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Evo-Devo Quelques difficultés...



  1. #1
    Patfol

    Evo-Devo Quelques difficultés...


    ------

    Bonjour à tous,

    Voila j'ai un rapport à faire basé sur différentes publications, je dois présenter ca comme un cours.
    J'ai 2 reviews et 2 publications qui m'ont été fournies, bien entendu je ne pense pas me baser que sur celle ci. J'aimerais vos avis concernant l'approche de mon travail sachant que les 2 reviews parlent des "outils" de l'evo devo, soit les fossiles et la génomique et que les 2 publications traitent des GCR (global control region) chez la souris. Je pensais tout d'abord définir l'evo dévo parler un peu de la discipline et des outils utilisés dans cette discipline, ensuite j'entamerais une partie évolution des génomes , suivit de l'évolution des gènes HOX et pour finir un système exclusif des vertébrés les GCR.

    J'ai cependant quelques difficultés, je n'ai peu ou pas étudié l'évolution durant mon cursus il y a donc beaucoup de notions que je ne maitrise pas. Je cherche donc des documents ou des références assez complètes concernant les mécanismes d'évolution des génomes. Et j'aimerais savoir si dans mon travail je dois parler de l'évolution des espèces..(notions que je ne maitrise vraiment pas)

    Voila je ne sais pas si je suis clair sur mes attentes, donc si besoin il y a questionnez moi.

    En tout cas je vous remercie d'avance.

    Références des Review:
    -Raff RA,Written in stone: fossils, genes and evo-devo, Nat Rev Genet. 2007 Dec;8(12):911-20
    -Cañestro C, Yokoi H, Postlethwait JH,Evolutionary developmental biology and genomics. Nat Rev Genet. 2007 Dec;8(12):932-42)

    Références des publications:
    -Spitz F, Gonzalez F, Duboule D.,A global control region defines a chromosomal regulatory landscape containing the HoxD cluster,Cell. 2003 May 2;113(3):405-17.
    -Zuniga A, Michos O, Spitz F, Haramis AP, Panman L, Galli A, Vintersten K, Klasen C, Mansfield W, Kuc S, Duboule D, Dono R, Zeller R.
    Mouse limb deformity mutations disrupt a global control region within the large regulatory landscape required for Gremlin expression.Genes Dev. 2004 Jul 1;18(13):1553-64. Epub 2004 Jun 15

    -----
    Dernière modification par Patfol ; 22/05/2008 à 12h03.

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  3. #2
    MaliciaR

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Salut,

    C'est très intéressant comme sujet
    Je veux bien essayer de te filer un coup de main sur les génomes, mais j'aurais besoin que tu précises tes questions... Quitte à ce que tu poses des questions sur les reviews que tu as à lire

    Sinon, à ta place je ferais un organigramme dans l'intro pour bien tout situer : c'est synthétique et clair.


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  4. #3
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Ba en fait pour l'evolution des genomes je pensais faire quelque choses de synthétiques en traitant des notions tel que mutation, duplication, subfonctionnalisation, neofonctionnalisation, après lecture de plusieurs présentation je me rends compte que les mécanismes sont moins nombreux que ce que je pensais. Je peux forcement rentrer dans les détails, j'aimerais juste exposé tout les elements responsable de l'evolution des genomes.

    J'ai vraiment peur de m'aventurer sur le terrain de l'evolution des especes a proprement parlé étant donné que je n'ai pas beaucoup de temps que je n'y connais absolument rien

    Ou alors je peux changer mon début et montrer ce que la génomique a permis de comprendre en evo devo, donc contraction des genomes, expansion des genomes, perte/gain de gene etc etc suivit de l'apport de l'utilisation des fossiles dans l'evo devo.

    A la vue des documents que l'on m'a fournis je pense que c'est le plus juste au final de faire ainsi...

  5. #4
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Bon en fait voila ce que je pense faire, dans la review de Canestro, il explique comment est utilisé la génomique et comment on s'en est servi pour revoir la classification animale, et ensuite il explique l'expension ou la contraction des genomes et leur impactes sur le developpement, donc je pense suivre son approche, la seconde reviews sur les fossiles (arghhhh) expliquent leur utilisation en evo-devo donc la encore je vais prendre les grandes idées de ce papier.

    Donc voila le nouveau plan que je pense faire

    Intro: qu'est ce que l'evo devo et tout le tralala

    I) Les outils de l'evo dévo
    A) les fossiles...
    B) la génomique ...

