Liste de publications sur les origines de la vie

[MissJenny]

Ils seraient effectivement des outils qui pourraient accélérer ce que j'essaye de faire.

et surtout rendre ta base de données consultable, car j'imagine que si tu fais ce travail c'est pour qu'il puisse être utile à d'autres.
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[Geb]

Bonsoir,

et surtout rendre ta base de données consultable, car j'imagine que si tu fais ce travail c'est pour qu'il puisse être utile à d'autres.

Certes, ça ne peut pas faire de mal d'ajouter l'une ou l'autre de ces options à terme (ou les deux), mais ce qui m'importe le plus, pour l'instant, c'est que les papiers mis à disposition dans mes listes soient clairement identifiables. En première approche, je pars du principe que le DOI pourrait déjà suffire au bonheur de la plupart des utilisateurs et utilisatrices potentielles. Est-ce une erreur de ma part que de penser cela ?

Bon, j'ai eu un sursaut de motivation (et d'énergie) ce week-end. Tous types de papiers confondus (y compris au moins une présentation PowerPoint et plusieurs papiers sur arXiv ou BioRxiv, donc pas forcément des publications scientifiques), j'ai identifié 531 résultats pertinents (c'est-à-dire des papiers, sans doublons, qui traitent effectivement des origines de la vie) avec la requête intitle:"RNA world". On arrive dès lors à un taux de 52% puisque cette requête sort 1020 résultats à la base.

En prenant le temps ce week-end, non seulement de lister tous les résultats pertinents, mais de parcourir rapidement ceux d'entre eux qui sont disponibles gratuitement à la lecture, j'ai aussi établi la liste d'une série d'expressions prometteuses pour trouver d'autres publications pertinentes, parmi lesquelles :

- "pre-RNA world" (949 résultats) auquel il convient d'ajouter les 22 résultats pour "preRNA world"
- "RNA-based evolution" (869 résultats)
- "zeptomole world" (48 résultats)
- "small molecule world" (137 résultats)
- "RNP world" (383 résultats)
- "thioester world" (319 résultats)
- "RNA-protein world" (665 résultats)
- "DNA-protein world" (377 résultats)

Il ne s'agit évidemment pas d'une liste exhaustive. En poursuivant avec la même méthode, à commencer par l'analyse systématique des autres requêtes ci-dessus, je parviendrai sans doute à trouver bien d'autres expressions utiles.

On pourrait y ajouter une requête comme "RNA-based life" ou toutes les variantes approchantes ("RNA-based living", "RNA-based cell", "RNA-based cells", "RNA-based organism", "RNA-based organisms", etc.).

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

Sur les conseils d’un ami, je vais essayer une autre méthode. On m’a suggéré de passer par Google AppSheet d’où il me sera apparemment plus aisé de développer une base de données facilement intégrable à un site web. Aviez-vous déjà connaissance d’une telle manière de procéder ?

En gros, je vais remplir un tableur avec à chaque fois les colonnes suivantes :

- Noms des auteurs,
- Année de publication de l'article,
- Titre de l’article,
- Titre de la revue,
- Volume de la revue,
- Numéro de la revue,
- Date de publication du numéro de la revue,
- Page de début de l’article,
- Page de fin de l’article,
- Nombre de page de l’article.

J'hésite à compléter les données avec la date de publication de l'article en ligne en sus de la date de publication du numéro de la revue (pour les articles qui sont disponibles en ligne plus rapidement que ce qu'on appelait autrefois la "version papier" de la revue).

Cela concerne les colonnes nécessaires et suffisantes pour les articles scientifiques et de vulgarisation.

Pour les chapitres de livres, il y a d’autres colonnes comme :

- Titre du livre,
- Nom de la maison d’édition,
- Lieu de publication,
- Année de publication du livre,

Pour les thèses de doctorat ou les mémoires de master :

- Nom de l’Université,
- Matière concernée.

Pour les autres types de publications, j'aurai sans doute à ajouter d'autres colonnes.

À tout cela, j’ajoute mes mots-clés dans une colonne "tags" (comme "RNA world", "thioester world" "iron-sulfur world", "prebiotic evolution", et les centaines d’autres requêtes que j’utiliserai au fur et à mesure pour accumuler de plus en plus de publis avec Google scholar et d’autres sites).

Le principal problème c'est que je dois remettre dans un tableur les données que j'avais déjà accumulées dans un fichier Word, mais bon, j'ai bon espoir que ça se traduise par un progrès en définitive. J’ai déjà testé ces deux derniers jours et ça améliore (légèrement pour l’instant) la vitesse à laquelle j’intègre les données brutes (de Google scholar, Internet Archive, theses.fr, etc.)

Qu’en pensez-vous ?

Cordialement.

[MissJenny]

bonsoir,

si tu veux que ta base de données soit utile aux chercheurs, il faudrait, soit une courte analyse de chaque document, soit au moins une liste de mots-clés. Souvent cette liste de mots-clés figure déjà sur la première page de l'article, sinon il faudrait que tu la détermines.

[Geb]

Bonjour,

si tu veux que ta base de données soit utile aux chercheurs, il faudrait, soit une courte analyse de chaque document, soit au moins une liste de mots-clés. Souvent cette liste de mots-clés figure déjà sur la première page de l'article, sinon il faudrait que tu la détermines.

Merci encore d'avoir pris le temps de partager ton point de vue.

Je pense qu'il me faut rester humble dans mes ambitions vis-à-vis des autres. Ne faisant pas moi-même partie de la communauté scientifique, je ne pense pas que je sois en mesure de rendre quoi que ce soit "utile aux chercheurs". Ce que je veux dire, c'est que si j'ai commencé ce travail aujourd'hui, c'est que j'ai surtout envie de le faire pour moi, par intérêt personnel, et si d'autres trouvaient ça utile, j'en serais ravi. Peut-être même qu'à plusieurs on pourrait rendre ce travail de curation de contenu et d'analyse 1000 fois plus ambitieux, un peu sur le modèle des plateformes collaboratives type "Wikipédia". Mais bon, là je rêve éveillé.

