Omicron et SARS-CoV-2

[Nickelange]

Bonjour,

Désolé par avance pour cette question peut-être teintée de complotisme, mais ce n'est pas du tout mon but.
J'aimerais simplement savoir comment on peut être certain que le variant Omicron est bien le produit de mutations du SARS-Cov-2 et qu'il ne s'agit pas un lointain cousin, qui serait passé totalement inaperçu sans cette intense scrutation.
Il y a des marqueurs spécifiques, des gènes constants, qui permettent de dire "C'est un SARS-Cov-2" ? Jusqu'où peut-il être différent et garder ce nom?

Olivier
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[MissJenny]

vu la vitesse à laquelle ce variant se propage, il n'est certainement pas un virus préexistant et resté inaperçu.

mais la question générale (comment décider qu'un virus mérite un nom d'espèce ou bien seulement un nom de variant) n'est pas simple. Il y a de nombreuses années avec des collègues on avait pensé identifier un nouvel organisme et commencé à réfléchir à un nom d'espèce, mais on nous a dit que non, il n'était pas assez différent d'un autre connu. Puis quelques années après le groupe a été mieux connu et notre organisme a gangné son statut d'espèce et un nom (que nous n'avons pas pu choisir...)

[polo974]

Le omicron comporte 62 mutations par rapport au modèle initial.
Le delta en compte 18.

Il n'y a qu'un rapport 3.4 entre les deux.
Mais ils ne viennent pas de la même lignée, ce qui montre aussi que d'anciens variants peuvent ressortir après un lifting assez long.


Mots clés pour une recherche: Arbre SARS-CoV-2 phylogénétique

[Amanuensis]

mais la question générale (comment décider qu'un virus mérite un nom d'espèce ou bien seulement un nom de variant) n'est pas simple.

A rapprocher des cas de "tyranny of the discontinuous mind". La notion d'espèce n'est pas "scientifique", et amène nécessairement de belles zones de flou et donc de l'arbitraire si on bataille pour l'appliquer.

Mais du coup c'est intéressant comme source de discussion, de débat, etc, comme tout les cas d'application de la philosophie nominaliste : tout le monde peut avoir raison et la satisfaction d'apporter de bons arguments !

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Un point intéressant est que le nom inclut l'idée de "SARS"...

[A voir en vidéo sur Futura]

[trebor]

Bonjour à tous,
Y a-t-il un test rapide pour savoir si on est malade d'Omicron et non du Delta ?
Ou seul un laboratoire d'analyse peut le déterminer.

[MissJenny]

A ma connaissance il n'y a que le séquençage du gène de la protéine S (ou d'une partie de ce gène) qui permet d'identifier le variant omicron. Ni le test antigénique ni la PCR ne le permettent. Donc ça ne peut être fait qu'au laboratoire.

[yves95210]

A ma connaissance il n'y a que le séquençage du gène de la protéine S (ou d'une partie de ce gène) qui permet d'identifier le variant omicron. Ni le test antigénique ni la PCR ne le permettent. Donc ça ne peut être fait qu'au laboratoire.

Les PCR de criblage utilisés en France permettent de qualifier un cas comme étant possiblement/probablement dû à Omicron, quand ils sont négatifs pour la mutation L452R (que possède le Delta).
Ce n'est pas du 100% puisque d'autres variants présentent cette caractéristique. Mais ces variants représentaient tout au plus 2 à 3% des cas avant l'émergence de l'Omicron, alors qu'aujourd'hui 20 à 30% des cas en France (et plus de 50% à Paris) sont dus à Omicron. Si le criblage révèle une absence de la mutation L452R, il est donc maintenant très probable (~90%) qu'on ait affaire à Omicron.
Mais cela ne permet évidemment pas d'établir un diagnostic ni de présager l'évolution de la maladie (ni même de savoir si on sera mieux ou moins bien immunisé par la suite...). Cela n'a d'intérêt que d'un point de vue épidémiologique.

