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terme anglais 4-mer, 6-mer, ... ?



  1. #1
    ilovebioch

    Red face terme anglais 4-mer, 6-mer, ... ?

    Bonsoir,

    J'ai actuellement une présentation orale à préparer et basée sur l'article : "Role of arginine 292 in the catalytic activity of chondroitin AC lyase from Flavobacterium heparinum"

    Pas de soucis particulier pour la compréhension de la publication dans sa globalité mais il y a juste un terme qui me chiffonne...

    Dans cette étude, on réalise, entres autres techniques, une gradient PAGE pour étudier le mode d'action de l'enzyme (chondroïtine AC lyase) de 3 souches donc on a 3 gels. Pour le 1 et le 3ème => R.A.S
    En revanche pour le 2ème dans la légende il est inscrit :
    Fig. 4. Gradient PAGE analysis of chondroitin AC lyase (A) acting on
    chondroitin-6-sulfate. Lane a: tracking dyes; lane b: 4- to 6-mer heparin
    oligosaccharide mixture; lane c: standard heparin ladder; and lane d: 8-mer
    heparin oligosaccharide mixture. [...]
    Comme vous l'aurez compris, c'est pour les puits b et d que j'ai un peu de mal
    J'ai bien saisi la partie mélange d'oligosaccharides d'héparine (pas trop dur ) mais c'était la première fois que je voyais les termes 4-mer, 6-mer, 8-mer,...
    Au début j'ai pensé à des tétramères, hexa, octa etc donc des sous-unités alors j'ai voulu vérifier dans d'autres publis mais j'ai vu des choses comme 4-mer (gly-ser-gly-tyr) ou encore 3-mer 4-mer nucleotides (référence aux bases azotées?)

    Du coup je suis un peu perdue dans la compréhension de ce terme. Es-ce-qu'il est général, définissant une unité de quelque chose de plus grand ? ( ex : base=>nucléotide / AA=>peptide / sous-unité=>protéine)

    je me demande aussi pourquoi ces mélanges ont été déposés uniquement dans le 2ème gel et non pas dans les 2 autres ? Visiblement, ça doit servir de marqueurs de PM mais dans les 3 gels on a déposé de l'héparine bovine standard (partiellement digérée par une héparine lyase I) pour les calibrer - et donc servir de marqueurs de PM - et les 4,6,8-mer sont seulement annotés pour ce puits-là sur les 2 autres gels donc ça me turlupine....

    Enfin bref, comme je suis certaine que ce ne sera pas la dernière fois que j'aurais affaire à ce terme, je fais appel à vos lumières plus expérimentés que les miennes dans le langage scientifique anglophone et dans ce genre de publication scientifique

    Merci pour votre aide

    -----


  2. #2
    jmbowie

    Re : terme anglais 4-mer, 6-mer, ... ?

    Citation Envoyé par ilovebioch Voir le message
    Bonsoir,

    J'ai actuellement une présentation orale à préparer et basée sur l'article : "Role of arginine 292 in the catalytic activity of chondroitin AC lyase from Flavobacterium heparinum"

    Pas de soucis particulier pour la compréhension de la publication dans sa globalité mais il y a juste un terme qui me chiffonne...

    Dans cette étude, on réalise, entres autres techniques, une gradient PAGE pour étudier le mode d'action de l'enzyme (chondroïtine AC lyase) de 3 souches donc on a 3 gels. Pour le 1 et le 3ème => R.A.S
    En revanche pour le 2ème dans la légende il est inscrit :


    Comme vous l'aurez compris, c'est pour les puits b et d que j'ai un peu de mal
    J'ai bien saisi la partie mélange d'oligosaccharides d'héparine (pas trop dur ) mais c'était la première fois que je voyais les termes 4-mer, 6-mer, 8-mer,...
    Au début j'ai pensé à des tétramères, hexa, octa etc donc des sous-unités alors j'ai voulu vérifier dans d'autres publis mais j'ai vu des choses comme 4-mer (gly-ser-gly-tyr) ou encore 3-mer 4-mer nucleotides (référence aux bases azotées?)

    Du coup je suis un peu perdue dans la compréhension de ce terme. Es-ce-qu'il est général, définissant une unité de quelque chose de plus grand ? ( ex : base=>nucléotide / AA=>peptide / sous-unité=>protéine)
    Je confirme que c'est bien cela, mais je ne crois pas qu'on l'emploie pour les sous-unités d'une protéine quand on décrit sa structure quaternaire, mais seulement pour:
    - le nombre de nucléotides dans un acide nucléique/un oligonucléotide
    - le nombre d'AA dans un peptide ou une protéine
    Blast up your life!

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