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Créer un plasmide...?



  1. #1
    MaliciaR

    Créer un plasmide...?


    ------

    Bonjour,

    J'aurais voulu savoir comment créer un plasmide entier, nouveau... Est-ce possible? (Je me dis que oui vu ce que Craig Venter vient de faire avec le génome de Mycoplasma genitalium ). Et comment plus précisément?
    Merci

    Cordialement,

    -----
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  2. Publicité
  3. #2
    gorben

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Bonjour,

    J'aurais voulu savoir comment créer un plasmide entier, nouveau... Est-ce possible? (Je me dis que oui vu ce que Craig Venter vient de faire avec le génome de Mycoplasma genitalium ). Et comment plus précisément?
    Merci

    Cordialement,
    Salut,

    Sauf erreur de ma part (mais j'en suis presque sur), Craig Venter n'a pas "cree" un genome complet, il s'est contente de le re-assembler et de le mettre dans une cellule vide puis de le "re-activer". Tu veux reellement creer un plasmide?? c'est a dire sans utiliser d'ADN deja existant? A mon avis le plus simple est de faire synthetiser des oligos d'une centaines de pb, de les cloner bout a bout dans un plasmide connu, puis de virer la partie connue et de re-liguer ton super plasmide tout nouveau sur lui meme... je ne pense pas que ce soit bien difficile techniquement, mais je n'en vois pas bien l'interet...

    Quand a creer un nouveau plasmide a partir de choses deja existantes, ben c'est encore plus facile, on fait ca tout le temps. Il suffit d'amplifier ton gene/sequence d'interet, de le cloner dans un plasmide la ou tu veux, et le tour est joue (dans ce cas la tu gardes le squelette plasmidique de depart).

    A+

  4. #3
    doubleD

    Re : Créer un plasmide...?

    salut

    si si, c'est dans un science récent pour venter. Ils ont synthétisé le génome par petits bouts et les ont ensuite réassemblés en de plus gros morceaux et ainsi de suite jusqu'à avoir le génome. Par contrre ils savent pas si il est fonctionnel ou pas. Reste plus qu'à le transplanter maintenant

  5. #4
    MaliciaR

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par gorben Voir le message
    Salut,

    Sauf erreur de ma part (mais j'en suis presque sur), Craig Venter n'a pas "cree" un genome complet, il s'est contente de le re-assembler et de le mettre dans une cellule vide puis de le "re-activer".
    Salut,

    Non, pas d'erreur de ta part Il a vraiment re-créé le génome de Mycoplasma, il n'a rien créé de nouveau si ce n'est moins de verrous techniques.

    (Je crois qu'il disait qu'il allait enlever des bouts question de savoir où se situe le minimum vital. Ce qui me fait marrer tout de même c'est que Mycoplasma genitalium est un parasite intracellulaire... Donc, en-dehors d'une cellule, elle ne pousse pas, je ne suis pas sûre qu'elle reviendra des morts si on lui enlève des parts du génome ).

    Tu veux reellement creer un plasmide?? c'est a dire sans utiliser d'ADN deja existant? A mon avis le plus simple est de faire synthetiser des oligos d'une centaines de pb, de les cloner bout a bout dans un plasmide connu, puis de virer la partie connue et de re-liguer ton super plasmide tout nouveau sur lui meme... je ne pense pas que ce soit bien difficile techniquement, mais je n'en vois pas bien l'interet...
    C'est juste une question de chipottage Je veux dire, est-ce qu'il est possible et comment? Ensuite, l'utilité... C'est vrai qu'un plasmide totalement synthétique risque d'être un petit challenge technique pour un certain temps, de là à dire qu'il apporte grand-chose de nouveau...
    Ou, why not, lui intégrer d'autres systèmes synthétiques lesquels le seraient difficilement sur des constructions pré-existantes...
    Pour te dire la vérité, j'ai une idée très vague, donc pour l'instant c'est juste de la curiosité

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  6. A voir en vidéo sur Futura
  7. #5
    jmbowie

    Re : Créer un plasmide...?

    Perso j'ai déjà créer des petits morceaux d'ADN double brin, à partir d'amorces synthétisées de façon chimiques. C'est de la PCR assemblage. J'imagine que si j'en avais ligé les extrêmités, j'aurai pu créer mon plasmide (pJmbo 1.0)

    En espérant qu'il eût été stable, tout ca
    Blast up your life!

  8. #6
    doubleD

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message

    (Je crois qu'il disait qu'il allait enlever des bouts question de savoir où se situe le minimum vital. Ce qui me fait marrer tout de même c'est que Mycoplasma genitalium est un parasite intracellulaire... Donc, en-dehors d'une cellule, elle ne pousse pas, je ne suis pas sûre qu'elle reviendra des morts si on lui enlève des parts du génome ).

