La fin du génocentrisme

[invite75c480c1]

Bonjour,

Je tenais à partager ma découverte de la thèse de Mr Heams,de l'INRA Paris-Grignon, dont le travail remarquable mérite d'être mentionné:

Approche endodarwinienne de la variablité intercellulaire de l'expression génétique

Mr Heams appelle à en finir avec le génocentrisme et dénonce le concept de spécificité (à la base de toutes les applications biotechnologiques actuelles) comme faible et insuffisant.

Ce scientifique propose d’en finir avec le déterminisme biologique ambiant et de donner une place prépondérante aux phénomènes stochastiques à l’oeuvre dans les cellules et au niveau du génome. Ce déterminisme, fait appel à une sorte de prédestination (programme génétique), qui selon lui "pose problème au rationnalisme scientifique" à travers l'idée de programme génétique.

Son étude montre que des applications comme celle des biotechnologies ne sont pas stables au long cours et il insite sur le caractère dégénéré des reproductions génétiques:

Or nous chercherons à démontrer que cette reproductibilité ne saurait reposer uniquement sur une grande précision, une grande fiabilité des régulations, mais aussi et surtout sur leur caractère dégénéré. Mr Heams

Trois extraits de l'abstract et de l'introduction:

"La biologie moléculaire repose sur des bases déterministes qui ont longtemps été fécondes mais sont désormais un handicap pour la compréhension des phénomènes biologiques. Le déterminisme en génétique est un concept robuste mais dont les fondations apparaissent de plus en plus fragiles, notamment le concept de spécificité et l’importance centrale accordée au génome. À partir de ces constats, nous faisons une proposition théorique. Nous proposons une nouvelle grille de lecture des relations intercellulaires, que nous appelons endodarwinienne. Il s’agit de postuler que les cellules ont un comportement aléatoire a priori, notamment dans leur expression génétique et que seules celles qui adoptent un profil d’expression adapté à leur environnement sont dans un second temps sélectionnées. Dans ce modèle,les cellules ne répondent pas à des "signaux" de manière prévisible. Dans une large mesure, les cellules sont mues par leur intérêt immédiat. Ce modèle est une réponse à la crise du déterminisme car il rend inutile de postuler une spécificité des interactions moléculaires, et permet de sortir de la notion rigide de "programme génétique", sans pour autant nier le rôle évident des gènes."

"Nous défendrons l’idée dans cette thèse que le concept de spécificité n’a pas de bases solides en biologie moléculaire, même s’il peut être parfois fonctionnellement utile."

"Cette proposition se veut testable et réfutable, et répond donc aux critères de l’investigation en sciences expérimentales. Elle pourrait déboucher sur une méthode généralisable en biologie moléculaire et cellulaire."

La reconnaissance de la place prépondérante de la dynamique stochastique permet de mettre un terme au réductionnisme génétique mais aussi au génocentrisme et permettra sans doute des études plus sérieuses des applications biotechnologiques modernes dans des espaces confinés.

Source: PASTEL, bibliothèque virtuelle des thèses soutenues dans les grandes écoles de Paris
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[jiherve]

Bonsoir
N'etant qu'un honnête homme béotien dans le domaine je m'interroge sur la signification de :

Ce scientifique propose d’en finir avec le déterminisme biologique ambiant et de donner une place prépondérante aux phénomènes stochastiques à l’oeuvre dans les cellules et au niveau du génome. Ce déterminisme, fait appel à une sorte de prédestination(programme génétique), qui selon lui "pose problème au rationnalisme scientifique" à travers l'idée de programme génétique .

Considére t'il que toute la génétique ait quelque chose à voir avec l'ID?

JR

[invitea65d3c27]

Considére t'il que toute la génétique ait quelque chose à voir avec l'ID?
JR

En survolant la table de matière de la thèse et voyant le sous chapitre page 143 intitulé "le modèle du péché originel", on pouvait un instant le craindre.
Mais non, ce monsieur met quand meme son doctorat en jeu, ne l'oublions pas.