Je n’ai pas encore le réflexe de m’intéresser aux mots-clés mentionnés par les chercheurs eux-mêmes, et ce pour deux raisons principales :

1) Malheureusement, la prééminence de l’exo-/astrobiologie ne va pas me faciliter la tâche. J’imagine bien que des chercheurs vont préférer mettre "astrobiology" en mot-clé au lieu de "origin of life". Dans ce cas, on serait contraint de s’intéresser à toutes publications sur l’exo-/astrobiologie dans l’espoir de (peut-être) y trouver des propos intéressants sur les origines de la vie sur la Terre, alors que l’exo-/astrobiologie comprend des sujets de recherche qui n’ont rien de commun avec les origines de la vie sur la Terre.

2) Aussi, jusque dans les années 1990, on utilisait beaucoup (trop) l’expression "chemical evolution", alors qu’aujourd’hui la notion d’évolution chimique relève davantage de l’astrophysique, comme la dissémination des éléments lourds dans la Galaxie. On a là l’exemple d’une sorte de "glissement de sens" (à défaut de trouver une expression plus adéquate) qui est là encore délétère à une recherche par mot-clé (en tout cas de mon point de vue).

Par contre, d’explorer directement le contenu des publications avec des expressions que l’on recherche avec Google scholar me paraît une méthode au moins aussi fiable, voire davantage. Lorsque je m’étais intéressé aux publications sur l’origine du ribosome, c’est à travers les recherches sur Google scholar devenaient autant de mots-clés :

D’abord les recherches les plus évidentes, comme :

"primordial ribosome", "primitive ribosome", "ancestral ribosome", "ancient ribosome", "protoribosome", "proto-ribosome"

Ces recherches m’ont ensuite permis de trouver des expressions moins évidentes comme "ribo-ribosome" ou "RNAsome".

Ensuite, il a fallu m’attaquer aux expressions plus ambiguës, c’est-à-dire celles qui donnent moins de résultats qui concerne effectivement les origines d’un ribosome primitif, au tout début de l’histoire des organismes vivants sur la Terre. Je veux parler de "early ribosome", "minimal ribosome" ou "mini-ribosome".

Donc, c’est en accumulant des publications dans ma liste (et des idées de requêtes dans Google scholar) que je vais accumuler les mots clés pour décrire les articles et les livres sur les origines du vivant terrestre que je vais dénicher.

Cordialement.

[Geb]

Bonjour,

si tu veux que ta base de données soit utile aux chercheurs, il faudrait, soit une courte analyse de chaque document, soit au moins une liste de mots-clés. Souvent cette liste de mots-clés figure déjà sur la première page de l'article, sinon il faudrait que tu la détermines.

Tes questions sur l'utilité me taraudent. Du coup, j'ai pensé à autre chose que, chemin faisant, je pourrais compiler tandis que ma liste de publication s'enrichit.

Une manière à travers laquelle la compilation que je tente d'accomplir pourrait intéresser (et je l'espère, pas seulement la communauté scientifique), c'est l'ajout d'une sorte de "glossaire commenté et sourcé". En effet, j'imagine qu'on a tous conscience ici que des expressions comme "origine(s) de la vie", "apparition de la vie", "émergence de la vie", "genèse de la vie" sont toutes insuffisantes pour délimiter, en quelque sorte, le domaine d'études qui m'intéresse.

Cependant, les termes et expressions plus spécifiques qui ont jalonné son histoire, même ceux qui ne sont plus en usage aujourd'hui, me paraissent digne d'intérêt dans une sorte de glossaire commenté et annoté que je pourrais fournir petit à petit, tandis que la liste des requêtes Google scholar que j'aurai "épuisées" s'allongera. Là encore, c'est quelque chose qui m'intéresse à titre personnel et que j'ai déjà fait ces 10 ou 12 dernières années (bien que d'une manière moins systématique).

Je pense à l'apparition, tout au long de l'histoire dans la littérature sur le sujet, d'expressions nouvelles (même celles qui sont hyper connues) comme "prebiotic chemistry" (dont la première utilisation est plus récente qu'on ne le pense), mais aussi "prebiology", "biopoiesis", "protobiochemistry", "protobiogenesis", "systems protobiology", on pourrait même penser à d'autres expressions afférentes, qui n'ont pas l'ambition de définir le domaine d'étude dans son ensemble, ni même une des étapes dans le processus de l'apparition de la vie sur notre planète, mais qui sont néanmoins largement utilisées, comme "LUCA", "eobiont", "probiont", "Ur-organism" (qui remonte au XIX^e siècle), et j'en passe. Ensuite, il y a évidemment les concepts nouveaux qui sont progresivement introduits, comme "RNA world" (dont l'histoire a déjà été raconté des milliers de fois, je vous l'accorde), ou plus récemment "excess mutual catalysis" (Markovitch & Lancet, 2012) et probablement des centaines d'autres concepts qui mériteraient d'être abordés.

Même les concepts qui ne font qu'une apparition tellement brève qu'elle peut paraître anecdotique me semble digne d'intérêt. Par exemple, au début du mois de décembre j'étais tombé sur le terme "métabolosome".

Dans les années 1960 et 1970, le médecin états-unien Leon Roizin (1912-1991) ainsi que certains de ses collègues (Roizin, 1963, 1964 ; Roizin et al., 1974) considèrent le nom de mitochondrie inadéquat et proposent plutôt l'expression "métabolosome pléomorphique" ou encore "pléomorpho-métabolosome".

Cela ne concerne en rien les origines de la vie sur la Terre me direz-vous.

Sauf que bien plus tard, le terme "métabolosome" (ainsi que l'expression "métabolosome ancestral") a été utilisée à nouveau en 1990, par les biochimistes états-uniens Toby James Gibson (né en 1958) et Angus Iain Lamond (né en 1959), dans le sens d'un précurseur du ribosome (Gibson & Lamond, 1990 ; Lamond & Gibson, 1990).

Ça m'intéresse évidemment de savoir ce que vous en pensez toutes et tous, mais si un tel "glossaire" aussi exhaustif, spécifiquement dédié à l'étude scientifique des origines de la vie existait déjà quelque part, j'en serais probablement un des plus fidèles lecteurs.