    Cordialement,
    salut
    en fait il avait déjà procédé à des délétions dans le génome de génitalium pour essayer de construuire un génome minimal. La bête qu'ils ont obtenu ils l'ont appelé Mycoplasma laboratorium.

  9. Publicité
  10. #7
    MaliciaR

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par doubleD Voir le message
    salut
    en fait il avait déjà procédé à des délétions dans le génome de génitalium pour essayer de construuire un génome minimal. La bête qu'ils ont obtenu ils l'ont appelé Mycoplasma laboratorium.
    Oui, je crois me souvenir de ça, en effet.
    Mais la question reste la même : quel minimum vital on va déterminer à partir de quelque chose qui ne se développe pas de façon autonome en-dehors d'une cellule?
    Et enfin, peut-on considérer que le fait de recréer synthétiquement un génome déjà existant signifie qu'on a créé "la vie"?

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  11. #8
    Yoyo

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Et enfin, peut-on considérer que le fait de recréer synthétiquement un génome déjà existant signifie qu'on a créé "la vie"?

    Cordialement,
    La question que l'on peut aussi se poser est pourquoi ils n'ont pas mis ce genome dans une cellule depourvu d'ADN? ils ont les moyens technique de le faire... bizarre...

    YOyo

  12. #9
    MaliciaR

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par Yoyo Voir le message
    La question que l'on peut aussi se poser est pourquoi ils n'ont pas mis ce genome dans une cellule depourvu d'ADN? ils ont les moyens technique de le faire... bizarre...

    YOyo
    Pour te dire la vérité, je ne pense pas qu'ils n'aient pas essayé Juste que vu que le génome de Mycoplasma genitalium ne permet pas une survie en-dehors d'une cellule-hôte, càd avec la machinerie de cette cellule, que veux-tu que ça fasse?
    Dans la communication tonitruante qui a été faite, cet eclaircissement brille par son absence, je trouve

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  13. #10
    Yoyo

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Pour te dire la vérité, je ne pense pas qu'ils n'aient pas essayé Juste que vu que le génome de Mycoplasma genitalium ne permet pas une survie en-dehors d'une cellule-hôte, càd avec la machinerie de cette cellule, que veux-tu que ça fasse?
    Dans la communication tonitruante qui a été faite, cet eclaircissement brille par son absence, je trouve

    Cordialement,
    En fait ils l'ont deja fait puisqu'ils ont reussi a changer le genre d'une espece en une autre en lui transferant son ADNg. Il ne leur restait plus qu'a faire la meme chose. Il est possible que ca soit pour le prochain science.

    Yoyo

  14. #11
    gorben

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Mais la question reste la même : quel minimum vital on va déterminer à partir de quelque chose qui ne se développe pas de façon autonome en-dehors d'une cellule?
    Salut,

    Ca a deja ete fait il y a une 20aine d'annee (chez mycoplasma il me semble) via des transposons et ils ont determines qu'il y a environ 300 genes essentiels.
    Barry Wanner (ou Datsenko je sais plus) a egalement fait une mutagenese systematique de tous les genes d' E. coli (keio collection) et d'apres mes souvenirs, le resultat etait similaire avec environ 300 genes essentiels.
    Bref, mis a part la "transplantation" de genome (deja publie il y a quelques mois par ce groupe) et un gros travail, du point de vue scientifique ca reste quand meme tres limite... par contre ils sont fort pour la pub (non non je vous jure je n'ai rien contre cet institut )

    A+

  15. #12
    MaliciaR

    Re : Créer un plasmide...?

    Citation Envoyé par gorben Voir le message
    Salut,

    Ca a deja ete fait il y a une 20aine d'annee (chez mycoplasma il me semble) via des transposons et ils ont determines qu'il y a environ 300 genes essentiels.
    Barry Wanner (ou Datsenko je sais plus) a egalement fait une mutagenese systematique de tous les genes d' E. coli (keio collection) et d'apres mes souvenirs, le resultat etait similaire avec environ 300 genes essentiels.
    Oui, c'est vrai ça. Disons qu'il est plus logique de faire ces trucs chez E. coli ou B. subltilis que chez Mycoplasma...

    Bref, mis a part la "transplantation" de genome (deja publie il y a quelques mois par ce groupe) et un gros travail, du point de vue scientifique ca reste quand meme tres limite... par contre ils sont fort pour la pub (non non je vous jure je n'ai rien contre cet institut )

    A+
    Scientifique, non, plutôt conceptuel : techniquement, c'est 'achement fort, mais sinon bof On le sait tous : Craig Venter est un excellent commercial

    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

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