Bonjour.
J'ai une question concernant le programme ImageJ.
En fait, j'utilise ce programme pour mesurer des aires de fibres musculaires à partir de coupes histologiques réalisées avec un marquage laminine.
Je pars donc d'image avec les parois plus ou moins blanches et le reste plus ou moins noir et j'applique un seuillage (threshold) pour avoir une image binaire en noir et blanc.
Le souci c'est qu'en général le marquage n'est pas homogène et que des bouts de parois qui apparaissent blancs sur l'image apparaissent noires après le seuillage comme vous pouvez le voir sur l'image suivante.
Ma question concerne les options d'imageJ :
Connaissez-vous une option ou un pluning dans ImageJ qui puisse fermer les parois comme vous pouvez le voir dans le fichier "fibres à fermer" (ce que l'on obtient après le seuillage) afin d'obtenir un résultat égal au fichier "fibres fermées" (les fibres ont été fermées à la main)?
Pour ma part, j'ai tenté l'option Process/Binary/Erode qui marche mais avec un gros problème, c'est qu'elle ajoute un pixel de large à chaque fibre et donc quand les fibres sont petites cela peut les faire disparaître.
J'ai aussi tenté l'option Process/Binary/Close qui marche un peu (plus de fibres sont fermées) mais qui ne fonctionne qu'une fois sauf si on va dans Process/Binary/Option et que l'on change le nombre d'itérations (je viens de le découvrir donc c'est peut-être une option possible mais cette option à tendance à faire disparaitre les fibres et à réduire leur taille quand on prend un trop grand nombre d'itérations).
Connaissez-vous une option qui rajoute des pixels afin de fermer les fibres sans faire grossir la largeur des fibres ?
Merci
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