Cordialement.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Bonjour,

Sur les conseils d’un ami, je vais essayer une autre méthode. On m’a suggéré de passer par Google AppSheet d’où il me sera apparemment plus aisé de développer une base de données facilement intégrable à un site web. Aviez-vous déjà connaissance d’une telle manière de procéder ?

Je recommande d'utiliser le format BibTeX* qui est déjà connu et assez largement utilisé dans la communauté scientifique et les moteurs de recherches spécialisés comme Scopus (il y en a quelques autres et il existe des outils de conversion entre eux).

https://en.wikipedia.org/wiki/BibTeX

[Geb]

Bonsoir,

Je recommande d'utiliser le format BibTeX* qui est déjà connu et assez largement utilisé dans la communauté scientifique et les moteurs de recherches spécialisés comme Scopus (il y en a quelques autres et il existe des outils de conversion entre eux).

Merci beaucoup de te joindre à nous dans cette discussion. C'est en effet une remarque déjà formulée par MissJenny, qui lui ajoutait EndNote :

Il existe des formats standard de description de documents, comme ISBD et des logiciels dédiés, comme BibTeX ou EndNote.

Cela veut juste dire que je devrais fournir un moyen d'exporter les références bibliographiques que j'accumule au format Latex, non ? Pour moi c'est un peu mettre la charrue avant les bœufs et je pense que c'est ce que Deedee81 a voulu dire auparavant dans cette discussion lorsque dans un autre contexte, il insistait sur la "collecte" en tant que première étape :

Faut faire un tri. Et ce qui n'est pas publié "correctement" n'est pas nécessairement inapproprié.
Mais je suppose qu'il faut d'abord "faire la collecte" et la suite c'est après :S

Je suis d'accord avec lui. S'inquiéter d'une option d'exportation au format BibTex me paraît justement... optionnel aujourd'hui.

En effet, cela ne dit rien sur la méthode que je devrais utiliser pour accumuler rapidement et efficacement les publications sur le sujet qui m'intéresse. Or, cela me semble la première étape indispensable avant de m'inquiéter de "l'interface utilisateur", qui je l'ai bien compris devrait permettre une exportation des références bibliographiques au format BibTex, qui est de toute façon un aspect que je ne maîtrise pas du tout et sur lequel j'ai moins envie de me consacrer lorsque j'essaye d'atteindre les 7000 références par an. J'ai bien compris qu'un individu comme moi qui n'y connaît rien à l'informatique ni même au monde académique à encore tout à apprendre et que, à en juger par une autre discussion que j'avais lancée, on ne fait probablement pas ça à une telle échelle dans le monde académique. Ça me laisse un peu l'impression que personne n'a la réponse parce que ça n'a jamais été tenté par qui que ce soit ici et qu'on ne peut évidemment parler que de ce qu'on connaît. Mais cela ne me décourage pas pour autant.

Après tout, c'est à ça que sert le forum parfois : pouvoir partager les trucs dingues qu'on essaye de faire (comme les bons conseils de Deedee qui lui viennent de son expérience en tant que vulgarisateur sur YouTube) et se dépatouiller progressivement, tous ensemble, plutôt que seul.

Pour en revenir à BibTex (et/ou EndNote) d'un côté et à l'efficacité de l'accumulation de références bibliographiques de l'autre côté, je devrais sans doute m'intéresser aux deux problèmes simultanément, mais je pense devoir régler le défi de l'accumulation rapide de références bibliographiques en premier lieu et c'est déjà suffisamment difficile pour moi que pour ne pas me permettre de véritablement consacrer du temps à autre chose. Il n'y a que 24 heures dans une journée comme on dit.

Je rappelle que mon objectif est d'atteindre les 3000 références bibliographique dans ma base de données d'ici 2 mois (pour tenir mon objectif de 7000 sur l'année entière) et qu'avec mes changements répétés en matière de tactiques à adopter et/ou d'outils à utiliser, je suis encore loin du compte (puisque je dois refaire le travail depuis le début en passant de Word à Excel). Mais, c'est normal. Ce sont les tâtonnements du début. Là, hier matin, j'étais arrivé à seulement 529 références dans mon tableur, mais je ne fais que du copier-coller des heures durant de Word à Excel, puisque j'étais arrivé (avant de décider de passer par Google AppSheet) à 1382 références dans mon fichier Word. Une fois que je serai arrivé au bout, il y aura à nouveau la difficulté de trier les références (qui prend aussi du temps, comme l'avait mentionné MissJenny au message #19).

Par contre, si certains d'entre vous pouvaient me faciliter le travail en essayant de découvrir comment intégrer concrètement, étape par étape, une option BibTex a une base de données, je serais preneur évidemment. Je n'ai pas le temps maintenant de chercher par moi-même, mais j'essaye quand même de lire et de réagir à tout ce que se dit ici, y compris les sources extérieures que vous pourriez trouver à ce sujet. Par exemple, pour BibTex, est-ce qu'il suffit de convertir les principales conventions d'écriture bibliographiques en code Latex ? Ou y a-t-il d'autres bonnes pratiques à prendre en compte ?

Aussi, si je veux rester réaliste, il me sera impossible, seul, de faire aussi bien que Google scholar qui permet une écriture automatique de sa base de données dans 3 formats bibliographiques différents : celui recommandé par l'American Psychological Association (APA), la norme ISO-690, ainsi que celui recommandé par la Modern Language Association of America (MLA). Moi j'utilise pour l'instant un truc qui ressemble à une combinaison des trois. Mais bon, l'avantage de passer par une base de données sous la forme d'un tableur, apparemment, c'est que le format est facilement modifiable à tout moment.

Je ne ferai pas aussi bien. C'est un fait. Mon objectif principal est l'accumulation rapide et efficace de références bibliographiques, que ce soit sur forme (la vitesse par exemple) comme sur le fond (la qualité de la curation de contenu). Si je dois m'intéresser à BibTex, je ne le ferai pas sans votre soutien et l'implémentation ne viendra que dans un second temps. Tout ce que je peux faire à l'heure actuelle, c'est l'avoir dans un coin de la tête en m'assurant que ce que je fais aujourd'hui restera compatible avec l'idée d'ajouter une option "exportation BibTex" ultérieure.