[Flyingbike]

A ma connaissance il n'y a que le séquençage du gène de la protéine S (ou d'une partie de ce gène) qui permet d'identifier le variant omicron. Ni le test antigénique ni la PCR ne le permettent. Donc ça ne peut être fait qu'au laboratoire.

les par multiplex orientent et la dernière actualisation devrait amener a détecter omicron spécifiquement (et les variants enfants)

https://solidarites-sante.gouv.fr/IM...e_criblage.pdf

[JPL]

J’ai une question : les tests antigéniques actuels, tels que les autotests, détectent-ils une infection avec omicron ?

[Gephil47]

Excellente émission ce matin sur France Inter avec les Pr Dominique Costagliola et Robert Cohen sur la situation en cette fin 2021.

https://www.franceinter.fr/emissions...-decembre-2021

[trebor]

J’ai une question : les tests antigéniques actuels, tels que les autotests, détectent-ils une infection avec omicron ?

Bonjour à tous,
Car je me pose la même question.
Est-ce le Delta ou Omicron si ce test antigénique peut le mettre en évidence ?

[Flyingbike]

Des infos ici : https://www.has-sante.fr/upload/docs...eniques_vd.pdf


Techniquement, ce test détecte un antigène particulier, généralement NP

Comme on suppose que le design du test utilise des anticorps polyclonaux, ils détectent les variants, dans une certaine mesure.
On pourrait très bien, avec des mutations 'bien" placées, avoir une diminution de sensibilité allant jusqu'a une perte.

En l'occurence, si omicron passait au travers, on le saurait déjà

[Nickelange]

Mais au final, qu'est ce qui permet de dire qu'Omicron est bien un coronavirus SARS-Cov-2 et pas un bête coronavirus de rhume?

[MissJenny]

d'une part il est très proche du virus SARS-CoV 2 initial, d'autre part si c'était un virus du rhume on le connaîtrait. Tu sembles ignorer que les virus du rhume sont étudiés et suivis depuis longtemps.

[Nicophil]

Pas si longtemps que ça...

[inviteca0583eb]

Mais au final, qu'est ce qui permet de dire qu'Omicron est bien un coronavirus SARS-Cov-2 et pas un bête coronavirus de rhume?

Parce-qu'il a été séquencé non ?

Comment l’a-t-on identifié?
Par séquençage génomique des souches. Actuellement (au 1er décembre 2021), plus de 260 séquences du variant ont été rendues publiques, et ce chiffre augmente exponentiellement au fil des jours. Ces séquences permettent de cartographier les mutations du virus, de géolocaliser sa transmission et d’en comprendre la dynamique évolutive ainsi que de quantifier les paramètres de transmission et d’efficacité vaccinale. L’OMS souligne qu’il est essentiel d’améliorer les efforts de surveillance et de séquençage, ainsi que de rendre publiques les données génomiques et contextuelles, afin de mieux comprendre les variants circulants du SARS-CoV-2 de manière coordonnée au sein de la communauté internationale. L’Afrique du Sud a été félicitée de sa transparence lorsqu’elle a rapporté le nouveau variant (Hodcroft, Twitter), mais la réponse de nombreux autres pays de limiter les voyages depuis ce pays lanceur d’alerte apparaît comme une réponse largement inappropriée (Rambaut, Twitter). En effet, même si cela limite légèrement la diffusion, cela ne l’empêche pas, ou intervient trop tard, et d’autres mesures comme des aides à la vaccination ou la surveillance en Afrique du Sud pourraient être mises en place (Topol, Twitter).

https://www.sfm-microbiologie.org/20...il-sinquieter/

[trebor]

Bonjour à tous,
Actuellement les vaccins utilisés étaient prévus pour le 1er virus apparu, ceux-ci semblent toujours actif sur les souches actuelles et peut être futurs ?

Le fait de vacciner régulièrement pour la 3ème puis 4ème fois et peut être plus ne risque t-elle pas de créer une résistance du virus et ou un affaiblissement de nos défenses immunitaires n'agissent plus aussi bien ou contraire créer un renforcement de nos défenses ?

