Omicron et SARS-CoV-2

[yves95210]

Ok il a été séquencé, bien évidemment qu'il a été séquencé, la question n'est pas là. La question porte sur le critère. Lorsqu'on a obtenu le séquençage du virus, comment détermine-t-on qu'il s'agit bien du Sars-Cov-2? Faut-il par exemple que 98% de l'information génétique soit similaire à la souche d'origine ou d'un de ses variants? Faut-il qu'une séquence particulière soit présente? A quel moment on considère que c'est un autre virus?
Si on tombe sur un lointain cousin inoffensif et qui n'avait pas été séquencé, comment fait-on la différence avec un variant du SARS-Cov-2?

En l'occurrence le séquençage a permis d'identifier l'"ancêtre" le plus récent connu de l'Omicron dans l'arbre phylogénétique du SARS-CoV-2. Avec certainement des chaînons manquants puisque la branche de l'Omicron aurait divergé avant l'été 2020, et l'Omicron contient près de 50 mutations le différenciant de cet ancêtre ou de ses cousins appartenant au même clade (20B) dont l'origine est cet ancêtre. Mais 50 sur 30000 nucléotides, ça reste encore assez peu.

Ensuite, effectivement on peut un jour ou l'autre se poser la question de la caractérisation d'un variant comme étant une nouvelle espèce, à partir du moment où il possède des caractéristiques suffisamment distinctes de celles de la souche d'origine, que ce soit en termes de transmissibilité, d'évasion immunitaire ou de sévérité des symptômes qu'il provoque. Après tout, sinon on aurait aussi bien pu ne pas attribuer un nom au SARS-COV-2 différent de celui du coronavirus de chauve-souris le plus proche connu, à partir duquel il a (peut-être) évolué.

En l'occurrence c'est parce qu'il a été établi que tous les variants connus du virus descendaient d'une même souche, inconnue auparavant et qui provoquait des symptômes caractéristiques (en particulier un SARS chez les personnes atteintes le plus gravement), qu'un nom lui a été attribué. Mais si un jour (même si c'est peu probable) on lui découvre un ancêtre, intermédiaire entre le virus de chauve-souris et cette souche, capable de se transmettre entre humains et qui peut-être ne provoquait pas des symptômes aussi graves (ce qui expliquerait qu'il n'ait pas été identifié), comment faudra-t-il le nommer ? Ou si on avait découvert cet ancêtre avant fin 2019 et qu'un autre nom lui avait été attribué, est-ce qu'il aurait fallu donner un nouveau nom à la souche de Wuhan qui, si ça se trouve, ne se différencie de lui que par quelques dizaines de mutations ?

Bref, tout ça est assez subjectif, et je m'exprime probablement en termes peu scientifiques vu mon peu de connaissances dans le domaine. Mais jette un coup d'œil à cet article (désolé, c'est en anglais) : https://www.virology.ws/2021/02/25/u...ains-and-more/
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[inviteca0583eb]

Concrètement je ne saurais pas dire quels sont les critères employés (je crois que ça part d'un génome standard)
Mais ça se passe ici je pense :
https://talk.ictvonline.org/taxonomy/