Le passage de l'inerte au vivant.

[invite6f9dc52a]

..., on peut le juger ...

"On" devrait s'abstenir de juger sur un forum scientifique.
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[noureddine2]

"On" devrait s'abstenir de juger sur un forum scientifique.

je suis d'accord avec toi , notre jugement est superficiel et risque d’être erroné .

[Geb]

Bonjour,

J'ai l'impression que 50% des messages de cette discussion ne sont formulés qu'en réponse à un autre message de noureddine2. Cette discussion s'est enfermée dans un débat sans intérêt qui consiste à démontrer à noureddine2 qu'il a mal compris plusieurs des notions dont il fait l'usage dans ses interventions...

Pour en revenir au caractère scientifique du débat, pourquoi ne pas continuer à lire des publications scientifiques ?

Par exemple, j'ai trouvé ceci :

"On the origin of genomes and cells within inorganic compartments" Koonin & Martin (2005)

Extrait :

Building on the model of Russell and Hall for the emergence of life at a warm submarine hydrothermal vent, we suggest that, within a hydrothermally formed system of contiguous iron-sulfide (FeS) compartments, populations of virus-like RNA molecules, which eventually encoded one or a few proteins each, became the agents of both variation and selection. The initial darwinian selection was for molecular self-replication. Combinatorial sorting of genetic elements among compartments would have resulted in preferred proliferation and selection of increasingly complex molecular ensembles – those compartment contents that achieved replication advantages. The last universal common ancestor (LUCA) we propose was not free-living but an inorganically housed assemblage of expressed and replicable genetic elements. The evolution of the enzymatic systems for (i) DNA replication; and (ii) membrane and cell wall biosynthesis, enabled independent escape of the first archaebacterial and eubacterial cells from their hydrothermal hatchery, within which the LUCA itself remained confined.

Voilà le temps d'un abstract une théorie très intéressante du passage de l'inerte au vivant.

Un peu plus loin dans les "concluding remarks" :

This formulation of hydrothermal origins builds on previous models [17,19,20,23,24,27] and specifically addresses the emergence and early evolution of genetic systems. It does not tackle the origin of the genetic code, although it seems to be compatible with the recent, intriguing suggestion that the code evolved through a two-letter intermediate entailing the RNA-catalyzed synthesis of biogenic amino acids on RNA [84].

La référence [84] de l'article de Koonin & Martin est disponible ici :

"A mechanism for the association of amino acids with their codons and the origin of the genetic code" Copley et al. (2005).

Extrait :

The genetic code has certain regularities that have resisted mechanistic interpretation. These include strong correlations between the first base of codons and the precursor from which the encoded amino acid is synthesized and between the second base of codons and the hydrophobicity of the encoded amino acid. These regularities are even more striking in a projection of the modern code onto a simpler code consisting of doublet codons encoding a set of simple amino acids. These regularities can be explained if, before the emergence of macromolecules, simple amino acids were synthesized in covalent complexes of dinucleotides with α-keto acids originating from the reductive tricarboxylic acid cycle or reductive acetate pathway. The bases and phosphates of the dinucleotide are proposed to have enhanced the rates of synthetic reactions leading to amino acids in a small-molecule reaction network that preceded the RNA translation apparatus but created an association between amino acids and the first two bases of their codons that was retained when translation emerged later in evolution.

Un peu plus loin dans l'article :

Recent analysis suggests that the reductive tricarboxylic acid cycle could serve as a network-autocatalytic self-sufficient source for simple α-keto acids, including glyoxalate, pyruvate, OAA, and α-KG, as well as the carbon backbones of sugars and nucleobases (12). α-Keto acids can also be generated from the reductive acetyl CoA pathway (13). Most simple amino acids can be reached from an α-keto acid precursor by a small number of relatively simple chemical transformations, and the synthetic pathway that will be followed is determined within the first three steps.

J'ai mis la mention de la voie métabolique dite de l'acétyl Coenzyme A (aussi appelée voie de Wood-Ljungdahl) en évidence, parce qu'elle est justement la voie utilisée dans le modèle du moteur hydrothermal pour expliquée l'apparition du LUCA.

