Liste de publications sur les origines de la vie

[Geb]

Bonjour,

J’aimerais me lancer un défi : celui de compiler un maximum de publications scientifiques qui touchent au plus près à la question des origines de la vie de la vie sur la Terre, c’est-à-dire que j’aimerais proposer une liste exhaustive de références bibliographiques qui pourrait contenir, à terme, probablement plus de 150.000 éléments, principalement publiés depuis la seconde moité du XIX^e siècle.

Mon objectif est de me donner les moyens d’ajouter à ma liste environ 20 éléments par jour en moyenne (soit environ 7.000 articles par an). L’idée ce serait également de travailler en parallèle à une classification par mots-clés, qui me servirait à catégoriser les différentes publications ; des mots-clés comme "monde à ARN" par exemple, mais dont la liste complète reste à déterminer (il y aura probablement plusieurs centaines de ces catégories en définitive).

Ce pourquoi j’aimerais votre assistance dans ce contexte, c’est par rapport à la question de "contourner" (en quelque sorte) la limitation de Google scholar de 1000 articles maximum par recherche. En effet, si je me contente de demander à Google scholar de me sortir toutes les publications de 2023 qui mentionnent l’expression "origin of life", alors il me sort 4670 résultats, desquels je ne pourrai malheureusement voir que les 1000 premiers résultats. La question est donc la suivante : Peut-on créer une méthodologie pour retrouver de manière détournée, par une méthode indirecte, la liste de tous les articles publiés en 2023 (c’est-à-dire les 3670 articles qui manquent encore) ?

Il est évident que tous les articles qui mentionnent l’expression "origin of life" ne vont pas avoir tous pour sujet principal la question des origines de la vie sur la Terre. Cependant, l’avantage de Google est cet outil gratuit pour justement vérifier le propos principal de chaque publication et le contexte dans lequel apparaît l’expression "origin of life" qui nous occupe. D’où ma volonté, si possible, de passer par cet outil gratuit.

Cordialement.
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[Deedee81]

Salut,

C'est assez titanesque comme projet. Google : dix milliards de pages. Woaw.

D'autant que comme tu l'as dit "origin of life" doit être mentionné sans que ce soit vraiment le sujet mais aussi de nombreux articles intéressant ne le mentionnent peut-être pas. J'avais lu une fois un article (vulgarisé dans une revue) sur la synthèse abiotique de la pyrimidine. Malheureusement je ne le retrouve pas. Mais je ne serais pas autrement surpris que "origin of life" ne soit pas dans le titre et peut-être même pas dans l'abstract.

[Geb]

D'autant que comme tu l'as dit "origin of life" doit être mentionné sans que ce soit vraiment le sujet mais aussi de nombreux articles intéressant ne le mentionnent peut-être pas. J'avais lu une fois un article (vulgarisé dans une revue) sur la synthèse abiotique de la pyrimidine. Malheureusement je ne le retrouve pas. Mais je ne serais pas autrement surpris que "origin of life" ne soit pas dans le titre et peut-être même pas dans l'abstract.

J'ai une liste de plusieurs centaines d'expressions plus spécifiques qui m'ont permis de faire une série de listes de références bibliographiques plus ou moins exhaustives. On pourrait aborder ce sujet si ça vous intéresse. Pour trouver les 6000 publications sur les origines de l'homochiralité de certaines biomolécules, j'avais utilisé, si je me souviens bien, une cinquantaine d'expressions différentes.

Pour les expressions un peu vieillottes comme "origination of life", la question ne se pose pas selon moi, puisqu'on ne dépasse jamais cette limite de 1000 références maximum par recherche imposée par Google scholar.

Or, si je vise l'exhaustivité, il faudra bien que je m'attaque à ce problème de la limitation à 1000 résultats par recherche. Peut-être que de passer par une liste d'expressions plus spécifiques nous permettrait éventuellement de retrouver toutes les publications de 2023 qui mentionnent l'expression "origin of life", ou d'autres expressions trop peu spécifiques ("origins of life", "appearance of life", "emergence of life", etc.) ?

Cordialement.

[philippedelimoges]

Bonsoir Geb,

SUDOC ... ? https://www.sudoc.abes.fr/ (2634 résultats)

Côté Québec/Canada : https://biblio.uqar.ca/theses-et-memoires/canada + https://uqar.on.worldcat.org/search?...sChecked=false (818 000 résultats)

Cordialement

[A voir en vidéo sur Futura]

[Geb]

Bonsoir,

SUDOC ... ? https://www.sudoc.abes.fr/ (2634 résultats)

C'est une bonne idée, mais on est plutôt à 371 résultats avec le catalogue SUDOC en ce qui concerne la seule expression "origin of life".

Côté Québec/Canada : https://biblio.uqar.ca/theses-et-memoires/canada + https://uqar.on.worldcat.org/search?...sChecked=false (818 000 résultats)

Pareil pour le catalogue WorldCat, je suis plutôt à 30541 résultats.

