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re-compiler? (logiciel R)



  1. #1
    kinette

    re-compiler? (logiciel R)


    ------

    Hello!
    J'utilise actuellement le logiciel R (logiciel libre utilisant quasiment le même code que S-Plus et permettant de faire des analyses stat assez poussées) et j'ai récupéré une fonction sur le net qui m'intéresse beaucoup.
    Pour une des applcations de cette fonction (test G avec calcul des p-values par simulation de Monte-Carlo), il est indiqué qu'il faut recompiler R:
    Monte-carlo calculation of exact p.values requires re-compiling R. Append the gtestsim() source in gestsim.c to the previously existinge chisqsim.c file in R, recompile and blast away.
    Avant de faire des bêtises, j'aimerais quelques explications, n'étant pas trop familière de ce genre de manoeuvre, j'aimerais quelques explications.
    En quoi consiste le fait de "recompiler"? Sachant que j'utilise la version de R pour Windows, est-ce que je peux faire cette manoeuvre sous Win. ?
    Et bon, si c'est possible, comment fait-on pratiquement?

    Merci d'avance!!!
    K.

    -----
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

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  3. #2
    overmind

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Recompiler c'est reconstruire le logiciel.
    Sous unix:
    Code:
    ./configure
    make
    make install
    Sous windows, utilise cygwin.

  4. #3
    kinette

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Hello,
    Merci overmind pour ce début de réponse...
    Enfin en pratique je ne sais pas trop comment procéder (j'ai cygwin sur mon ordi, donc je dois pouvoir recompiler).
    J'ai installé R avec pack d'installation, donc apparemment je dois décopiler le programme, rajouter gtestsim() dans gestsim.c dans le fichier chisqsim.c qui doit se retrouver une fois qu'on a décompilé (pour l'instant rien de visible de ce genre dans mon programme, ça doit être un élément non visible tant qu'on n'a pas la version non compilée).

    Est-ce que j'ai bien compris?

    K.
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

  5. #4
    spi100

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Décompiler un prog pour avoir les sources directement en C, c'est un vieux rêve mais loin d'être encore réalisable.
    Souvent pour les projets open sources, tu as deux distributions disponibles : celle ne contenant que les binaires et celle contenant les sources. Il faudrait que tu récupères cette dernière version si elle existe.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    kinette

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Citation Envoyé par spi100
    Décompiler un prog pour avoir les sources directement en C, c'est un vieux rêve mais loin d'être encore réalisable.
    Souvent pour les projets open sources, tu as deux distributions disponibles : celle ne contenant que les binaires et celle contenant les sources. Il faudrait que tu récupères cette dernière version si elle existe.
    Hello,
    OK, bon c'est un peu ce que je craignais! R est en Open Source, et le code est disponible, et pour l'installer, il y a effectivement la version "pour les nuls" comme moi, avec juste un fichier éxécutable... puis y a la version "pour les pros" qui doit être ce que je devrais donc manipuler...
    Donc, si j'ai bien compris, je n'ai plus qu'à récupérer cette version, à changer le truc à changer, et à compiler?

    K.
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

  8. #6
    spi100

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Oui, fais toi aider de ton administrateur système, ou trouve un crack en info, il y a toujours au moins qui traine par labo .

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  10. #7
    kinette

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Hello,
    Bon j'ai trouvé les indications pour compiler R: http://wwwmaths.anu.edu.au/~wangk/pe...ok/node14.html
    Un peu aventureux pour moi... j'hésite à me lancer (trouvé personne sachant compiler R sous Win).
    K
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

  11. #8
    kinette

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Si une bonne âme peut, d'après les indications données sur cette page, me dire quelles sont les passages "difficiles", et si ça lui parait jouable pour quelqu'un qui fait ça pour la première fois...

    K.
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

  12. #9
    overmind

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Le problème c'est que soit tu compiles sous windows, et c'est pas fait pour ça (make il connait pas, à moins que tu trouves un équivalent), soit tu le fais sous cygwin et tu te tapes toutes le dépendances, à moins qu'il n'y ait un système de packages qui te permette de passer outre.