Cordialement.

[Geb]

Je n'avais pas pris le temps de réagir sur l'autre remarque :

[...] et les moteurs de recherches spécialisés comme Scopus [...]

À ma connaissance, Scopus n'est pas accessible pour quelqu'un comme moi (c'est-à-dire sans diplôme universitaire).

Je le regrette, mais c'est ainsi. A priori, Google scholar reste ma meilleure option.

Cordialement.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Par contre, si certains d'entre vous pouvaient me faciliter le travail en essayant de découvrir comment intégrer concrètement, étape par étape, une option BibTex a une base de données, je serais preneur évidemment. Je n'ai pas le temps maintenant de chercher par moi-même, mais j'essaye quand même de lire et de réagir à tout ce que se dit ici, y compris les sources extérieures que vous pourriez trouver à ce sujet. Par exemple, pour BibTex, est-ce qu'il suffit de convertir les principales conventions d'écriture bibliographiques en code Latex ? Ou y a-t-il d'autres bonnes pratiques à prendre en compte ?

Aussi, si je veux rester réaliste, il me sera impossible, seul, de faire aussi bien que Google scholar qui permet une écriture automatique de sa base de données dans 3 formats bibliographiques différents : celui recommandé par l'American Psychological Association (APA), la norme ISO-690, ainsi que celui recommandé par la Modern Language Association of America (MLA). Moi j'utilise pour l'instant un truc qui ressemble à une combinaison des trois. Mais bon, l'avantage de passer par une base de données sous la forme d'un tableur, apparemment, c'est que le format est facilement modifiable à tout moment.

En effet, comme déjà dit, les considérations techniques (BibTeX et autres formats) peuvent être considérés plus tard, après la collecte.

Si j'ai renseigné la page wiki de BibTeX, c'est que pour constituer une base de données un tant soit peu "robuste"* il faut que les différents champs soient suffisamment précis (mais pas trop nombreux non-plus) pour prendre en compte différents cas de figures. J'ai vu d'ailleurs que tu en considère déjà un certain nombre et cela m'a l'air pas mal. Il faudrait cependant pour les livres ajouter le numéro ISBN et pour les articles le DOI (Digital Identifier Object).

Pour ce qui est des catégories j'ai vu que tu as "article", "livres", et "thèses". Je recommanderais d'ajouter "publication dans une conférence (proceeding)", "rapport technique", et "collection" (livre regroupant un ensemble de publications lors d'une même conférence).

*C'est-à-dire avec un minimum de doublons et/ou d'entrées incomplètes/incorrectes.

A noter, que pour un même type de document (par exemple "article"), il ne sera pas toujours possible de remplir tous les champs dédiés à ce type. Par exemple, s'il est commun pour un article de trouver une mention "numéro de volume", "numéro de 'issue'", "numéros de pages", il peut arriver que certains journaux omettent l'une ou l'autre de ces mentions.

Il arrive également fréquemment aussi que lors de citations, le noms de certains journaux apparaissent en entiers ou abrégés. Dans ta base de données, il vaudrait mieux avoir la version "entière". Je recommanderais donc d'établir à part un petit fichier excel qui établit un lien entre les noms "entiers" et les noms abrégés pour un même journal. Par exemple, "International Journal for Numerical Methods in Engineering" est régulièrement abrégé "IJNME".

Enfin, un détail qui a son importance, veille à renseigner les noms des auteurs dans le même ordre d'apparition que l'article. En effet, il est courant que le premier (parfois second) auteur(s) soient les principaux contributeurs, tandis que les autres ont plutôt apportés un support technique (réalisation d'expériences, mise à disposition de moyens...)

[Geb]

Bonjour,

Merci pour tes remarques.

En effet, comme déjà dit, les considérations techniques (BibTeX et autres formats) peuvent être considérés plus tard, après la collecte.

Ça m'intéresse quand même de savoir comment on installe correctement un "convertisseur" BibTeX (j'imagine que ce n'est pas le bon terme, mais j'espère qu'on se comprend) dans une base de données, donc si vous tombez sur ce genre d'infos, je serais heureux d'en prendre connaissance.

Si j'ai renseigné la page wiki de BibTeX, c'est que pour constituer une base de données un tant soit peu "robuste"* il faut que les différents champs soient suffisamment précis (mais pas trop nombreux non-plus) pour prendre en compte différents cas de figures. J'ai vu d'ailleurs que tu en considère déjà un certain nombre et cela m'a l'air pas mal.

Pour l'instant, je n'ai que 17 colonnes, mais je suis certain de devoir encore en ajouter. Un grand défi que j'ai en ce moment, c'est que j'ai vraiment envie que les noms de famille et les prénoms aient une mise en forme différenciée, pour que l'on reconnaissent les noms de familles au premier coup d’œil (par exemple, que le nom de famille apparaissent en "petites majuscules" comme on dit. Or, pour les publications pour lesquelles il y aurait 30 auteurs (voire davantage), cela devient un vrai défi.

Je n'ai vraiment pas envie de créer 60 colonnes supplémentaires à mon tableur avec "nom_auteur1", "prénom auteur1", "nom_auteur2", "prénom auteur2", etc.

On m'a aussi fait comprendre qu'il est très important d'être absolument certain d'avoir renseigner tontes les colonnes dans le tableur avant de passer à l'étape de l'intégration web de la base de données et de la mise en forme, parce qu'il serait très fastidieux d'avoir à ajouter une colonne après cette étape, si par malheur j'en avais oublié une. C'est pourquoi j'avais l'intention d'intégrer environ 10000 publications à ma base de données (pour avoir les principaux cas de figure en matière de diversité des sources) avant de passer aux prochaines étapes.

Il faudrait cependant pour les livres ajouter le numéro ISBN et pour les articles le DOI (Digital Identifier Object).

J'ai une colonne DOI depuis le début, mais je n'ai pas eu le réflexe de collecter les ISBN. Heureusement, j'ai beaucoup moins de livres que d'articles pour la période qui m'intéresse actuellement. Ça ne sera pas difficile pour moi de réparer cet oubli de ma part à ce stade. Tu as raison, je vais ajouter une colonne ISBN.