Au début de mon listing, il y a des stratégies simples qui seront a priori très efficaces pour trouver mes quelques dizaines de publications par jour, comme de tirer les publications adéquates d’un bilan des publications avec Google scholar de grands noms de la recherche sur les origines de la vie, en partant du principe qu’une partie proportionnellement importante de leurs publications aura effectivement pour sujet les origines de la vie. On peut penser à Alexandre Oparine, Stanley Miller, Leslie Orgel, Robert Shapiro, et bien d’autres. Le risque, c’est d’omettre des contributeurs et contributrices légitimes qui ne sont pas connus (le problème est similaire pour les publications qui ne seraient pas en anglais).

Cela dit, plus je vais me rapprocher des années les plus récentes, plus je risque d’être limité par la quantité de résultats dans mes recherches sur Google scholar. Et lorsque j’écris récentes, je veux déjà parler de 1984, époque à partir de laquelle Google scholar commence déjà à sortir plus de 1000 résultats par an pour la simple expression "origin of life".

Au fur et à mesure que ma liste s’étoffera, je pense qu’une des bonnes pratiques qu’il conviendra d’adopter, sera d’assigner un numéro unique à chaque publication, afin d’éviter d’ajouter des doublons à la liste.

Là où je pourrais éventuellement palier à certaines des lacunes de Google scholar, ça serait en passant par des bibliothèques numériques gratuites qui proposent des recherches en plein texte (ce qui n'est pas le cas, ni pour SUDOC, ni pour WorldCat), et qui ne présentent pas, à ma connaissance, cette limitation à 1000 résultats maximum. Lorsque je tape "origin of life" dans une recherche en plein texte sur Internet Archive (archive.org) , j’obtiens près de 105.000 résultats. Le problème de cette base de données, c’est qu’il y a souvent de très nombreuses occurrences du même bouquin (parfois pas la même édition, mais où le contenu n’a pas forcément changé), sans compter la littérature créationniste que je souhaite éviter (mais dans ce cas précis, le problème est le même sur Google scholar). Donc, ça va me demander un sacré travail de curation de contenu pour savoir quelles références intégrer effectivement à ma liste.

Quoi qu’il en soit, il y a de très nombreux candidats potentiellement intéressants pour moi sur internet, outre Internet Archive, y compris pour des articles qui ne seraient pas en anglais. Ma méthode de recherche repose actuellement sur un moteur de recherche dédié (Google scholar) et 6 bibliothèques numériques : HathiTrust Digital Library, Internet Archive, Biodiversity Heritage Library (qui fait largement double emploi avec archive.org), JSTOR, Gallica, Canadiana, Emeroteca Digitale (http://emeroteca.braidense.it). Je ne désespère pas non plus de trouver rapidement une bibliothèque numérique avec une recherche en plein texte principalement dédiée à des ouvrages en espagnol.

Premier écueil, cela me donne des résultats potentiellement significatifs en seulement 4 langues (anglais, français, espagnol et italien).

Cordialement.

[Geb]

L'Université de Pennsylvanie propose aussi une courte liste (d'un peu plus d'une centaine d'ouvrages, en différentes langues) sur les origines de la vie, qui utilisent abondamment l'un ou l'autre des termes suivants (dans leur langue respective) : "abiogenesis", "biogenesis", "heterogenesis", "plasmogeny", "plasmogony" ou "origin of life".

Cordialement.

[Geb]

Côté Québec/Canada : https://biblio.uqar.ca/theses-et-memoires/canada

Si je compte bien, l'Université du Québec à Rimouski (uqar.ca) suggère 3 bases de données différentes (Portail Thèses Canada, Érudit et Proquest).

Pour Portail Thèses Canada, j'en suis à 6 sources a priori pertinentes pour l'expression "origin of life" :

- Error-Tolerant Coding and the Genetic Code (Alexander Gutfraind, 2006)
- High resolution structural investigation of synthetic and natural 2 :1 clay-mineral assemblages using advanced sample preparation and electron microscopy imaging techniques (Dirk Schumann, 2012)
- Measuring the Thermodynamic Properties of Adenine: Towards a Model for the Origins of Life (Alexander Lowe, 2013)
- DNA-Directed DNA Polymerases Evolve From Reverse Transcriptase (Lei Zhang, 2013)
- Formaldehyde as a Catalyst :Investigations on the Role of Formaldehyde as a Potential Prebiotic Catalyst and Desymmetrization Agent (Mohammad Jamshidi, 2017)
- De la théorie des jeux à l'exobiologie : l'émergence de la coopération comme phénomène critique (Alexandre Champagne-Ruel, 2020)

Il me semble que l'intérêt principal de ce site, c'est qu'il contient aussi les liens vers un tas de sites qui recensent d'autres mémoires et thèses potentiellement intéressantes pour moi (dans les sections "Mémoires et thèses canadiens" et "Mémoires et thèses internationaux").