    II) Un exemple d'evolution de systeme developmental:
    A) evolution des genes Hox
    B) les gcr une systemes de regulation exclusifs des vertébrés.

    Qu'en pensez(s)-vous (tu) ??

  6. #5
    MaliciaR

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Citation Envoyé par Patfol Voir le message
    Ba en fait pour l'evolution des genomes je pensais faire quelque choses de synthétiques en traitant des notions tel que mutation, duplication, subfonctionnalisation, neofonctionnalisation
    Euh... juste une précision : la mutation et les duplications sont des mécanismes moléculaires relevant de la dynamique du génome; la subfonctionnalisation et la néofonctionnalisation sont des conséquences de l'évolution des gènes obtenus après duplication. Pour comprendre ce dernier point, cherche de côté de tout ce qui est gènes paralogues et gènes orthologues.


    Ou alors je peux changer mon début et montrer ce que la génomique a permis de comprendre en evo devo, donc contraction des genomes, expansion des genomes, perte/gain de gene etc etc suivit de l'apport de l'utilisation des fossiles dans l'evo devo.

    A la vue des documents que l'on m'a fournis je pense que c'est le plus juste au final de faire ainsi...
    Là, je ne peux rien dire, je n'ai pas lu tous les documents que l'on t'a fourni Mais tant que tu fais quelque chose de logique, je ne vois pas où est le problème de combinaison d'infos


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  7. A voir en vidéo sur Futura
  8. #6
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Citation Envoyé par MaliciaR Voir le message
    Euh... juste une précision : la mutation et les duplications sont des mécanismes moléculaires relevant de la dynamique du génome; la subfonctionnalisation et la néofonctionnalisation sont des conséquences de l'évolution des gènes obtenus après duplication. Pour comprendre ce dernier point, cherche de côté de tout ce qui est gènes paralogues et gènes orthologues.
    En effet j'ai fais l'amalgame en parlant, il a bien une disparité entre les évènements en effet on a les causes et les conséquences. Si j'en parle il faudra que j'insiste la dessus. Bon les choses s'éclaircissent peu à peu.
    En tout cas merci je sais que si j'ai quelques problèmes de compréhension il y a des gens ici qui connaissent le sujet

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  10. #7
    piwi

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Bonjour,

    Il serait intéressant que vous précisiez dans quel cadre vous avez à faire ce travail? c'est à dire la formation et les objectifs à atteindre. (A titre personnel, il peut m'être utile que vous me précisiez qui vous demande de devoir histoire de voir si je me mets hors jeu ou pas.)

    Quoi qu'il en soit, il y a effectivement des outils qui sont présentés mais il ressort aussi très clairement que l'on veut vous faire parler de l'évolution des membres au travers du complexe HOX.
    Est il plus malin de présenter les outils puis un exemple d'utilisation des outils ou de parler du développement des membres en présentant les outil qui permettent de l'étudier? Ca dépend du contexte.

    Cordialement,
    piwi
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  11. #8
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Alors ce devoir est a réalisé pour une Ue nommé génétique moléculaire du développement dans le master de biologie du developpement que je suis. Je pense que vous devez connaitre mon enseignant qui est Nicolas Matt, il travail a l'IBMC.

    Je n'ai pas eu de sujet prédéfini, on m'a precisé qu'il s'agissait d'evo dévo et que ça parlais d'un système particulier de l'expression des gènes. D'où le fait que je ne sais pas par ou commencer et quelles notions traiter.

    Pour ma part je pense que les parties sur l'évolution des gènes hox et les gcr ne peuvent pas être éliminé... Ensuite je ne vois pas quel approche aborder.

    Avec ce que vous venez de me dire je viens de me rappeler que dans la publication traitant des fossiles ils parlent du fait qu'un animal ancestral possédait 8 doigts (vu sur un fossile) alors que les animaux actuels n'en possède que 5, cela ferait un element pour traiter l'évolution des membres.
    Mais pour corrélé le tout je crois que cela va s'avérer plus que difficile...

  12. #9
    piwi

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Oui je connais Nicolas et tous les gens qui font de la biologie du développement puisque je fais aussi parti des enseignants de cette discipline. Du coup je suis un peu obligé de me mettre hors jeu pour votre question. Désolé.

