structure des protéines

[Soo]

Bonjour,

J'ai un exercice au sujet des protéines, et plus particulièrement au sujet de l'insuline. Voici une représentation de l'insuline:
1G-I-V-E-Q-C-C-A-S-V-C-S-L-Y-Q-L-E-N-Y-C-N21
1F-V-N-Q-H-L-C-G-S-H-L-V-E-A-L-Y-L-V-C-G-E-R-G-F-F-Y-T-P-K-A30
Pouvez vous me dire si mes réponses sont justes?
1/ Nommez les deux types de liaisons covalentes présents. A quels niveaux de structure de la protéine ces deux types de liaison participent-ils?
Liaison peptidique: structure primaire
pont di-sulfure: structure tertiaire et quaternaire.
2/ Indiquez pour chacun des niveau de structure les liaisons autres que covalentes impliquées dans le maintien de la structure.
Les liaisons sont identiques pour les structures tertiaires et quaternaires: liaison hydrogène, ionique, intéractions de van der waals et intéractions hydrophobes.
3/ Quel est l'autre niveau de structure que l'on distingue? Indiquez les liaisons qui s'établissent ainsi que les groupes d'atomes impliqués.
Structure secondaire: liaison peptidique entre un atome de carbone et un atome d'azote de deux acides aminés; liaison hydrogène entre les groupements C=O et N-H de 2 liaisons peptidiques.

Dois-je plus particulièrement parler des hélices alpha, brins béta et des coudes aussi ou est-ce que ça rentre dans les liaisons hydrogènes?

4/ Orientez les 2 chaînes A et B en indiquant quelles sont les extrémités présentes en G1, N21, F1 et A30.
Alors je sais que les acides aminés sont reliés 2 à 2 par des liaisons peptidiques. Il y a donc condensation du COOH du premier acide aminé avec le NH2 du second. De plus il y a une extrémité N-terminale et une extrémité C-terminale. Oui mais comment savoir où elles se situent? Car il pourrait très bien y avoir une extrémité N ou C terminale sur G1 et N21...si vous voyez ce que je veux dire!
D'avance merci pour votre aide.
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[MaliciaR]

4/ Orientez les 2 chaînes A et B en indiquant quelles sont les extrémités présentes en G1, N21, F1 et A30.
Alors je sais que les acides aminés sont reliés 2 à 2 par des liaisons peptidiques. Il y a donc condensation du COOH du premier acide aminé avec le NH2 du second. De plus il y a une extrémité N-terminale et une extrémité C-terminale. Oui mais comment savoir où elles se situent? Car il pourrait très bien y avoir une extrémité N ou C terminale sur G1 et N21...si vous voyez ce que je veux dire!
D'avance merci pour votre aide.

Salut,
rapidement parce que cours
Ton premier acide aminé marquerait un N-ter ou un C-term?
Si j'ai la formation de la première liaison peptidique :
NH₂-C(R₁)-COOH + NH₂-C(R₂)-COOH -> ?
R₁ et R₂ étant respectivement les chaînes latérales des aa1 et aa2.

Qu'est-ce que cela donnerait?

Cordialement,

[Soo]

NH2-C(R1)-COOH + NH2-C(R2)-COOH -> NH2-C(R1)-CO-NH-C(R2)-COOH
Ici le premier aa a une extrémité N-terminale.
Donc ça serait G1 et F1 qui auraient les extrémités N-terminales?

[Soo]

Quelqu'un pourrait confirmer ou non mes résulats?

Sinon j'ai plusieurs questions à propos de l'énoncé d'un exercice, toujours sur l'insuline, mais cette fois-ci sur sa biosynthèse. Je ne suis pas sur de tout comprendre...Voici l'énoncé.
Une expérience de synthèse protéique in vitro a été réalisée en 1977 à partir d'ARNm extraits de pancréas de boeuf. Las ARNm sont ajoutés en présence d'acides aminés radioactifs.
Après la synthèse, une immunoprécipitation par des anticorps anti-proinsuline est faite et les polypeptides immunoprécipités sont reccueillis.
En vue d'une séparation par électrophorèse sur gel polyacrylamide, on ajoute aux polypeptides recueillis de l'insuline et de la proinsuline comme marqueurs. Le mélange est alors incubé pendant 3 minutes à 100° en présence de SDS puis l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide est réalisée.
Les polypeptides présents sont révélés par coloration et la radioactivité est mesurée tout le long du gel. Les résultats sont donnés sur la figure 2.

