Quand tu dis "le spin est modifié", tu veux sans doute dire "le moment cinétique est modifié", non ? Car le spin, lui, est un invariant.Si à un instant donné le spin d'une particule est modifié pour une raison quelconque, alors il faut qu'instantanément une autre particule s'aligne de façon à ce que le spin global reste nul.
Sinon, ce que tu énonces, c'est en effet réalisé, et d'une façon très particulière : les interactions préservent certaines quantités (l'énergie, l'impulsion, le moment cinétique, la charge, etc...) de façon locale. Donc oui, si tu modifies le moment cinétique d'une particule, il faut aussi modifier celui d'une autre. Que le système soit décrit par un état intriqué ou non.
Il y a une petite incohérence me semble-t-il dans ce qui te tracasse. D'une part tu as envie de décrire l'Univers par un seul état (ou fonction d'onde). D'autre part tu parles de corrélations. Or ces corrélations, au sens où tu utilises ce mot, se font entre des sous-parties de l'Univers, et à partir du moment où tu t'intéresses à ces corrélations tu découpes arbitrairement le système initial en sous-systèmes. Et en effet, quand on fait ça des corrélations existent. Il se trouve que dans beaucoup de situations, ces corrélations sont faibles, ou disparaissent rapidement si elles sont initialement présentes : c'est la décohérence.
Par exemple, si tu veux mesurer le courant électrique qui passe dans le fil d'alim de ton ordi en ce moment, tu n'as pas besoin de prendre en compte les corrélations entre ces électrons-là et tous ceux qui sont présents dans le Soleil, par exemple, même si en toute rigueur il faut décrire tous ces électrons par une seule fonction d'onde antisymétrisée (ce sont des fermions).
Sinon, je ne vois toujours pas ce qui t'amène à distinguer les électrons des photons, conceptuellement.
-----