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Domaine de liaison à l'ADN



  1. #1
    *p1*

    Smile Domaine de liaison à l'ADN


    ------

    Une Protéine s'associe directement et de facon spécifique a l'ADN

    que peut on déduire des chaines laterales des AA du domaine de liaison de la protéine??
    Ou peut elle se lier et de quelle facon (liaison hydrogène? Sur le phosphate, les bases?)

    merci

    -----

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  3. #2
    Mecton

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    Une devinette ? alors j'me mouille : l'ADN possède un phosphate incomplétement oxydé. L'adn est alors chargé négativement. Il faudrait donc des acides-aminés chargés positivement...A moins qu'il ne faille des AA basique comme l'ADN est acide...langue au chat !
    "La véritable science enseigne par dessus tout à douter et à être ignorant"M.U

  4. #3
    piwi

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    Et le mot spécifique? Vous n'en tenez pas compte?
    Si l'on considère l'ADN, comment déterminez vous une région spécifique sur cette molécule?

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  5. #4
    Zellus

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    Re ^^,

    Il y a plusieurs types de liaisons pour les intactions protéines-ADN.
    Il faut distinguer les protéines qui se lient de manière non spécifique à l'ADN, et ceux qui au contraire vont se fixer plus spécifiquement.
    Dans le premier cas, les protéines n'ont pas besoin de reconnaître un motif particulier de l'ADN. Et qu'est-ce qui n'est pas spécifique dans l'ADN ? La chaîne principale avec les posphates chargés négativement. Ainsi, beaucoup de protéines non spécifiques comme les histones sont basiques (chargées positivement) et vont dons établir des interactions ioniques avec l'ADN.
    Les protéines qui se lient plus spécifiquement à l'ADN vont plutôt reconnaître la partie variable de l'ADN cad l'enchaînement des base. Dans ce cas, les protéines établissent plutôt des liaisons hydrogène avec les bases de l'ADN. Les acides aminés les plus mis en jeu étant ceux qui établissent le plus de liaisons hydrogène cad glutamine, asparagine et arginine.

    Voilà je crois que c'est tout ...

  6. #5
    Mecton

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    Comment une protéine " spécifique " peut elle reconnaitre une séquence de paires de bases si celles ci ne sont pas directement accessibles ( puisque l'ADN ne présente pas les bases à l'extérieur de sa structure )?

    Dans un premier temps il faut bien qu'elle adhère de manière aléatoire à l'ADN par ces phosphates ( fixation non spécifique donc )ensuite qu'elle rompt les liaisons et enfin qu'elle se fixe ou pas à la séquence de paire de base. Sans compter sur le fait qu'elle doit dégager l'hisone de l'ADN si sa séquence spécifique est enroulée autour d'un octamère d'histones... Elle fait tout ça la protéine ?
    "La véritable science enseigne par dessus tout à douter et à être ignorant"M.U

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Zellus

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    Salut,

    En fait les protéines ont directement accès aux bases de l'ADN, essentiellement au niveau du grand sillon de la double hélice, donc pas besoin de se lier aux phosphates, de casser les liaisons ...
    Pour ce qui est des histones, elles sont en permanence déplacées ou dissociées par des complexes de remodelage de la chromatine. Les protéines qui se lient à l'ADN participent souvent à la transcription des gènes et il y a toute une signalisation dans le but d'enlever ou de pousser les histones quand il est nécessaire de transcrire tel ou tel gène.
    Mais ça s'est une autre histoire ...

