résultats de spectrométrie de masse

[invite286b4436]

bonjour,
je débute en protéomique et je me heurte à certaines difficultés d'interprétation dans mes données.
j'ai donc réalisé des gels bidi que j'ai prélevé et que j'ai fait analyser au spectro, pour plusieurs spots, je me retrouve avec plusieurs protéines identifiées, mais je souhaiterais en discriminer quelques unes. dans un premier temps j'aimerais savoir quels est le score minimun à considerer quand on interroge une banque de donnée. là où ça se complique c'est que l'interrogation a été faite une fois sur NCBI et SWISSPROT avec MASCOT et une autre fois sur UNIPROT avec BIOWORKS. il me semble que les scores mini sont différents en fonction des banques interrogées mais lesquels?
mon deuxième problème concerne le poids de mes protéines. je n'arrive pas à comprendre pourquoi dans un spot prélevé à 120kDa par exemple, des protéines de 65 ou même 45kda y sont identifiées. est ce que je dois les "illiminer" et ne pas en tenir compte?
voilà, j'espère qu'un pro en peotéomique pourra me venir en aide
merci
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[Annaick_R]

Bonjour,

mon deuxième problème concerne le poids de mes protéines. je n'arrive pas à comprendre pourquoi dans un spot prélevé à 120kDa par exemple, des protéines de 65 ou même 45kda y sont identifiées. est ce que je dois les "illiminer" et ne pas en tenir compte?

je ne connais pas grand chose à la spectrométrie de masse. Par contre, j'en connais un peu plus sur les recherches de séquences dans les bases de données, surtout nucléiques (gènes, ARNm).

Le problème que tu soulèves me fait penser à plusieurs choses :

1) une protéine de 120 kda peut être constituée de plusieurs protéines de poids plus faible (théoriquement si les conditions sont dénaturantes (je ne suis pas sûre du terme exact), les sous-unités devraient se séparer)

2) Une protéine peut présenter des motifs d'acides aminés caractéristiques qu'on retrouve chez d'autres protéines. On peut même former des familles en se basant sur ces similitudes de séquence. La "signature" d'une famille est la conservation de différents motifs spécifiques (avec quelques variantes) positionnés dans le même ordre et à des distances similaires d'une séquence à l'autre.
Chez les plantes, les gènes appartiennent très souvent à des familles. Elles peuvent compter plus de 10 membres.
Les familles sont plus petites chez les animaux et les champignons.

3) Les proteines plus courtes sont peut-être le fruit d'un épissage alternatif de l'ARNm.
Ce phénomène est plus fréquent ches les animaux que chez les plantes.

Voilà quelques pistes de réflexion.

Annaïck

Annaïck.