À ma connaissance, ProQuest figure déjà par défaut dans les résultats des recherches sur Google scholar.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

Quelques mots au sujet de la méthode assez rudimentaire que j’ai choisi d’employer pour l’instant... Vous l’avez compris, c’est une méthode en solitaire et qui est assez chronophage, mais si vous avez des idées je suis preneur. J'essaye de voir s'il serait possible de me faciliter la tâche en utilisant une API (application programming interface) pour Google scholar, mais comme je n'y connais rien, ça risque de me prendre un peu de temps...

J’essaye de m’attaquer d’abord et avant tout aux expressions peu courantes, qui sont plus facilement gérables en terme de résultats.

Plutôt que de m’intéresser directement à l’expression "genesis of life" (qui correspond à 2840 résultats), je m’intéresse actuellement aux expressions suivantes :

- "genesis of living"
- "genesis of a living"
- "genesis of the * living"

En réalité, je m’intéresse à une combinaison des trois (ma requête dans Google scholar est : "genesis of living" OR "genesis of a living" OR "genesis of the * living"), ce qui me donne 461 résultats.

En général, j’aime bien classer mes résultats du plus ancien au plus récent et noter un mot-clé provisoire (annoté "tag"), qui pour l’instant sera la manière dont je les ai trouvés, par exemple tag: "genesis of living" (et en général, j’aime être encore plus précis, en prenant en compte le mot qui suit "living" dans le mot-clé dont je conserve la trace, comme "genesis of living beings").

Du coup, pour prendre un exemple à partir des résultats avec cette recherche, la ligne qui correspondrait dans ma véritable liste de références bibliographiques (que je rendrai un jour peut-être disponible en ligne), ressemble à ça :

- Andrew J. Flavell (1995). "Retroelements, reverse transcriptase and evolution", Comparative Biochemistry and Physiology Part B: Biochemistry and Molecular Biology, Volume 110, Issue 1 (January 1995), pages 3-15.
DOI: 10.1016/0305-0491(94)00122-B tag: "genesis of living systems"

Si vous avez des critiques à formuler (ou d'autres suggestions), surtout n’hésitez pas.

Cordialement.

[MissJenny]

tu ne vas pas aimer mon commentaire, mais je le fais quand-même. Je pense que tu ne feras jamais mieux que ce qu'on peut obtenir avec les outils proposés par Clarivate, et donc que tu perds ton temps.

[Geb]

Bonjour,

tu ne vas pas aimer mon commentaire, mais je le fais quand-même. Je pense que tu ne feras jamais mieux que ce qu'on peut obtenir avec les outils proposés par Clarivate, et donc que tu perds ton temps.

Merci MissJenny pour ta remarque ! Au contraire, ça m'intéresse que tu développes cette idée. Tout ce que j'ai trouvé sur la société Clarivate, c'est qu'elle gère le Web of Science. Quels sont les autres de leurs outils auxquels tu penses lorsque tu dis que je ne ferai "jamais mieux" ?

Aussi, mon but ce n'est pas de faire mieux que Google scholar ou que Web of Science (loin de là).

Je m'inspire plutôt d'efforts précédents qui visaient à faire le bilan des publications sur des sujets similaires à celui des origines de la vie sur la Terre.

Je ne sais exactement combien de références bibliographiques il y a dans l'édition en anglais du bouquin qu'Alexandre Oparine a publié en avril 1938, mais l'ouvrage était clairement célèbre, entre autres choses, pour le volume et la qualité de sa bibliographie, sans commune mesure avec les ouvrages de l'époque sur le même sujet.

Alexandre Oparine a continué sur sa lancée lorsqu'il a publié l'édition suivante de cet ouvrage (toujours en anglais) en 1957, qui contenait probablement plus de 1000 références bibliographiques non-redondantes (il faut que je vérifie).

Pendant plus de 20 ans, Stanley Miller était connu pour être un des rares à publier régulièrement un bilan relativement exhaustif des synthèses abiotiques de matière organique avec des mélanges de gaz.

Cyril Ponnamperuma a été parmi les derniers "géants" de ce champ d'investigations scientifiques (à ma connaissance) à participer activement à la réalisation de ce genre de bilans exhaustifs (West & Ponnamperuma, 1970 ; West et al., 1972, 1973, 1974, 1975, 1976, 1977, 1978 ; Pleasant & Ponnamperuma, 1980a, 1980b, 1981, 1982, 1983, 1984 ; Pleasant et al., 1987 ; Wade et al., 1987, 1989 ; Powers & Ponnamperuma, 1990 ; Roy & Powers, 1990).

Moi, je pense avoir deux choses que les chercheurs en mode "publish or perish" me semblent avoir de moins en moins : un intérêt personnel pour cet aspect bibliographique et du temps.

Le défi, c'est évidemment que depuis 1990, la production scientifique dans ce domaine a littéralement "explosée". Du coup, comment rester exhaustif, autant que faire se peut, dans ce contexte ? Moi je pense (ou plutôt j'espère) qu'il existe des outils qui pourront m'aider dans cette tâche titanesque (pour reprendre le terme utilisé par Deedee), même si je ne les connais pas encore.

Cordialement.