En lisant ça Il s’agit de postuler que les cellules ont un comportement aléatoire a priori, notamment dans leur expression génétique et que seules celles qui adoptent un profil d’expression adapté à leur environnement sont dans un second temps sélectionnées. Dans ce modèle,les cellules ne répondent pas à des "signaux" de manière prévisible. Dans une large mesure, les cellules sont mues par leur intérêt immédiat.
ça me fait plutot penser à un modèle endolamarckien "dégénéré". Postulons, postulons, il restera toujours qq chose.
Décidément, en apprenant que ce genre de thèse existe, je me demande si je dois rire ou pleurer.

[piwi]

Il ne faut pas non plus tout jeter!
La notion de programme génétique est effectivement discutée. Dans quelle mesure y a t il vraiment un programme ecrit dans les gènes...
De plus en plus, les voies de signalisations que tout biologiste connait, voient leur limites tomber dans le flou, tout est interconnecté. Si bien que l'on a parfois la sensation quelque peu vertigineuse d'un magma, d'un bouillonement. Nous avons décrit dans un premier temps les choses de façon simple parce que c'etait la seule façon de les apréhender. Il y avait la voie des MAPK, celle de sonci hedgehog, ect.... C'etait clair, c'etait carré, chacune avait son rôle, son domaine. Ca n'est plus vraiment le cas.
Il me semble du coup légitime de s'interroger, au moins, sur ce que l'on est en train de faire et sur la réalité biologique que nous tentons de mettre en évidence. Tout essai est intéressant.

Cordialement,
piwi

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite1397b00c]

Tout a fait d'accord avec Piwi.

Rejeter des sujets de recherches sous pretextes qu'il y a allusion à la religion ou un esprit divin ressemble à de l'inquisition.

[piwi]

Heu ca n'est pas ce que j'ai dis ou en tout cas ce que je voulais dire.
Ce que je voulais dire c'est que la vision organisée du vivant avec des voies de signalisation bien propres et des éléments faits pour aller avec d'autres peut sembler dépassée par certains aspects. Le fait de remettre en cause cette vision des choses ne me choque pas et je pense que cette tentative de remise en question est salutaire et qu'il peut en sortir des choses intéressantes. A ce titre, les termes plans d'organisation, programme génétique, programme de développement, voie de signalisation, peuvent être remis en cause et discutés.
Par exemple, si l'on considère une molécule bien connue comme la beta-cathénine. Cette molécule est identifiée depuis des lustres comme une molécule jouant un rôle dans l'organisation des filaments d'actine. Elle était donc rangée comme une protéine de structure.
Plus récemment on c'est rendu compte qu'en plus de ce rôle elle jouait un rôle dans la signalisation cellulaire, rien à voir avec ce pourquoi on la connaissait.
Ce que je veux dire c'est qu'il n'y a pas forcément l'organisation, la logique, que l'on prête au vivant. Nous avons formalisé les choses de façon à pouvoir les communiquer, les comprendre. C'est certes très didactique mais pas forcément vrai. Mais nos modèles sont bien ancrés maintenant et secouer un peu le cocotier de temps en temps nous permetterait sans doute d'avancer un peu plus loin.

Maintenant il est bien evident que l'on reste dans le domaine de la science et qu'il n'est pas question dans mon propos de faire entrer le divin ici.

[invite28334cbd]

Bonjour jhervé,

entre la génétique et son idée de programme génétique, et l'ID, il n'y a vraiment pas grand chose qui diffère, juste une question d'angle de vue.

Le programme génétique est tout aussi irrationnel que l'idée d'un dessein intelligent !

Ce qui est marrant, c'est que ceux qui dénigrent l'ID, le plus violemment, sont ceux-là même qui croient dur comme fer au programme génétique et à la spécificité absolue des gènes !

Heureusement, qu'il existe des chercheurs compétents comme Mr Heams qui balaient ces contradictions d'un revers de la main, en approfondissant les connaissances et en faisant avancer la biologie avec de nouvelles théories plus sérieuses.

Aurélien-w

Bonsoir
N'etant qu'un honnête homme béotien dans le domaine je m'interroge sur la signification de :

Considére t'il que toute la génétique ait quelque chose à voir avec l'ID?

