virus qui circulait à Wuhan en janvier 2020.
    Et les données sud-africaine commencent à montrer que c'est aussi le cas de l'immunité acquise suite à une infection par un variant antérieur.

  10. #9
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gyrocompas Voir le message
    Seule bonne nouvelle, on s'approche de la fin de l'alphabet.
    L'OMS va devoir trouver une nouvelle nomenclature en 2022...

  11. #10
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gwinver Voir le message
    Tout à fait, le mécanisme de "sélection naturelle" est à l'échelle de la génération, soit environ 30 ans.
    L'espoir serait du côté de la diminution de virulence (au sens gravité) des virus.
    Ou du renforcement de la réponse immunitaire cellulaire chez les personnes qui auront été infectées plusieurs fois, par des variants portant des mutations différentes, ou vaccinées puis infectées. Cela ne les protégerait pas forcément mieux contre l'infection (comme dans le cas des coronavirus endémiques déjà connus), mais pourrait rendre leur système immunitaire plus apte à reconnaître de nouvelles formes de l'antigène(*) et à générer rapidement des anticorps permettant de contrôler l'infection et donc de réduire le risque d'aggravation.

    (*) Pas trop éloignées de celles qu'il a déjà rencontrées, donc relativement récentes. Cf. l'exemple du coronavirus 229E donné au début de l'article. Si on est réinfecté en moyenne tous les 2 ou 3 ans à l'occasion d'épidémies saisonnières, cela pourrait permettre à notre système immunitaire de rester suffisamment à jour vis-à-vis des évolutions du virus pour continuer de limiter le risque de cas grave indépendamment d'une diminution éventuelle de la virulence du virus.
    Après tout, malgré les évolutions des différentes souches du virus de la grippe (dont on connait les dégâts qu'elles ont pu provoquer lors de leur émergence), la grande majorité des personnes infectées ne tombent pas gravement malades.
    Et rien ne dit que, lors de leur émergence et avant de devenir endémiques, les coronavirus humains connus aujourd'hui pour ne causer que des "rhumes" relativement bénins, n'ont pas également provoqué des épidémies aussi graves que celle due au SARS-CoV-2.

  12. #11
    Gwinver

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Bon, voilà qui donne l'espoir d'une amélioration à moyen terme.
    Quelle pourrait être la durée pour un tel processus de "normalisation" permettant d'entrevoir une réduction du problème, 3 ans, 5 ans, 10 ans?

  13. #12
    agitateur

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gwinver Voir le message
    Quelle pourrait être la durée pour un tel processus de "normalisation" permettant d'entrevoir une réduction du problème, 3 ans, 5 ans, 10 ans?
    La réponse dans la boule de cristal n'est probablement pas que biologique, la normalisation supposant que chacun soit infecté plusieurs fois.
    Au plus "on" souhaite aplanir la courbe ( contamination, cas légers et graves, décés ) , plus chaque pays reste sous cloche avec des mesures plus ou moins dure, plus la "normalisation" sera retardée.
    Si on reprend demain, partout dans le monde, la vie d'avant avec des vaccins selon le libre arbitre de chacun, ça irait bcp plus vite....avec plus de dégats en cours de route.

  14. #13
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gwinver Voir le message
    Bon, voilà qui donne l'espoir d'une amélioration à moyen terme.
    Quelle pourrait être la durée pour un tel processus de "normalisation" permettant d'entrevoir une réduction du problème, 3 ans, 5 ans, 10 ans?
    Comme tu as pu le voir dans l'article les chercheurs sont encore dans l'expectative.

    Dans le meilleur des cas, l'omicron pourrait être proche de l'optimum de transmissibilité du virus tout en étant son premier variant aussi apte à contourner l'immunité acquise pour provoquer des réinfections ou des infections de vaccinés, en général sans (trop de) gravité, et en étant peut-être moins virulent(*) même chez des personnes non immunisées.
    Si l'évolution du virus a abouti à un variant dont rien ne semble pouvoir stopper la circulation, il n'y a pas de raison que, quand d'autres apparaitront, ils possèdent un avantage significatif autre que celui de pouvoir réinfecter des personnes déjà infectées par l'omicron; mais cela ne sera un avantage que dans les populations largement infectées par celui-ci et donc probablement bien protégées contre les cas graves.
    Une fois que l'omicron (ou ses descendants car il va forcément muter et d'autres variants pourront co-circuler avec lui, voire le remplacer dans les populations immunisées contre lui) aura infecté la grande majorité de la population mondiale, on sera arrivé au stade endémique : seules des mutations favorisant les réinfections et la baisse progressive de l'immunité contre l'infection pourront permettre au virus de continuer de circuler; mais à part chez les jeunes enfants (chez qui les cas graves sont extrêmement rares) il ne causera que des réinfections, probablement sans gravité à part chez les personnes au système immunitaire affaibli.