Un cas dans la famille, la 2ème doses ayant rendu malade et la 3ème doses est apparu un gonflement à l'endroit de la piqure, le bras étant devenu très douloureux, difficile de le bouger.
Est-ce dû à une réaction plus importante des anticorps et donc que le vaccin agit très bien ?

[JPL]

Le fait de vacciner régulièrement pour la 3ème puis 4ème fois et peut être plus ne risque t-elle pas de créer une résistance du virus et ou un affaiblissement de nos défenses immunitaires n'agissent plus aussi bien ou contraire créer un renforcement de nos défenses ?

N’importe quoi !

[inviteca0583eb]

N’importe quoi !

N'importe quoi !
Çà ne peut pas être n'importe quoi puisque c'est une question !

[JPL]

Comment une vaccination qui stimule le système immunitaire pourrait-elle au contraire l’affaiblir ?

De plus, plus un virus subsiste longtemps dans un organisme, plus il a de temps pour multiplier les occasions de muter. Au contraire le vaccin a pour effet de réduire le temps de présence du virus chez les vaccinés qui ont eu la malchance d’être réinfectés.

[trebor]

Comment une vaccination qui stimule le système immunitaire pourrait-elle au contraire l’affaiblir ?

De plus, plus un virus subsiste longtemps dans un organisme, plus il a de temps pour multiplier les occasions de muter. Au contraire le vaccin a pour effet de réduire le temps de présence du virus chez les vaccinés qui ont eu la malchance d’être réinfectés.

Ok, en espérant que toutes ces vaccinations vont continuer à stimuler nos anticorps sans effet accoutumance qui serait d'un effet contraire.
Au début la 2ème dose était après 6 mois, puis la 3ème après 4 mois et maintenant la 4ème dose est prévue pour dans 3 mois.

Si cela devient nécessaire de se faire vacciner régulièrement, les intervalles pourraient-ils encore être réduits ?
Cette réduction d'intervalle est-ce dû au virus de plus en plus résistant ou à nos anticorps moins performants ?

[JPL]

La présence d’un taux d’anticorps circulants élevé permet d’agir sur le virus dès le début de l’infection, voire l’empêchera totalement dans un certain nombre de cas, ce qui est important face à ce virus ; ce taux semble chuter assez rapidement. Par contre la présence de lymphcytes-mémoires, donc durables permettra une lutte plus tardive et sera surtout efficace contre les risques d’aggravation postérieurs à l’infection et réduira le risque d’hospitalisation en soins critiques.

C’est brossé à larges traits, voire à la truelle.

[inviteca0583eb]

Si cela devient nécessaire de se faire vacciner régulièrement, les intervalles pourraient-ils encore être réduits ?

Moins de 3 mois oui je pense 1 mois (après faudrait vérifier ce qu'en pensent les études)..
Ce qu'on sait c'est qu'il ne faut pas descendre en dessous de 1 mois sinon il y a le risque de voir apparaitre ce qu'on appelle un orage cytokinique.
C'est un emballement du système immunitaire (par manque d'autorégulation et c'est très complexe et pas complètement connu) qui a pour effet que le système immunitaire prend le corps pour cible (aboutissant à la mort ou à de très graves séquelles très variables AVC trombose liquefaction des poumons etc qui peut d'ailleurs donner l'impression que le patient a le covid...).
C'est la raison pour laquelle on préconise d'attendre au moins 1 mois avant de donner le vaccin à quelqu'un qui a eu la covid.
Si on voulait faire les choses bien il faudrait théoriquement tester la présence et même doser les anticorps avant de donner le vaccin (tout le monde ne sait pas qu'il a eu le covid récemment)

Mais sinon je ne vois pas trop l’intérêt de prendre de tels risques puisque 3 mois ou 1 mois la réponse immunitaire il me semble (et on me le confirmera je pense) est quasiment la même.
A noter également que pour éviter la plupart des formes d'orage cytokinique (qui est comme j'ai lu la cause de 30% des formes graves du covid) il existe une prévention très simple : Ne pas être en manque de vitamine D et SURTOUT ne pas être très carencé en vitamine D.