Voici les questions que je me pose concernant l'énoncé:
a/ je suppose que les ARNm , en présence des acides aminés, vont synthétiser une protéine? Mais il ne manque pas quelque chose pour que la protéine puisse être synthétisée, comme de l'ARN ribosomique par exemple?

b/ j'ai cherché une définition de "milieu accellulaire" mais je n'ai rien trouvé. Je suppose que c'est un milieu dépourvu de cellules, mais quoi exactement? De l'eau distillée? Ou bien une solution de quelque chose? Ou du cytoplasme?

c/ Quel est l'intérêt d'utiliser des aa radioactifs? Est-ce pour pouvoir les identifier par la suite ou la raison est autre?

d/si j'ai bien compris, l'utilité de l'immunoprécipitation par des anticorps anti-proinsuline c'est d'extraire les protéines de proinsuline de la solution?

e/ à quoi sert l'incubation en présence de SDS?

f/ je ne comprend pas trop pourquoi on utilise de l'insuline et de la pro-insuline comme marqueurs.

g/ je ne suis pas sur, mais l'électrophorèse permet de séparer les polypeptides en fonction de leur charge c'est ça? C'est pour ça qu'on utilise une anode et une catode?

h/ finalement, je ne vois pas trop où on veut en venir...en gros je ne comprends pas le but de cette expérience. Je résume, si j'ai bien compris: on synthétise une protéine radioactive. On y ajoute des anti-corps anti-proinsuline, qui vont donc reconnaitre les protéines d'insuline qu'on va pouvoir séparer du reste du mélange car ce sont les protéines qui nous intéressent. Et après??

Merci de votre aide! Et désolée pour ce gros paté, mais comme vous pouvez le constater, j'ai beaucoup de questions...

[A voir en vidéo sur Futura]

[MaliciaR]

NH2-C(R1)-COOH + NH2-C(R2)-COOH -> NH2-C(R1)-CO-NH-C(R2)-COOH
Ici le premier aa a une extrémité N-terminale.
Donc ça serait G1 et F1 qui auraient les extrémités N-terminales?

Beh faut croire, oui

Une expérience de synthèse protéique in vitro a été réalisée en 1977 à partir d'ARNm extraits de pancréas de boeuf. Las ARNm sont ajoutés en présence d'acides aminés radioactifs.
Après la synthèse, une immunoprécipitation par des anticorps anti-proinsuline est faite et les polypeptides immunoprécipités sont reccueillis.
En vue d'une séparation par électrophorèse sur gel polyacrylamide, on ajoute aux polypeptides recueillis de l'insuline et de la proinsuline comme marqueurs. Le mélange est alors incubé pendant 3 minutes à 100° en présence de SDS puis l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide est réalisée.
Les polypeptides présents sont révélés par coloration et la radioactivité est mesurée tout le long du gel. Les résultats sont donnés sur la figure 2.

Ce que j'ai souligné sont les informations dont tu dois absolument tenir compte en faisant l'exercice.

a/ je suppose que les ARNm , en présence des acides aminés, vont synthétiser une protéine? Mais il ne manque pas quelque chose pour que la protéine puisse être synthétisée, comme de l'ARN ribosomique par exemple?

Peux-tu t'exprimer un peu mieux? Est-ce que ce sont les ARNm qui synthétisent des protéines? En sciences, on est rigoureux

b/ j'ai cherché une définition de "milieu accellulaire" mais je n'ai rien trouvé. Je suppose que c'est un milieu dépourvu de cellules, mais quoi exactement? De l'eau distillée? Ou bien une solution de quelque chose? Ou du cytoplasme?

Tu as omis d'introduire le milieu acellulaire dans ton énoncé ci-dessus. Ca fait rien, on comprend pourquoi tu en parles.
Est-ce que tu pourrais synthétiser des protéines dans de l'eau distillée? Si on dit qu'il n'y a pas de cellules, mais il y a synthèse protéique tout de même, je suppose que... (à toi ).

c/ Quel est l'intérêt d'utiliser des aa radioactifs? Est-ce pour pouvoir les identifier par la suite ou la raison est autre?

Qu'est-ce que tu fais à la fin de ton expérience (dernière phrase que j'ai soulignée)?
Question que tu ne t'es pas posée, mais qui est très importante : ça sert à quoi d'introduire de l'insuline et de la pro-insuline exogènes?

d/si j'ai bien compris, l'utilité de l'immunoprécipitation par des anticorps anti-proinsuline c'est d'extraire les protéines de proinsuline de la solution?

Tu fais une extraction avec anticorps, toi... C'est une nouvelle technique , ça vient de sortir.
Tu es en quelle année de fac? Relis ton petit cours sur l'immunoprécipitation, stp, je veux bien te filer un coup de main, mais là c'est carrément refaire un cours.

e/ à quoi sert l'incubation en présence de SDS?

Qu'est-ce que le SDS? Et quelle est son action sur les protéines?

f/ je ne comprend pas trop pourquoi on utilise de l'insuline et de la pro-insuline comme marqueurs.

Ah, si tu t'es posée la question. Beh, c'est un peu par là que tu commenceras l'étude de ton gel et c'est surtout là-dessus que tu fonderas ton interprétation des résultats

g/ je ne suis pas sur, mais l'électrophorèse permet de séparer les polypeptides en fonction de leur charge c'est ça? C'est pour ça qu'on utilise une anode et une catode?