[philippedelimoges]

Bonsoir Geb,

Autre site intéressant : https://www.dart-europe.org/basic-search.php (site qui recense les thèses provenant de centaines d'universités de 29 pays européens)
Pour info : une thèse de 1996 https://www.theses.fr/1996PA070073 ... donc biblio

Cordialement

[Geb]

Bonjour,

Autre site intéressant : https://www.dart-europe.org/basic-search.php (site qui recense les thèses provenant de centaines d'universités de 29 pays européens)

Merci Philippe !

La recherche de thèses et de mémoires n'a plus aucun secret pour toi on dirait

Pour info : une thèse de 1996 https://www.theses.fr/1996PA070073 ... donc biblio

Tu veux dire que si je parvenais à mettre la main sur la bibliographie de la thèse de Stéphane Tirard (un de mes épistémologues préférés), je trouverai beaucoup de publications intéressantes pour moi, c'est bien ça ?

J'ai essayé theses.fr avec les expressions les plus courantes :

- "origine de la vie" (702 résultats)
- "origines de la vie" (236 résultats)
- "apparition de la vie" (355 résultats)
- "émergence de la vie" (151 résultats)
- "chimie prébiotique" (98 résultats)
- "évolution prébiotique" (4 résultats)
- "monde à ARN" (27 résultats)
- "monde ARN" (32 résultats)
- "mondes ARN" (1 résultat)
- "homochiralité" (44 résultats)

J'ai essayé aussi quelques autres expressions mais elles n'ont rien donné.

Bien entendu, il va falloir faire le tri (surtout pour "émergence de la vie", bizarrement ; beaucoup de résultats hors de mon sujet), mais c'est bien là l'intérêt de ce que je fais : la curation de contenu.

Là, je ne suis pas en avance car ce soir, je devrais théoriquement déjà en être à une liste de 1340 publications (si je compte bien) pour tenir ma moyenne d’environ 20 référencements par jour sur l’année 2024.

Sans surprise, je suis encore très loin du compte puisque je viens quasiment de commencer à zéro. Mais je parviens jusqu’ici à y consacrer quotidiennement près de 2 heures de mon précieux temps libre. Je vous rassure, il me faut en général moins de 2 minutes pour ajouter une référence à ma liste. Cependant, je fais régulièrement des trouvailles tellement intéressantes à mes yeux que je "perds mon temps" à les parcourir. Le dernier exemple en date étant un débat suscité par un article publié en janvier 1897 du médecin britannique Lionel Smith Beale (1828-1906), débat qui s'est poursuivi, principalement (mais pas seulement) dans le journal The Lancet, jusqu'en juillet 1899.

Alors, 2 heures par jour, c'est beaucoup, je vous l'accorde. Je ne sais pas combien de temps je vais tenir à ce rythme-là (le but c’est quand même de trouver un rythme que je puisse tenir à très long terme), mais pour l’instant ça me convient, tant que je n’aurai pas rattrapé mon "retard", d'une manière ou d'une autre.

Mais avec votre aide, qui me permet de continuer à accumuler des sites sources où "faire mon marché", je suis quasiment sûr de remplir mon objectif sur l'année 2024.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

Vous avez une idée des règles de formalisation (conventions d'écriture) pour le "référencement bibliographique" des mémoires et des thèses ?

Pour celle dénichée par Philippe ci-dessus par exemple :

Pour info : une thèse de 1996 https://www.theses.fr/1996PA070073 ... donc biblio

Est-ce que ça pourrait ressembler à l'exemple ci-dessous :

- Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIX^ème siècle jusqu'aux années 1970, thèse de doctorat, Université Paris-Diderot (Paris-VII), 1996.

Je vois que sur theses.fr on n'indique pas le nombre de pages, mais il y a à chaque fois les noms des directeurs de thèse. Est-ce que c'est important de le mentionner également ?

Cordialement.

[Deedee81]

Salut,

Je ne sais pas si ça peut-être utile. Mais au cas où, il y a une liste importante de ressources ici :
https://bu.univ-fcomte.fr/ressources...tique=biologie

[Geb]

Salut Deedee,

L'immense majorité, c'est-à-dire au moins : HAL, Nature, PLOS, PMC et PubMed, ScienceDirect, Springer, Wiley, ArchiMer, ArXiv, BioMed Central, Springer, EDP Sciences, Gale, Oxford University Press et Pascal sont déjà intégrées par défaut dans toutes les recherches Google scholar (les résultats de theses.fr y sont aussi d'ailleurs). En outre, l'option "Citer" de Google scholar me facilite grandement le travail, alors, sauf si le nombre de résultats pour une année particulière dépassait les 1000 occurrences, je ne serais pas contraint d'explorer chaque site dans ta liste, l'un après l'autre.

Cordialement.

[Deedee81]

D'accord, désolé

[Geb]

D'accord, désolé

Non, au contraire ! Faire une liste exhaustive des sources auxquelles les recherches Google scholar se rapportent est une des manières de remédier au problème que représente cette limite de 1000 résultats maximum par recherche qui pointera le bout de son nez dès les années 1980...

