Exos definition d'amorce

[invite9fb880f4]

1. Définition des amorces

A. Dans la séquence ci-dessous définissez des amorces 20-mer pour l’amplification du fragment le plus long possible entre n 7 et n 338 inclus

5’
1 AGTTAATGCA GCAGAGTAAG AACTTAATGT GGCTTTTTAT AAGACTTGTT
51 TCTTGTTCAC ATATGTTTCC CTCTCTAGTT ATAGGGATAC TCGAGAGTTC
101 TAAGTCTGCA AGAAACTTGA TTTAAAAGGA TTATATAATG AGTACTGGTT
151 AACATGTCTA ATTTCTGAAT TGAAATTTGA GTTTTGGAAT TTGGATCATC
201 TTCAGTTATT GGAGGGGTAC ATATAAAATA TATCAAGTTG TTCACAGTTC
251 GTTTTCACAG TATCTGCAAG ATATCTACAA GTGAAGAGAC TAGAAAATTG
301 ATGGTTAAGC TGTAGGGTTA AGAGTGTAAG GAGGATTGCA ACCATAGAAG
351 ACACAGATTT
3’
Amorce sens : 5' TGCAGCAGAGTAAGAACTTA 3'
Tm= 56°C ; %G+c = 40%
Amorce ant-sens : 5' CAATCCTCCTTACACTCTTA 3'
Tm=56°C ; %G+C=40%

B. Dans la séquence ci-dessous, quel est le meilleur couple d’amorce pour amplifier la région microsatellite, et pourquoi ?

Séquence :
5’- GAATCTCACAATGCAGAGCCGATAGTGAAT TATATTTTAATAAACAGAGAGAGAAAGT
TAAAGAGACAATGACAAAACACAAACCAAC ATGGTTGAAAGGTTGACTCATATATATA
TATATATATATATATAGAGTATTTGTAAAC TATTGAATAATAGAGAATTTTAAATTTT
CCTAGATCCCTAATTCCAACATACTTA -3’

Couple 1 :
Amorce sens : 5’- AAAGGTTGACTCATATATAT -3’
Amorce anti sens : 5’- TTGGAATTAGGGATCTAGGAAA -3’


Couple 2 :
Amorce sens : 5’- GAAAGTTAAAGAGACAATGACAAA -3’
Amorce anti sens : 5’- TTGGAATTAGGGATCTAGGAAA -3’

Le couple 2 me senble plus approprié car le Tm des deux amorce est = 60°C alors que dans le couple 1 il y a un ecart de 10°C entre les deux Tm.


C . Définissez la température de fusion (Tm).

Température de fusion d'une amorce, c'est à cette température que les amorces vont s'apparier au mieux à leur séquence complémentaire sur le brin matrice.

D. Expliquez pourquoi dans la formule de calcul de la température de fusion par la méthode simple [Tm=2(A+T) + 4(G+C)], les coefficients multiplicateurs appliqués à (A+T) et (G+C) sont différents

coefficient = 2 pour G et C car 3 liaisons hydrogène les lie alors que seulement 2 lie les bases A et T.

Merci d'avance pour vos corrections....
-----

[Yoyo]

Message déplacé.
Merci de faire attention aux rubriques du forum. Il existe un forum exercice!

YOyo

[invite9fb880f4]

SVP, personne pour me donner une correction.
Je prépare un concours mais je n'ai pas de solutions aux annales...

[LXR]

Bonjour,

Veuillez être plus patient SVP lorsque vous posez une question.

D'autre part, l'écriture en vert est réservée à la modération. Merci d'éviter d'utiliser cette couleur les prochaines fois, en plus de ne pas oublier quelques règles basiques de courtoisie et de savoir-vivre, comme "bonjour"!

Revenons-en à l'exercice :

A) OK

B) Je pense la même chose, en effet un écart de Tm de 10°C entre deux primers n'est vraiment pas terrible. De plus, le couple 2 permet d'obtenir une plus grande partie de la région microsatellite, ce qui est recherché pour les analyses de polymorphisme par exemple puisqu'on regarde le critère "taille" (en général) d'un microsatellite.

C)C'est la température où l'on a théoriquement 50% de simple brin, 50% de double brin, pour une séquence donnée. On se place autour de cette température pour limiter les appariements non spécifiques lors de l'étape d'hybridation de la PCR.

D)Exact

Greg

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite9fb880f4]

Bonjour,
Merci pour ces corrections.
Bonne journée

Bonjour,

Veuillez être plus patient SVP lorsque vous posez une question.

D'autre part, l'écriture en vert est réservée à la modération. Merci d'éviter d'utiliser cette couleur les prochaines fois, en plus de ne pas oublier quelques règles basiques de courtoisie et de savoir-vivre, comme "bonjour"!

Revenons-en à l'exercice :

A) OK

B) Je pense la même chose, en effet un écart de Tm de 10°C entre deux primers n'est vraiment pas terrible. De plus, le couple 2 permet d'obtenir une plus grande partie de la région microsatellite, ce qui est recherché pour les analyses de polymorphisme par exemple puisqu'on regarde le critère "taille" (en général) d'un microsatellite.

C)C'est la température où l'on a théoriquement 50% de simple brin, 50% de double brin, pour une séquence donnée. On se place autour de cette température pour limiter les appariements non spécifiques lors de l'étape d'hybridation de la PCR.

D)Exact

Greg