Bonjour à tous
Je travaille sur un projet dont le but est de détecter des contaminations potentielles par des virus lors d'une fermentation, et j'ai du mal à me fixer les idées
Si vous me donniez une idée du prix et du temps de mise en oeuvre pour ces deux techniques: QPCR et puces à ADN, cela m'aiderait vraiment beaucoup. Je vous remercie.
Re : Détection de virus: quelle méthode?
Salut,
Les microarrays ont l'avantage de l'exhaustivité, mais leurs principaux inconvénients sont leur coût (ça se démocratise, mais les prix sont encore assez élevés, surtout du point de vue des réactifs), et en temps de manip (préparation -> hybridation -> lavage). L'analyse aussi est un peu plus gourmande, du fait de cette exhaustivité.
Les QPCR (il faut que j'avoue que je n'ai d'expérience qu'en TaqMan, je ne peux rien dire concernant les autres méthodes), c'est moins exhaustif, mais ça progresse avec les cartes microfluidiques qu'on peut commander à façon (type GeneCards, chez Applied) qui vont jusqu'à 384 puits. Elles sont moins chères, et il y'a moins de manip à faire (beaucoup plus court).
Donc ça dépend de quels critères tu places en quelle position (couverture / coût / disponibilité des manipulateurs...).
Bon courage
Quel type de virus vous voulez détecter svp ?Envoyé par allis
Bonjour à tous
Je travaille sur un projet dont le but est de détecter des contaminations potentielles par des virus lors d'une fermentation, et j'ai du mal à me fixer les idées
Si vous me donniez une idée du prix et du temps de mise en oeuvre pour ces deux techniques: QPCR et puces à ADN, cela m'aiderait vraiment beaucoup. Je vous remercie.
A+
J
Merci de votre réponse. Concernant le type de virusce serait des virus pouvant infecter des cellules CHO, d'ailleurs on ne sait pas exactement encore quoi cibler.
De plus, est-ce que l'on pourrait se contenter de détecter les ARNm du surnageant?
Je comprends pas tres bien la démarche. Pour vos amorces, il va bien falloir les définir en fonction du type de virus que vous voulez détecter, non ? Si vous ne voulez détecter qu'un type de virus, une simple PCR éventuellement couplée avec un robot pour automatiser la procédure si il y a beaucoup d'échantillons est suffisante et rapide (1 journée maxi + économique). Par contre si vous voulez détecter différent type de virus, voir message n°2 du fil.
Je ne sais pas si dans le surnageant vous aurez suffisament de messagers d'origine virale pour pouvoir travailler dessus (je ne sais pas en fait). D'un autre coté je me demande si en faisant une extraction d'ADN totale issue du fermenteur se n'est pas un moyen simple de détecter des virus ADN sans passer par des étapes de concentrations en particule virale. Je ne sais pas, a voir...
A+
J
Salut,
J'ai travaillé sur des puces Affymetrix, leur nom est Pathogen ID. En fait, je reprends la discussion de côté des prix. Même si cela se démocratise un peu, ces techniques restent extrêment coûteuses. Aujourd'hui, Affymetrix par exemple ne vend pas de station microarray que si certaines conditions sont fournies. Pour cela, tu dois faire appel aux ingénieurs de la boîte qui viennent et te présentent la bête; ils te donnent également une liste très complète du matos que tu dois avoir pour que l'achat de la station te soit autorisé. Autrement dit, tu dois faire un pièce pré-PCR, une pièce post-PCR, dedans les cyclers doivent être de cette marque et pas d'une autre, les pipettes et tubes itou, bref, c'est un pataquès pas possible. Et l'ingénieur vérifie en fait que vous avez acheté tout ça avant de donner son aval pour l'achat de la station. Ensuite, si vous y arrivez, il y a la formation avec lui, il y a un tas de logiciels de lecture des puces outre les manips en elles-mêmes.
Ce qu'il est très important c'est de savoir si vous pouvez rentabiliser cet achat. Parce que la station à 200000$ et la puce à 500€... Une puce = un tube d'échantillon... 24h plus tard tu vois si tu as un résultat interprétable ou pas
Ensuite, j'ai toujours utilisé des qPCR SyBR GREEN, parce que pour les virus notamment, le seuil de sensibilité de la puce est de 10^6 - 10^7 copies de génome. Donc, pour les avoir... Tu as plusieurs kits très bien aussi (WTA, WGA, RA).
Je ne connais pas les microfluidics, donc je ne peux rien te dire dessus.
Ce que je sais c'est que si tu cherches de charges virales dans des échantillons, mais que tu ne sais pas quoi chercher exactement, la puce c'est vraiment bien. Celle sur laquelle j'ai bossé possédait 300 000 SNP différents, était capable d'identifier autant des bactéries que des virus (séquences spécifiques présentes qur la puce) ainsi que leurs apparentés.
J'espère que ça aide...
Cordialement,
Pour faire l'étude via le microarray (même si j'ai moi aussi, comme John, un pb avec la définition de la séquence recherchée), on n'a pas besoin d'acheter tout le dispositif: suffit d'envoyer les échantillons au génopole d'Evry (pratique quand on est en région parisienne et surtout bien plus "économique" pour un tel test qui paraît isolé dans ce cas précis)
Est-ce que justement ce test est isolé ou pas?
Je ne comprends pas très bien le but de cette étude, d'ailleurs.
Cordialement,