Tu as dû avoir des notions sur le principe de l'électrophorèse. Cette question est à mettre avec la question sur le SDS : ici, tu fais un électrophorèse, mais ayant traité les protéines avec SDS.

h/ finalement, je ne vois pas trop où on veut en venir...en gros je ne comprends pas le but de cette expérience. Je résume, si j'ai bien compris: on synthétise une protéine radioactive. On y ajoute des anti-corps anti-proinsuline, qui vont donc reconnaitre les protéines d'insuline qu'on va pouvoir séparer du reste du mélange car ce sont les protéines qui nous intéressent. Et après??

Beh après, vu que c'était en 1977, tu pouvais espérer apporter un remède aux gens souffrant de diabète. C'est vrai que c'est rien

Merci de votre aide! Et désolée pour ce gros paté, mais comme vous pouvez le constater, j'ai beaucoup de questions...

On t'en prie. Mais il faut absolument que tu lises tes cours avant de poser des questions. Généralement, dans ton cours tu as pratiquement tous les détails pour traiter ce genre de TD.

Cordialement,

[Soo]

Merci pour ton aide MaliciaR!
Alors je suis en 1ere année de fac, mais je suis inscrite par le Cned, et les cours sont assez succins! Il n'y a rien sur l'immunoprécipitation, du coup j'ai cherché sur le net et j'ai trouvé ça: http://www.icampus.ucl.ac.be/courses...tine-immun.htm

Citation:
d/si j'ai bien compris, l'utilité de l'immunoprécipitation par des anticorps anti-proinsuline c'est d'extraire les protéines de proinsuline de la solution?

Tu fais une extraction avec anticorps, toi... C'est une nouvelle technique , ça vient de sortir.
Tu es en quelle année de fac? Relis ton petit cours sur l'immunoprécipitation, stp, je veux bien te filer un coup de main, mais là c'est carrément refaire un cours.

En fait les anti-corps se fixent sur les protéines et après centrifugation on peut extraire les protéines. C'est bien ça l'utilité de l'immunoprécipitation?

Citation:
a/ je suppose que les ARNm , en présence des acides aminés, vont synthétiser une protéine? Mais il ne manque pas quelque chose pour que la protéine puisse être synthétisée, comme de l'ARN ribosomique par exemple?

Peux-tu t'exprimer un peu mieux? Est-ce que ce sont les ARNm qui synthétisent des protéines? En sciences, on est rigoureux

Je sais je ne suis pas assez précise, en fait je manque surtout de vocabulaire biologique! Pour qu'il y ait synthèse protéique dans un milieu accellulaire, il faut tout ça: ribosomes, ARNt, aminoacyl-ARNt synthétase, facteurs de traduction, ATP, GTP et du Mg++.

Citation:
e/ à quoi sert l'incubation en présence de SDS?

Qu'est-ce que le SDS? Et quelle est son action sur les protéines?

Le Sds est un détergent ionique qui donne aux polypeptides une charge négative uniforme par unité de longueur! Les charges propres de la protéines n'interviennent alors plus. La charge de l'ensemble molécule dénaturée/SDS (et donc sa vitesse de migration) dépend alors uniquement de la longueur de la chaine protéique.
Dans cet exercice, l'insuline est plus proche de l'anode que la proinsuline. Ca signifie donc que cette protéine est plus petite que la proinsuline. Peut-on déduire autre chose que la taille? Je ne pense pas...

Sinon je ne comprend toujours pas à quoi servent l'insuline et la proinsuline ajoutés comme marqueurs...ils servent de "témoins"? Je ne suis pas sure d'être claire...

[MaliciaR]

Bonjour,
Je comprends que par le CNED ce soit un peu délicat...
Ca fait rien. En revanche, je te propose qu'on aborde la chose autrement parce que j'ai l'impression que tu nages légèrement.
Donc, on peut commencer par se poser la question : qu'est-ce que je veux faire dans cet exercice? Quel est le but? Puis, tu prends partie par partie et tu te poses la question suivante pour chaque partie : quel est le but précis de cette question et comment cela s'inscrit dans la globalité que j'aborde?
Ensuite, une fois que tu auras compris clairement à laquelle on cherche une réponse, on regarde les outils qui nous permettent de l'apporter. Càd les techniques qui sont mentionnées. Tu mets clairement en place quel est le principe d'une technique (= ce qu'elle me permet de faire) et les méthodes dont elle se sert (= qu'est-ce que toutes ses abréviations à coucher dehors?).
Une fois que tu auras fait ça, tu retournes à ta question posée. Et tu regardes : je veux savoir si machin ou pas machin, j'utilise cette technique pour l'apprendre, j'obtiens un résultat.

Je te propose qu'on fasse déjà cette étape ensemble. Une fois que tu auras mis en place une méthodologie de réflexion, tu verras que ça sera beaucoup plus facile.

Voici quelques liens qui pourraient t'être utiles :
Immunoprecipitation (english)
Electrophorèse

Si tu as des questions, vas-y.