Pour ce qui est des catégories j'ai vu que tu as "article", "livres", et "thèses". Je recommanderais d'ajouter "publication dans une conférence (proceeding)", "rapport technique", et "collection" (livre regroupant un ensemble de publications lors d'une même conférence).

Je n'avais pas l'intention de proposer une colonne descriptive "type d'article", avec différentes options, du style : articles, livres, chapitre de livre, thèse de doctorat, mémoire de master, compte-rendu (proceedings) de conférence, article présenté à une conférence, article de vulgarisation, compte-rendu de laboratoire, etc. Mais si vous pensez que ça serait utile, pourquoi pas après tout.

Si j'avais distingué articles, livres et thèses jusqu'ici, c'est pour vérifier si j'avais ajouté toutes les colonnes nécessaires et suffisantes.

A noter, que pour un même type de document (par exemple "article"), il ne sera pas toujours possible de remplir tous les champs dédiés à ce type. Par exemple, s'il est commun pour un article de trouver une mention "numéro de volume", "numéro de 'issue'", "numéros de pages", il peut arriver que certains journaux omettent l'une ou l'autre de ces mentions.

Le plus drôle ce sont les revues qui ne font plus apparaître que le volume et le "numéro d'article". J'ai l'impression que c'est même devenu progressivement la norme, surtout pour les revues en open access Dans ce cas-ci, j'ai ajouté le nombre de pages qu'a l'article. Je vise l'exhaustivité (y compris dans la description), mais je ne peux faire qu'avec les infos qui sont à ma disposition évidemment.

Il arrive également fréquemment aussi que lors de citations, le noms de certains journaux apparaissent en entiers ou abrégés. Dans ta base de données, il vaudrait mieux avoir la version "entière". Je recommanderais donc d'établir à part un petit fichier excel qui établit un lien entre les noms "entiers" et les noms abrégés pour un même journal. Par exemple, "International Journal for Numerical Methods in Engineering" est régulièrement abrégé "IJNME".

Oui, je ne laisse aucune abréviation dans le nom d'une revue. C'est toujours en plein texte dans mon tableur. Les abréviations ne me semblent vraiment utiles que lorsque l'on cherche à gagner de la place, ce qui n'est pas vraiment mon cas.

J'ai déjà eu quelques cas de ce genre, mais pour l'instant, je préfère que le nom complet d'une revue scientifique ainsi que son acronyme apparaissent ensemble. Voilà la façon dont apparaissent trois revues de ce type dans mon tableur :

- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (PNAS)
- Federation of American Societies for Experimental Biology Journal (FASEB Journal)
- Origins of Life and Evolution of Biospheres (OLEB)

Le cas de OLEB est assez emblématique, parce qu'il s'agit d'une revue qui a changé de nom à de nombreuses reprises. Depuis le 1er janvier 2024, elle s'appelle désormais "Discover Life". Dans les cas comme celui-là, je conserve le nom de la revue à l'époque où l'article a été publié. Mais peut-être que malgré tout, je devrais ajouter "(OLEB)" aux anciens noms de la revue. Est-ce là ce que tu suggères ?

Enfin, un détail qui a son importance, veille à renseigner les noms des auteurs dans le même ordre d'apparition que l'article. En effet, il est courant que le premier (parfois second) auteur(s) soient les principaux contributeurs, tandis que les autres ont plutôt apportés un support technique (réalisation d'expériences, mise à disposition de moyens...)

C'était déjà le cas, mais c'est bien de le rappeler. Encore une fois, comme je ne suis pas du sérail académique, je ne suis pas à l'abri d'une bêtise de débutant.

Cordialement.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Bonjour,

A mon avis, ce que tu as mis en place est déjà bien.

Le cas de OLEB est assez emblématique, parce qu'il s'agit d'une revue qui a changé de nom à de nombreuses reprises. Depuis le 1er janvier 2024, elle s'appelle désormais "Discover Life". Dans les cas comme celui-là, je conserve le nom de la revue à l'époque où l'article a été publié. Mais peut-être que malgré tout, je devrais ajouter "(OLEB)" aux anciens noms de la revue. Est-ce là ce que tu suggères ?

J'ai pensé au problème des revues qui changent de noms, parfois (souvent ?) dû aux rachats par de nouveaux éditeurs. Il vaut mieux conserver faire comme tu fais actuellement: conserver le nom de la revue à l'époque où l'article a été publié. A mon sens, lui rajouter son nouveau nom ne serait pas vraiment utile et ajouterait un travail inutile. De toute manière cela serait impossible pour des revues qui ont définitivement cessé de publier (mais cela ne concerne en général que les plus vieux articles, donc ceux qui ont moins d'intérêts*)

*Au sens de la recherche récente. D'un point de vue historique, cela peut rester intéressant.

[Geb]

Bonjour,

A mon avis, ce que tu as mis en place est déjà bien.

Merci !

J'ai pensé au problème des revues qui changent de noms, parfois (souvent ?) dû aux rachats par de nouveaux éditeurs. Il vaut mieux conserver faire comme tu fais actuellement: conserver le nom de la revue à l'époque où l'article a été publié. A mon sens, lui rajouter son nouveau nom ne serait pas vraiment utile et ajouterait un travail inutile. De toute manière cela serait impossible pour des revues qui ont définitivement cessé de publier (mais cela ne concerne en général que les plus vieux articles, donc ceux qui ont moins d'intérêts*)

*Au sens de la recherche récente. D'un point de vue historique, cela peut rester intéressant.

Quant aux vieux articles, la prévalence des abréviations est parfois un vrai problème. Par exemple, j’essaye depuis des années de retrouver la "signification" (c’est-à-dire la traduction en toutes lettres, en plein texte) de l’abréviation de la revue dans laquelle figure un vieil article écrit en allemand dont le contenu m’intéresse.

J’ai juste l’impression que si seulement je parvenais à trouver le sens de l’abréviation, je n’aurais aucun mal à retrouver la revue (et donc l’article) en question dans une bibliothèque numérique en ligne.