    Ce n'est qu'un des scénarios possibles. Et même dans ce scénario optimiste, comme agitateur l'a dit, la rapidité du processus conduisant à l'endémicité dépendra des mesures qui seront prises pour freiner la circulation de l'omicron - mesures qui s'avèreront plus ou moins nécessaires suivant la gravité des primo-infections causées par l'omicron et le taux d'immunité de la population (la gravité moyenne des réinfections ou infections de vaccinés étant de toute façon beaucoup plus faible). Mais en Afrique du Sud la progression de l'omicron semble déjà en train de ralentir, en particulier dans la province la première touchée, sans qu'aucune intervention n'ait été nécessaire.

    (*) Une étude ex-vivo (déjà citée dans la discussion sur l'omicron) montre que 24h après l'infection, Omicron se réplique ~70 fois plus vite que Delta dans les bronches mais ~10 fois moins efficacement dans le tissu pulmonaire. Cela pourrait à la fois expliquer sa transmissibilité élevée (la charge virale dans les bronches favorisant sa diffusion) et le fait qu'il cause moins de cas graves (pneumonies et leurs conséquences).

  15. #14
    JPL
    Responsable des forums

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par Gyrocompas Voir le message
    Seule bonne nouvelle, on s'approche de la fin de l'alphabet.
    Il y a encore la place pour 9 mutations majeures
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  16. #15
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Il y a encore la place pour 9 mutations majeures
    Ne sois pas si inquiet : sur les 13 variants nommés par l'OMS, seuls 5 ont mérité le qualificatif de "Variant of concern" (et avant l'Omicron seuls 2 ont réussi à se propager dans le monde entier), et parmi ceux qui ont été classés "Variant of interest" seuls 2 subsistent dans la liste, les 6 autres ont été rétrogradés au rang de "Variant under monitoring".
    Au total, en comptant l'Omicron, en deux ans de pandémie seulement 3 variants sur les 13 considérés comme méritant l'attention (ou 4 sur 14 si on compte celui qui a émergé en Europe en février 2020, le premier à posséder la mutation D614G qui le rendait plus transmissible que la souche de Wuhan) auront réussi à remplacer les précédents. En moyenne un tous les 6 mois.

    [Mode boule de cristal]
    A ce rythme les 9 lettres grecques encore disponibles pourraient suffire à nommer les variants au moins jusqu'à début 2023, et sur les 9 il pourrait n'y en avoir que 2 ou 3 de vraiment préoccupants (mais de moins en moins à mesure que la population sera de mieux en mieux immunisée).

    Si tout va bien l'épuisement de l'alphabet pourrait signer le retour à la normale, autrement dit une situation dans laquelle seul les virologues se préoccuperont des évolutions du virus, et le grand public (nous tous...) ne se préoccupera pas plus de son incidence (ni de quelques milliers de décès annuels en France ou quelques centaines de milliers dans le monde) que lors des épidémies saisonnières de grippe.
    [/Mode boule de cristal]

  17. #16
    JPL
    Responsable des forums

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Mais avec un futur variant oméga, ce serait la fin de tout
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  18. #17
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Mais avec un futur variant oméga, ce serait la fin de tout
    Ou la fin de la pandémie ?
    Sinon, comme l'OMS a pris l'habitude de zapper certaines lettres pour des raisons plus ou moins obscures (ou diplomatiques...), elle pourra en faire autant avec l'oméga, et il sera temps d'abandonner l'alphabet grec...