Cordialement,

[Soo]

Merci beaucoup de consacrer un peu de ton temps pour m'aider! E t merci pour les liens.

D'abord si j'ai bien compris, le but de l'expérience est de synthétiser de l'insuline.

Ensuite, partie par partie:

Une expérience de synthèse protéique in vitro a été réalisée en 1977 à partir d'ARNm extraits de pancréas de boeuf. Las ARNm sont ajoutés à un milieu accellulaire en présence d'acides aminés radioactifs.

Alors on utilise des ARNm extrait du pancréas pour qu'ils synthétisent de l'insuline, qui est sécrétée au niveau du pancréas. On utilise des aa radioactifs pour pouvoir les "tracer" par la suite.

Après la synthèse, une immunoprécipitation par des anticorps anti-proinsuline est faite et les polypeptides immunoprécipités sont reccueillis.

D'après le lien, l'immunoprécipitation permet donc d'identifier une protéine qui réagit avec l'anticorps qu'on a ajouté. Ici l'anticorps anti-proinsuline va réagir avec les protéines de proinsuline. On va donc par la suite pouvoir examiner la quantité ou les caractéristiques physiques de la protéine. On élimine ensuite les protéines qui ne sont pas liées à l'anticorps anti-proinsuline pour ne garder que les protéines de proinsuline.

En vue d'une séparation par électrophorèse sur gel polyacrylamide, on ajoute aux polypeptides recueillis de l'insuline et de la proinsuline comme marqueurs. Le mélange est alors incubé pendant 3 minutes à 100° en présence de SDS puis l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide est réalisée.

Alors là je ne suis pas sure de ce que je vais dire, mais je pense que l'insuline et le proinsuline qui sont ajoutés permettent de voir comme les polypeptides immunoprécipités vont réagir pendant l'électrophorèse, par rapport à l'insuline et la proinsuline.
Ensuite l'électrophorèse permet de séparer les protéines, quivont se déplacer sur le gel en fonction de leur charge et de leur taille. Du fait du SDS, les protéines seront chargées négativement et vont donc se déplacer vers l'anode. Plus elles sont grosses, moins elles vont loin. Donc l'insuline est plus petite que la proinsuline (ce qui est logique vu que la proinsulineest la combinaison de l'insuline et du peptide C.

Les polypeptides présents sont révélés par coloration et la radioactivité est mesurée tout le long du gel. Les résultats sont donnés sur la figure 2.

Donc le pic de radioactivité représente les protéines synthétisées à partir des aa radioactifs et des ARNm issus du pancréas. Et d'après le fichier joint, ce pic se situe à peu près au même niveau que la proinsuline sur le gel, ce qui signifie que les protéines immunoprécipitées sont de la proinsuline.

J'ai l'impression qu'avec ta méthode c'est beaucoup plus clair. J'espère que ce n'est pas qu'une impression!

[MaliciaR]

J'ai l'impression qu'avec ta méthode c'est beaucoup plus clair. J'espère que ce n'est pas qu'une impression!

Bonjour,
Oui, je pense que ça devient un peu plus clair, en effet

D'abord si j'ai bien compris, le but de l'expérience est de synthétiser de l'insuline.

Oui, de la synthétiser in vitro. Càd dans un environnement qui imite le cellulaire mais qui n'en est pas un pour autant.

Alors on utilise des ARNm extrait du pancréas pour qu'ils synthétisent de l'insuline, qui est sécrétée au niveau du pancréas. On utilise des aa radioactifs pour pouvoir les "tracer" par la suite.

Deux remarques :
* les ARNm ne synthétisent pas de protéines! ils sont traduits en protéines, mais la machinerie de synthèse proprement dite est ... (à toi ).
* ne t'embrouille pas : dans le corps (humain, allez ), l'insuline est sécrétée au niveau du pancréas. Mais ici? Tu fais quelque chose sur ta paillasse, in vitro , nulle part on te parle d'excrétion... Donc, on extrait des ARNm du gène codant l'insuline, on les met dans un tube à essaie contenant du milieu acellulaire et on espère que ça marche.
Je suis d'accord avec les aa radiomarqués qui seront incorporés lors de la synthèse de la protéine d'intérêt.

D'après le lien, l'immunoprécipitation permet donc d'identifier une protéine qui réagit avec l'anticorps qu'on a ajouté.

C'est un moment important: est-ce qu'une protéine réagira avec n'importe quel anticorps qu'on lui ajoute?

Ici l'anticorps anti-proinsuline va réagir avec les protéines de proinsuline. On va donc par la suite pouvoir examiner la quantité ou les caractéristiques physiques de la protéine. On élimine ensuite les protéines qui ne sont pas liées à l'anticorps anti-proinsuline pour ne garder que les protéines de proinsuline.

Attention à ne pas mélanger ce que tu as lu comme lecture supplémentaire générale et ce qui est marqué dans ton exo.