Je souffre peut-être du syndrome du "modèle préféré", mais ma conclusion c'est que la théorie du "moteur hydrothermal" de Russel et al., qui à ma connaissance fournit les modèles à la fois les plus cohérents, les plus complets (puisqu'il laisse de la place à toutes les étapes depuis les polypeptides, jusqu'à l'apparition du code génétique) et donc (selon moi) les plus convaincants de l'apparition de la vie, devrait être vulgarisée d'avantage.

Cela dit, puisque manifestement, certains dans ce fil se passent de lire la littérature scientifique disponible (se contentant de proposer une "théorie personnelle"), je ne suis pas optimiste...

Cordialement.

[invite71f23525]

Cela fait plusieurs pages que cette discussion est devenu un terrain d'inepties scientifiques. Je rappelle la Charte :

Toutes idées ou raisonnement (aussi géniaux soient ils) doivent reposer sur des faits scientifiquement établis et non sur de vagues suppositions personnelles, basées sur d'intimes convictions. Étant sur un forum scientifique, les discussions religieuses ou politiques ne sont pas tolérées. D'autre part la seule vocation de Futura-Sciences étant la vulgarisation scientifique de bon niveau ce n'est pas le lieu pour des questionnements ou remises en cause de théories admises dont seuls des spécialistes ont les compétences pour débattre, ni pour l'exposé de théories strictement personnelles.

A l'évidence, de nombreux messages sont désormais basés sur d'intimes convictions plutôt que sur des bases scientifiques que l'on apprend au lycée et à l'Université.

Noureddine2, je t'invite fermement à retourner sur les bancs de l'Université pour revoir les bases de ta culture scientifique qui est manifestement insuffisante pour tenir un raisonnement scientifique.

Si la discussion continue ainsi, elle sera fermée.

LXR pour la modération

[JPL]

En bref je dirai : Noureddine tais-toi, par pitié !

[invite1a308282]

En bref je dirai : Noureddine tais-toi, par pitié !

peut être que Noureddine a un petit problème ; car le fait de mettre aussi le déterminisme a toutes les sauces aussi ...

[Geb]

Bonjour,

J'aimerais revenir sur un point, sans toutefois encourager d'autres à continuer dans un hors-sujet...

Le raisonnement du post ci-dessus est exactement celui que les créationnistes essaient de faire gober, sous couvert de discussion scientifique...

Cela revient à essayer de discréditer l'approche scientifique en disant comme eux : puisque vous autres scientifiques n'avez pas d'explications prouvées pour certains aspects, que la science ne comprend pas encore, alors tout ce que vous racontez n'est que théorie..... alors que nous, les créationnistes, nous avons une Vérité Révélée à l'épreuve du feu, puisque, à chaque question pour laquelle nous avons un problème, on peut toujours opposer le Mystère de la volonté divine.

Ce que je n'aime pas dans la démarche créationniste, c'est que ses partisans citent souvent des ouvrages qui datent du début du siècle, qu'ils reprennent des défauts dans les théories de l'apparition de la vie qui ont été identifié par les scientifiques qui étudient ses théories (tout en les faisant passer pour des demeurés) et qu'ils font un usage singulier des probabilités pour "prouver" que l'émergence de la vie "dûe au hasard" est impossible.

Par contre, j'ai été lire, juste pour le fun, un article de David Berlinski, publié sur le site du Discovery Institute (la Mecque des créationnistes). L'article est relativement long (l'équivalent de 15 pages A4) et ne s'attaque principalement qu'à l'hypothèse de Miller-Urey de l'apparition de la vie.

Enfin, il faut être très attentif pour remarquer qu'à un moment donné, il fait allusion à l'hypothèse de l'origine hydrothermale de la vie, telle que présentée par Russell et al., et là, après 15 pages de texte, l'argumentaire est vraiment percutant :

[...] It is a work in progress, and it may well be right. Nonetheless, it suffers from one outstanding defect. There is as yet no evidence that it is true.

Autrement dit, l'hypothèse de Russell et al. est fausse, parce qu'il n'y aurait "encore aucune preuve que c'est vrai" ! Le truc le plus hilarant c'est qu'il n'y aucun autre argument contre la théorie du moteur hydrothermal dans le texte.

Voilà, c'était la petite tranche de rire du vendredi

Cordialement.

