Toba et goulot génétique

[vilveq]

Bonjour,

Je ne savais pas trop si je devais poser cette question dans la partie vie ou terre du forum, alors je l'ai mise ici

Hier, jai régardé une émission qui parlait du goulot génétique humain (je sais pas si le terme est bien choisi). Que notre disparité génétique est très faible, que nous descendons tous d'un petit nombre d'individu (entre 1000 et 5000), donc que l'espèce humaine a été proche de disparaitre,etc .. cela étant du à une catastrophe naturelle qui serait l'éruption du volcan Toba.
Il expliquait qu'il y avait plus de variété génétique dans un groupe de nos cousins, les chimpanzés, que dans toute l'espèce humaine.

Question 1 : j'ai vu ça à la télévision, donc, est-ce que c'est scientifique ou bien est-ce du n'importe quoi ?
Question 2 : Pourquoi cela n'a t'il affecté que les humains, puisque ce goulot génétique ne semble pas exister chez les chimpanzés par exemple ?
Question 3 : retrouve t-on aussi ce goulot génétique chez d'autres homidés comme Néandertal ?

merci et bonne journée
-----

[invite986312212]

Hier, jai régardé une émission qui parlait du goulot génétique humain (je sais pas si le terme est bien choisi).

on dit "goulot d'étranglement" mais les chercheurs préfèrent employer le terme anglais de "bottleneck".

c'est vrai que l'espèce humaine est passée par plusieurs "bottlenecks" mais je ne sais pas si on peut les atribuer à des catastrophes naturelles.

[vilveq]

on dit "goulot d'étranglement" mais les chercheurs préfèrent employer le terme anglais de "bottleneck".

Un goulot est toujours d'étranglement, non ?

c'est vrai que l'espèce humaine est passée par plusieurs "bottlenecks" mais je ne sais pas si on peut les atribuer à des catastrophes naturelles.

Suivant la théorie de l'éruption volcanique, ce goulot ne devrait-il pas être partagé par toute les espèces ?

[invite0e4ceef6]

Un goulot est toujours d'étranglement, non ?



Suivant la théorie de l'éruption volcanique, ce goulot ne devrait-il pas être partagé par toute les espèces ?

ça dépend, c'est le principe de l'évolution(par élimination), certaines espèce souffre moins lors d'un changement climatique brusque là ou d'autres vont juste passer la rampe, ou simplement disparaitre.

toutefois, l'on devrait tout de même avoir des concordances avec d'autres espèces...

reste que le goulot d'étranglement (et pas bottleneck) il y a un équivalent français tout à fait honorable, quand à lui existe bien... et qu'il se corrèle soit avec le début des glaciations, soit avec Toba. (qui sont contemporaines de celui-ci)

un super-volcan c'est sans doute quelques chose de terrible, l'homme est omnivore usuellement, et souvent anthropophage pendant les disettes... l'on a donc de très nombreux moyen pour survivre.

l'on pourrait aussi penser a un fléau (épidémie) ne touchant que l'espèce humaine, et qui aurait éliminer 90% de la population de l'époque(mais un tel taux n'est possible que sur des populations deja affaiblie, voir grippe espagnole de 18.(qui n'a toutefois pas atteinds ce taux)

[A voir en vidéo sur Futura]

[SK69202]

Bonjour.

Suivant la théorie de l'éruption volcanique, ce goulot ne devrait-il pas être partagé par toute les espèces ?

Oui, mais il est plus facile de mettre une deuxième fourrure sur le dos pour Sapiens, que de faire pousser des poils plus chauds pour un animal.

Des extinctions régionales ont du ce produire.

@+

[vilveq]

Bonjour.



Oui, mais il est plus facile de mettre une deuxième fourrure sur le dos pour Sapiens, que de faire pousser des poils plus chauds pour un animal.

Raison de plus.

Pourquoi l'ancêtre du chimpanzé n'a t'il pas ou peu souffert (il n'y a pas ce goulot génétique).
On dira que c'est l'animal (sapien) le plus adaptatif et le plus dispersé sur la planète qui a le plus souffert.
Ca semble paradoxal.

Des extinctions régionales ont du ce produire.

@+

Sapien n'était justement plus 'régional' depuis longtemps. On le retrouve en afrique, en europe, en asie ..

[invite986312212]

Sapien n'était justement plus 'régional' depuis longtemps. On le retrouve en afrique, en europe, en asie ..

justement l'idée d'un goulot d'étranglement violent, c'est que toutes les populations disparaissent sauf une (ou un tout petit nombre).

