Question : les découvertes majeures récentes en biologie ?

[invite8bb88f80]

Bonjour,

N’ayant plus suivi la littérature scientifique depuis bien longtemps j’ai quelques renseignements à demander. Cette question s’adresse en priorité à ceux qui font de la recherche en biologie, mais ceux qui suivent ce champ sont aussi sollicités.

Ma question est simple mais la réponse suppose un peu de réflexion.

Quelles sont d’après vous les découvertes majeures effectuée en science du vivant depuis 1990. J’entends par majeur des résultats qui ont sensiblement modifié l’idée que l’on se faisait du fonctionnement 1 de la cellule et 2 de l’organisme. Exemple de découvertes, l’opéron lactose, les seconds messagers, le prion.

Autre question moins facile. Il y a-t-il eu des apports fondamentaux dans le domaine de la conception du vivant. Je veux dire ou bien une évolution du paradigme mécaniste et génétique, ou alors une conception alternative incluant des apports théoriques complètement nouveaux (par exemple, la thèse d’un champ transcendantal).

Merci à tous
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[invite0aa1883c]

C'est une question interressante mais....difficile...
Je vais tenter une réponse en 2 étapes mais se sera forcément subjectif.

1) Au niveau global en biologie. Pour moi la grande découverte de ces 15 dernières années c'est le role des ARN dans un grand nombre de processus. Depuis la découverte historique des introns auto-épissables, de tout le catalogue des ribozymes, bien sur le role central des ARNr dans le ribosome (très important) mais aussi tout ce qui concerne les petits ARN non-codants intervenant par ex. dans la régulation des gènes. On sait aussi que l'ADN est biochimiquement une forme modifiée de l'ARN et non l'inverse (a relier a toutes les hypothèses évolutives sur le monde ARN). On peut aussi en poussant le bouchon parler des ARN interférant comme agent anti-infectieux. Bref l'ARN c'est bien plus que le simple relais de l'information génétique.

2) Dans ma discipline : la bio évolutive. Pour moi la grande découverte c'est le role des transfers horizontaux de gènes entres espèces principalement les procaryotes mais aussi les virus et dans une beaucoup moindre mesure chez les Eucaryotes. Celà a remis et remet en cause bien des acquis en phylogénie et sur notre manière de reconstruire l'évolution et de ses premieres étapes (en particulier l'arbre universel du vivant)...

Je crains quand même que mes réponses soient très subjectives, mais bon...

A+
John

[invited8287251]

Oufti! plein!!!!! en désordre!!
ces dernieres 10-15annnées, l'apoptose (un terme vieux, vieux ........redécouvert grace à c elgans),l'épigénétique et la chromatine, l'evo-dévo, le NO, la protéomique, la génomique etc

[invitec9f0f895]

Bonsoir,

Pour moi aussi l'importance des ARN dans la cellule, mais surtout les mecanismes epigenetiques (notamment le prion). Le prion a aussi eut d'importantes consequences sur notre comprehension de la cellule et des mecanismes d'echange de l'information.

Ensuite comme le dit john, il est probable que nos visions soient biaisées.
Yoyo

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteb73ce398]

Ensuite comme le dit john, il est probable que nos visions soient biaisées.

Définitivement en effet ... Mais dans la liste j'aurai aussi mis les ARN et je rajouterai:
- les mécanismes de dédifférentiation/transdifférenciation cellulaire,
- une meilleure compréhension des mécanismes conduisant à la transformation cellulaire (avec l'idée que les oncogènes sont des acteurs important mais que la matrice extracellulaire/l'environnement cellulaire ne l'est pas moins),
- les génomes et plus particulièrement le génome humain
- la protéines "scaffold", les compartiments cellulaires qui font disparaitre progressivement ces schémas d'activation/d'inhibition de protéines en cascade
- les protéines kinases...

[invite0aa1883c]

C'est quoi le "NO" Hervé ???

A+
J

[invite86dba867]

Bonjour,
C'est le monoxyde d'azote, sur lequel se fait actuellement un nombre incalculable de recherches.
Voici par exemple une étude en hépatogastrologie :

http://www.john-libbey-eurotext.fr/f.../EA/article.md

Par ailleurs, c'est un composé paramagnétique possèdant un électron célibataire sur l'azote.

[invite0aa1883c]

Ah ben je m'étais justement dit c'est surement pas le monoxyde d'azote !!! Ben si, comme quoi.... Je vais aller me renseigner !