Alors là je ne suis pas sure de ce que je vais dire, mais je pense que l'insuline et le proinsuline qui sont ajoutés permettent de voir comme les polypeptides immunoprécipités vont réagir pendant l'électrophorèse, par rapport à l'insuline et la proinsuline.

Connais-tu la notion de témoin?
Autre question : quelle est la différence entre insuline et pro-insuline?

Ensuite l'électrophorèse permet de séparer les protéines, quivont se déplacer sur le gel en fonction de leur charge et de leur taille. Du fait du SDS, les protéines seront chargées négativement et vont donc se déplacer vers l'anode. Plus elles sont grosses, moins elles vont loin.

Donc, le principe de l'électrophorèse est de séparer les protéines (ou l'ADN, mais ce n'est pas la question ici) suivant leurs tailles, leurs charges, etc. Le principe est que plus leurs poids moléculaires (PM) sont importants, plus elles auront du mal à passer à travers les mailles du gel! Tu as bien vu que le gel est en fait une maille; donc, si je suis une grosse protéine, mais les mailles ne sont pas trop grosses, vais-je aller très loin?
Ici, je fais une électrophorèse en condition dénaturante = avec SDS (et chauffage). Le SDS a la propriété de charger toutes mes protéines présentes dans le mélange négativement. Est-ce que dans ce cas mes protéines migreront selon leur taille, selon leur charge ou selon les deux?

Donc l'insuline est plus petite que la proinsuline (ce qui est logique vu que la proinsulineest la combinaison de l'insuline et du peptide C.

Doucement : ce que tu énonces ici s'appelle interprétation. Pour l'instant, on est à l'étape de description. Tu peux, connaissant les conditions expérimentales, réfléchir à quoi tu t'attends comme résultat. Mais pas d'interprétation pour l'instant.

Donc le pic de radioactivité représente les protéines synthétisées à partir des aa radioactifs et des ARNm issus du pancréas. Et d'après le fichier joint, ce pic se situe à peu près au même niveau que la proinsuline sur le gel, ce qui signifie que les protéines immunoprécipitées sont de la proinsuline.

Pareil : c'est de l'interprétation tout ça.
Déjà, avant de conclure quoique ce soit, il faut que tu énonces ce que tu observes, sans dire ce que ça signifie. Genre : le soleil et bleu, je ne vois pas de nuages, la température de l'air est de 25°C. Ca c'est de l'observation. L'interprétation c'est : il fait beau.

Revois tranquillement tout, répond aux questions que je t'ai posées, ensuite on enchaîne

Cordialement,

[Soo]

Merci MaliciaR! Je potasse tout ça cette nuit...

[Soo]

Bonjour MaliciaR,

J'ai réfléchi aux questions que tu m'as posées et on dirait que la nuit à porté conseil!

[QUOTE][les ARNm ne synthétisent pas de protéines! ils sont traduits en protéines, mais la machinerie de synthèse proprement dite est ... /QUOTE]
Bon déjà je ne suis pas douée pour les phrases à trous. Mais je dirais que la machinerie de synthèse des protéines, ce sont les ribosomes.

est-ce qu'une protéine réagira avec n'importe quel anticorps qu'on lui ajoute?

Non, une protéine ne réagit qu'avec un anticorps? Donc pour réagir avec une protéine, il faut que l'anticorps reconnaisse l'épitope.

quelle est la différence entre insuline et pro-insuline?

la proinsuline est composée d'insuline et d'un polypeptide C.

Le SDS a la propriété de charger toutes mes protéines présentes dans le mélange négativement. Est-ce que dans ce cas mes protéines migreront selon leur taille, selon leur charge ou selon les deux?

Elles vont migrer selon leur taille.

Voili voilou, j'espère que mes réponses sont justes. En tout cas ta méthode est extra et ton aide m'est précieuse! Oulah je suis remontée à bloc! On va en venir à bout de cet exercice!

[jmbowie]

[QUOTE=Soo;1519652]Bonjour MaliciaR,

J'ai réfléchi aux questions que tu m'as posées et on dirait que la nuit à porté conseil!

[les ARNm ne synthétisent pas de protéines! ils sont traduits en protéines, mais la machinerie de synthèse proprement dite est ... /QUOTE]
Bon déjà je ne suis pas douée pour les phrases à trous. Mais je dirais que la machinerie de synthèse des protéines, ce sont les ribosomes.


Non, une protéine ne réagit qu'avec un anticorps? Donc pour réagir avec une protéine, il faut que l'anticorps reconnaisse l'épitope.


la proinsuline est composée d'insuline et d'un polypeptide C.


Elles vont migrer selon leur taille.

Voili voilou, j'espère que mes réponses sont justes. En tout cas ta méthode est extra et ton aide m'est précieuse! Oulah je suis remontée à bloc! On va en venir à bout de cet exercice!

La pro-insuline est un surtout un précurseur de l'insuline, comme son nom l'indique.