Le défi actuel consiste surtout à rattraper un retard d’environ 175 ans, ce qui n'est pas une mince affaire. Pour ce faire, je me contente de compiler d’anciennes publications déjà référencées ailleurs, avec une volonté de parvenir à une cohérence, à une certaine uniformité.

Or, j’observe qu’en 20 ans environ, Cyril Ponnamperuma et ses collègues auront retenu 7329 publications scientifiques dans leur bibliographie sur le thème de "l'évolution chimique et l'origine de la vie". La dernière année étudiée semble avoir été la plus ambitieuse, avec 620 éléments référencés pour la seule année 1986. Évidemment, ça ne nous dit rien sur le nombre de publications qu'ils ont dû effectivement avoir sous les yeux pour ne retenir finalement que 620 publications (et ce n'est pas un détail pour ce qui nous occupe : potentiellement beaucoup de "rebus").

Donc, si je parvenais à m’en tenir à 20 publications référencés par jour (ce qui est très ambitieux à mon petit niveau), j’arriverais à faire au moins 11 fois mieux que ce qui a pu être fait il y a près de 35 ans. Une autre manière de voir les choses, c’est que j’arriverais, progressivement, à traiter l’équivalent de 11 fois l’année 1986 par an et donc, je rattraperais progressivement mon retard, et ce jusqu’à ce que la production annuelle de nouvelles publications dépasse les 7000 éléments (ce qui n’est a priori pas encore le cas).

Si j’y arrivais, cela traduirait aussi admirablement selon moi la puissance des outils qui sont à la disposition du quidam moyen aujourd’hui.

Ensuite, si je parviens à "rattraper" ce retard (nous n’en sommes pas encore là), je devrai essayer de trouver d’autres méthodes (comme celle que nous inspire Deedee). En effet, il me faudra entreprendre une démarche très différente, de "veille documentaire", c’est-à-dire suivre au quotidien les publications des nouveaux articles scientifiques ou de livres sur le sujet. On passerait dès lors d'une démarche largement passive à une démarche éminemment active. Ladite démarche active ne me semble d'ailleurs pas moins ardue que la démarche passive, et sûrement pas moins contraignante en terme de temps à y consacrer.

Un des moyens de faire face à ce nouveau défi serait de me livrer à une sorte d'étude sociologique (avec l'outil Google labels par exemple) de la communauté scientifique qui s'intéresse à la question des origines de la vie sur la Terre (identifier les individus et les institutions de recherche qui produisent ledit contenu aujourd'hui), pour lequel mon travail précédent de compilation s’avérera sans aucun doute très utile.

Cordialement.

[Deedee81]

Le défi actuel consiste surtout à rattraper un retard d’environ 175 ans

Non, presque 4 milliards d'années Je rigole.

Mais d'une manière générale :

Alors, 2 heures par jour, c'est beaucoup, je vous l'accorde. Je ne sais pas combien de temps je vais tenir à ce rythme-là (le but c’est quand même de trouver un rythme que je puisse tenir à très long terme), mais pour l’instant ça me convient, tant que je n’aurai pas rattrapé mon "retard", d'une manière ou d'une autre.

Ne force pas. Bon, là je parle à titre personnel mais c'est sûrement assez général.

Je fais des vidéos youtube. Hier j'en ai fait deux et j'aurais pu en faire quatre. Mais après deux c'est "bon, j'en ai assez pour aujourd'hui".
Car je sais que si je me force je vais perdre toute motivation et laisser tomber, et ça j'en ai pas envie (actuellement en tout cas).
Ayant fait environ 2000 vidéos on peut dire que je tiens le cap
EDIT non : 4420

Au niveau professionnel je n'ai pas ce soucis : c'est mon métier et il y a des choses qu'on doit bien faire même si on n'aime pas. Mais au niveau privé tout ce qu'on a c'est "le désir de le faire". Et faut pas le perdre.

Maintenant, le seuil de tolérance varie et le tiens.... il n'y a que toi qui le connait

[MissJenny]

fais attention avec Google scholar, il recense toutes sortes de documents qui ne sont pas des articles scientifiques.

A titre d'exemple, si je cherche les papiers dont je suis coauteur, sur le Web of Science j'en trouve 75 (en réalité j'en ai publié 78), et google scholar en trouve 146, voire plus de 1000, selon que je mets mon prénom entier ou seulement l'initiale.

[Deedee81]

fais attention avec Google scholar, il recense toutes sortes de documents qui ne sont pas des articles scientifiques.

Faut faire un tri. Et ce qui n'est pas publié "correctement" n'est pas nécessairement inapproprié.
Mais je suppose qu'il faut d'abord "faire la collecte" et la suite c'est après

Un peu HS, anecdote :
Ta remarque me fait penser à un truc que je ne citerai pas (je veux pas faire la pub) : je suis régulièrement cité (j'ai un avertissement) mais ne me demandez pas pourquoi (accès payant, je n'ai donc pas vérifié). Et avec mon nom il y a vraiment peu de chance que ce soit des homonymes.