[Fishbedfan]

peut être que Noureddine a un petit problème ; car le fait de mettre aussi le déterminisme a toutes les sauces aussi ...

Franchement, si ce n'était que ça... Je pense (et ça n'engage que moi si ne suis pas scientifique ou épistémologue) qu'il ne comprend pas que la connaissance scientifique est construite en appliquant une méthode bien précise. Une théorie qui ne s'appuie pas sur des résultats expérimentaux ou des observations ne fait pas avancer le schmilblick. Si l'observation ou l'expérimentation infirme la théorie, il faut la modifier ou la mettre à la poubelle (pas évident d'un point de vue humain, évidemment). La méthode scientifique s'appuie entre autre sur le principe de parcimonie qui permet de trancher entre le fumage de moquette et une bonne idée à creuser (on construit un modèle ou on pauffine l'existant) et valider. Noureddine prend la partie de la connaissance scientifique qui pense avoir assimilé, il établit des liens entre différentes choses sans qu'il soit possible de déterminer si les liens sont pertinent ou pas. Ce n'est pas de la science (encore une fois, ensemble des connaissances acquises par application de la méthode scientifique), ça relève de la métaphysique ou du gloubiboulga.

[invite1a308282]

Ce que je n'aime pas dans la démarche créationniste, c'est que ses partisans citent souvent des ouvrages qui datent du début du siècle, qu'ils reprennent des défauts dans les théories de l'apparition de la vie qui ont été identifié par les scientifiques qui étudient ses théories (tout en les faisant passer pour des demeurés) et qu'ils font un usage singulier des probabilités pour "prouver" que l'émergence de la vie "dûe au hasard" est impossible.

si on pousse aussi la logique de leur doctrine et quand on leur dit bah en fait vous êtes le résultat d'une expérience scientifique

[invite1a308282]

quelle jolie planète bon je vais devoir m'occuper des récoltes , ah bah non je vais créer pas génie génétique des "hommes" et ils vont faire le boulot à ma place ... Quoi un de nous les a fait progresser intellectuellement allez dehors ...

Cela ne vous rappelle rien ?

[noureddine2]

Ce que je n'aime pas dans la démarche créationniste, c'est que ses partisans citent souvent des ouvrages qui datent du début du siècle,

le conflit est bénéfique pour la science .
d'après ce lien http://fr.wikipedia.org/wiki/Complex...%C3%A9ductible
on a :

La complexité irréductible est la thèse selon laquelle certains systèmes biologiques sont trop complexes pour être le résultat de l'évolution de précurseurs plus simples ou « moins complets », du fait de mutations au hasard et de la sélection naturelle. Le terme a été inventé et défini en 1996 par le professeur de biochimie Michael Behe, un système de complexité irréductible étant, « composé de plusieurs parties ajustées et interagissantes, qui contribuent chacune à sa fonction élémentaire, alors que l'absence d'une quelconque de ces parties empêche le fonctionnement du système »1. Les exemples cités par Behe, la coagulation en cascade, le moteur (ou corps basal) des flagelles cellulaires et le système immunitaire, ne pourraient donc être le résultat de l'évolution naturelle : tout système précurseur au système complet ne fonctionnerait pas, et ne constituerait donc pas un avantage sélectif.

et les évolutionnistes répondent :

Différents mécanismes évolutifs permettent d'expliquer la formation de systèmes de complexité apparemment irréductible.
Niall Shanks et Karl H. Joplin, de East Tennessee State University, ont montré que des systèmes satisfaisants à la définition de Behe de la complexité biochimique irréductible peuvent apparaître naturellement et spontanément du fait de processus chimiques auto-organisés32,33. Ils affirment également que les systèmes biochimiques et moléculaires évolués présentent en fait une « complexité redondante » – ils jugent que Behe surestime l'importance de la complexité irréductible à cause d'une vision simpliste et linéaire des réactions biochimiques, prenant des instantanés des caractérististiques de systèmes, structures et processus biologiques et ignorant la complexité redondante du contexte dans lequel s'insèrent ces caractéristiques. En outre, des simulations informatiques ont montré qu'il était possible pour des systèmes de complexité irréductible d'évoluer naturellement34.

d'après la phrase en gras je pense qu'une simulation informatique n'est pas scientifique , on ne connait pas tous les paramètres d’entrée , il faut faire la réaction chimique réellement .

