Etudes pour modélisation en biologie ?

[invite2d9e8164]

Bonjour à tous !

Voilà je suis en L2 de bio car j'aime la bio. C'est bien beau mais à la base, le métier que je voulais faire était médecin et finalement, je me suis rendu compte très rapidement que les études n'étaient pas faites pour moi (et comme elles durent au minimum 9 ans ce n'est pas un choix anodin ! ).
Ainsi je me retrouve au sein d'un parcours qui m'oriente vers des métiers que je ne connais pas beaucoup. Je sais déjà que je veux au moins aller jusqu'à bac+5 mais en ayant pris contact avec pas mal d'ingénieurs dans des domaines de la bio, ça ne m'a pas trop attiré...
De plus, mon oncle qui est chercheur en bio mol a essayé de me dissuader de faire de la recherche (en france ce serait du grand n'importe quoi).

Je me retrouve donc dans une impasse. Les métiers vers lesquels je m'oriente ne semblent pas beaucoup m'intéresser et de plus je suis assez maladroit avec les manips de TP...
J'ai alors pensé à la bioinformatique/biostatistiques... Pourquoi pas mais encore une fois je ne vois pas vraiment ce qu'est le quotidien de ces métiers. De plus j'ai peur de ma lasser assez rapidement (j'ai l'impression qu'il y a beaucoup de métiers qui sont répétitifs).

Mais aujourd'hui, en cours, j'ai entendu le prof de physio parler d'une chose intéressante. Il disait qu'il manquait beaucoup de modélisateurs en physiologie, surtout pour le système nerveux. En effet, il semblerait que les biologistes soient de piètres mathématiciens (en tout cas pour la plupart) et/ou qu'ils n'aiment pas beaucoup ça. Or, chez moi, ça a toujours été la matière la plus facile, et elle m'a plu jusqu'en terminale (et j'avoue que dans ma fac, de tout ceux que je connais, personne n'est dans ce cas). Alors je me suis donc demandé quels genres d'études pouvaient mener à ce métier. Faut-il faire des études de maths-physique ? Ou faire des études de bio puis, se spécialiser dans la bioinformatique ? La modélisation en biologie, ce serait pas un genre de biologie théorique ? (par homologie avec la physique et la chimie théorique) ?
Si le métier existe, comment est son quotidien ? Devant un pc ? A faire des équations et des programmes ?

Merci à tous pour vos réponses.
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[piwi]

Il y a peu de papiers de modélisation mathématique des phénomènes en biologie. Ceci est effectivement due au fait que les études de médecine ou de biologie sont très détachées des mathématiques. Cette voie est sans doute à explorer pourtant. Je pense qu'une approche en modélisation mathématique des phénomènes peut être un plus apportant aux équipes que vous intègrerez une nouvelle dimension qui en intéressera bien des personnes.

Cordialement,
piwi

[kinette]

Bonjour,
La modélisation, c'est vaste... il y a plein de types de modélisation différents, et généralement les gens utilisent un grand type de modèle (modèle statistique, modèle basé sur l'individu, modèle analytique...).

En effet, il semblerait que les biologistes soient de piètres mathématiciens (en tout cas pour la plupart) et/ou qu'ils n'aiment pas beaucoup ça.

Piètre mathématiciens pour la plupart, oui. Ceci dit la modélisation c'est pas nécessairement mathématique

Alors je me suis donc demandé quels genres d'études pouvaient mener à ce métier.

Déjà tu n'es pas très clair... tu veux faire de la modélisation pour la recherche? Ou en dehors de la recherche (là je sais pas trop ce qui existe...).

Faut-il faire des études de maths-physique ?

Pas nécessairement.

Ou faire des études de bio puis, se spécialiser dans la bioinformatique ?

Oui... enfin ce que tu appelles "bioinformatique" est à mon avis plus vaste que la modélisation (pas mal de cursus sont plutôt orientés analyse de génome... je sais pas trop si on peut appeler ça de la modélisation).

La modélisation en biologie, ce serait pas un genre de biologie théorique ? (par homologie avec la physique et la chimie théorique) ?

Souvent oui. La modélisation statistique est un peu différente, puisque le modèle est fait à partir de données existantes.

Si le métier existe, comment est son quotidien ? Devant un pc ? A faire des équations et des programmes ?

Devant un PC en grande partie... ceci dit le boulot contient pas mal de lecture d'articles, de conférences, etc...
Faire des équations, si on est plus "modèles analytiques", ou programmer si la modélisation est plus basée sur des simulations...