A+
John

[invite8bb88f80]

Merci pour ces infos précieuses

Quelques demandes d’info complémentaires

John, le rôle des ARN était connu avant 1990. Sans doute qu’on a découvert d’autres processus et que par effet cumulatif, l’ARN a acquis un autre statut, plus important qu’auparavant. Il me semble que la biologie des années 1970 s’accommodait avec une conception du partage des rôles. Une molécule, une fonction, et que peu à peu, les éléments se sont dévoilés comme plurifonctionnels. Pour ce qui concerne l’ARN, cela confirme l’importance de la gestion de l’information dans la cellule, et ma foi, je verrai bien cette molécule incarner la mémoire vive par rapport au disque dur qu’est l’ADN.

Quant aux transferts horizontaux, je suppose qu’il s’agit de partages d’information par une voie non héréditaire (eux sont verticaux). Idée : la Nature aurait-elle inventé des transferts de technologie bien avant l’homme ? C’est un peu mon idée (reposant notamment sur mon paradigme de la matière compréhensible comme substance technique).


Hervé, l’apoptose est connue depuis bien longtemps il me semble, avec ces histoires de durée de vie et de télomères (j’espère ne pas me tromper). Effectivement, on a vu la thèse de l’apoptose participant à l’ontogénèse mais je ne prends pas au sérieux le bien fondé de ce qui me paraît être une sorte de fantaisie conceptuelle, comme d’ailleurs les élucubrations sur ce sujet d’Yves Kuppieck. Sinon, la proténomique et la génomique sont plus des techniques du vivant que des découvertes. Le NO. Si ma mémoire est bonne, on connaissait son rôle dans la névroglie. Peut-être qu’on a sous-estimé cette molécule mais l’oubli est rétabli. Le reste est assez imprécis. Chromatine, épigénétique, rien de neuf mais tu étais sans doute pressé.

Yoyo, oui le prion. Au fait, tu m’avais promis quelques références dans une autre discussion. Sinon, on est comme tu le soulignes, dans un plan gestion de l’information. En plein paradigme techno-informatique !

Igothigh, la dédifférenciation était déjà connue et impliquée dans les processus tumoraux si ma mémoire est bonne. Par contre, transdifférenciation, je demande à connaître. Pour ce qui est du rôle du milieu, on est toujours dans le paradigme informationnel qui se confirme. Le milieu est source d’information. C’est un peu l’équivalent du web. Les cellules semblent cliquer pour accéder à l’information sur ce qui les entoure. Pour ce qui est du génome, cela ne me semble pas être une découverte majeure. Certes, on a toute la mémoire du disque dur mais on est loin de savoir comment elle s’articule avec le reste. Le cas des protéines scaffold m’intéresse. J’ai un peu cherché. Ce sont des protéines d’échafaudage ai-je lu mais le terme me paraît mal approprié. Autant les appeler scaffold. Si j’ai bien compris, ce sont des sorte de bornes d’assemblage capable de connecter ou déconnecter des circuits de réactions protéiniques en chaînes. C’est ce que j’ai cru comprendre en lisant ceci. Mais peut-être as-tu des références et d’autres infos plus étendues ?

"""La protéine Ste5 deSaccharomyces cerevisiae est une protéine d'échafaudage qui recrute plusieurs molécules de signalisation par phéromone afin d'isoler la voie de signalisation par phéromone des autres voies de signalisation par l'intermédiaire de protéines kinases activées par un mitogène. L'arrêt en G1 du cycle cellulaire et la conjugaison sont deux conséquences physiologiques différentes de la transduction du signal d'une phéromone et la protéine Ste5 est essentielle aux deux processus."""


Bonne journée

[inviteb73ce398]

Faute de temps, je vais essayer de répondre rapidement:

la dédifférenciation était déjà connue et impliquée dans les processus tumoraux si ma mémoire est bonne.

Je ne crois pas que l'on puisse parler de dédifférenciation dans un processus tumoral. Ce n'est peut-être qu'une question de définition, mais dans dédifférentiation, j'entends la perte d'un "phénotype" différencié au profit d'un "phénotype" multi ou pluripotent. Les cellules tumorales n'ont pas de potentiel multipotent. Dans la dédifférenciation, je pensais essentiellement au clonage par transfert de noyau qui montre clairement qu'à partir d'une cellule différenciée, on peut générer des cellules pluripotentes capables de donner un organisme.

Par contre, transdifférenciation, je demande à connaître.

La transdifférenciation est particulièrement bien mise en évidence pour les cellules hématopoïétique, monocytes notament qui peuvent coloniser bon nombre de tissus et se transformer en hépatocytes, cellules musculaires, neurones...

Pour ce qui est du rôle du milieu, on est toujours dans le paradigme informationnel qui se confirme. Le milieu est source d’information. C’est un peu l’équivalent du web. Les cellules semblent cliquer pour accéder à l’information sur ce qui les entoure.