  19. #18
    JPL
    Responsable des forums

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Il y a les hiéroglyphes...
    Rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant - Pierre Dac

  20. #19
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par JPL Voir le message
    Il y a les hiéroglyphes...
    Va falloir apprendre à les prononcer (pas si simple, visiblement. On risque d'avoir des débats plus compliqués qu'entre omicron et omicronne)

  21. #20
    invite8da976cf

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Bonjour
    Citation Envoyé par yves95210 Voir le message
    Sinon, comme l'OMS a pris l'habitude de zapper certaines lettres pour des raisons plus ou moins obscures (ou diplomatiques...), elle pourra en faire autant avec l'oméga, et il sera temps d'abandonner l'alphabet grec...
    L'alphabet grec a le mérite d'être l'alphabet grec. Et quel rapport entre l'alphabet et le centre du fil, qui a rapport à l'évolution virale du sars-cov-2 ?
    Si le virus attend, pour évoluer, sa mise en adéquation avec notre culture grecque, il est très patient, et c'est plutôt bonne nouvelle.
    Ou peut-ëtre est-il susceptible, et il va nous péter à la gueule, pendant qu'on se fait plaisir à le nommer.

  22. #21
    thich38

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    La campagne de vaccination mondiale, qui a permis de délivrer près de 8 milliards de doses, modifie le paysage évolutif, et on ne sait pas comment le virus va relever ce défi.
    cette phrase me penser qu'on va peut-être enfin prendre au sérieux les avertissements de Geert Vanden Bossche qui ont été pourtant sévèrement balayés par certains.
    Je rappelle un extrait de sa lettre à l'OMS ici:
    At some point, in a likely very near future, it’s going to become more profitable (in term of ‘return on selection investment’) for the virus to just add another few mutations (maybe just one or two) to the S protein of viral variants (already endowed with multiple mutations enhancing infectiousness) in an attempt to further strengthen its binding to the receptor (ACE-2) expressed on the surface of permissive epithelial cells. This will now allow the new variant to outcompete vaccinal Abs for binding to the ACE receptor. This is to say that at this stage, it would only take very few additional targeted mutations within the viral receptor-binding domain to fully resist S-specific ant-Covid-19 Abs, regardless whether the later are elicited by the vaccine or by natural infection. At that stage, the virus will, indeed, have managed to gain access to a huge reservoir of subjects who have now become highly susceptible to disease as their S-specific Abs have now become useless in terms of protection but still manage to provide for long-lived suppression of their innate immunity (i.e., natural infection, and especially vaccination, elicit relatively long-lived specif Ab titers). The susceptible reservoir comprises both, vaccinated people and those who’re left with sufficient S-specif Abs due to previous Covid-19 disease). So, MISSION ACCOMPLISHED for Covid-19 but a DISASTROUS SITUATION for all vaccinated subjects and Covid-19 seropositive people as they’ve now lost both, their acquired and innate immune defense against Covid-19 (while highly infectious strains are circulating!). That’s ‘one small step for the virus, one giant catastrophe for mankind’, which is to say that we’ll have whipped up the virus in the younger population up to a level that it now takes litle effort for Covid-19 to transform into a highly infectious virus that completely ignores both the innate arm of our immune system as well as the adaptive/acquired one (regardless of whether the acquired Abs resulted from vaccination or natural infection). The effort for the virus is now becoming even more negligible given that many vaccine recipients are now exposed to highly infectious viral variants while having received only a single shot of the vaccine. Hence, they are endowed with Abs that have not yet acquired optimal functionality. There is no need to explain that this is just going to further enhance immune escape. Basically, we’ll very soon be confronted with a super-infectious virus that completely resists our most precious defense mechanism: The human immune system.
    https://uploads-ssl.webflow.com/6160...pen-letter.pdf

  23. #22
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par pinard-bio Voir le message
    L'alphabet grec a le mérite d'être l'alphabet grec.
    ?

    Et quel rapport entre l'alphabet et le centre du fil, qui a rapport à l'évolution virale du sars-cov-2 ?
    Plaisanterie mise à part, le fait qu'en deux ans on n'a vu que 6 "VOC" émerger (en comptant le variant européen de début 2020, qui n'a pas eu droit à une lettre grecque), dont seulement 3 se sont propagés mondialement au point de supplanter leurs prédécesseurs.