  13. #10
    kinette

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Hello,
    Ben c'est pas évident pour moi comment ça marche, mais apparemment y aurait moyen de compiler sous Windaube:
    http://cran.r-project.org/doc/contrib/cross-build.pdf
    To use the Cygwin-compiled version (Cygwin itself
    is not needed, at least currently), install ‘acml-2-7-0-win32-g77.exe’ (or later) and edit
    ‘R_HOME/src/gnuwin32/MkRules’ to define USE_ACML=YES and set ACML_PATH to the path
    to ‘libacml.a’.
    Open a command window at ‘R_HOME/src/gnuwin32’. Edit ‘MkRules’ to set the appropriate
    paths as needed and to set the type(s) of help that you want built. Beware: ‘MkRules’
    contains tabs and some editors (e.g., WinEdt) silently remove them. Look at the comments
    in ‘front-ends/Makefile’ and perhaps uncomment commands to increase the stack size and
    make the executables large-address-aware. Then run
    make
    and sit back and wait while the basic compile takes place.
    M'enfin tout ça pour moi c'est une autre langue...

    Sur ce site http://www.murdoch-sutherland.com/Rtools/
    J'ai aussi trouvé ça:
    Compilers
    If your package contains C and/or Fortran code you will need suitable compilers. We recommend that you use the MinGW port of gcc via http://www.mingw.org/.
    Bon, je sais pas si j'irai jusqu'au bout, mais c'est cool, j'apprends des trucs
    K.
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

  14. #11
    Gre

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Citation Envoyé par spi100
    Décompiler un prog pour avoir les sources directement en C, c'est un vieux rêve mais loin d'être encore réalisable.
    Souvent pour les projets open sources, tu as deux distributions disponibles : celle ne contenant que les binaires et celle contenant les sources. Il faudrait que tu récupères cette dernière version si elle existe.
    Non le rêve est d'avoir des sources dans un langage évolué. Mais sinon il est facile théoriquement de mimer les appels systèmes du binaire en C. Sauf que ce sera complétement illisible pour un humain normalement constitué.
    War does not decide who's right, but who's left. (Bertrand Russell)

  15. #12
    rellum

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Bonjour,
    Les 2 liens principaux pour compiler R sous windows ont déjà été donnés, un autre lien intéressant est http://www.sfu.ca/~sblay/R/index.html#windows .
    Patcher directement R n'est cependant pas dans la philosophie du logiciel... cela devrait se faire via un package. Il faudrait contacter l'auteur du patch et lui demander pourquoi il a fait ça (si c'est pour éviter un bug de R, le bug original a, peut-être, été corrigé depuis...).
    La liste r-help@stat.math.ethz.ch peut être aussi une bonne source de réponses (pour s'inscrire c'est ici: https://stat.ethz.ch/mailman/listinfo/r-help.
    Attention, poser des questions documentées et précises, sinon les réponses riquent d'être brutales!
    Bonne découverte de R!

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  17. #13
    kinette

    Re : re-compiler? (logiciel R)

    Merci Rellum pour ta réponse
    Ca fait plaisir de croiser un autre utilisateur de R sur ce forum!
    Je me suis demandé aussi pourquoi Peter Hurd a procédé ainsi! (doit bien y avoir une raison...)
    J'ai oublié de donner la page où j'ai récupéré sa fonction (qui marche bien): http://www.psych.ualberta.ca/~phurd/cruft/
    Mais sans le "bidouillage" que j'hésite à faire, on ne peut utiliser que le log-likelihood ratio test (et pas faire le calcul des p-values par simul. de Monte-Carlo)...
    Le truc bête, c'est que l'auteur de la fonction n'a pas pris la peine de l'indiquer dans les forums sur R (ce qui se fait généralement). J'ai trouvé son site un peu par hasard (depuis Wikipedia: http://en.wikipedia.org/wiki/G-test). Et pour le test G, je n'ai pas trouvé de package le faisant... (y a juste cette autre fonction http://tolstoy.newcastle.edu.au/R/help/01b/0213.html mais c'est pour les tables 2x2 et elle ne fait pas les simulations).

    Je peux très bien faire le test G sans ça, mais pour rester dans des conditions d'application correctes (cf. le Sokal et Roff) je dois grouper certaines de mes classes. Ca marche très bien (j'ai de belles données qui donnent quelque chose de très significatif), mais un peu par curiosité, puis parce que je trouvais ça élégant, j'avais envie d'utiliser le test sur toutes mes données (sans faire de regroupements).

    K.hi-deux
    PS: bon, en fait j'ai rien dit, Peter Hurd avait donné sa fonction sur le forum: http://www.r-project.org/nocvs/mail/...2001/4986.html (mais sans la simulation de Monte-Carlo).
    Nomina si nescis, perit et cognito rerum.

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