Ces notions sont particulièrement importantes pour comprendre les mécanismes de différenciation et de transformation cellulaire.

Pour ce qui est du génome, cela ne me semble pas être une découverte majeure. Certes, on a toute la mémoire du disque dur mais on est loin de savoir comment elle s’articule avec le reste.

Certes, mais ca delimite considerablement le champ des investigations.

Autant les appeler scaffold. Si j’ai bien compris, ce sont des sorte de bornes d’assemblage capable de connecter ou déconnecter des circuits de réactions protéiniques en chaînes. C’est ce que j’ai cru comprendre en lisant ceci.

"""La protéine Ste5 deSaccharomyces cerevisiae est une protéine d'échafaudage qui recrute plusieurs molécules de signalisation par phéromone afin d'isoler la voie de signalisation par phéromone des autres voies de signalisation par l'intermédiaire de protéines kinases activées par un mitogène. L'arrêt en G1 du cycle cellulaire et la conjugaison sont deux conséquences physiologiques différentes de la transduction du signal d'une phéromone et la protéine Ste5 est essentielle aux deux processus."""

Ste5 est en effet le prototype de la protéine scaffold chez la levure en permettant l'assemblage de "module" réactionnel. C'est protéines sont particulièrement interessante non pas tant par leur capacité à favoriser certaines réaction/interaction, mais en isolant ces modules d'autres compartiments cellulaires ou la réaction pourrait avoir tout une autre conséquence. J'essaierai de te donner quelques références.

[invite8bb88f80]

Merci pour ces remarques. J'attends avec impatience la suite.

Pour la dédifférenciation, je crois que tu fais allusion à un champ de recherche précis visant à rendre pluripotentes des cellules. Sinon, la dédifférenciation peut aussi traduire simplement la perte de la spécialisation et concerner des processus de cancérogenèse

""" En cancérologie, le diagnostic se doit de donner un pronostic d'agressivité, évalué essentiellement sur la taille et l'extension de la tumeur, l'envahissement ganglionnaire et le degré de dédifférenciation cellulaire. """
http://www.bordet.be/amis/news/61/11.htm


La transdifférenciation, c'est un peu comme si un maçon européen migre aux Etats-Unis et se retrouve par exemple employé de banque. Le cas le plus étonnant de transdifférenciation étant Schwarzy, un autrichien gogo dancer amateur de muscu devenu maintenant gouverneur de Californie (Hors sujet)

à suivre et à te lire

cordialement

[invite8bb88f80]

Je relance cette discussion ouverte à tous ceux qui sont passionnés par l'évolution des conceptions du fonctionnement de la cellule et de l'organisme.

[invite4ee78d41]

Bonjour!
La découverte des cellules souches chez l'adulte me semble bien intéressante aussi. Elle fait avancer la médecine mais aussi nos connaissances sur les mécanismes de la différenciation cellulaire, un gros morceau de la biologie sur lequel il reste encore beaucoup de travail.

[invited8287251]

Quant aux transferts horizontaux, je suppose qu’il s’agit de partages d’information par une voie non héréditaire (eux sont verticaux). Idée : la Nature aurait-elle inventé des transferts de technologie bien avant l’homme ? C’est un peu mon idée (reposant notamment sur mon paradigme de la matière compréhensible comme substance technique).


Hervé, l’apoptose est connue depuis bien longtemps il me semble, avec ces histoires de durée de vie et de télomères (j’espère ne pas me tromper). Effectivement, on a vu la thèse de l’apoptose participant à l’ontogénèse mais je ne prends pas au sérieux le bien fondé de ce qui me paraît être une sorte de fantaisie conceptuelle, comme d’ailleurs les élucubrations sur ce sujet d’Yves Kuppieck. Sinon, la proténomique et la génomique sont plus des techniques du vivant que des découvertes. Le NO. Si ma mémoire est bonne, on connaissait son rôle dans la névroglie. Peut-être qu’on a sous-estimé cette molécule mais l’oubli est rétabli. Le reste est assez imprécis. Chromatine, épigénétique, rien de neuf mais tu étais sans doute pressé.