    Si le virus attend, pour évoluer, sa mise en adéquation avec notre culture grecque, il est très patient, et c'est plutôt bonne nouvelle.
    Evidemment ça ne permet pas de faire une prédiction. Mais ça relativise un peu le risque de voir une nouvelle vague irrépressible déferler.

    Et il y a une certaine logique : lors de l'émergence d'un variant capable de remplacer le(s) précédent(s), les vagues épidémiques qu'il cause durent plusieurs mois dans chaque pays, et démarrent aussi avec plusieurs mois de décalage entre les régions du monde.
    Avant que ces vagues retombent (grâce à l'immunité, combinée aux mesures "non pharmaceutiques", aux comportements de la population et aux effets saisonniers, facteurs dont dépend le seuil (provisoire) à partir duquel l'immunité collective permet de faire redescendre la vague), même si un nouveau variant dangereux émerge, il va éventuellement co-circuler avec le précédent, mais probablement pas prendre le dessus.
    Ou seulement localement (dans un pays ou une région du monde), à cause de caractéristiques particulières de sa population (par ex. les variants beta et gamma qui se sont répandus dans des pays fortement touchés par la première vague grâce à leur capacité à contourner l'immunité, mais n'ont pas réussi à s'implanter en Europe, dont la population était moins immunisée fin 2020 et où la transmissibilité du variant alpha lui donnait un avantage par rapport à eux).

    Compte-tenu des avantages que l'omicron semble posséder à la fois en termes de transmissibilité et de capacité à contourner l'immunité contre l'infection, il est probable qu'il remplace progressivement le delta dans le monde entier, de même que celui-ci avait remplacé l'alpha (et dans les pays où ils circulaient, le beta et le gamma), et qu'il ne soit pas lui-même remplacé par un nouveau variant avant le printemps - et ce variant aura plus de boulot, au moins dans l'hémisphère nord, puisque de manière générale les beaux jours diminuent les risques de transmission du virus (les épidémiologistes estiment que son Ro est 30% plus faible en été qu'en hiver, du moins dans les pays au climat tempéré).

    Les premières études semblent indiquer que l'avantage que possède l'omicron est dû au fait qu'il multiplie la charge virale au niveau des voies respiratoires (et des muqueuses), ce qui lui permet d'être transmis plus tôt et en plus grande quantité par un hôte infectieux, et de contourner plus facilement les défenses immunitaires d'un contact immunisé par une infection antérieure (ou par le vaccin). En effet les anticorps produits par le système immunitaire des muqueuses lors de cette infection sont ceux qui disparaissent le plus rapidement (normal, c'est le SI des muqueuses des voies respiratoires supérieure qui a le plus de boulot pour faire face à de nouveaux antigènes, et il ne peut pas se permettre de conserver des anticorps spécifiques trop longtemps : faut faire de la place aux petits nouveaux).
    Mais ces études semblent aussi indiquer que l'omicron se réplique nettement moins dans les poumons, ce qui peut expliquer le fait qu'il cause apparemment moins de cas graves.

    Si tout cela se confirme, cela voudrait dire que le compromis qu'a trouvé le virus pour atteindre la meilleure efficacité possible en termes de propagation (dans une population mondiale qui n'est plus naïve) se fait au détriment de sa dangerosité pour la santé des personnes qu'il infecte (par chance, car une moindre virulence n'est pas forcément un avantage pour un virus qui se transmet très tôt, avant que son hôte ait des symptômes). Et il pourra toujours compter sur le fait que l'immunité humorale (anticorps) décline avec le temps, et encore plus rapidement celle des voies respiratoire supérieures, lui permettant de réinfecter périodiquement les mêmes hôtes sans avoir besoin d'évoluer de manière spectaculaire.
    Il est donc possible que l'omicron soit la première étape de l'évolution du virus vers un cousin des coronavirus humains endémiques, peut-être pas plus dangereux qu'eux lors des réinfections qu'il provoquera (et quand tout le monde aura déjà rencontré le virus, il n'y aura plus que des réinfections, à part chez les jeunes enfants).