Cordialement,
K

[invite2d9e8164]

Déjà tu n'es pas très clair... tu veux faire de la modélisation pour la recherche? Ou en dehors de la recherche (là je sais pas trop ce qui existe...).

Oui c'est ce que je voulais dire. D'ailleurs je me demande si la modélisation existe en dehors de la recherche .

Alors vous croyez qu'il existe des master de modélisation en biologie ? Dans mon cas ce serait plus utiliser des équations etc. (j'imagine qu'il y a beaucoup de géométrie, d'analyse et de statistiques dans la modélisation mathématiques en biologie ?). Pourquoi pas programmer après je ne sais pas encore (c'est encore assez loin pour moi).

En tout cas merci, je vais aller me renseigner sur ces master (je sais qu'au suio il y a des bouquins où il y a tous les master de marqués).

[A voir en vidéo sur Futura]

[kinette]

Bonjour,

Alors vous croyez qu'il existe des master de modélisation en biologie ?

Ca existe, mais à part celui de Lyon 1, je n'ai aucune idée du contenu des enseignements...
Généralement c'est plutôt intitulé "bioinformatique".
Si tu souhaites faire de la recherche, et que tu as un bon niveau, regarde aussi du côté des ENS, ça peut valoir le coup.

Dans mon cas ce serait plus utiliser des équations etc. (j'imagine qu'il y a beaucoup de géométrie, d'analyse et de statistiques dans la modélisation mathématiques en biologie ?). Pourquoi pas programmer après je ne sais pas encore (c'est encore assez loin pour moi).

De géométrie? Non pas tellement (enfin pas dans ce que je connais).
Les statistiques sont de toute façon partout, et même pour un biologiste non spécialisé en stats, ça reste important (et généralement très mal maîtrisé).
Ceci dit, les personnes qui modélisent juste avec des équations (genre théorie des jeux) peuvent ne jamais toucher aux stats (et être nuls dans ce domaine). Vice-versa, des "génies" en stats peuvent se sentir très mal à l'aise avec une équation différentielle...
C'est toutefois pas mal de savoir comprendre les différents niveaux (stats, analytique, simulation...) car on se retrouve à lire les papiers de personnes spécialisées dans d'autres types de modèles... parfois certains modèles ne peuvent pas être entièrement résolus mathématiquement, et il faut passer aux simulations...

Si le domaine t'intéresse, je te conseille de lire "le gène égoïste" de Richard Dawkins (y a pas mal d'explications bien faites sur de la théorie des jeux), et jouer un peu avec Populus:
http://www.cbs.umn.edu/populus/
ainsi que NetLogo:
http://www.ccl.sesp.northwestern.edu/netlogo/

Cordialement,
K

[invite2d9e8164]

Merci kinette.

Par ailleurs ne serait-ce pas plus judicieux de trouver un master dans un pays anglophone (UK ou USA ?) ? Car je ne sais pas si la france possède un bon niveau d'enseignement en modélisation.

[kinette]

Bonjour,
Ah, j'ai oublié de préciser un truc: ce n'est pas parce qu'un master n'a pas le titre "bioinformatique" ou "modélisation" qu'il ne mène pas à ça, et ne forme pas.

Le master "biologie de l'écologie et évolution" de Montpellier, ainsi que celui d'écologie de Paris (et nombre d'autres: Tours, Rennes...) forment tous les ans aussi des modélisateurs.
En fait le laboratoire où on effectue son stage est aussi quelque chose de déterminant.

En ce qui concerne le niveau d'enseignement: non, l'Angleterre non les USA ne sont pas nécessairement mieux pour l'enseignement. Plusieurs chercheurs anglophones m'ont au contraire dit apprécier les étudiants français, qui ont généralement une meilleure formation en mathématiques...
Par contre, un passage dans un pays anglophone (ou un labo où on parle pas mal anglais, comme c'est le cas dans beaucoup de labos hollandais, suédois, allemands...) peut être un plus.
Ceci dit, quand on en arrive au stage de master 2, il peut être judicieux de faire le stage en France, car la recherche, c'est aussi "se faire son réseau" comme disent certains (aller à l'étranger sans garder de contact en France peut rendre plus difficile le retour, si on souhaite revenir en France).

Cordialement,
K
PS: ma formation est en évolution-écologie... ça oriente certainement ma réponse. Je connais par exemple assez mal le domaine de l'épidémiologie, qui fait aussi appel à pas mal de modélisation, et est peut-être un des domaines où il est aussi le plus facile de travailler dans le privé...

[inviteb09bf7b4]

Bonjour !