[MaliciaR]

Bonjour MaliciaR,

J'ai réfléchi aux questions que tu m'as posées et on dirait que la nuit à porté conseil!

Je ne sais pas pour la nuit, mais tu as dû très certainement lire correctement ton cours

les ARNm ne synthétisent pas de protéines! ils sont traduits en protéines, mais la machinerie de synthèse proprement dite est ...

Bon déjà je ne suis pas douée pour les phrases à trous. Mais je dirais que la machinerie de synthèse des protéines, ce sont les ribosomes.

Bien. Donc, évite de dire que les ARNm synthétisent des protéines. La rigueur est très importante en sciences et il ne faut pas s'imaginer que tu dois attendre des années pour l'avoir.

Non, une protéine ne réagit qu'avec un anticorps? Donc pour réagir avec une protéine, il faut que l'anticorps reconnaisse l'épitope.

Donc, est-ce que la liaison entre une protéine et son anticorps est spécifique ou pas? C'est ce que je te demande

la proinsuline est composée d'insuline et d'un polypeptide C.

La pro-insuline est un surtout un précurseur de l'insuline, comme son nom l'indique.

C'est surtout ça, en effet
Donc, laquelle aura une taille supérieure : la pro-insuline ou l'insuline?

Elles vont migrer selon leur taille.

Exact, lorsqu'on fait une SDS-PAGE (SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis), les protéines migrent selon leur taille.

En revanche, je vois que tu n'as pas répondu à une question importante : qu'est-ce que le témoin? Et quel est le rôle des marqueurs insuline et pro-insuline dans cet exercice?

Cordialement,

[Soo]

Donc, est-ce que la liaison entre une protéine et son anticorps est spécifique ou pas?

Oui!

[QUOTEDonc, laquelle aura une taille supérieure : la pro-insuline ou l'insuline?
][/QUOTE]
La proinsuline.

qu'est-ce que le témoin? Et quel est le rôle des marqueurs insuline et pro-insuline dans cet exercice?

Le témoin sert de comparatif par rapport à l'objet qu'on étudie, il ne subit aucune modification. Le rôle des marqueurs est de comparer leur place sur le gel par rapport à celle des polypeptides immunoprécipités.

[MaliciaR]

Très bien.
Le témoin est la molécule/l'organisme que l'on prend pour référence. C'est en comparant avec lui que l'on pourra dire quoi que ce soit par rapport à ce que l'on voit
Donc, à partir de ce moment, tu peux t'attaquer à l'analyse de ton exo. Et n'oublie pas : d'abord on dit ce que l'on voit, puis on interpète
A bientôt!

Cordialement,

[Soo]

Merci beaucoup MaliciaR! Dorénavant j'appliquerais ta méthode à chaque fois!

Bon pour ce qui est des questions de l'exercice, maintenant ça à l'air tout de suite plus facile:

1/ qu'en déduisez vous de la position relativ de l'insuline et de la proinsuline sur le gel?
l'insuline a un poids moléculaire plus faible que la proinsuline, car elle s'esr déplacée plus loin sur le gel.

2/ A quoi correspond le pic de radioactivité observé sur le gel?
Il correspond aux polypeptides immunoprécipités, qui on été synthétisés à partir des aa radioactifs.

3/ Comparez la position sur le gel du pic de radioactivité à la position de la proinsuline. Qu'en déduisez vous? Reliez cette observation à ce que vous savez de la voix de la biosynthèse des protéines secrétées.
Le pic se situe à gauche de la proinsuline. Cela signifie que les polypeptides immunoprécipités ont un poids moléculaire plus élevé que la proinsuline. Les polypeptides correspondent à de la préproinsuline, qui contient plus d'aa.

4/La région de la protéine mise en évidence ici se révèle, après séquençage, riche en leucine. Reliez cette observation avec sa fontion.
La leucine sert à sécréter de l'insuline.

Mon intreprétation des résultats a-t-elle été bonne?

[MaliciaR]

1/ qu'en déduisez vous de la position relativ de l'insuline et de la proinsuline sur le gel?
l'insuline a un poids moléculaire plus faible que la proinsuline, car elle s'esr déplacée plus loin sur le gel.

C'est l'inverse : la bande qui a migré plus loin représente une protéine de taille inférieure à la bande à gauche. Sachant que le PM de l'insuline est inférieur à celui de la pro-insuline, on peut dire que la bande la plus proche de l'anode correspond à l'insuline.
Apprend à dire ce que tu vois. C'est très important.

2/ A quoi correspond le pic de radioactivité observé sur le gel?
Il correspond aux polypeptides immunoprécipités, qui on été synthétisés à partir des aa radioactifs.

Qui est radiomarqué dans ton exo?

3/ Comparez la position sur le gel du pic de radioactivité à la position de la proinsuline. Qu'en déduisez vous? Reliez cette observation à ce que vous savez de la voix de la biosynthèse des protéines secrétées.
Le pic se situe à gauche de la proinsuline. Cela signifie que les polypeptides immunoprécipités ont un poids moléculaire plus élevé que la proinsuline. Les polypeptides correspondent à de la préproinsuline, qui contient plus d'aa.

