amorce PCR

[Kheiraa]

Bonjour a tous j'ai une question sur les amorces en PCR

je sais qu'on a besoin de 2 amorces ,
- l'amorce sens
- l'amorce anti sens

dans mes exam on me donne l'amorce sens et a partir de cet amorce je dois trouver l'amorce 'antisens qui est complementaire et anti parallele a l'amorce sens

mais tout les exemple qu'on me donne ne sont pas logique

j'ai par exemple comme amorce sens : ATAGCAGGACTCCACGAGTT
et l'amorce anti sens qu on me donne est : AACACGGCGCTTAACTGTGA

POURQUOI?

je comprend pas pour ce n'est pas AACT dans tout les exemple j'ai des truk comme ca avec des appariements bizarre donc si quelqu'un peut m'aider ce serait gentil

[il n'y a pas d erreur dans l exemple donnee ]
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[Flyingbike]

Revoir le principe de la PCR : l'amorce sens et l'amorce antisens ne sont PAS antiparallèles parce qu'elles s'hybrident à des endroits différents (sinon on n'amplifie rien du tout...). L'amorce sens est complémentaire du brin sens et l'autre amorce est complémentaire de l'autre brin.

[Kheiraa]

oui en envoyant ma question je me suis rendu compte a quel point c etait faux ce que j'ai dit
je ne vois juste pas quand on nous donne une grande sequence comment savoir qu'elle est l'amorce anti sens

on me dit que suite a une rt pcr on a obtenu un fragment de70pb dont une partie de la sequence est CTT.....
il me dise qu'une des amorce se situe a tel position

et me demande de retrouver l'amorce anti sens je ne vois pas comment je pourrais faire
pourquoi on nous a donnée une partie de la sequence? je dois m'en servir pk?

[Enialix]

Est-ce un exam ayant un rapport avec la bioinformatique (avez-vous droit d'utiliser un ordinateur) ?

Si oui, tu fait un blastn avec le morceau de séquence ton gène sur le site du ncbi, ça va te dire de quel gène il s'agit, tu télécharge sa séquence, et tu n'a plus qu'a faire une amorce anti-sens qui va s'apparier 70pb plus loin que ton amorce sens.

(A moins que la séquence dont tu dispose est déjà la séquence de 70pb, auquel cas tu prend l'autre extrémité et tu fait ton primer anti-sens)

N’hésite pas a me dire si je n'ai pas été clair !

[A voir en vidéo sur Futura]

[Nuit-Des-Temps]

Oups, de même, je me rappelle bien combien j'ai ''souffert'' avec ca
J'essayerai donc de te faire un petit exemple bien simplifié:

considérons
la séquence d’ADN double brin suivante:
+1
5’-A-G-C-T-T-A-A-C-G-C-G-T-A-3’
3’-T-C-G-A-A-T-T-G-C-G-C-A-T-5’

Dans la séquence d’ADN ci-dessus, le chiffre +1 au-dessus de la base (A)
désigne le site d’initiation de la transcription (=première base transcrite).
Au cours de la transcription, dans le cas d’une ARN polymérase progressant
dans le sens gauche
droite sur la séquence ci-dessus, l’ARN polymérase
synthétisera le mARN dans le sens 5’
3’, ce qui signifie que la séquence du
mARN commencera par:

5’-A-A-C-G-C-G-U-A-3’

Par définition, le brin sens est le brin d’ADN qui a la même séquence que l’ARN
messager. Dans ce dernier, les bases T sont évidemment remplacées par les
bases U. Le brin anti-sens est le brin opposé.
Pour le brin d’ADN: 5’-A-G-C-T-T-A-A-C-G-C-G-T-A-3’, on parle de brin non
transcrit, il ne sert pas de brin-matrice de lecture à l’ARN polymérase. Par
contre le brin d’ADN orienté en sens inverse: 3’-T-C-G-A-A-T-T-G-C-G-C-A-T-
5’ est appelé brin transcrit. Il sert de brin-matrice de lecture à l’ARN
polymérase. Par référence à la synthèse des protéines, on appelle également
le brin non transcrit, le brin codant et le brin transcrit, le brin non codant.

Considérons maintenant la séquence d’ADN double brin suivante:

5’-G-C-A-A-T-C-G-3’
3’-C-G-T-T-A-G-C-5’

Si l’ARN polymérase progresse dans le sens gauche
droite, le brin sens est
constitué par le brin: 5’-G-C-A-A-T-C-G-3’. Par contre, si l’ARN polymérase
progresse dans le sens droite
gauche, le brin sens est constitué par le brin:
3’-C-G-T-T-A-G-C-5’.

Voila, cet exemple est mieux ( puisque court ) et j'espère avoir pu t'éclaircir les choses

[Kheiraa]

non je n'ai pas le droit a l'ordinateur j'ai une sequence de plus de 70000 nucleotide et je dois tout gerer seule .. ^^

merci beaucoup pour ta reponse meme si tu ne repond pas vraiment a ma question ^^
mais merci d 'avoir pris le temps de me repondre . ma question etait juste comment reperer une amorce anti sens dans une sequence pour analyser une mutation lorque l'on a comme donnée :
--la sonde : 5' CTTCT(..)ATTC 3'
--on obtient un fragment de 70 paire de base
--et on a des données sur l'amorce sens (par exemple on nous dit qu'il est situé au 59000em nt)
j'arrive a retrouver l'amorce sens mais le plus dur cest l'amorce anti sens ...

[Enialix]

Dans ce cas c'est encore plus simple. Une fois que tu as trouvé ta sonde sens dans la séquence, tu sais que ta sonde antisens se trouve 70bp plus loin. Tu compte, et tu trouve la séquence correspondante.

Si on prends l'exemple suivant, pour des sondes de 5bp (les tiennes sont très certainement plus longues) : --ATTGC--60bp--CGATA--
Ton amorce sens est ATTGC, et pour trouver l'amorce antisens, tu compte que le fragment total fasse 70bp, tu te retrouve avec la séquence CGATA, et donc la sonde antisens correspondante est TATCG.

Est-ce que j'ai répondu a ta question ?

[Kheiraa]

oui merci vous avez defait un grand noeud en tout cas merci beaucoup
mais dans mon exemple j'ai regardé la correction et ma sequence donné est coupé en 2 , je vous explique :
j'ai mon amorce sens dans ma sequence ensuite 12 pb plus loins j'ai un bout de ma sequence donnée ( seulement un bout pourquoi? )
puis je continu loin dans ma sequence et la je retrouve l'autre bout de ma sequence donnée et tuot de suite aprés il ya mon amorce antisens
puis quand je compte mon amorce sens , + mon amorce anti sens + ma squence donnée je trouve 70 nt

avec la correction on peut facilement comprendre mais le jour de l'examen je devrais chercher sur toute la sequence? prsk entre les 2 amorces et donc les 2 moitié de sequence donnée il ya 10000 pb de base entre ..

je tenais aussi à vous remercier pour le temps que vous prenez a me repondre , ca peut paraitre rien mais je suis a quelque semaine de l'examen et je pensais ne jamais reussir a lire les amorces antisens avec une sequence mais la ca me semble(un peu) moins compliqué merci