Pour revenir à ton autre message, peut-être est-ce superflu, mais ta remarque sur l’importance de respecter l’ordre dans lequel apparaissent les chercheurs m’a fait penser que j’aurais peut-être intérêt à ajouter deux colonnes, "lead_author" et "last_author" (voire "author_for_correspondence" à en juger par cet article ?), au cas où les utilisateurs voudraient rechercher les publications dont une personne est l’auteur principal, quitte à remplir les deux colonnes avec le même nom lorsqu’une publication n’a qu’un seul auteur. Il est vrai que le plus important c'est d'accélérer et pas de ralentir mon travail, mais si c'est utile, pourquoi pas ? Après tout, j'aimerais pouvoir classer la production individuelle des chercheurs avec autant de détails que pour les publications. Qu’en pensez-vous ?

Cordialement.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Pour revenir à ton autre message, peut-être est-ce superflu, mais ta remarque sur l’importance de respecter l’ordre dans lequel apparaissent les chercheurs m’a fait penser que j’aurais peut-être intérêt à ajouter deux colonnes, "lead_author" et "last_author" (voire "author_for_correspondence" à en juger par cet article ?), au cas où les utilisateurs voudraient rechercher les publications dont une personne est l’auteur principal, quitte à remplir les deux colonnes avec le même nom lorsqu’une publication n’a qu’un seul auteur. Il est vrai que le plus important c'est d'accélérer et pas de ralentir mon travail, mais si c'est utile, pourquoi pas ? Après tout, j'aimerais pouvoir classer la production individuelle des chercheurs avec autant de détails que pour les publications. Qu’en pensez-vous ?

Je pense que c'est une question de goût. En général, le classement des auteurs par ordre d'apparition est important (et j'y prête personnellement attention). La règle (implicite) veut qu'effectivement que les auteurs soient classés en fonction de leurs contributions (de la plus importante, à la moindre comme je l'ai mentionné). Il est d'ailleurs souvent d'usage lorsque l'on cite un article de manière abrégé d'écrire "[nom du premier auteur]. et al.", par exemple "J.M. Zecca et al., dans Septante et Un, RTL-TVI".

Cependant, il arrive que cet ordre ne soit pas respecté (il est parfois même inversé), et alors si l'on y prête pas attention, on pourrait classer le moindre contributeur comme "lead author".

[Geb]

Je pense que c'est une question de goût. En général, le classement des auteurs par ordre d'apparition est important (et j'y prête personnellement attention). La règle (implicite) veut qu'effectivement que les auteurs soient classés en fonction de leurs contributions (de la plus importante, à la moindre comme je l'ai mentionné). Il est d'ailleurs souvent d'usage lorsque l'on cite un article de manière abrégé d'écrire "[nom du premier auteur]. et al.", par exemple "J.M. Zecca et al., dans Septante et Un, RTL-TVI".

Cependant, il arrive que cet ordre ne soit pas respecté (il est parfois même inversé), et alors si l'on y prête pas attention, on pourrait classer le moindre contributeur comme "lead author".

Alors si c'est une question de goût et que l'ordre n'est pas respecté, je pense que je vais omettre cette étape de auteur principal et ultime auteur, c'est-à-dire retenir l'ordre des auteurs tel que je le trouve et ne pas me poser de question au-delà de ça.

Comme vous devez vous en douter, la méthode que j'utilise pour l'instant est extrêmement chronophage, par conséquent, je suis constamment à la recherche de moyen de l'accélérer ou de l'automatiser.

J'ai trouvé l'outil SerpApi, notamment leur Google scholar Cite API, en avez-vous déjà entendu parler ?

Pensez-vous que ça pourrait marcher ?

Cordialement.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Alors si c'est une question de goût et que l'ordre n'est pas respecté, je pense que je vais omettre cette étape de auteur principal et ultime auteur, c'est-à-dire retenir l'ordre des auteurs tel que je le trouve et ne pas me poser de question au-delà de ça.

Je pense que c'est ce qu'il y a de mieux à faire.

Comme vous devez vous en douter, la méthode que j'utilise pour l'instant est extrêmement chronophage, par conséquent, je suis constamment à la recherche de moyen de l'accélérer ou de l'automatiser.

Que cela soit chronophage cela ne m'étonne pas. Tu t'es lancé dans une tâche titanesque. Il doit avoir moyen d'automatiser l'un ou l'autre sous-tâche, mais pas le processus entier (du moins à ma connaissance).

J'ai trouvé l'outil SerpApi, notamment leur Google scholar Cite API, en avez-vous déjà entendu parler ?

Pensez-vous que ça pourrait marcher ?

Cordialement.

Je sais qu'il existe des outils de ce genre. Je ne les ais cependant jamais utilisés.

[philippedelimoges]

Bonsoir Geb,

Pour les abréviations de revues, il y a des catalogues disponibles dans toutes bibliothèques.
ex.
1) https://xpertscientific.com/fr/journal-abbreviations/
2) https://ist.blogs.inrae.fr/questionr...res-de-revues/

Autre :
- le DOI devient la norme dans le référentiel et si c'est pour un site accessible sur le net alors le DOI est intéressant (en biblio papier ... perso, non)
- l'ISBN ... j'ai des doutes (intéressant pour les libraires mais pour la recherche ... non)

Cordialement

[Geb]

Bonjour,

Que cela soit chronophage cela ne m'étonne pas. Tu t'es lancé dans une tâche titanesque. Il doit avoir moyen d'automatiser l'un ou l'autre sous-tâche, mais pas le processus entier (du moins à ma connaissance).

Auparavant, je m’étais un peu intéressé à la fonction ImportXML de Googlesheet, qui avait l’air très intéressante sur papier (notamment avec la section Profils utilisateurs de Google scholar). Malheureusement, elle est inutilisable avec l’onglet "Citer" de Google scholar, qui est ma cible prioritaire, même si on peut apparemment le faire avec une interface de programmation d'application dédiée (application programming interface, ou API) comme SerpApi.

