Conditions de la catalyse enzymatique ? interprétations?

[invite82ac9e8c]

Bonjour a tous !

Est ce quelqu'un pourrait m'expliquer comment cela se fait que lorsque dans une expérience, en rapport avec les conditions de la catalyse enzymatique, où on remplace de l'eau a la place d'une enzyme il ne se passe rien ? Je n'arrive pas à interpréter cela a part dire que l'eau n'est pas une protéine
Et comment interpréter le fait que lorsque la température est haute ( 80°) ou bass ( 0 ° ) l'activité enzymatique est nulle ? En fait mon probleme c'est d'interpréter les résultats de l'expérience en question .

En espérant de recevoir une réponse vite si cela ne vous dérange pas car cela est tres urgent !!

Merci d'avance !!
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[invite67042cc6]

Salut, alors j vais essayer de t'aider mais faut pas prendre tout ce que je te dis comme sûr.

L'enzyme possède un site catalytique qui de part sa structure 3D permet de positionner le substrat parfaitement dans l'espace pour que les réactions chimiques puissent avoir lieu. Donc l'eau ne peut pas faire ça je pense.
Sinon l'enzyme ne marche pas à 80°C car comme c'est une protéine, à cette températue elel est dénaturé eet donc plus fonctionnel

[invite82ac9e8c]

Merci beaucoup de ta réponse si je pense que c'est sur ce que tu dis puisque sa a l'air logique !

Donc si elle est dénaturé , les liaisons peptidique de sa sequence d'acides aminées sont coupées . Mais si on remplace par exemple une solution avec substrat + enzyme qui était a 80° dans un milieu a 37° : est ce que l'hydrolyse du substrat va se réaliser ou bien non puisque la molécule est déformée et dénaturée ?????

ENcore merci de ton aide précieuse !!

[invite67042cc6]

Attention ce ne sont pas les liaisons peptidiques qui sont coupées! La séquence d'acide aminé reste inchangée et en un morceau mais c'est le reployement de la protéine, si tu préfère sa structure (tertiaire il me semble) qui est affectée car les pontrs disulfures sont coupés

Si tu met tu passes ton mélange de 80 à 37 degré je pense pas que cela marcherait car certe les ponts vont se reformer mais pas aux bons endroits

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite82ac9e8c]

Ok merci beaucoup heuresement que tu m'as corrigé que les liaisons peptidiques !!

Mais comment sait-on que les ponts disulfures ne vont pas se reformer aux bons endroits ?? Comment peut-on interpréter cela ?

Encore merci !

[invite67042cc6]

Salut

Ben là j suis pas complétement sûr mais j pense que admettons qu'il y a 10 ponts disulfures dans ta protéines et que tous se cassent...ça te laissent 20 cystéines qui peuvent recréer des ponts entre elles donc en therme de probabilité y a peu de chances que les 10 couples se refassent

[invite02e16773]

Bonjour

Quelques petites remarques qui pourraient t'aider

Il n'y a pas que les ponts disulfures, il y a des tas d'autres interactions au sein de la protéine.
Les ponts disulfures sont même permis les interactions les plus stables (un pont disulfure est une liaison covalente).

Le problème c'est pas que les ponts disulfures ne savent pas se "remettre".
On peut citer l'experience d'Anfinsen (j'espère que je n'écorche pas son nom) : il dénature des ribonucléases (avec du mércaptoéthanol et de l'urée je crois), elles sont inactives. Il les replace dans un milieu "sain", et elles sont de nouveaux fonctionnelles.
Les ponts disulfures se sont reformés.

Dans le cas d'une dénaturation par la chaleur, les liaisons peptidiques sont brisées (qu'est-ce qui te fait dire qu'elles ne le sont pas godasseur ?) , et l'enzyme ne fonctionne plus

Dans le cas d'un refroidissement de température, c'est la vitesse de réaction qui diminue : l'agitation thermique est faible, donc il y a moins de probabilités de rencontre entre l'enzyme et le substrat, donc moins de produit formé. Et s'il fait suffisamment froid, c'est tellement lent qu'on a l'impression qu'il ne se passe plus rien.
Mais la protéine n'est pas désorganisée et si tu chauffes à nouveau le milieu, l'enzyme catalyse à nouveau.

J'espère que j'ai pu vous éclairer un ptit peu

[invite563835f6]

Une enzyme est une proteine, qui possede au moins une structure tertiaire (et parfois, voire souvent, une structure quaternaire). Cela signifie qu'elle possede
-une chaine de polypeptides (acides aminés)
-des structures telles des hélices alpha, coude béta, feuillet béta etc.
-des liaisons intra moléculaires (intéractions hydrophobe, liaisons hydrogene, liaisons ioniques, ponts disulfures, interactions de van der waals...)
-et parfois des liaisons avec d'autres molécules, protéiques ou non.

Bref, en dénaturant ta molécule, tu lui enleves toutes les liaisons intramoléculaires qui lui donnaient sa forme spécifique, elle revient quasiment à une structure linéaire (primaire). Comme une enzyme est stéréospécifique, son action sur le substrait est rendue impossible par dénaturation.
La dénaturation est parfois reversible (si tu as chauffé ta protéine fortement par exemple, tu peux la refroidire doucement, par cristallisation je crois, et cela lui redonne sa conformation fonctionnelle). Seulement, cette dénaturation peut parfois etre irréversible, et même si la proteine reprend une conformation tridimensionnelle, elle peut ne pas etre celle qu'elle avait avant.
L'expérience de Afinsen a montré un cas particulier de dénaturation, qu'il faut donc modérer.. La renaturation d'une proteine se fait d'une façon plus ou moins aléatoire... car en fait, in vivo, ce sont des proteines chaperons et pleins d'autres protéines qui façonnent cette première pour lui donner sa conformation 3D. Cela ne se fait pas tout seul: elle est amenée à prendre une conformation précise, car pour une chaine linéaire, il y a énormément de possibilités de repliements de la protéine. Donc après dénaturation, si la proteine est un minimum complexe, elle risque de se replier mal, et ainsi, elle restera non-fonctionnelle.

J'espère t'avoir aidé