    Cordialement,
    piwi

    Note: Vous trouverez sur le forum de très bonnes mains auxquelles vous remettre. Malicia est déjà sur le coup il y en a d'autres qui seront sans doute intéressés par votre question.
    Dernière modification par piwi ; 22/05/2008 à 18h46.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  13. #10
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Nouvelle idée... car la je ne sais plus comment m'y prendre...
    J'ai un papier de Denis Duboule dans lequel il explique que la disposition des genes HOX chez les vertébrés serait du a la consolidation de ces derniers, laissant emergé un nouveau systeme de regulation les fameuses GCR, comme les genes sont plus proches un enhancer commun permettrais de ne pas avoir un regulateur en cis par gène.
    Donc je pensais ne pas vraiment m'axé sur l'evolution des membres mais plutot montré l'utilisation des gcr lors de la morphogénèse des membres.

    Mais là je me rends compte qu'il n'y a pas de reel lien entre les outils de l'evo dévo et le reste....

  14. #11
    MaliciaR

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Salut,

    Citation Envoyé par Patfol Voir le message
    Intro: qu'est ce que l'evo devo et tout le tralala

    I) Les outils de l'evo dévo
    A) les fossiles...
    B) la génomique ...

    II) Un exemple d'evolution de systeme developmental:
    A) evolution des genes Hox
    B) les gcr une systemes de regulation exclusifs des vertébrés.
    Je pense que ton plan est logique, mais qu'il devrait changer de proportion En fait, tu peux introduire l'évo-dévo avec ces outils principaux, insister sur deux outils (fossiles et génomique/phylogénomique) et faire le reste sur le développement des membres. Il me semble tout de même peu anodin de te filer deux papiers sur le développement des membres

    Concernant le papier de Duboule dont tu parles, je ne vois pas pourquoi ne pas en parler sans faire du hors-sujet évidemment : Duboule est dans les auteurs d'un de tes articles. Tant que tu relies ce que tu connais de lui avec ce qui t'importe ici, ça ne peut qu'être plus intéressant Sinon, je n'ai pas compris ta phrase du manque de lien entre les outils de l'évo-dévo et le reste...

    Tu n'es pas obligé de partir sur l'évolution des espèces (plan macroscopique) comme tu le crains : l'évo-dévo est au croisement de la génétique du développement, de l'embryologie et anatomie et de la paléontologie, il y a largement de quoi faire dedans Vu que ça porte sur la mise en place des membres, pour moi le sujet a une très forte composante moléculaire.

    Tu as une limite de taille du rapport?


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  15. #12
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    10 à 15 pages, mais j'ai aussi une limite de temps

    Il est certain que je parlerais du développement des membres, je pense faire une synthèse des 2 papiers et montrer que les GCR sont en jeux.

    Je me posais la question, étant donné que je parle de l'evolution des genes hox, je parle forcement de comment les clusters se sont mis en place et je fais donc appelle a des notions d'évolution des génomes, donc je suis obligé de parler de ces mécanismes en amont de tout ca je pourrais alors utilisé la publi sr la génomique... mais ce sont ces satanés fossiles qui me rendent dingue , je crois que ca viens du fais que je ne maitrise pas le papier et les notions qu'il a dedans, en m'y replongeant je trouverais peut etre un lien logique a tout ca.

    En tout cas merci pour les propositions, c'est vraiment pas un exercice facile ... Surtout que dans mon cas mon prof m'a bien précisé, vous verrez votre sujet est dur, et bien je ne le contredirais pas !!

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  17. #13
    MaliciaR

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Citation Envoyé par Patfol Voir le message
    10 à 15 pages, mais j'ai aussi une limite de temps
    Certes, mais l'oral est un autre type d'exercice : tu dois choisir ce qui est essentiel pour la compréhension des gens. Autrement dit, tu ne dois pas raconter tes 15 pages de rapport à l'oral


    Il est certain que je parlerais du développement des membres, je pense faire une synthèse des 2 papiers et montrer que les GCR sont en jeux.
    Oui, essaie de discuter ce point. Càd d'énoncer une vision critique dessus, pas se limiter à "d'après untel c'est ainsi"


    Je me posais la question, étant donné que je parle de l'evolution des genes hox, je parle forcement de comment les clusters se sont mis en place et je fais donc appelle a des notions d'évolution des génomes, donc je suis obligé de parler de ces mécanismes en amont de tout ca je pourrais alors utilisé la publi sr la génomique...
    Oui, ici tu peux parler de la duplication du génome de l'ancêtre commun des actuels Mammifères. C'est ainsi que l'on considère possible l'apparition des gènes Hox des Vértébrés en parlant rapidement des ParaHox


    mais ce sont ces satanés fossiles qui me rendent dingue, je crois que ca viens du fais que je ne maitrise pas le papier et les notions qu'il a dedans, en m'y replongeant je trouverais peut etre un lien logique a tout ca.
    Je ne comprends pas ton problème de lien logique, en fait Tu veux expliciter?


