[Exercice: Biochimie, étude de la charge globale nette d'un peptide][L1-L2-L3]

[Elodie787]

Bonsoir,
Je bloque sur un exercice de biochimie... Je dois déterminer le pHi d'un peptide (le peptide est composé de: Asp-Leu-Lys-Glu-Ile-Pro-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Glu) après avoir étudier ca charge globale en fonction du pH. Le phI se détermine en fonction des pka qui entoure la forme neutre du peptide sauf que dans mon exercice je passe d'une forme chargée 2+ à la forme neutre puis à une forme 2- donc je ne sais pas comment déterminer le pHi dans ce cas...
Le tableau que fourni en piece jointe est normalement correct je ne sais seulement pas comment déterminer le phI... Si quelqu'un pouvait me donner l'astuce ca serait sympas
Je vous remercie d'avance pour votre aide
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[Elodie787]

J'ai refait mon tableau de facon plus clair (enfin j'espère !)

[Tibosax]

Je ne sais pas comment tes profs s'attendent à ce que tu procèdes, mais moi je passerais par le calcul. Avec des valeurs de pKa si proches, il n'est pas possible de fonctionner avec les approximations habituelles.

En regardant le tableau on peut voir que pHi est probablement bien en dessous de 6. Autrement dit, toutes les sources de charges positives (les fonctions basiques) seront protonées, et elles apportent donc 3 charges positives. L'idée, c'est de calculer le pH pour lequel, statistiquement, les 5 autres fonctions apportent 3 charges négatives.

Partons de l'expression

pH=pKa - log([A^-]/[AH])

pKa-pH = log([A^-]/[AH])

10^(pKa-pH)=[A^-]/[AH]

d'où

[A^-]=[AH]*10^(pKa-pH)


Si on pose C la concentration en peptide (il disparaitra à la fin), et qu'on fait l'inventaire des charges négatives, on obtient :

[A₁^-]=[A₁H]*10^(pKa₁-pH)
[A₂^-]=[A₂H]*10^(pKa₂-pH)
etc jusqu'à la 5e fonction

Donc, la concentration en charges négatives en solution est : ∑[A_x^-]

Or la concentration en charge positive est de 3*C (car on a dit qu'à pH=pHi, toutes les fonctions basiques seraient sous la forme protonée), et à pH=pHi, il y a égalité des concentrations de charges, d'où :

∑[A_x^-]=3*C

Reste à utiliser le fait que C=[A_x^-]+[A_xH] quelque soit x, remplacer la valeur de chaque pKa_x, et ça devrait aller

PS : Tu n'aurais pas oublié les fonctions amines et acides carboxyliques en N-ter et C-ter ?

[Elodie787]

Merci Tibosax pour ta réponse, en général nos profs calcul le pHi global du peptide en prenant les pKa autour de ca forme neutre (donc A0 dans mon tableau) sauf que dans mon cas A0 est entourée de forme A2+ et A2- et donc je ne sais pas si je peux prendre ces valeurs pour déterminer le pHi de mon peptide

[A voir en vidéo sur Futura]

[Tibosax]

Indice, le pHi est aux environs de 4.

PS : J'espère que tes profs n'utilisent pas cette technique en toute circonstance, parce qu'elle repose sur des hypothèses très précises qu'il est important d'avoir à l'esprit. Si c'est le cas, c'est du grand n'importe quoi...

[Elodie787]

Je trouve 4,1 c'est correct ?

[Elodie787]

Non j'ai vérifié plusieurs fois normalement les fonctions amines et acides y figurent bien

[Tibosax]

Je n'ai pas fait le calcul, mais ça me parait pas mal.

PS : Au temps pour moi, je n'avais pas fait attention. Elles y sont en effet.

[Elodie787]

Ok super merci ! Ca faisait pas mal de temps que je trouvais plusieurs valeurs différentes sans être sûre de moi....

[Tibosax]

Vu la vitesse à laquelle tu as trouvé, tu n'as pas utilisé ma technique laborieuse. Je peux savoir comment tu as fait ? ^^

[Elodie787]

Oui parce qu'à l'examen on aura pas trop de temps malheureusement...
Je me suis servie de la formule dont je t'es parlé (prendre les valeurs de pKa autour de la forme neutre meme si cette méthode n'est pas très correcte d'après toi :/) les valeurs de pKa qui entourent ma forme neutre sont 3,86 et 4,25. J'ai donc fait pHi= 1/2 (3,86+ 4,25)

[Tibosax]

Ouai donc je confirme, c'est faux. C'est dans ces eaux là (à 0.10 prêt), mais c'est rigoureusement faux.

[Elodie787]

Oui j'ai arrondie au supérieur, c'est bizarre nos profs nous on toujours parlé de cette formule :/

[Tibosax]

Je sais, tu n'y es pour rien. Les profs de bio sont nuls en chimie, c'est tout.