[noir_ecaille]

Il est difficile de concevoir une catastrophe plausible touchant 90% des effectifs d'une seule espèce.

Et si le goulot d'étranglement remontait à notre radiation adaptative -- à notre séparation d'avec la lignée Pan ?
Il pourrait s'agir d'un groupe de proto-homininés chassés de son territoire et environnement d'origine par un autre groupe aux visées expansionnistes.

D'une manière générale je crois que chaque radiation a plombé notre pool de variété génétique. Ce n'est pas forcément grave, mais si ces radiations sont successives et rapprochées dans le temps, alors il s'ensuit une inexorable érosion génétique -- qui, si elle est trop marquée, peut nuire à l'adaptabilité d'un groupe considéré (en l'occurence d'une espèce).

Il est très facile de créer de nouvelles espèces à partir d'un seul ensemble d'individus : avec assez de temps, la dérive génétique des sous-ensembles isolés finit par enrayer l'interfécondité fertile entre ces groupes considérés. Pris comme espèces, ces nouveaux ensembles tout neufs ont, chacun, moins de variabilité génétique que l'ensemble "parent". Il peut s'ensuivre une période de radiation faste et relativement stable pour qu'en assez de générations la variabilité génétique se reconstitue.

Considérant un ensemble très inégalement partagé (par exemple 7% contre 93%), deux lignées s'isolent et évoluent séparément. Très vite l'interfécondité fertile disparaît. Le groupe à faible effectif possède un pool génétique dont la variété est fortement érodée, le groupe à fort effectif possède un pool génétique dont la variété génétique est faiblement érodée. Chaque groupe effectue une radiation stable, longue et féconde. Même si l'espèce issue du groupe à faible effectif reconstitue une variété génétique satisfaisante pour la perpétuation de l'espèce, elle restera toujours inférieure à celle de l'espèce issue du groupe à fort effectif (dont la propre variété a aussi évoluée).

Il se peut que les lignées Homo aient subit une forte pression sélective, qu'ils aient évolué dans un contexte défavorable, sans forcément subir une catastrophe naturelle de grande ampleur. Les séparations successives (rapides ?) en branches, de variété génétique de plus en plus restreinte, auraient beaucoup de chance d'aboutir à une érosion génétique de 90%.

[SK69202]

Bonjour.

Pourquoi l'ancêtre du chimpanzé n'a t'il pas ou peu souffert (il n'y a pas ce goulot génétique).

Les chimpanzés sont à l'ouest du rift africain les sapiens à l'est l'habitat n'est pas le même.
On peut aussi penser que contrairement aux théories actuelles, sapiens n'est pas né en Afrique mais en Asie et il a plus souffert des conséquences, mais ne pas oublier que c'est basé sur la chronologie des gênes dont l'horloge n'est pas rigoureusement calibrée.

En anglais


@+

[invite986312212]

pour les chimps: l'habitat n'est pas le même, les ressources alimentaires ne sont pas les mêmes, le cycle de vie n'est pas le même, bref c'est une autre espèce

pour ce qui est du goulot d'étranglement, il ne faut pas imaginer que tout le monde est mort lors de cette éruption sauf quelques milliers de personnes (d'ailleurs il s'agit de "taille effective" mais bon...). Ca signifie plutôt que l'espèce humaine s'est trouvée séparée en plusieurs sous-populations isolées et que l'humanité d'aujourd'hui descend de l'une de ces populations (ou quelques-unes). Les autres populations ont très bien pu perdurer jusque relativement récemment.

[noir_ecaille]

pour les chimps: l'habitat n'est pas le même, les ressources alimentaires ne sont pas les mêmes, le cycle de vie n'est pas le même, bref c'est une autre espèce

pour ce qui est du goulot d'étranglement, il ne faut pas imaginer que tout le monde est mort lors de cette éruption sauf quelques milliers de personnes (d'ailleurs il s'agit de "taille effective" mais bon...). Ca signifie plutôt que l'espèce humaine s'est trouvée séparée en plusieurs sous-populations isolées et que l'humanité d'aujourd'hui descend de l'une de ces populations (ou quelques-unes).

En gros pensez-vous aussi qu'une telle différence de variété s'explique :
- par des contextes différenciés (environnement, pressions de sélection...),
- par des radiations successives (séparation en sous-population, etc.),
ou votre point de vue est-il tout autre ?

Qu'entendez-vous par

Les autres populations ont très bien pu perdurer jusque relativement récemment.