    Bonne soirée/nuit

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  10. #7
    Mecton

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    En fait les protéines ont directement accès aux bases de l'ADN, essentiellement au niveau du grand sillon de la double hélice, donc pas besoin de se lier aux phosphates, de casser les liaisons ...
    Ah c'est pour ça qu'ils se fixe sur le grand sillon !! Merci .
    Juste pour être sur : ce grand sillon fournit un accés directe à la séquence de paire de bases, c'est cela ?
    Mais j'ai toujours un petit problème :a ma connaissance les seules inter-action molécule à molécule font intervenir uniquement les différences d'electronégativité ( je dit peut être des bêtises : c'est loin la biochimie ... ) entre molécules et leurs conformations respectives. Là l'ADN a la même conformation partout ( enfin je le suppose ) et la même électronégativité sur toute sa longueur... alors comment établir une spécifité de reconnaissance tant que les brins d'ADN ne sont pas dissociés ?

    il y a toute une signalisation dans le but d'enlever ou de pousser les histones quand il est nécessaire de transcrire tel ou tel gène.
    Je ne connaissais que ces enzymes qui délogent les histones selon le degré de méthylation, acétylation et caetera.. Et elles me suffisaient à comprendre un peu comment ça marche.
    Ah ! ...c'est un autre sujet mais il pose toujours la question de la spécificité d'action. J'aimerais bien que tu m'en dise plus là dessus, puisque la protéine qui déloge les bons histones doit forcément reconnaitre une séquence spécifique d'ADN qui est cachée par les histones !
    "La véritable science enseigne par dessus tout à douter et à être ignorant"M.U

  11. #8
    Zellus

    Re : Domaine de laison a l'ADN

    Juste pour être sur : ce grand sillon fournit un accés directe à la séquence de paire de bases, c'est cela ?
    Oui c'est ça .

    Mais j'ai toujours un petit problème :a ma connaissance les seules inter-action molécule à molécule font intervenir uniquement les différences d'electronégativité ( je dit peut être des bêtises : c'est loin la biochimie ... ) entre molécules et leurs conformations respectives. Là l'ADN a la même conformation partout ( enfin je le suppose ) et la même électronégativité sur toute sa longueur... alors comment établir une spécifité de reconnaissance tant que les brins d'ADN ne sont pas dissociés ?
    Les différentes interactions qui existent entre les molécules sont :
    • les liaisons hydrogènes
    • les interactions hydrophobes
    • les interactions ioniques
    • les interactions de Van der Waals
    Pour l'ADN, les interactions sont différentes selon la base considérée, suivant les différents groupements chimiques qu'elle possède. Elles peuvent toutes établir des liaisons hydogène mais le nombre de ces liaisons peut varier, et les atomes sont donneur ou accepteur d'hydrogène suivant les positions. J'ai oublié mais la thymine peut également établir des interactions hydrophobes via son groupement méthyle CH3. Tout ça plus la succession des nucléotides permet de rendre un site spécifique. Et ça dépend aussi bien sûr de la composition en acides aminés de la protéine et de son repliement.

    Je ne connaissais que ces enzymes qui délogent les histones selon le degré de méthylation, acétylation et caetera.. Et elles me suffisaient à comprendre un peu comment ça marche.
    Ah ! ...c'est un autre sujet mais il pose toujours la question de la spécificité d'action. J'aimerais bien que tu m'en dise plus là dessus, puisque la protéine qui déloge les bons histones doit forcément reconnaitre une séquence spécifique d'ADN qui est cachée par les histones !
    L'ordre dans lequel tout ça se passe n'est pas bien compris d'après ce que je sais.
    En fait, le plus souvent l'accès à l'ADN est nécessaire pour démarrer la transcription d'un gène. Pour cela, les activateurs de la transcription vont reconnaître une séquence spécifique, l'enhencer. Pour cela, il a fallu au prélalable un déplacement des histones de l'enhencer sans doute par des histones acétyltransférases (HAT) + complexe de remodelage (CR). Les activateurs recrutent alors d'autres HAT + CR qui vont "dégager" les alentours et permettre de libérer le promoteur pour que le complexe d'initiation de la transcription se fixe. L'ARN polymérase va alors pouvoir commencer son travail...

    PS : Les bases sont aussi accessibles dans le petit sillon mais de ce côté-là il n'y a pas de spécificité comme dans le grand.

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