[MissJenny]

il y a bien sûr des documents intéressants qui ne sont pas des articles scientifiques au sens strict, mais dans les documents trouvés par Google scholar il y a aussi pas mal d'articles de presse qui ne font que reprendre les infos publiées par ailleurs. Je trouve par exemple quand je cherche mon nom les communiqués de presse que le CNRS diffuse quand on publie un article intéressant. Ce que je voulais dire c'est que si Google scholar trouve sur un certain sujet 15000 documents, il y a peut-être 1000 articles scientifiques, 1000 autres documents intéressants, et le reste sont des doublons ou des reprises des mêmes infos.

[Geb]

Non, presque 4 milliards d'années Je rigole.

Moi je dirais plutôt entre 4,2 et 4,3 milliards d'années, mais à ce niveau, on ne va pas chicaner pour quelques centaines de millions d'années.

Ne force pas. Bon, là je parle à titre personnel mais c'est sûrement assez général.

Je fais des vidéos youtube. Hier j'en ai fait deux et j'aurais pu en faire quatre. Mais après deux c'est "bon, j'en ai assez pour aujourd'hui".
Car je sais que si je me force je vais perdre toute motivation et laisser tomber, et ça j'en ai pas envie (actuellement en tout cas).
Ayant fait environ 2000 vidéos on peut dire que je tiens le cap
EDIT non : 4420

Selon moi, l’exploit n’est pas tellement que tu aies produit 4420 vidéos, mais que tu as fait tout cela en seulement 2228 jours (ta première vidéo remontant au 30 janvier 2018).

Au nom des gens qui ont été contraint à l’alitement un certain temps (près de 6 semaines pour moi), je te remercie pour ta chaîne YouTube.

Au niveau professionnel je n'ai pas ce soucis : c'est mon métier et il y a des choses qu'on doit bien faire même si on n'aime pas. Mais au niveau privé tout ce qu'on a c'est "le désir de le faire". Et faut pas le perdre.

Moi, ce qui me fascine (dans mon métier comme dans le privé), c’est la question de se laisser du temps pour se remettre en question, s’améliorer : prendre le temps d’explorer ce qui se fait ailleurs, essayer d’innover, ne pas avoir peur de changer des choses, expérimenter des trucs nouveaux, être ouvert à la critique, etc.

Si je devais appliquer cette fascination à mon problème actuel, ce serait encore et toujours la question des outils de nature à faciliter mon travail (à le rendre plus rapide, plus efficace, vu l’ambition d’arriver à 150.000 items dans le délai le plus court), mais aussi la question des prochaines étapes, comme celle d’allonger la liste des détails intéressants (dans le respect du droit d’auteur évidemment) que je serai en mesure de fournir sur les publications qui seront intégrées à ma bibliographie.

Maintenant, le seuil de tolérance varie et le tiens.... il n'y a que toi qui le connait

Étant donnée la tâche dans laquelle je me suis lancé (qui pourrait fort bien m'occuper pour les dix ou douze ans à venir), je dirais que 7000 par an, ça n'est que le "tour de chauffe". Je suis un peu comme toi, en ce moment j'en fait 55 ou 60 par jour, mais j'aspire à retourner à une moyenne de 20 par jour une fois que j'aurai (enfin) "rattrapé" mon retard.

fais attention avec Google scholar, il recense toutes sortes de documents qui ne sont pas des articles scientifiques.

A titre d'exemple, si je cherche les papiers dont je suis coauteur, sur le Web of Science j'en trouve 75 (en réalité j'en ai publié 78), et google scholar en trouve 146, voire plus de 1000, selon que je mets mon prénom entier ou seulement l'initiale.

Oui, on est jamais à l'abri d'une bavure (surtout dans le cas d'un simple amateur comme moi), mais c'est un des grands avantages de fournir une liste qui est vérifiée "à la main" : la curation de contenu (c'est-à-dire faire l'effort d'enlever les rebus évidents de Google scholar ou autre). En outre, j'ai déjà mentionné le problème du contenu de la théologie créationniste (que j'essaye d'éviter) et qui vient évidemment encombrer la recherche Google scholar sur ce sujet (à une fréquence de plus en plus alarmante d'ailleurs).

Après, je pourrais limiter ma liste bibliographique aux publications scientifiques publiées dans des revues à comité de lecture, mais au fil des ans, j'ai remarqué de très bons articles de vulgarisation (notamment les American Scientist des années 1950-60), ou de vieux bouquins de géologie des années 1910 qui ont des chapitres nécessairement courts au sujet des origines de la vie, mais très bien écrits et relativement bien documentés pour l'époque. Ce serait dommage de s'en priver.

On pourrait aussi citer le problème des bouquins célèbres qui apparaissent plus de 100 fois dans les résultats Google la même année (parce qu'ils sont cités de 100 manières un peu différentes dans un tas de publications), ou les vieux bouquins qui apparaissent en 2008 parce que la balise date de Google Livres est foireuse, ou les bouquins récents qui sont mentionnés comme publié en 1755 parce qu'il y a une citation de Benjamin Franklin avant la page de titre, etc.