[invite6f9dc52a]

...
d'après la phrase en gras je pense qu'une simulation informatique n'est pas scientifique , on ne connait pas tous les paramètres d’entrée , il faut faire la réaction chimique réellement .

C'est bien vrai, ça : on va prendre la machine à remonter le temps pour la faire dans les conditions réelles ...

[inviteccac9361]

d'après la phrase en gras je pense qu'une simulation informatique n'est pas scientifique , on ne connait pas tous les paramètres d’entrée , il faut faire la réaction chimique réellement.

Prenons garde de bien vérifier qu'il y a un problème avant d'en énoncer la solution...

Le "problème" de l'évolution du flagelle n'en étant manifestement pas un.
Évolution Du Flagelle Bactérien

Pour ceux qui lignorent encore le flagelle bactérien est une structure complexe présente chez certaines bactéries et leur permettant de se déplacer! La flagelle bactérien est une structure remarquablement complexe et sophistiquée et, chose surprenante, si lon retire une seule des protéines constituant cette remarquable machine alors celle-ci ne peut plus du tout fonctionner!

Il n'en fallait pas plus pour les tenants du Dessein Intelligent et les autres créationnistes pour affirmer que cette structure ne pouvait pas être le fruit de l'évolution mais a du forcément être créé tel quelle est aujourdhui!

Et pourtant des recherches pointus ont montré que la flagelle bactérien peut lui aussi être issue dune évolution mieux encore de nombreux élément prouve quil est bel et bien issue de l'évolution!

http://www.youtube.com/watch?v=SASr8qzBDrI

Comment ça c'est tiré par les flagelles ?
Mais personne n'a dit que l'évolution se faisait en ligne droite...enfin pas les scientifiques en tous cas.

[invite1a308282]

Prenons garde de bien vérifier qu'il y a un problème avant d'en énoncer la solution...

Le "problème" de l'évolution du flagelle n'en étant manifestement pas un.
Évolution Du Flagelle Bactérien


http://www.youtube.com/watch?v=SASr8qzBDrI

Comment ça c'est tiré par les flagelles ?
Mais personne n'a dit que l'évolution se faisait en ligne droite...enfin pas les scientifiques en tous cas.

Encore un qui veut se faire flageller
bon allez je vais adapter le modéle genetique de mes futurs travailleurs
ou jouer à SPORE

[Geb]

si on pousse aussi la logique de leur doctrine et quand on leur dit bah en fait vous êtes le résultat d'une expérience scientifique

C'est bien ça le problème. Pour reprendre les mots de Berlinski, il me semble que du point de vue créationniste, il n'y aura "encore aucune preuve que c'est vrai" tant qu'on aura pas CHONPS à l'entrée, une éprouvette au milieu et un bébé humain qui crie : "Maman !" à la sortie.

Pour être tout à fait honnête, c'est une formule que je dois à Auguste Commeyras.

Cordialement.

[invite1a308282]

C'est bien ça le problème. Pour reprendre les mots de Berlinski, il me semble que du point de vue créationniste, il n'y aura "encore aucune preuve que c'est vrai" tant qu'on aura pas CHONPS à l'entrée, une éprouvette au milieu et un bébé humain qui crie : "Maman !" à la sortie.
Pour être tout à fait honnête, c'est une formule que je dois à Auguste Commeyras.
Cordialement.

De toute façon il faut avouer qu'ils s'y connaissent en recyclage ; car bien souvent y a eu une forte inspiration babylonienne , le jardin d'eden , le déluge , les dieux créateurs (visiteurs généticiens?) et j'en passe

[invite875434567890]

Scientifiquement, l'important est de remonter si possible les étapes.
Pour pouvoir comprendre le passage de l'inerte au vivant, est ce que l'on a aujourd'hui tout sous la main, ou est ce que des éléments ont aujourd'hui disparu ?
Ce qui compliquerait sérieusement la tache.

[Geb]

Bonjour,

Pour pouvoir comprendre le passage de l'inerte au vivant, est ce que l'on a aujourd'hui tout sous la main, ou est ce que des éléments ont aujourd'hui disparu ?