[JPL]

A noter également que pour éviter la plupart des formes d'orage cytokinique (qui est comme j'ai lu la cause de 30% des formes graves du covid) il existe une prévention très simple : Ne pas être en manque de vitamine D et SURTOUT ne pas être très carencé en vitamine D.

Quelle est la source de cette information ?

[inviteca0583eb]

Il faut lire l'article très complet.
Ici un extrait.

Jean-Marc Sabatier, Directeur de recherches au CNRS et Docteur en Biologie Cellulaire et Microbiologie, affilié à l’Institut de NeuroPhysiopathologie (INP), CNRS de Marseille. Editeur-en-Chef des revues scientifiques internationales : « Coronaviruses » et « Infectious Disorders – Drug Targets » (DR)Le rôle de la vitamine D

Ainsi, il est extrêmement important d’avoir un dosage sanguin en vitamine D approprié (30-60 ng de vitamine D par ml de plasma) souligne encore Jean-Marc Sabatier, car la vitamine D est un frein à la sur-activation du SRA. Elle permet en outre une vaccination efficace contre le SARS-CoV-2 (et ses variants ?) en agissant directement sur l’immunité innée et adaptative/acquise.
Avec la vaccination, on note chez les primo-vaccinés/vaccinés une augmentation parfois importante de pathologies humaines spécifiques (inflammatoires ou non inflammatoires) ou de pathologies pré-existantes plus sévères, à savoir des pathologies rénales, pulmonaires, cardio-vasculaires (hypertension artérielle, thrombose, myocardite, arythmie cardiaque, AVC etc.), diabète de type 2 et pré-diabète dus à une intolérance au glucose induite par le dysfonctionnement du SRA, ou liées à l’auto-immunité (sclérose-en-plaques, poly-arthrite rhumatoïde, hémophilie acquise, etc.). Ces pathologies auto-immunes naissantes et/ou plus sévères proviennent du SRA sur-activé (dysfonctionnel), car celui-ci contrôle l’immunité innée et la reconnaissance des molécules du « soi » et du « non-soi » à l’origine des maladies auto-immunes (voir le glossaire en bas de page).

https://infodujour.fr/societe/49899-...es-des-vaccins

Sinon

Les éclairs, le tonnerre, la pluie. La sur-inflammation de l'organisme due au Covid-19, appelée orage cytokinique, se déroulerait en trois étapes, toutes impliquant les cellules tapissant les vaisseaux sanguins, d'après une publication de Nature rapportée par Science. Les altérations préalables de ces cellules par des maladies cardiovasculaires ou auto-immunes seraient responsables des cas les plus graves.
Des vaisseaux devenus perméables, une coagulation incontrôlée et une réponse immunitaire hors de proportion : en fait d'étapes, c'est un cercle vicieux qui a été décrit par l'Institut du Cancer de Louvain en Belgique. "Après la phase initiale de l'infection virale, environ 30 % des patients hospitalisés atteints de COVID-19 développent une maladie grave avec des lésions pulmonaires progressives, en partie en raison d'une réaction inflammatoire excessive", exposent les auteurs dans la publication. Or, il se trouve que les alvéoles pulmonaires, ces petits sacs qui se gonflent d'air et où se produisent les échanges d'oxygène, sont entourées de capillaires (de petits vaisseaux sanguins). Comme tous nos vaisseaux sanguins, ceux-ci sont tapissés de cellules appelées endothéliales, chargées de réguler la pression sanguine, prévenir l'inflammation et inhiber la coagulation qui pourrait créer des caillots.

https://www.sciencesetavenir.fr/sant...kinique_144916

[MissJenny]

Si cela devient nécessaire de se faire vacciner régulièrement, les intervalles pourraient-ils encore être réduits ?
Cette réduction d'intervalle est-ce dû au virus de plus en plus résistant ou à nos anticorps moins performants ?