Cordialement.

[Deedee81]

Au nom des gens qui ont été contraint à l’alitement un certain temps (près de 6 semaines pour moi), je te remercie pour ta chaîne YouTube.

Ne riez pas hein, j'avais d'abord lu l'allaitement. Je me demandais de quoi tu parlais
Pourtant je ne suis pas dyslexique.

[Geb]

il y a bien sûr des documents intéressants qui ne sont pas des articles scientifiques au sens strict, mais dans les documents trouvés par Google scholar il y a aussi pas mal d'articles de presse qui ne font que reprendre les infos publiées par ailleurs.

OK, j'ai justement un article de vulgarisation trouvé avant-hier, que j'aimerais aussi proposé (en attendant d'avoir ma réponse pour l'article de Stéphane Tirard) en "travaux pratiques" dans cette discussion :

Le dernier numéro (n° 148) de la revue de vulgarisation gratuite Scientia, qui contient cet article :

- Learning to Code: tRNA and the Origin of Life (Zachary Frome Burton, 2024)

Dans la version PDF de l'article, on apprend que c'est une tentative de vulgarisation d'un article publié dans la revue Life :

- Lei Lei & Zachary Frome Burton (2023). "The 3 31 Nucleotide Minihelix tRNA Evolution Theorem and the Origin of Life", Life, Volume 13, Issue 11, article n° 2224 (20 pages).
DOI: 10.3390/life13112224

Moi, dans ma liste bibliographique, principalement par souci d'exhaustivité, je serais tenté de mentionner les deux éléments (revue de vulgarisation et revue spécialisée).

Que feriez-vous à ma place ?

Cordialement.

[philippedelimoges]

Bonsoir Geb,

Par rapport à la question du post 13 :

- Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIXème siècle jusqu'aux années 1970, thèse de doctorat en Épistémologie et histoire des sciences, Université Paris-Diderot (Paris-VII), 1996.

Inutile de donner le nom du directeur mais important de préciser le contexte universitaire (thèse en Histoire, science, philo ...) - inutile d'indiquer le nombre de page (ni pour les livres)
Autre : si la thèse a été publiée, l'indiquer. Attention : il y a souvent des différences entre la thèse et la publi (pour la publi référentiel qui peut être réduit, apparat critique amoindri, mais aussi des ajouts notamment biblio)
Dans une thèse il y a souvent un référentiel biblio plus étendue (soit dans l'analyse soit dans les notes soit en fin)
Pour info la thèse de Tirard est relativement modeste et elle existe sous forme de microfiche (donc a priori accessible dans beaucoup de BU Française).

Enfin, pour le monde francophone (surtout africain) voir sites https://forums.futura-sciences.com/l...hones-net.html

Cordialement

[Geb]

Par rapport à la question du post 13 :

- Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIXème siècle jusqu'aux années 1970, thèse de doctorat en Épistémologie et histoire des sciences, Université Paris-Diderot (Paris-VII), 1996.

Merci !

Autre : si la thèse a été publiée, l'indiquer. Attention : il y a souvent des différences entre la thèse et la publi (pour la publi référentiel qui peut être réduit, apparat critique amoindri, mais aussi des ajouts notamment biblio)
Dans une thèse il y a souvent un référentiel biblio plus étendue (soit dans l'analyse soit dans les notes soit en fin)

C'est le cas justement de la thèse de Stéphane Tirard (voir le SUDOC). Là encore, dans le cas de la publication d'une thèse, je serais curieux de connaître les conventions d'écriture. Puis-je la noter comme ci-après ?

- Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIX^ème siècle jusqu'aux années 1970, Presses universitaires du Septentrion, Collection "Thèse à la carte", Villeneuve d'Ascq (France), 1997.

Ou devrais-je simplement indiquer d'une manière ou d'une autre (comment ?), directement dans la référence bibliographique de la thèse qu'elle a été publiée par ailleurs ?

Enfin, pour le monde francophone (surtout africain) voir sites https://forums.futura-sciences.com/l...hones-net.html

Peut-être que je m’y prends mal, mais le site ScienceAfrique ne m’a sorti aucune publication sur les origines de la vie avec les quatre mots-clés qui sont d’ordinaire les plus courants (origine – origines – apparition – émergence de la vie).

Pareil pour le site du CAMES (Conseil africain et malgache pour l'enseignement supérieur) et des Éditions Science et bien commun.

Serait-ce qu’aucune chercheuse ni aucun chercheur en Afrique n’a publié sur la question ? Cela me paraît difficile à croire…

Seuls les sites Érudit (que tu avais déjà mentionné il me semble), et de l’Agence Universitaire de la Francophonie donnent à peine quelques résultats (surtout des brèves/actualités, mais aucune publication !), bien que si l'on regarde directement dans l'index "Origines de la vie" la "catégorie est vide" !

Cordialement.