    Bien sûr il ne s'agit que d'un des scénarios possibles et il faudra attendre quelques semaines à quelques mois pour avoir la confirmation des hypothèses sur lesquelles il repose. Mais en attendant, tout en restant prudents face à la propagation de l'omicron (qui fera de toute façon des dégâts), un peu d'optimisme ne peut pas faire de mal, en contrepoint du climat anxiogène que certains continuent d'entretenir.

    Ou peut-ëtre est-il susceptible, et il va nous péter à la gueule, pendant qu'on se fait plaisir à le nommer.
    Ah, la psychologie des virus

  24. #23
    polo974

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Thitch38,
    Rappelles-nous pour rire où sont apparus le delta et l'omicron...

    Et ensuite, plutôt que recopier/recoller (encore) le blabla de Bossche, montre nous où/comment ça pourrait coller avec les faits...
    Jusqu'ici tout va bien...

  25. #24
    Bounoume

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    facile de le montrer: par des affirmations fausses et inventées par des farfelus:
    À ce stade, le virus aura en effet réussi à avoir accès à un énorme réservoir de sujets qui sont maintenant très sensibles à la maladie, car leurs anticorps spécifiques S sont devenus inutiles en termes de protection, mais parviennent encore à supprimer durablement leur immunité innée (c'est-à-dire que l'infection naturelle, et surtout la vaccination, provoquent des titres d'anticorps spécifiques relativement durables).
    ..../.... extrait de l' article de Geert Vanden Bossche.....
    Traduit avec www.DeepL.com/Translator (version gratuite)
    Dernière modification par Bounoume ; 19/12/2021 à 11h44.
    rien ne sert de penser, il faut réfléchir avant.... (Pierre Dac...)

  26. #25
    thich38

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Rappelles-nous pour rire où sont apparus le delta et l'omicron...
    Pour Omicron, chez des sujets vaccinés...

  27. #26
    Archi3

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par thich38 Voir le message
    Pour Omicron, chez des sujets vaccinés...
    comment tu sais ça ?

  28. #27
    yves95210

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par thich38 Voir le message
    Pour Omicron, chez des sujets vaccinés...
    Ah bon... Faudrait arrêter de raconter des co...ries :
    Date estimée d'émergence de l'omicron, au plus tard en septembre 2021.
    Lieu probable, Afrique australe.
    Taux de vaccination du pays le plus vacciné de la région (Afrique du Sud) au 1er septembre, ou de celui où le premier cas a été détecté (Botswana), <10%.

  29. #28
    Flyingbike
    Modérateur*

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    @tous sauf thich38 : ne pas hésiter à signaler ce genre de conneries, surtout chez un récidiviste. On ne laisse PAS passer les fake news et les affirmations non etayées ici.

    EDIT : vu, merci. J'avais agi avant de voir. Nous avons 1 mois de vacances
    Dernière modification par Flyingbike ; 20/12/2021 à 09h10.
    La vie trouve toujours un chemin

  30. #29
    mh34
    Responsable des forums

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Citation Envoyé par thich38 Voir le message
    Pour Omicron, chez des sujets vaccinés...
    Non : une hypothèse qui parait solide est qu'il s'est développé chez des immuno-déprimés, ou/et porteurs du HIV, ces derniers étant particulièrement nombreux en AS. Donc à priori rien à voir avec la vaccination.
    Deux articles sur le omicron ;
    https://www.vidal.fr/actualites/2832...en-marche.html
    ( ok, un peu technique)
    https://www.vidal.fr/actualites/2838...pour-noel.html
    (un peu moins technique)

  31. #30
    inviteeaf0d456

    Re : au-delà d'Omicron : quelle peut être la prochaine étape de l'évolution virale du SARS-CoV-2 ?

    Une recherche rapide suffit à confirmer que l'on parlerait de diplomates effectivement vaccinés de passage au Botswana,

    That’s because Botswana’s government said Friday that the four B.1.1.529 cases reported last week actually originated with fully vaccinated diplomats who visited from elsewhere.
    https://africatimes.com/2021/11/28/b...ut-from-where/
    http://www.news.cn/english/2021-11/26/c_1310333106.htm
    http://www.china.org.cn/world/Off_th...t_77893730.htm

    the new variant has been detected in vaccinated people, Kereng Masupu, coordinator of the Presidential Covid-19 Task Force, said in statement.
    https://www.bloomberg.com/news/artic...n-south-africa

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