Bonne journée

Bon déja, faut savoir ce qui est, à tes yeux, est une découvert neuve.
Certe, j'étais pressé et je peux pas développer l'impact de telle ou telle découverte en un mail, j'ais déja participé à des rapports de conjonctures scientifiques et, c'est dur et très long.......
Bon, transfert horizontal de genes entre espèces ça existe.
L'apoptose était décrite d'un point de vue cytologique, comme la nécrose etc. Cependant les premiers genes clonés, c'est réçentet c'est un domaine qui a explosé ces dernieres années (Implications dans le cancer et comprendre qu'une cellule pouvait être programmée pour mourir et donc participe à l'organogénèse)
Protéomique, génomique, je te l'accorde ce sont des techniques, mais qui pensait avant,qu'un unicellulaire,come la levure avait4000 genes alors qu'un insecte,comme la droso, qui a de la mémoire, de l'odorat, de la vision, du mouvement n'en a que 13000?

[invited8287251]

OOps, chromatine , épigénétique rien de neuf?
EUhhhhh ya des papiers dans cell, nature, science toutes les éditions........
Entre les micro-ARNs, les siRNAs, les Polycombs/trithorax,Les HDACs and co, l'empreinte génétique etc................
On avait une vision de la régulation de la transcription et de la génétique aveuglée par la découverte de l'opéron lactose et ça change....

[invite8bb88f80]

C'est ce que j'ai dit précédemment, nous sommes sortis du paradigme rétroactif pour entrer dans le paradigme computatoire, pour la cellule bien sûr. Si le génome est un hardware, alors il n'y a rien d'étonnant à ce que la drosophile n'ait que deux fois plus de gènes que la levure. Elle a des logiciels d'applications plus performants tout simplement. La version officielle dit que c'est l'effet de la sélection naturelle. Pour l'instant, je ne contredis pas la version officielle bien que...

à suivre

cordialement

[invited8287251]

Je comprends pas ton obsession à vouloir comparer des organismes avec des PiCi!!! On mérite mieux que ça , nan? (bon un Macintosh, je dis pas )

[invited8287251]

. Elle a des logiciels d'applications plus performants tout simplement.

Lesquels? Transcription, traduction, post traduct.?

[invite048e2f14]

Lesquels? Transcription, traduction, post traduct.?

Les bactéries tournent sous Unix®, c'est un système déjà vieux et plutôt simple mais c'est stable et performant. D'où leur succès: elles n'ont jamais planté en 3 milliards d'années, en dépit de quelques correctifs apportés au noyau.

(faut que je lache mon clavier moi...)

[invited8287251]

(faut que je lache mon clavier moi...)

Oui je crois aussi
autrement je vais tout dire à ton chef!!

[inviteb73ce398]

""" En cancérologie, le diagnostic se doit de donner un pronostic d'agressivité, évalué essentiellement sur la taille et l'extension de la tumeur, l'envahissement ganglionnaire et le degré de dédifférenciation cellulaire. """
http://www.bordet.be/amis/news/61/11.htm

OK mais ce n'est éffectivement pas dans ce sens là que j'employai ce terme.

Le cas le plus étonnant de transdifférenciation étant Schwarzy, un autrichien gogo dancer amateur de muscu devenu maintenant gouverneur de Californie (Hors sujet)

En effet, mais la transdifférentiation a sans doute ses limites puisque Mr Ultrabright Smile ne pourra jamais briguer la présidence des US... cette limite est bien définie, celle de la transdifférenciation un peu moins...

A propos des scaffold, voici quelques références sur les incontournables scaffold des MAPK (ici), une autre (ici) et enfin, un papier original sur une modélisation mathématique de l'effet d'une scaffold (2 en fait), l'axin qui intervient dans une voie de signalisation importante pour le développement et la transformation cellulaire (ici).

[invite8bb88f80]

Eh bien merci pour ces articles que je vais étudier avec attention.

Pour l'instant une remarque sur la base de l'abstract du premier sur la mouche.

La question des protéines scaffold s'inscrit dans le second paradigme suite au paradigme cybernétique incarné par l'opéron lactose et les régulations rétroactives. Ici on est dans une conception connexionniste. Les scaffolds et tu me diras ton avis, semblent agir un peu comme des opérateurs connectent des lignes dans des terminaux. Le connexionnisme est une théorie en neuroscience mais elle peut aussi s'appliquer, moyennant un aménagement, au fonctionnement de la cellule. Enfin bon, on ne sort pas du computer et c'est assez étrange.

[inviteb73ce398]

Les scaffolds et tu me diras ton avis, semblent agir un peu comme des opérateurs connectent des lignes dans des terminaux. Le connexionnisme est une théorie en neuroscience mais elle peut aussi s'appliquer, moyennant un aménagement, au fonctionnement de la cellule. Enfin bon, on ne sort pas du computer et c'est assez étrange.

