Principe des banque génomique/cDNA

[invitefcf9364b]

bonjour ,je suis en 1ere année de pharmacie et je comprend pas en fait l'utilité... même si je comprend en gros les techniques utilisées.Je vous pose de questions au fur et à mesure.

1 dégradation du DNA (totalité d'un génome inconnu??) par enzyme de restriction
bouts qui se chevauchent ( ça semble important, pourquoi?)
2 collection de morceau d'adn
Insertion du fragment dans un vecteur (plasmide, phage; BAC,YAC...) c ok
3 le vecteur passe dans un hôte ( bactérie??)
4 cribler la banque: la je ne comprend plus, une banque correspond à un vecteur??
sonde nucléotidique marquée pour repérer le gène d'intérêt
empreinte nitrocellulose
radioactivité si hybridation ( par chance)
révélation par émulsion photographique
5 prélévement du clone bactérien (multiplication vecteur, adn, morceau d'interet)
lyse de la bactérie, récupérer le plasmide et le fragment du gène qui s'hybride avec la sonde

ensuite il refait des criblages avec une autre sonde (méthodes des contigues...

je ne comprend plus,
il conclue, par dire qu'on a reconstitué le gène de l'albumine (exons introns)

merci de m'expliquer la procédure , le cheminement scientifique a assimiler?
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[IngDr]

Ca fait pas mal de questions !
Un bon bouquin de génétique t'expliquera ca très bien en détail.
regarde voir du coté de wikipedia en première approche
http://fr.wikipedia.org/wiki/S%C3%A9quen%C3%A7age_de_l'ADN

[MaliciaR]

Hello,

Ce que tu dois comprendre avant tout, c'est le principe de chaque technique. Càd ce que l'on cherche à avoir à la fin de chaque étape en ayant utilisé cette technique.

D'abord, commence par dire quel est le but de l'expérience. Et non pas comme tu le fais ici : en conclusion, il a reconstitué le gène de l'albumine.
C'est ton but, pas ta conclusion. Ta conclusion sera faite au vue des résultats : j'ai cherché à faire ça, mais est-ce que j'ai réussi ou pas? Tu comprends ce que je dis?

1 dégradation du DNA (totalité d'un génome inconnu??) par enzyme de restriction

On ne parle pas de dégradation par des enzymes de restriction, mais de digestion. La différence est quand même notable : avec le terme "dégradation" je signifie le fait que je pars d'une macromolécule (ADN) pour me retrouver avec des nucléotides à la fin. Alors que le terme "digestion" signifie que je vais couper à certains endroits pour me retrouver avec des fragments de tailles différentes.
Donc, on dit qu'on prend l'enzyme EcoRI et on la fait agir dans un tube contenant l'ADN génomique de l'organisme tartampion.
Etant donné que les sites EcoRI sont un peu partout au sein de ce génome, on se retrouvera avec des bouts de tailles différentes, ayant tous le même type d'extrémités : celles générées par EcoRI.

bouts qui se chevauchent ( ça semble important, pourquoi?)

On est d'accord qu'on cherche à assembler des petits bouts qui vont constituer un gros bout (des fragments de tailles différentes faisant partie d'un gène). Donc, peux-tu déduire de cette idée l'importance des bouts chevauchants?

2 collection de morceau d'adn
Insertion du fragment dans un vecteur (plasmide, phage; BAC,YAC...) c ok
3 le vecteur passe dans un hôte ( bactérie??)

L'hôte dépendra de beaucoup de choses, mais admettons que c'est une bactérie.

4 cribler la banque: la je ne comprend plus, une banque correspond à un vecteur??

Si j'obtiens plein de bouts et que je les insère chacun dans un vecteur différent, la banque correspondra à quoi?

sonde nucléotidique marquée pour repérer le gène d'intérêt
empreinte nitrocellulose
radioactivité si hybridation ( par chance)
révélation par émulsion photographique

C'est la révélation. Par ailleurs, je ne suis pas d'accord avec cette notion de "par chance" : quand on fait une banque, on s'arrange que la quantité de bouts soit telle que chaque bout soit représenté environ 5 fois en excès... Donc, il se trouvera forcément dans un vecteur. Ce qui explique pourquoi cette histoire de chance n'a pas trop de sens ici (sauf si l'on ne travaille pas dans ces conditions d'excès)

ensuite il refait des criblages avec une autre sonde (méthodes des contigues...

Tu peux vérifier ce que l'on vous a dit à propos de la méthode des contigs? C'est important


J'espère que ça t'aide Répond aux questions et réfléchis et tu verras que ce sera beaucoup plus clair ensuite


Cordialement,

[invitefcf9364b]

merci beaucoup

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