[philippedelimoges]

Bonsoir Geb,

1) Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIXème siècle jusqu'aux années 1970, Presses universitaires du Septentrion, Collection "Thèse à la carte", Villeneuve d'Ascq (France), 1997.
- inutile de mettre le pays d'origine
- collection après l'éditeur (il y en a qui mettent entre parenthèses)
- préciser n° édition et l'année de cette nouv édition (important car possible différence avec l'ouvrage initial)
- si ouvrage ancien et réédité préciser : réimpr. éd./lieu/année (pas important mais permet aux lecteurs d'accroître ses chances de trouver l'ouvrage ; de plus, il y a potentiellement dans cette nouvelle réimpr. une préface ou un apparat critique intéressant)
- pour une thèse publiée soit ne pas indiquer la thèse et mettre la publication soit mettre la thèse et si titre identique préciser : thèse publiée
ex.
Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIXème siècle jusqu'aux années 1970, thèse de doctorat en Épistémologie et histoire des sciences, Université Paris-Diderot (Paris-VII), 1996 - thèse publiée par Presses universitaires du Septentrion (Collection "Thèse à la carte), Villeneuve d'Ascq, 1997.
ou
Stéphane Tirard. Les travaux sur l'origine de la vie de la fin du XIXème siècle jusqu'aux années 1970, Presses universitaires du Septentrion (Collection "Thèse à la carte), Villeneuve d'Ascq, 1997.


Attention colL thèse à la carte = thèse a priori remaniée (remanié en mieux ou avec réduction de commentaires, biblio ...)


2) "pour le monde francophone (surtout africain) voir sites https://forums.futura-sciences.com/d...hones-net.html"
J'ai indiqué cette ressource comme une possibilité. Mais les sites ont un capital bibliographique faible. Peut-être prendront-ils plus d'importance dans le futur. A suivre donc.

Cordialement

[MissJenny]

Il existe des formats standard de description de documents, comme ISBD et des logiciels dédiés, comme BibTeX ou EndNote.

[philippedelimoges]

Ajout : attention mon référentiel est lié aux sciences humaines - pour autres disciplines d'autres référentiels sont sûrement à prendre en compte.
Autre : la "collection" en ajout pas toujours utile de la mentionnée - éviter de surcharger l'info : la clarté, la cohérence de la norme suivi doivent être priorisées

Cordialement

[Geb]

Bonjour,

Il existe des formats standard de description de documents, comme ISBD et des logiciels dédiés, comme BibTeX ou EndNote.

Ils seraient effectivement des outils qui pourraient accélérer ce que j'essaye de faire. Pour l'instant, j'essaye aussi et surtout de déterminer la méthodologie à adopter pour viser l'exhaustivité et la "reproductibilité" à long terme de la méthode, c'est-à-dire :

- Comment définir et mettre en œuvre une procédure que je pourrai reproduire année après année et qui me permettra, autant que faire se peut, de ne rien manquer des nouvelles publications ?
- Comment s'assurer que d'autres personnes puissent facilement reproduire exactement la même procédure s'ils voulaient me soutenir dans ce projet ?

Ce que je voulais dire c'est que si Google scholar trouve sur un certain sujet 15000 documents, il y a peut-être 1000 articles scientifiques, 1000 autres documents intéressants, et le reste sont des doublons ou des reprises des mêmes infos.

Je suis en train de faire le bilan des publications dans Google scholar avec la requête suivante :

- intitle:"RNA World" (1020 résultats)

À mon avis je n'aurai pas fini de faire ce bilan avant la fin de la semaine prochaine, mais de mon expérience jusqu'ici, les articles pertinents représentent, année après année, entre 40 et 60% de tous les articles dénichés par l'algorithme de Google scholar. Je n'ai pas encore fini, mais la proportion est a priori beaucoup plus que ce que tu mentionnais.

Sur le même sujet de distinguer les articles pertinents des articles non-pertinents, j'aimerais justement recueillir vos avis et commentaires sur un point particulier. En faisant ma liste d'expressions pour trouver un maximum de publications sur le sujet des origines de la vie sur la Terre, je suis très souvent dans une position de devoir éliminer les publications qui concernent davantage l'exobiologie/astrobiologie. Pour moi, la question de l'existence de la vie ailleurs est un domaine plus flou et donc plus vaste que peut être la question : "Comment les premières formes de vie auraient-elles pu apparaître sur la Terre primitive ?".

J'aimerais savoir ce que vous pensez de ce sujet des lacs de saumure riches en perchlorates comme un milieu spécifique où aurait pu se développer un "monde à ARN" sur la Mars primitive :

- The RNA World on Mars (Engelhart et al., 2019)
- Mars as a Prebiotic Chemistry Laboratory: A Martian RNA World? (Hoog et al., 2019)
- In search of the RNA world on Mars (Mojarro et al., 2021)
- Perchlorate Brines: A Niche for a Martian RNA World (Hoog et al., 2022)

S'agirait-il selon vous d'exobiologie/astrobiologie ou de publications (ou de présentations à des conférences) sur les origines de la vie sur la Terre ?

Cordialement.