En tout cas, en ce qui me concerne, je me documente sur le travail de nombreux scientifiques, travaillant sur l'hypothèse du "moteur hydrothermal" de l'apparition de la vie, que l'on doit au géologue britannique Michael J. Russell. Les scientifiques qui progressent dans cette voie initiée par Russell (en 1988 il me semble), sont aujourd'hui relativement optimiste.

Pour s'en convaincre, il suffit de lire ces articles de vulgarisation de l'un de ces chercheurs, Nick Lane :

The cradle of life

Life: Inevitable or fluke?

De ce que je connais de leurs travaux, je dirais même que l'optimisme manifeste est pleinement justifié. Je suis déçu que Futura n'y ait pas encore consacré un dossier.

À ma connaissance, l'hypothèse de Russell n'a été malheureusement "prise au sérieux" que depuis qu'il a éveillé l'intérêt d'un biologiste du nom de William Martin en 2002. Les noms de quelques chercheurs qui travaillent dans cette voie : Cody, Copley, Lane, Morowitz, Hall et bien sûr, Russell et Martin.

Russell a quitté l'Université de Glasgow en 2006 pour le Joint Propulsion Laboratory de la NASA, en Californie. Depuis 2011, Il y travaille sur la conception d'une source hydrothermale artificielle qui pourrait permettre de recréer le "berceau de la vie" dans les conditions de l'Hadéen :

Design, Fabrication, and Test of a Hydrothermal Reactor for Origin-of-Life Experiments

Cordialement.

[invite875434567890]

Plus généralement, ce qui me paraît intéressant, c’est l’hypothèse que la vie ait pu apparaître sans le concours du soleil.
Il serait alors possible de trouver la vie là ou l’on ne s’y attend pas. Par exemple à l’intérieur d’un astre couvert de glace. Il suffit qu’il soit en rotation autour d’un astre volumineux, permettant par effet de gravitation, de provoquer à l’intérieur des frictions fournissant de l’énergie transformant la glace en eau, et permettant ainsi d’y voir apparaître la vie.

[invite71f23525]

Tu ne crois pas que tu vas un peu loin dans les spéculations :

Il suffit qu’il soit en rotation autour d’un astre volumineux, permettant par effet de gravitation, de provoquer à l’intérieur des frictions fournissant de l’énergie transformant la glace en eau, et permettant ainsi d’y voir apparaître la vie.

Je ne suis pas physicien, mais je ne pense pas que ce soit la rotation de la Terre autour du Soleil qui fasse fondre les glaçons de mon pastis.

[Geb]

Je ne suis pas physicien, mais je ne pense pas que ce soit la rotation de la Terre autour du Soleil qui fasse fondre les glaçons de mon pastis.

À la décharge de Senide, je pense que ce qu'il essaye d'expliquer, c'est le phénomène que l'on pense à l’œuvre sous la croûte de glace d'Europe grâce aux effets de marée gravitationnels dûs à la présence de Jupiter.

Cordialement.

[invite71f23525]

Je suppose que la gravitation ne fait pas tout, j'ai précisé que je ne suis pas physicien, donc sur ce genre de sujet je ne demande qu'à savoir.

[invite4ff72fd5]

Tu ne crois pas que tu vas un peu loin dans les spéculations :



Je ne suis pas physicien, mais je ne pense pas que ce soit la rotation de la Terre autour du Soleil qui fasse fondre les glaçons de mon pastis.

Cela depend aussi beaucoup du pastis !

[Gilgamesh]

Je suppose que la gravitation ne fait pas tout, j'ai précisé que je ne suis pas physicien, donc sur ce genre de sujet je ne demande qu'à savoir.

En fait si l'orbite n'est pas elliptique, les effets de marées provoquent des frictions internes qui chauffent l'intérieur. C'est donc une source de chaleur purement gravitationnelle et qui n'a, sur le principe, pas même besoin du Soleil (il suffit d'avoir des corps planétaires en interaction).

http://www.obspm.fr/actual/nouvelle/jun12/ence.fr.shtml

a+

[invite8624612]

bonjour

24 pages pour tenter de traiter ce sujet passionnant du mystère de la vie.
on y lit quelque chose sur la division cellulaire.
mais, et c'est toujours la même histoire: on ne sait pas ce qui déclenche les processus, même si on sait les expliquer.
On dit que c'est du domaine de la science. Mais de quelle science ?
celle qui doute et se remet perpétuellement en question en étant consciente que ses certitudes sont bourrées d'incertitudes, oucelle qui prétend savoir.
on trouve plein de sujets abordés et verrouillés aussitôt. C'est dommage.
le magnétisme en médecine...les vibrations, les longueurs d'onde.
parfois la science croise l'ésotérisme, le paranormal, et se donne l'impression d'un mariage contre nature. Pourquoi ?
c'est dommage, car cela ôte des pistes d'exploration pour comprendre le monde du vivant.