JR

[invite0e4ceef6]

hm, je vois mal comment on peux faire l'amalgame entre ID et génome surtout lorsque l'on comment celui-ci c'est formé.. par élimination succéssive des variations de sa structure, ne restant en fait que les structures les plus adéquate "pour" un environement...

l'intelligence c'est précisément l'inverse du shémas evolutif tel que la nature nous le montre. puisque celle-ci n'est effective qu'avec de l'intentionalité, donc la capacité de visé, ou d'etre attiré par un quelquechose, et d'accepter ou de refuser l'attirance de l'objet, de la chose.. cela demande d'avoir une conscience claire du résultat de ses propres actions.

l'evolution quand a elle a surtout retenu comme moyen de progréssion la multiplicité des variants, qui tous aurons une chance de ne pas etre détruit avant de se reproduire... il n'y a aucune intelligence dans ce phénomène, juste une bonne dose de chance pour les survivants...

quand au fait que l'adn soit un pur programe déterministe, oui, il ne fait que develloper une struture morphologique finie. mais ce n'est qu'un variant, et ce ne sont pas les variant qui font l'espèce, mais bien la survivance des varaints d'une espèce a des modification de l'environment... le moteur de l'evolution reste bien l'environement du variant et quelquesoit cet environement, a ce titre, l'on peux dire que tout evenement dangereux pour ce variant est un element de son environement que celui-ci doit géré..
je revient sur ce point a propos de la thèse de Mme d'ambricourt qui préfère de loin une evolution programé et automatique au coeur du génome, plutôt que de prendre en compte que l'environement ne se limite pas a se l'on nome enviroenment habituellement. note contexte culturo-social est un environement, un lieu de survie.. et la gravitation est aussi un element de cet enviroment, sur le plan de la formation des structures osseuses. le changement de position induit il y a quelques millions d'année, donc la position en face de la gravité peut toujours aujourd'hui induire des modification du concept bipédique, si celui-ci n'a pas atteint un certain equilibre thermodynamique.

beaucoup cherche une volonté consciente, alors que l'on apperçoit au mieux que des attracteurs, mais peut-on vraiment dire que se casser la gueule vers quelquechose soit une marque d'intelligence?? non, pas vraiment, c'est plutôt l'inverse, c'est trouver le moyen de ne pas tomber..

[jiherve]

Bonsoir
je ne "crois" pas plus à l'ID qu'au programme génétique immuable (car d'où viendrions nous) je pense par contre que l'évolution est un mécanisme opportuniste, adaptatif en quelque sorte et que le hasard y joue sans doute un grand role et que donc le determinisme n'est pas une fatalité
Cette thèse , intéressante, n'est iconoclaste qu'en apparence.
JR

[invite32f57b05]

Il me semble qu'il y a là une mauvaise lecture de cette thèse.

Je n'ai pas l'impression que Mr Heamsnie tout déterminisme, mais plutôt qu'il le nuance.

Et il l'explique d'ailleurs dans la discussion : il n'y a pas absence de programme : simplement tout ne se résume pas à un programme.
Le "programme" génétique existe, mais n'est pas seul en jeu, et n'est ni information, ni instruction : il est les deux.

On en avait déjà un exemple avec le rôle de régulation de l'expression de protéines, dont les gènes sont parfois eux-même régulés, et on en a eu récemment un autre d'une importance non moindre ; les micro-ARN, et l'interférence à ARN.

On se retrouve donc face à un ensemble extrèmement complexe d'interactions. A cela vient s'ajouter une certaine sensibilité, donc des facteurs environnementaux.
Résultat : on aurait un système tellement compliqué qu'on pourrait le modéliser de façon stochastique.


Attention ! cela ne veut pas dire qu'un gène codant pour une protéine donnée peut se mettre d'un seul coups à coder pour autre chose, ou disparaitre !
Il s'agit de régulation de l'expression, pas d'édition en temps réel de l'ADN, ni de changement soudain du code de transcription/traduction.

Ne tombez pas dans le panneau dénoncé en fin de page 180.


Merci de me corriger si je dis une bétise ; la génétique n'est pas ma spécialité.