Le pic se situe avant la bande correspondant à la pro-insuline.
Je te repose la question : qui est radiomarqué dans ton exo?

4/La région de la protéine mise en évidence ici se révèle, après séquençage, riche en leucine. Reliez cette observation avec sa fontion.
La leucine sert à sécréter de l'insuline.

Tu veux bien expliciter? Parce que cette phrase me laisse un peu perplexe... Quand on interprète des résultats, on le fait clairement, succintement certes, mais on dit franchement ce qu'on pense, on ne laisse pas l'autre essayer de deviner ce qu'on avait voulu dire...

En tout cas, tu avances bien

Cordialement,

[jmbowie]

" La leucine sert à sécéter l'insuline"

Attention avec ce genre de phrase trop vague. Il faut essayer d'expliciter et se mouiller en proposant une hypothèse. La leucine est un AA, peut-elle avoir un rôle directe? Est-ce que c'est vraiment elle qui sécrète l'insuline?

[Soo]

C'est l'inverse : la bande qui a migré plus loin représente une protéine de taille inférieure à la bande à gauche. Sachant que le PM de l'insuline est inférieur à celui de la pro-insuline, on peut dire que la bande la plus proche de l'anode correspond à l'insuline.

D'accord donc il faut dire que l'insuline s'est déplacée plus loin sur le gel, car son PM est plus faible, et non dire que son PM est plus faible, car elle s'est déplacée plus loin. Je pars donc d'abord de ce que j'observe.

[QUOTE][Qui est radiomarqué dans ton exo?
/QUOTE]
On a utilisé des aa radioactifs. Donc les polypeptides synthétisés à partir de ces aa sont eux aussi radioactifs. Mais ce ne sont ni la proinsuline ni l'insuline.

Dans mon cours, il est simplement dit que la leucine est un aa "formateur d'hélice". Je ne sais pas si dans le cas de l'exercice ça me sert à quelque chose...

[MaliciaR]

Je pars donc d'abord de ce que j'observe.

Toujours! On part toujours de ce que l'on observe
Je me souviendrai toujours de l'exo qu'on nous a fait pour nous l'apprendre lors d'un TP. On était quand même 6 binômes, il y avait 6 gels avec 17 pistes/gel et chacun devait interpréter une piste. Et quand tu penses qu'il n'y avait pas deux gels avec les mêmes résultats, tellement la purif avait merdé, tu peux imaginer que ceux qui commençaient par interpréter se faisaient déglinguer par tout le monde parce que personne ne pigeait de quoi on parlait...
Mais bon, fin du lirisme

On a utilisé des aa radioactifs.

Oki doki. Donc, quand je vois un tel pic avant la bande de pro-insuline, cela me suggèrerait que.. (à toi ).

Donc les polypeptides synthétisés à partir de ces aa sont eux aussi radioactifs. Mais ce ne sont ni la proinsuline ni l'insuline.

Moi pas comprendre là...

Dans mon cours, il est simplement dit que la leucine est un aa "formateur d'hélice". Je ne sais pas si dans le cas de l'exercice ça me sert à quelque chose...

Qu'est-ce qui t'a fait dire que la région leucine-rich sert à la sécrétion de l'insuline?

Cordialement,

[Soo]

Donc, quand je vois un tel pic avant la bande de pro-insuline, cela me suggèrerait que..

...les polypeptides synthétisés à partir des aa radioacifs se situent sur le gel au niveau de ce pic radioactif.

Donc les polypeptides synthétisés à partir de ces aa sont eux aussi radioactifs. Mais ce ne sont ni la proinsuline ni l'insuline.

Moi pas comprendre là...

Comme le pic radioactif ne se situe as sur la bande de proinsuline ou d'insuline, cela signifie que les polypeptides synthétisés ne sont ni de la proinsuline, ni de l'insuline. Ci c'est faux alors je n'ai rien compris...

Qu'est-ce qui t'a fait dire que la région leucine-rich sert à la sécrétion de l'insuline?

Je l'ai lu quelque part, mais je ne me rappelle plus où. Mais il faut que je parte de ce que j'observe dans cet exercice et non de ce que je lis, sinon mon interprétation sera fausse. Donc...il faut que je réfléchisse encore à tout ça...

[MaliciaR]

Comme le pic radioactif ne se situe as sur la bande de proinsuline ou d'insuline, cela signifie que les polypeptides synthétisés ne sont ni de la proinsuline, ni de l'insuline. Ci c'est faux alors je n'ai rien compris...

Reprenons Je m'intéresse à la synthèse in vitro de l'insuline. En quoi il me serait intéressant d'ajouter des aa radiomarqués pour qu'ils me synthétisent une autre protéine, que je ne révèle même pas d'ailleurs pas couplage avec un anti-corps spécifique?