[invité576543]

Sapien sn'était justement plus 'régional' depuis longtemps. On le retrouve en Afrique, en Europe, en Asie.

Non, justement.

L'extension de h. sapiens est considérée s'être faite après, vers -50000 ans, pas mal de milliers d'années après Toba. (Il n'y a pas de trace de h. sapiens en Europe avant -40000, par exemple.)

Par contre, le genre homo, lui, n'était pas régional depuis longtemps, avec en particulier h. neanderthalensis en Europe et h. erectus en Asie.

Le goulot dont il est question est celui de h. sapiens, pas du genre home : les indices montrent que h. neander aurait été peu ou pas touché. Par contre, il y a une controverse pour homo en Asie, en particulier en Inde, où certains avaient supputer leur disparition au moment de Toba, mais des articles récents ont montré que ce n'était pas un consensus !

[invité576543]

Ca signifie plutôt que l'espèce humaine s'est trouvée séparée en plusieurs sous-populations isolées et que l'humanité d'aujourd'hui descend de l'une de ces populations (ou quelques-unes). Les autres populations ont très bien pu perdurer jusque relativement récemment.

À ce que j'en ai lu, plusieurs populations isolées auraient des descendants actuels. Les divergences en Afrique (par exemple entre ceux dont descendent les San et les autres) dateraient d'avant Toba.

Le modèle serait plutôt plusieurs sous-populations isolées dont certaines se seraient expansées et auraient échangé un peu avec les autres. (Et d'une d'entre elles serait issus la plupart des h. sapiens hors Afrique Noire.)

[JPL]

[HS]L'excellent Dictionnaire des difficultés de la langue française de Larousse, un peu ancien, insiste sur le fait qu'on doit dire goulet d'étranglement et non goulot, ce dernier mot étant réservé aux bouteilles. Le dictionnaire de l'Académie, entérinant la dérive de l'usage donne actuellement les deux formes comme valables. Il est évident que goulot d'étranglement est plus proche de bottleneck. Mais j'ai une petite nostalgie pour goulet avec son image de passage étroit qui ralentit la progression d'un groupe de personnes.[/HS]

[invite986312212]

d'accord avec le goulet, mais dans le métier tout le monde dit "bottleneck", c'est malheureux pour la langue française mais c'est comme ça.

dans le même ordre d'idée, on dit aussi "fitness" pour "valeur sélective" ou "valeur adaptative", et il y a un truc amusant: je ne sais pourquoi on dit "la fitness" alors que les mots anglais n'ont pas de genre.

[noir_ecaille]

Quelqu'un possède-t-il des liens ou des références vers les derniers modèles généalogiques de ces populations ?

[invité576543]

Si c'est pour voir cela en relation avec l'hypothèse Toba, celui qui a proposé et développé tous ces aspects est Stanley Ambrose. Un recherche sur ses publications donne déjà un bon panorama.

Cette page parle de l'hypothèse et montre un arbre généalogique, où on voit qu'au goulet il compte 3 (ou 4) groupes de h. sapiens (l'incertitude vient du groupe australasien (aborigènes australiens, papous, ...) dont on ne sait pas trop où il s'accroche au reste, un défaut de mise en page, j'imagine...

[invite986312212]

sinon, le modèle qui explique peut-être le mieux la structuration génétique des populations humaines est le modèle dit de "stepping stones" (encore une expression anglaise) qui suppose de petites populations échelonnées le long des principales routes de migration et échangeant des gènes de proche en proche (seulement avec les populations voisines). Ce modèle reproduit bien l'IBD (isolement par la distance) et la perte de diversité génétique avec la distance à l'Afrique.
Il sera peut-être invalidé mais pour l'instant il tient la corde.

[invite986312212]

je ne souhaite pas nécessairement faire rebondir cette discussion, mais juste signaler que je viens de lire un article de synthèse sur l'histoire de la diversité génétique des populations humaines, par G Barbujani & L Chikhi, spécialistes du sujet, qui ne fait aucune mention de Toba. Ca doit signifier quelque-chose.

la référence est: G. Barbujani & L. Chikih. Human Diversity and its History. in Handbook of Statistical Genetics. J. Wiley. 2007

[invité576543]

Font-ils mention (sans l'attribuer à quoi que ce soit) d'un goulet génétique dans la période -50k -100k ?

[invite0eab014d]

Bonjour,

Je ne connais pas tout les détails mais à mon sens, il n'y a que l'épidémie qui pourrait expliquer ça.

Qu'il n'y ai que les humains qui soient touché...