Electrophorèse en champ pulsé (PFGE)
Bonjour à tous,
Je souhaiterai savoir si quelqu'un parmis vous à déja travaillé sur des Electrophorèses en champ pulsé sur bactéries ?
Dans mon cas, il s'agit de bactéries lactiques du vin (Lactobacilles, Pediocoques, Oenococcus..).
J'ai réalisé différents essai sans résultats..
Merci d'avance pour vos réponses et vos témoignages.
Cordialement,
Maxime
Salut !
Difficile de t'aider avec aussi peu d'info
Je n'ai pas fait de PFGE personnellement, mais on en fait dans un des labo ou je travaille. Cette technique est très sensible, et demande beaucoup de mise au point. Personne n'a travaillé dessus auparavant dans ton labo ?
A mon avis il vaut mieux commencer par travailler sur un nombre limité de souches jusqu'à parvenir à un résultat correct et reproductible, puis l'étendre à l'ensemble de ta collection.
Un petit tour sur google scholar (scholar.google.com) avec les mots clés pulsed field lactic acid bacteria (articles récents uniquement) te donnera un bon aperçu de ce qui se fait déjà.
Enfin si tu à l'opportunité, la meilleure manière de dévelopepr une technique c'est encore de trouver un laboratoire qui la pratique déjà et d'aller y passer quelques jours.
Je travaillais justement dans un labo d'analyse et recherche en biologie moléculaire, et la PFGE était une des méthodes d'identification des bactéries lactiques du vin que je devais mettre en place, couplée diverses techniques PCR.
Inspiré des travaux récents que j'ai pu trouver à travers différentes publications, je me suis rendu compte que la PFGE se faisait avec un système CHIEF, or nous disposions d'un système TAFE (ils diffèrent par leur orientation et intensité du champ éléctrique). J'ai pu contacter un chercheur qui a publié un travail similaire, ou il convertissait les données éléctrophorétiques du système TAFE, pour qu'il ressemble au système CHIEF.
J'ai travaillé sur ces travaux, mais sans aucun résultat.. quel que soit le type de souche utilisée.. Un gel d'électrophorèse vide, avec simplement des "trainées" d'ADN..
J'espère avoir éclairci un peu plus le sujet sur lequel je me pose des questions.
Salut,Envoyé par -cHoUBiDoU-
Je vois deux hypotheses :
* Ta cuve est contaminee par de la DNase, dans ce cas tu es bon pour tout demonter et tout laver avec une solution DNase away ou un truc du genre.
* Tu as un probleme avec tes plugs et ton ADN se casse lors de la lyse des cellules. Essaie de voir si le probleme vient de toi (un peu trop brutal dans la manipulation des plugs) ou directement de ton protocol (digestion trop longue, pas assez/trop d'agarose dans le plug etc...)
A+
Coucou
svp a propos de ce sujet , je prepare mon memoire,dont il ya la technique de PFGE , pour le terme "Plugs" c'est en anglais ,je veux connais le terme en français pour ma rédaction!
merci
Bonsoir
Il y a déjà un fil consacré, merci de continuer là-bas.
Je ferme