Pourtant, certaines cultures ne manquent pas de souligner que le monde est "maya" (illusion), que le monde est une vibration.
cela m'interpelle, pas vous ?
je pense que les réponses sont de ce côté ci

voilà que je me perds. vous allez me prendre pour une bargeot.
pardonnez moi.

[obi76]

Bonjour,

Pourtant, certaines cultures ne manquent pas de souligner que le monde est "maya" (illusion), que le monde est une vibration.
cela m'interpelle, pas vous ?
je pense que les réponses sont de ce côté ci

Conformément au point 6 de la charte :

6. Ayez une démarche scientifique. Ce forum n'est pas un lieu de discussion sur de soi-disant phénomènes paranormaux ou "sciences" parallèles. Toutes idées ou raisonnement (aussi géniaux soient ils) doivent reposer sur des faits scientifiquement établis et non sur de vagues suppositions personnelles, basées sur d'intimes convictions. Étant sur un forum scientifique, les discussions religieuses ou politiques ne sont pas tolérées. D'autre part la seule vocation de Futura-Sciences étant la vulgarisation scientifique de bon niveau ce n'est pas le lieu pour des questionnements ou remises en cause de théories admises dont seuls des spécialistes ont les compétences pour débattre, ni pour l'exposé de théories strictement personnelles. Une telle démarche aurait sa place uniquement dans un séminaire ou un congrès scientifique.

Merci donc de laisser vos convictions personnelles de côté. Ca fait plusieurs messages de votre part limite hors charte, péremptoire et qui plus est fausse. Merci donc de cesser ce type d'intervention. Dans le cas contraire nous prendrons les dispositions qui s'imposent.

Pour la modération,

[Amanuensis]

En fait si l'orbite n'est pas elliptique, les effets de marées provoquent des frictions internes qui chauffent l'intérieur.

Pas elliptique ??? Ne serait-ce pas un lapsus clavi pour "pas circulaire" ?

http://www.obspm.fr/actual/nouvelle/jun12/ence.fr.shtml

Je ne trouve pas dans ce texte (intéressant au demeurant) de référence à la forme de l'orbite ??

[Gilgamesh]

Pas elliptique ??? Ne serait-ce pas un lapsus clavi pour "pas circulaire" ?

Si !

Je ne trouve pas dans ce texte (intéressant au demeurant) de référence à la forme de l'orbite ??

ici : "En effet, il était admis que la source de chaleur nécessaire pour maintenir en activité le cryovolcanisme observé sur ce satellite ne pouvait que provenir des puissants effets de marées levées cette fois par Saturne sur le satellite. Mais ces effets, proportionnels à l'excentricité de l'orbite du satellite, n'étaient supposés pouvoir durer que peu de temps"

[invite8624612]

à OBI 76

Voyons, ne mettez pas la charte en avant, pour tronquer une discussion relative au passage de l'inerte au vivant.
il n'est pas question de proposer de la magie, mais de rester dans le domaine du magnétisme ( notion de physique) et de vibrations (autres notion de physique). et donc d'énergie ?
ne pas en parler revient à mon avis à clore le sujet par manque de combustible et incompréhension.

merci de votre patience

[Geb]

Bonsoir,

ne pas en parler revient à mon avis à clore le sujet par manque de combustible et incompréhension.

Misère... À mon humble avis, on en sait beaucoup plus sur le passage de l'inerte au vivant que vous ne le laissez croire. Le sujet est loin d'être clôt et il y a encore tant de choses à dire sans pour autant faire intervenir ce que vous croyez être du "magnétisme" et/ou des "vibrations"... Je vous prie de laisser de côté l'ésotérisme et le paranormal comme vous dites.

Cordialement.