Le plus important c’est qu’il s’agit d’une tâche dont je tire une grande satisfaction intellectuelle, qu’elle soit chronophage ou pas. Je dis souvent que c’est comme découvrir une nouvelle chanson qu’on aime bien : moi j’ai tendance à l’écouter souvent pendant quelques jours et ça a le don de me rendre heureux. Ça peut vous paraître bizarre, mais c’est un peu ce qui se passe chez moi lorsque je découvre une publication intéressante que je ne connaissais pas : ça me rend heureux (et pensif) pendant quelques jours.

Or, pratiquement tous les jours depuis que j’ai commencé ce travail, je tombe sur des publications qui m’étaient inconnues jusqu’alors et qui pourtant me semblent intéressantes, ou mieux encore, qui introduisent des concepts nouveaux pour moi dans le domaine de l’étude scientifique des origines de la vie.

Tout ça pour dire c’est que le point positif c’est que je ne suis pas prêt d’arrêter.

Le truc qui me paraît le plus frustrant c’est que lorsque je fais ces petites découvertes quotidiennes, j’aurais envie de les partager avec des gens que ça intéresse et du coup, j’aimerais pouvoir mettre ça en ligne le plus rapidement possible. Cependant, comme ma méthode n’est pas encore bien ficelée, j’aimerais m’attaquer à cela avant d’investir mon temps dans une publication en ligne systématique sur un site personnel dédié.

Ce qui m’avancerait quelque peu, c’est de vous faire une liste des requêtes que j’ai déjà essayé, pour que vous m’aidiez à trouver d’autres idées de recherche. J’essayerai de faire le bilan des requêtes utilisées jusqu’ici et de poster ça dans cette discussion demain matin.

Ça me fait évidemment un autre défi : celui de traiter efficacement les doublons. J’ai eu l’idée de donner des numéros à chaque publication et d’utiliser la mention raccourcie de la publication (l’exemple de Jean-Michel Zecca et al.) afin d’identifier les doublons au premier coup d’œil.

Je sais qu'il existe des outils de ce genre. Je ne les ais cependant jamais utilisés.

Je viens de me créer un compte SerpApi hier et je n’ai pas encore pris le temps d’explorer le potentiel de l’outil pour ce que j’essaye de faire, mais dès que j’aurai un peu d’expérience dans son utilisation, je vous ferai un petit retour.

Pour les abréviations de revues, il y a des catalogues disponibles dans toutes bibliothèques.
ex.
1) https://xpertscientific.com/fr/journal-abbreviations/
2) https://ist.blogs.inrae.fr/questionr...res-de-revues/

Pour les revues récentes on peut effectivement trouver ça un peu partout sur le net. Le problème c'était surtout pour les vieilles publications que personne ne connaît à une époque où il n'y avait pas encore d’abréviations largement utilisées et donc, tout le monde faisait un peu comme il voulait.

- le DOI devient la norme dans le référentiel et si c'est pour un site accessible sur le net alors le DOI est intéressant (en biblio papier ... perso, non)
- l'ISBN ... j'ai des doutes (intéressant pour les libraires mais pour la recherche ... non)

Il y a pourtant des outils en ligne pour trouver un bouquin précis à partir de l'ISBN, donc je ne dirais pas que c'est sans intérêt. Une de mes responsabilités, c'est quand même de démontrer que les références qui sont disponibles sur le web existent réellement. Avec l'ISBN, il n'y a a priori pas de doute possible.

Cordialement.

[Geb]

Ce qui m’avancerait quelque peu, c’est de vous faire une liste des requêtes que j’ai déjà essayé, pour que vous m’aidiez à trouver d’autres idées de recherche. J’essayerai de faire le bilan des requêtes utilisées jusqu’ici et de poster ça dans cette discussion demain matin.

Outre mes explorations sur l'origine de l'homochiralité de certaines biomolécules, sur le ribosome primitif ou sur les différentes hypothèses liées au monde à ARN que j'ai déjà abordés dans cette discussion, voici (avec un peu de retard), la liste des requêtes sur lesquelles je travaille en ce moment (ou sur lesquelles j'ai déjà travaillé) :

- "first occurrence of a living"
- "first step in the * of living"
- "first step in the * of * living"
- "first steps in the * of living"
- "first steps in the * of * living"
- "first step in the * of life"
- "first steps in the * of life"
- "origin of the first * cells"
- "origin of organic life"
- "origin of organic beings"
- "de novo origin of bacteria"
- "de novo * of living"
- "origination of living"
- "evolution of living protoplasm"
- "origin of living"
- "origin of the living"
- "origin of a living"
- "origin of all living"
- "origin of free-living"
- "origin of proto-living"
- "origin of primary living"
- "evolvement of living"
- "genesis of living"
- "living matter and living matter"
- "from the non-living"
- "passage from the non-living"
- "transition from the inorganic to the organic"
- "transition from the inorganic * to the organic"
- "transition from inorganic to organic"
- "protobiochemistry" OR "proto-biochemistry"
- "protobiochemical" OR "proto-biochemical"
- "protobiogenesis" OR "proto-biogenesis"
- "biopoietic" OR "biopoetic"
- "protobiology"
- "proto-biological" OR "protobiological" OR "protobiologic"
- "primeval soup"
- autogony
- archegony
- archebiosis
- archegenesis
- "perpetual abiogenetic fount"

Évidemment, il y a des centaines (peut-être même plusieurs milliers) de requêtes possibles pour identifier des publications sur les origines de la vie. Donc, vous aurez sans aucun doute de nombreuses autres suggestions et je vous encourage à les ajouter à la liste ci-dessus.

Cordialement.

[Geb]

Bonsoir,

Tout d'abord, une petite pensée émue, en revenant à cette discussion, pour notre ami Deedee81 qui nous a quitté beaucoup trop tôt...

Je viens de regarder une discussion datée du 26 juin 2023 entre Jitender Kumar (de la chaîne YouTube Reason with Science) et Michael Russell.