    En tout cas merci pour les propositions, c'est vraiment pas un exercice facile ... Surtout que dans mon cas mon prof m'a bien précisé, vous verrez votre sujet est dur, et bien je ne le contredirais pas !!
    Si c'était facile, ce ne serait pas intéressant


    Cordialement,
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  18. #14
    piwi

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Correction. Le père Duboule est dans les deux papiers!
    C'est peut être une bonne idée d'aller regarder de plus près ce que fait ce monsieur (curieusement il bosse sur le développement des membres et les gènes Hox)

    Si vous êtes dans la panade n'hésitez pas à contacter Nicolas. Il est très sympa, je ne pense pas qu'il vous envoie promener si vous ne lui demandez pas de tout faire.

    Vous êtes en quelle année? (juste histoire de voir si on se connait )
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  19. #15
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    En fait je crois que pour les fossiles je me prends trop la tête, je bloque dessus mais je vais en parler en tant qu'outils donc je parlerais des éléments qu'ils apportent en général.

    Je vais voir comment je peux équilibrer mes parties, mais finalement je pense qu'une partie sur l'évolution des génomes est indispensable.
    Je vais partir sur une intron décrivant la discipline de l'evo-devo, ensuite les outils suivit de l'evolution des genomes et partir sur les gènes Hox et Gcr.

    Je parlerais succintement du role des folliles dans l'evo-devo, puis de ce qu'on a pu montrer et remettre en cause avec les données issu de la génomique comparative. Ensuite viendra l'evolution des génomes

  20. #16
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Correction. Le père Duboule est dans les deux papiers!
    C'est peut être une bonne idée d'aller regarder de plus près ce que fait ce monsieur (curieusement il bosse sur le développement des membres et les gènes Hox)

    Si vous êtes dans la panade n'hésitez pas à contacter Nicolas. Il est très sympa, je ne pense pas qu'il vous envoie promener si vous ne lui demandez pas de tout faire.

    Vous êtes en quelle année? (juste histoire de voir si on se connait )
    Je suis en M1 pour le moment... en exam et en retard dans certaine chose

    Et en ce qui concerne Denis Duboule, j'ai un ptit paquet de publication a lui dont une qui me servira pour les genes Hox, j'ai meme du le contacter pour qu'il m'en fournissent une inaccessible via pubmed....merci Novartis.
    Dommage que je mette un temps fou a comprendre le contenu d'une publication, j'espere que ca va venir

    Je pense que je vais contacter M. Matt afin d'être sur de ne pas aller droit dans le mur, c'est pas le genre d'ue que j'aimerais loupé.

  21. #17
    MaliciaR

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Citation Envoyé par piwi Voir le message
    Correction. Le père Duboule est dans les deux papiers!
    Ouaip


    Citation Envoyé par Patfol Voir le message
    Je pense que je vais contacter M. Matt afin d'être sur de ne pas aller droit dans le mur, c'est pas le genre d'ue que j'aimerais loupé.
    Perso, je ne trouve pas que tu ailles droit dans le mur : tant que c'est logique, ça va. Ce qu'il faut, c'est que tu lises et étudies bien les papiers. J'avais un truc semblable à faire au premier semestre, mais j'avais juste les papiers, pas de revues... C'est vachement bien que l'on t'ait donné des revues, ça synthétise les connaissances actuelles sur le sujet d'une manière très agréable et compréhensible


    Bon courage et bonne nuit!
    An expert is one who knows more and more about less and less.

  22. #18
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Bon et bien après confirmation par mon prof, je peux faire ce que j'avais pensé, je ne suis pas forcé de m'axé sur l'évolution des membres. Je vais insister sur l'evolution des génomes, des gènes hox et GCR

    D'ailleurs à propos de ca, j'ai lu une review de DENIS DUBOULE - The Rise and Fall of Hox Gene, vraiment génial, il propose sa vision des gènes hox et je dois dire qu'il m'a littéralement convaicu

    Enfin en tout cas merci a vous, je repasserais si j'ai des petits d'ombres.

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  24. #19
    Patfol

    Re : Evo-Devo Quelques difficultés...

    Je reviens a la charge pour une petite précision, peut on considérer que chez les vertébrés, avec l'emergence des GCR, que les gène hox seraient devenu comme un opéron ?

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