Je l'ai lu quelque part, mais je ne me rappelle plus où. Mais il faut que je parte de ce que j'observe dans cet exercice et non de ce que je lis, sinon mon interprétation sera fausse. Donc...il faut que je réfléchisse encore à tout ça...

Ici, tu peux quand même te permettre d'inclure des connaissances extérieures à tes observations. Sinon, le truc est un peu insolvable juste énoncé ainsi...

Cordialement,

[Soo]

Je m'intéresse à la synthèse in vitro de l'insuline. En quoi il me serait intéressant d'ajouter des aa radiomarqués pour qu'ils me synthétisent une autre protéine, que je ne révèle même pas d'ailleurs pas couplage avec un anti-corps spécifique?

Bonne remarque! Mais du coup je ne comprend plus...L'insuline et la proinsuline ajoutés comme marqueurs sont révélés sur le gel, et sont représentées par les bandes. Mais elles ne sont pas radioactives donc les protéines synthétisées, qui elles sont radioactives, ne sont pas de l'insuline ni de la proinsuline. Par contres elles ont été immunoprécipitées par des anticorps anti-proinsuline, donc ces protéines possèdent le même épitope que la proinsuline, elles en sont donc très proches. Ce seraient donc des protéines de pré-proinsuline, ce qui collerait car leur PM est plus élevé...

Ici, tu peux quand même te permettre d'inclure des connaissances extérieures à tes observations. Sinon, le truc est un peu insolvable juste énoncé ainsi...

our ce qui est de la leucine, je n'ai rien d'autre dans mon cours...je sèche complètement.

[jmbowie]

Est-ce qu'il est possible qu'il existe des isoformes de proinsulines , d'où le fait qu'il ne sorte pas à la taille attendue mais reste radioactif

PS: J'ai pas tout lu l'exercice, désolé

PS2: Arnold Layne...

[MaliciaR]

Bonne remarque! Mais du coup je ne comprend plus...L'insuline et la proinsuline ajoutés comme marqueurs sont révélés sur le gel, et sont représentées par les bandes. Mais elles ne sont pas radioactives donc les protéines synthétisées, qui elles sont radioactives, ne sont pas de l'insuline ni de la proinsuline. Par contres elles ont été immunoprécipitées par des anticorps anti-proinsuline, donc ces protéines possèdent le même épitope que la proinsuline, elles en sont donc très proches. Ce seraient donc des protéines de pré-proinsuline, ce qui collerait car leur PM est plus élevé...

J'aurais tendance à penser à une petite idée sur la dynamique de synthèse. Dans le sens où un pic radioactif dû aux aa radiomarqués et qui précède une bande correspondant à un précurseur me suggèrerait que je vois qu'in vitro je synthétise plutôt de la pro-insuline... Mais c'est une idée que j'ai, pas dit qu'elle soit bonne
Je veux bien fouiller un peu là-dessus, c'est assez intéressant.

Cordialement,

[Soo]

J'aurais tendance à penser à une petite idée sur la dynamique de synthèse. Dans le sens où un pic radioactif dû aux aa radiomarqués et qui précède une bande correspondant à un précurseur me suggèrerait que je vois qu'in vitro je synthétise plutôt de la pro-insuline... Mais c'est une idée que j'ai, pas dit qu'elle soit bonne

Mais dans le cas où on aurait synthétisé de la proinsuline, le pic radioactif serait supperposé à la bande colorée de proinsuline non? Pourquoila préproinsukline ne marche pas ici?

Arnold Layne...

Pink Floyd?

[MaliciaR]

Mais dans le cas où on aurait synthétisé de la proinsuline, le pic radioactif serait supperposé à la bande colorée de proinsuline non? Pourquoila préproinsukline ne marche pas ici?

Pourquoi superposé? Il peut très bien être un cas où on voit que le pic est avant la bande de la pro-insuline, càd stade préproinsuline.
Donc, on peut supposer que tin milieu acellulaire te permet d'assurer la synthèse des précurseurs de l'insuline. Comme par hasard, c'est la seule molécule que tu ne révèles pas par des anti-corps

Pink Floyd?

Non, rien, fais pas gaffe

Cordialement,

[Soo]

Pourquoi superposé? Il peut très bien être un cas où on voit que le pic est avant la bande de la pro-insuline, càd stade préproinsuline.
Donc, on peut supposer que tin milieu acellulaire te permet d'assurer la synthèse des précurseurs de l'insuline. Comme par hasard, c'est la seule molécule que tu ne révèles pas par des anti-corps

C'est ce que je dis, que le polypeptide synthétisé est de la préproinsuline.

[MaliciaR]

Oui, tu as raison...

Ca fatigue, les TD sur la maladie de Borna quand même...

Maintenant, regarde ce que l'exo donne dans sa totalité.
Bonne nuit!

Cordialement,

[Soo]

Vous seriez pas en TD ensemble???

Sinon pour la leucine alors vous n'auriez pas une piste?