- Life origins at hydrothermal vents

Malgré tout le respect que j'ai pour Mike Russell, je l'ai trouvé un peu amer par rapport à son propre parcours et à la résistance de certains de ses collègues à ses propres idées. Donc, vers 79′58″ dans la vidéo, il se plaint du fait que le milieu académique n'est pas particulièrement adapté pour résoudre les problèmes physico-chimiques potentiellement liés à l'émergence des premières formes de vie sur la Terre. Au milieu de ce constat relativement sombre dépeint par Mike Russell, il mentionne furtivement (à 83′32″ dans la discussion) sa propre estimation à la louche de « 120000 publications au sujet des origines de la vie jusqu'à présent ».

C'est anecdotique, mais on a un nombre (à vérifier), par une sommité dans le domaine ; il ne nous reste plus qu'à en faire la liste

Cordialement.

[Paraboloide_Hyperbolique]

Malgré tout le respect que j'ai pour Mike Russell, je l'ai trouvé un peu amer par rapport à son propre parcours et à la résistance de certains de ses collègues à ses propres idées. Donc, vers 79′58″ dans la vidéo, il se plaint du fait que le milieu académique n'est pas particulièrement adapté pour résoudre les problèmes physico-chimiques potentiellement liés à l'émergence des premières formes de vie sur la Terre.

Faisant partie du milieu académique, mais pas dans ce domaine (je suis dans les méthodes numériques et les matériaux); je ne saurais me prononcer à ce sujet.

Au milieu de ce constat relativement sombre dépeint par Mike Russell, il mentionne furtivement (à 83′32″ dans la discussion) sa propre estimation à la louche de « 120000 publications au sujet des origines de la vie jusqu'à présent ».

C'est anecdotique, mais on a un nombre (à vérifier), par une sommité dans le domaine ; il ne nous reste plus qu'à en faire la liste

Seulement 120.000 ? J'aurais pensé plutôt de l'ordre de quelques millions. Cela dépend toutefois de ce que l'on inclut dans la catégorie "origines de la vie" et jusqu'à quand on remonte. Par exemple, inclus-t-on les articles du siècle dernier ? Considère-t-on les articles uniquement orientés sur les possibles origines océaniques de la vie (en particulier les sources hydrothermales sur les dorsales océaniques) où alors aussi ceux supposant une origine extra-terrestre (comètes) ? En outre, où s'arrête la chimie du vivant et où commence la chimie inorganique ? Selon là où l'on met le curseur, cela peut faire varier énormément le nombre d'articles à inclure.

[Geb]

Bonjour,

Seulement 120.000 ? J'aurais pensé plutôt de l'ordre de quelques millions.

Wow ! Qu'est-ce qui dans ton expérience de la recherche te fait dire que le domaine des origines de la vie comporterait autant de contributions ?

Cela dépend toutefois de ce que l'on inclut dans la catégorie "origines de la vie" et jusqu'à quand on remonte.

Au fil des années, j'ai scindé ce domaine de la recherche en une trentaine de grandes questions fondamentales et jusqu'ici, ce sont un peu toutes des "puits sans fond"... Mais il ne faut pas oublier non plus les niches qui ont été explorés pendant une période particulière, souvent lié à une façon désuète, trop simpliste ou erronée, de définir ce qui fait qu'un proto-organisme pourrait être qualifiable ou non de "vivant".

Par exemple, inclus-t-on les articles du siècle dernier ?

Pour arriver à 120.000, sans aucun doute, oui. A ma connaissance, l'immense majorité des rares historiens qui ont étudié un tant soit peu la question (comme John Farley, Iris Fry, Florence Raulin-Cerceau ou Stéphane Tirard) s'accordent à dire que le sujet commence à être traitée plus ou moins scientifiquement aux alentours de l'année 1865.

Considère-t-on les articles uniquement orientés sur les possibles origines océaniques de la vie (en particulier les sources hydrothermales sur les dorsales océaniques) où alors aussi ceux supposant une origine extra-terrestre (comètes) ?

Non, je dirais que toutes les hypothèses scientifiques, mêmes les plus loufoques, méritent d'être répertoriées de mon point de vue, voire analysées de manière critique dans leur contexte historico-technico-culturel.

En outre, où s'arrête la chimie du vivant et où commence la chimie inorganique ? Selon là où l'on met le curseur, cela peut faire varier énormément le nombre d'articles à inclure.

Le type de chimie ("du vivant" ou "abiotique") que l'on étudie importe peu à mes yeux. Ce qui importe c'est la question de recherche à laquelle on ambitionne de contribuer. Lorsque Stéphane Leduc étudiait la croissance des jardins chimiques en prétendant reproduire des formes observables dans le vivant, lui il était persuadé d'étudier les origines de la vie, même s'il était conscient qu'il n'avait devant les yeux que des concrétions minérales en croissance rapide. Ce qui importe, c'est ce que le chercheur et/ou ses collaborateurs prétendaient eux-mêmes apprendre sur l'énigme des origines de la vie sur notre planète à travers leurs expériences.

Quoi qu'il en soit, je suis pratiquement sûr que cette estimation de Mike Russell de 120.000 publications n'est basée sur rien d'aussi élaboré que la liste des questions que tu soulèves.

Si on va sur Google scholar et qu'on fait la somme des publications publiés avant 2023 (inclus, puisque la vidéo de Russell est publiée en juin 2023) qui contiennent les expressions "origin of life", "origins of life", "emergence of life" et "appearance of life", on a un total d'environ 114.000 publications potentiellement redondantes. Et pourtant, je ne serais pas surpris que ce soit de cette (trop simple) addition que Russell tire son estimation d'un total de 120.000 publications en 2023.

D'où l'intérêt selon moi de faire ce que je fais, c'est-à-dire de lister, nommer, référencer, cataloguer ces publications une par une, pour arriver à un nombre qui peut-être discuté, interprété et critiqué sur des bases concrètes, plutôt que de se limiter (clairement par manque de temps) à un nombre "sorti du chapeau". Le plus grand défi à l'heure actualle, selon moi, c'est plutôt de scinder les travaux pertinents de ceux qui traitent d'exobiologie ou d'astrobiologie. Les planétologues, astrophysiciens et astrochimistes mélangent souvent à dessein exo-/astrobiologie et études des origines de la vie terrestres. C'est une des raisons pour lesquelles je préfère l'approche plus neutre d'un épistémologue ou d'un historien.

Cordialement.