Je suis à l'ENS en 3° année de Bio (L3), et je me tourne aussi vers la modélisation , et ça fait plaisir de voir d'autres personnes dans le même cas !

C'est peut-être un peu tard pour le dire, mais en effet, l'ENS est une très bonne école notemment si tu veux mixer à ta sauce deux parcours (perso, j'ai fait là-bas une année d'informatique et une année de biologie). Tu peux aussi en négociant bien prendre moitié moitié entre des cours de deux matières. [Il est possible d'y rentrer en L3 et en M1, sur dossier ou sur concours, venant quasiment de n'importe quelle formation]

Je ne connais pas encore grand chose en la matière, mais comme grands thèmes en vogue en ce moment, je vois

- des statistiques sur les séquences et de l'évolution moléculaire
(quand on parle de 'bioinformatique', à 95% c'est ça (snif) (ex arbres phylogénétiques, alignement de séquences ..., et il y a moyen de s'amuser un peu en informatique là-dedans)

- de la génétique des populations/en écologie (ex : comment va varier la fréquence de telle allèle dans la population, comment vont varier telles populations : extinctions ? ...), là ya moyen d'avoir des maths intressantes, ex des équa diff. Il y a aussi des modélisations de croissance de cellules (ex la taille d'une tumeur ...)

- de la modélisation structurale (des plantes ou des molécules par exemple). Le gros challenge c'est de prédire la structure 3D d'une protéine à partir de sa séquence mais pour l'instant les algorithmes sont statistiques et assez pourris, et la plupart du temps, le seul indice est soit de la cristallo, soit des comparaison de séquence avec des protéines dont on connaît la structure. Dans ce domaine, il ya pas mal d'info et de physique à faire,

- de l'imagerie (ex : la tomographie : à partir de sortes de radios prises dans tous les sens tu essayes de reconstituer l'échantillon en 3D)

et enfin ... ce que j'aimerais faire : de la modélisation en physio à l'échelle de plusieurs cellules. Ya des trucs sympas qui existent comme des 'réseaux de neurones', des 'réseaux de gènes', qui consistent à prédire des équilibre quand tu sais que tel gène active tel gène qui inhibe tel gène etc ... et comme ça tu peux directement tester expérimentalement l'équilibre que t'as prédit (si je ne suis pas très clair c'est normal, je n'y comprends encore pas grand chose ...),
Mon gros trip ce serait de modéliser la régulation de la glycémie mais c'est le genre de truc qui demande une vie entière ...

Côté formations,
- ya plein de masters de 'bioinformatique', qui traitent surtout d'ADN et de séquences (alignements, statistiques, évolution)
- ya des formations en génétique des pops / écologie qui font des prédictions sur les prédictions
- des masters de modélisation plus classique où c'est plutôt orienté physique / biophysique, ça peut aller du côté modélisation structurale, ou biophysique des membranes, jusqu'à résistance des matériaux, mais ça sera peut-être trop proche de la physique pour toi
- à l'ENSLyon, en M2 ya un master de modélisation des systèmes complexes qui semble assez équilibré entre bio / info / maths / physique, et assez accessible (ya plein de cours de remise à niveau), mais je n'ai pas encore beaucoup d'infos sur ça.

Perso, je préfère suivre d'un côté des cours d'infos théoriques et de l'autre des cours de bio normaux en M1, puisque l'école me le permet,

Voili-voiloù !

Philippe

[invited3f74a0a]

Salut !

Je n'ai pas tout lu en détail je risque donc de repeter certaines choses.. Je donnerais ici simplement un exemple de cursus, la licence+master bioinformatique de Paris 7.

Ce cursus propose des enseignements de modélisation. En L3, nous devons suivre un cours de modélisation en biologie (evolution de population etc...).

Dans les cours d'informatiques, nous avons dû coder des réseaux de gènes, le modèle d'Hodgkin–Huxley (neurologie) qui à été approfondie dans un cours de neuroscience computationelle...

En master il y a des cours de modélisation moléculaire et des options en neurosciences computationelles, donc modélisation de réseaux neuronaux encore une fois.

Probablement que tous les masters de bioinfo propose ce genre de chose ?!

La modélisation me semble surtout être une spécialisation et il vaut mieux bien connaître ce que tu souhaite modéliser si tu veux avoir le point de vu du "biologiste". Les mathématiques nécéssaire te serons enseignés dans le cursus que tu suivras et dans les options que tu prendras... Ensuite il ne te restera plus qu'à lire des livres pour combler tes lacunes en mathématiques, si tu aime ça, ça se passera très bien !

@+