En quelque sorte, en effet. Mais comme je le disai plus haut, ces proteines sont intéressantes sur le fait que, oui, elles agissent comme un opérateur qui connecte une ligne, mais surtout, qu'elles empêchent de faire la mauvaise connexion. Ca permet d’organiser les voies de communication en place. Mais l’étude de ces protéines est complexe et nécessite des outils un peu plus fin que ce qui est utilisé actuellement en biologie moléculaire et cellulaire. Classiquement, les études utilisent des méthodes de surexpression de gène pour déterminer si une protéine fait ci ou ça. C’est très utile mais pour les scaffold, encore plus que pour d’autres protéines, c’est bien souvent « misleading » puisque la concentration relative de la scaffold par rapport à ses partenaires est le point clé de sa fonction. Et plus généralement, au delà des scaffold, tant que la biologie n’aura pas intégré une composante plus quantitative dans son expérimentation et interprétation, on aura toujours du mal à s’y retrouver.

Et sur le fait qu'on ne sorte pas du computer comme tu dis, je ne trouve pas ca si étrange. Tout ces modèles ne sont que de conception très humaine et le besoin de se représenter les choses reste basé sur les même principes.

[invite8bb88f80]

The actions of many hormones and neurotransmitters are mediated through stimulation of G protein–coupled receptors. A primary mechanism by which these receptors exert effects inside the cell is by association with heterotrimeric G proteins, which can activate a wide variety of cellular enzymes and ion channels. G protein–coupled receptors can also interact with a number of cytoplasmic scaffold proteins, which can link the receptors to various signaling intermediates and intracellular effectors. The multicomponent nature of G protein–coupled receptor signaling pathways makes them ideally suited for regulation by scaffold proteins. This review focuses on several specific examples of G protein–coupled receptor-associated scaffolds and the roles they may play in organizing receptor-initiated signaling pathways in the cardiovascular system and other tissues.

"""which can link the receptors"""

En effet, l'idée de connexion est pertinente. Bientôt on finira par imaginer la cellule comme un réseau internet.

[invited8287251]

On a pas attendu internet, pour penser cela!

[invite8bb88f80]

En neurosciences, je t'accorde qu'on a pas attendu internet et le connexionnisme est un paradigme en sciences cognitives. Mais ici, on parle d'un organe, le cerveau, avec des cellules dont l'essence est de ce connecter.

Mais en biologie cellulaire, c'est bien plus récent cette idée d'un paradigme computationnel. Je pense que d'autres vont confirmer cette idée.

[inviteb73ce398]

Mais en biologie cellulaire, c'est bien plus récent cette idée d'un paradigme computationnel. Je pense que d'autres vont confirmer cette idée.

Je pense aussi que cette notion est plus récent. C'est la contre-partie du "omique", ces études systématiques qui génèrent des tonnes de données et sur lesquels la conclusion est souvent... et alors? Par exemple, l'interactome de la levure S. cerevisiae est un schéma complexe dont l'interprétation et la conceptualisation des résultats restent très floues (pour ne pas dire impossible). Pour revenir au scaffold, ce sont aussi des intégrateurs, ce qui les rend plus performantes qu'un réseau internet me semble-t-il...

[invite8bb88f80]

""Pour revenir au scaffold, ce sont aussi des intégrateurs, ce qui les rend plus performantes qu'un réseau internet me semble-t-il...""


Je relance la discussion. C'est le seul topic consacré au scaffold (d'après le moteur de recherche futura), prenez en soin


Idée. Si on compare les réseaux de protéines à internet, le prion serait-il un troll ou alors du spam ?

[invite8bb88f80]

Je remonte cette discussion au cas où quelques découvertes majeures récentes aient été ignorées. Mon avis étant que le réel progrès viendra plus des développements théoriques que des expériences. Hélas, la France est très mal placée dans le domaine de la biologie théorique.

[invitea0443c8c]

Mon avis étant que le réel progrès viendra plus des développements théoriques que des expériences. Hélas, la France est très mal placée dans le domaine de la biologie théorique.

C'est bien mal connaître la recherche en biologie (et plus générallement en Science).
On va donc reprendre à la base : une théorie scientifique est considérée comme valable tant que l'expérience ne l'a pas mise sur le banc de touche.
Autrement dit, on fait des expériences pour essayer de mettre sur pied un modèle (qui expliquerait ce que l'on obtient par l'expérience). Mais concevoir une théorie sans expérience est complètement absurde!!! Une théorie biologique ne sort pas comme le lapin du chapeau de magicien! Tout se démontre en biologie et je peux te guarantir que l'expérience est à la base de tout. Après tu peux très bien avoir une idée de modèle et décider de bosser dessus, mais celui ne sera jamais accepté par la communauté scientifique si il n'est pas accompagné d'expériences allant dans son sens.

Vinc