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Script R - test du chi²



  1. #1
    coco.casey

    Script R - test du chi²


    ------

    Bonjour,
    je souhaite tester un jeu de donnée mais voilà je suis un peu perdue.
    Car je souhaite faire un chi² avec R, j'ai regarder plusieurs tutoriels, mais je trouve des p-value différentes suivants les tutoriels
    donc je me demande si je procède correctement.

    Je veux en faite comparer les résultats trouvés en laboratoire vs les résultats trouvés par observations. Pour savoir si la différence est significative ou non.
    Afin de déduire si la différence d'observation est due à une mauvaise observation ou à des problèmes de marqueurs en labo.

    J'ai donc un facteur qualitatif qui est le test avec deux modalités: SAM / Serre
    et une variable qualitatif qui est le sexe des fleurs avec deux modalités : F / H
    J'ai du mal à construire mon tableau (je l'ai alors séparé) et me demande si j' effectue le bon script !

    matrice = matrix(c(38,184), ncol=1)
    chisq.test(matrice, p=c(.25, .75))
    chisq.test(matrice, c(55, 168))

    sam
    1 f 38
    2 h 184

    Merci par avance pour toute aide rapide ! car je suis bloquée dans mes interprétations.

    -----
    CoCo

  2. Publicité
  3. #2
    Dlzlogic

    Re : Script R - test du chi²

    Bonjour,
    Si votre question est "Comment comparer ces deux listes", ça c'est facile, vous pouvez me les envoyer par MP, s'il y a un problème de confidentialité.
    Si la question est "Comment le faire" avec R, là je sais pas.

  4. #3
    toothpick-charlie

    Re : Script R - test du chi²

    point n'est besoin de créer des matrices, la fonction chisq.test accepte 2 arguments qui sont des vecteurs.

  5. #4
    Dlzlogic

    Re : Script R - test du chi²

    C'est assez amusant, on parle de matrice au lieu de tableaux, de vecteur au lieu de liste.
    Dans mon vocabulaire, une matrice est la représentation sous forme d'un tableau à deux dimensions, d'une application linéaire.
    Une liste est un tableau à une dimension. Enfin un vecteur est un objet géométrique.
    Je suis sûr que si, dans l'environnement dont il s'agit, c'est à dire l'activité médicale et paramédicale appliquée à l'informatique, des mots plus simples étaient utilisés, ça poserait moins de problème.
    Mais, naturellement, ce n'est que mon avis.

    Question aux spécialistes du khi², hors-mis ce que j'ai lu sur Wiki, de quand date l'utilisation de Khi² avec les outils informatiques ? Je précise mas question, le Khi² a été inventé au début du XXè, il a été utilisé à partit de cette époque et avec l'arrivée de l'informatique on a utilisé cet outil pour faire les calculs, ou au contraire, ce n'est que récemment qu'on s'est dit "Tien l'informatique existe, qu'est-ce qu'on pourrait faire avec ?" Bien sûr c'est une image.
    Pardon si mon intervention est jugée hors sujet, mais je veux bien argumenter.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    toothpick-charlie

    Re : Script R - test du chi²

    tu as raison sur le fait qu'on ne devrait pas confondre tableau et vecteur, mais ce sont les termes utilisés par le langage de R. On peut très bien en R parler d'un vecteur de chaînes de caractères, alors qu'on ne peut pas faire la somme de deux tels vecteurs.

    sinon, on faisait des calculs statistiques bien avant l'invention des ordinateurs. L'analyse en composantes principales, qui nécessite de diagonaliser une matrice, a été inventée par Karl Pearson en 1901. A l'époque il devait diagonaliser à la main, et ça m'étonnerait qu'il ait pu traiter des problèmes à plus de 5 ou 6 variables.

  8. #6
    Dlzlogic

    Re : Script R - test du chi²

    Pour le problème de vocabulaire, je le connais et je le regrette, pas plus.
    Concernant le Khi², c'est moins anecdotique. Sauf erreur, les opérations nécessaires aux calculx sont des sommes, des différences, des carrés et des racines carrés, je ne vois pas où il y a de diagonalisation de matrice, ni même de matrice dans ce calcul.

    Il n'en est pas de même pour des résolutions par la méthode des moindres carrés qui se faisaient bel et bien à la main (10 heures par calcul).
    D'où ma question.

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  10. #7
    coco.casey

    Re : Script R - test du chi²

    Salut,
    je vous remercie pour vos réponses
    et oui ma question était surtout sur le script de R
    Car avec R tout est dans le tableau initial !!!
    Donc j'ai fait un tableau avec deux colonnes qui sont mes modalités et en lignes mes variables
    Voila merci de votre aide
    CoCo

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