je pense que c'est surtout qu'on apprend au fur et à mesure. Je te rappelle que les vaccins actuels ont été mis sur le marché sans les longues études requises en temps normal. L'urgence de la situation le justifiait, mais personne n'a pu tester l'effet de l'intervalle entre deux doses ni le nombre de doses nécessaire. Maintenant on en sait un peu plus. C'est comme la question de la vaccination des très jeunes enfants. On ne sait pas s'il faut le faire ou pas. Israël a fait le pari de le faire, on verra dans quelques mois s'ils ont eu raison et si c'est le cas on le fera vraisemblablement.

[Nicophil]

https://www.nytimes.com/2021/12/23/w...-4th-dose.html

Un autre critique vocal, le professeur Dror Mevorach, qui dirige le service des coronavirus au centre médical Hadassah à Jérusalem, a également exhorté à attendre plus de données :
" Ce n'est pas parce que nous avons mené avec la troisième dose qu'il devrait y avoir une quatrième dose sans fondement scientifique. La diminution des anticorps au fil du temps est naturelle et le renforcement des anticorps peut avoir des avantages limités ", a-t-il déclaré.

[Nicophil]

https://www.lesechos.fr/monde/afriqu...pendue-1375396

Cette fois, les responsables israéliens ont finalement décidé de se donner un peu de temps avant de lancer l'inoculation de la quatrième dose de vaccin anti-Covid aux plus de 60 ans, aux plus fragiles et au personnel soignant. Leur préconisation reposait essentiellement sur le fait que l'immunité liée à la troisième dose diminue avec le temps, comme ce fut le cas pour la seconde. A cet égard, le ministère de la Santé a d'ailleurs réduit à trois mois le laps de temps à respecter entre la seconde et la troisième dose.

De nouvelles études montrent que les personnes vaccinées qui contractent quand même le virus atteignent de forts taux d'anticorps, qui seraient capables de protéger contre différentes souches de Covid-19.

[yves95210]

https://www.lesechos.fr/monde/afriqu...pendue-1375396

Cette fois, les responsables israéliens ont finalement décidé de se donner un peu de temps avant de lancer l'inoculation de la quatrième dose de vaccin anti-Covid aux plus de 60 ans, aux plus fragiles et au personnel soignant. Leur préconisation reposait essentiellement sur le fait que l'immunité liée à la troisième dose diminue avec le temps, comme ce fut le cas pour la seconde. A cet égard, le ministère de la Santé a d'ailleurs réduit à trois mois le laps de temps à respecter entre la seconde et la troisième dose.

De nouvelles études montrent que les personnes vaccinées qui contractent quand même le virus atteignent de forts taux d'anticorps, qui seraient capables de protéger contre différentes souches de Covid-19.

Oui. Cet article a d'ailleurs déjà été cité dans l'autre discussion.

C'est d'ailleurs un peu casse-pieds, ces discussions en parallèle sur le même sujet...

[Nickelange]

Parce-qu'il a été séquencé non ?


https://www.sfm-microbiologie.org/20...il-sinquieter/

Ok il a été séquencé, bien évidemment qu'il a été séquencé, la question n'est pas là. La question porte sur le critère. Lorsqu'on a obtenu le séquençage du virus, comment détermine-t-on qu'il s'agit bien du Sars-Cov-2? Faut-il par exemple que 98% de l'information génétique soit similaire à la souche d'origine ou d'un de ses variants? Faut-il qu'une séquence particulière soit présente? A quel moment on considère que c'est un autre virus?
Si on tombe sur un lointain cousin inoffensif et qui n'avait pas été séquencé, comment fait-on la différence avec un variant du SARS-Cov-2?
Après, ce n'est qu'un forum, si personne ne sait, c'est pas grave. Je n'accuse personne ni n'insinue quoi que ce soit dans mes propos. Je pose juste la question pour comprendre, par curiosité.

Olivier