A l'époque du CMB, la matière (en général, noire ou pas) était répartie de manière quasiment homogène. C'est bien son action gravitationnelle qui a permis aux très petites inhomogénéités (sur-densités) de donner naissance aux structures qu'on connaît dans l'univers actuel, en "résistant à l'expansion" comme tu le dis. Mais inversement, les régions sous-denses sont devenus les vides cosmiques de l'univers actuel, dont l'expansion contribue à éloigner les amas les uns des autres, même au sein d'un superamas. Les amas eux-même ne se "disloquent" pas - en tout cas pas à l'époque actuelle (plus tard ça dépendra de l'accélération de l'expansion), puisque leur contenu est suffisamment lié par la gravitation pour que l'expansion n'y soit pas ressentie.
Et, oui, à ce niveau, les scénarios de MN sont encore valables. Ce n'est que grâce à une masse suffisante de MN qu'on explique la vitesse à laquelle les structures se sont formées après le CMB. Toute théorie alternative devra être capable de rendre compte des mêmes observations.
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