Programme génétique et cellules

[invite15bc8b69]

Bonjour à tous,

J' aimerais savoir comment les cellules font la différence entre le programme génétique qu' elles portent et la partie de ce programme qu' elles doivent exercer.

Merci beaucoup.
-----

[Yoyo]

Salut

tu as vraiment 14 ans ou pas? ca conditionne le type de réponse qu'on peut te donner.

YOyo

[invite15bc8b69]

Bonjour,

Désolé de vous répondre si tard, mais je ne peux pas rester sur le forum tard le soir.

Merci de votre réponse, j' ai effectivement 14 ans(et demi)

Je vous remercie d' avance.

[invite487505da]

bonjour! je te conseille tout d'abord de maitiser et de connaitre certaines définitions et termes génétiques pour pouvoir aborder ce sujet ...
L'utilisation du terme programme génétique n'est pas très scientifique, je te conseille de voir un peu quelques articles sur le net parlant de chromosomes d'ADN ... (meme si c'est difficile on pourra t'aider en parlant le meme langage )
c'est bien de t'interresser à ce domaine à 14 ans, c'est vraiment bien... bonne continuation, on t'aidera t'inquiète...

[A voir en vidéo sur Futura]

[invite563835f6]

On peut déjà donner quelques notions pas trop difficiles à comprendre.
Chaque cellule d'un organisme possede la même information génétique, portée par l'ADN (acide désoxyribo nucléique).

Si on se place dans le cas de l'Homme pour que cela te paresse bien concret, alors on peut dire que l'ADN est composé de pleins de gènes (environ 30 000 je crois), qui sont en fait des séquences de nucléotides. Il existe 4 nucleotides différents, formés de 4 bases différentes: adénine, guanine, cytosine et thymine (AGCT). L'enchainnement dans un ordre précis des nucléotides va donner ce qu'on appelle une séquence.

Lorsqu'on dit que la celulle exprimme son information génétique, cela signifique que le gène est transcrit en ARN (acide ribonucléique), lui même traduit en protéine. Tu as peut être entendu parler du "code génétique", eh bien, il s'agit très simplement d'un code qui prévoit une correspondance entre codons d'ARN (3 nucléotides) et 1 acide aminé (une protéine est formée de plusieurs acides aminés mis bout à bout). Par exemple, le codon AGC (adénine-guanine-cytosine) codera pour l'arginine.

Ces protéines peuvent être des enzymes, qui vont catalyser des réactions chimiques dans la cellule. Elles peuvent aussi être des protéines structurales, qui permettront par exemple de maintenenir deux celulles accolées

Mais cela ne s'arrête pas là du tout, des protéines peuvent intervenir elles-même dans l'expression de l'information génétique, en particulier dans sa régulation.

En effet, un gène peut être +/- transcrit, donc +/- exprimé, grâce entre autres à des protéines qui peuvent se fixer sur l'ADN, ou qui peuvent induire des modifications de l'ADN (pas des modifications de la séquence nucléotidique en elle-même!). C'est comme ça par exemple, que des cellules du foie peuvent être différentes des cellules musculaires: elles n'exprimeront pas le même type de protéines.

Il faut savoir que si l'ADN est effectivement découpé en plusieurs gènes, de nombreuses séquences permettent la régulation de l'expression génétique, et ne sont pas forcément considérées comme des gènes: ces séquences peuvent constituer des points d'ancrage de certaines protéines régulatrices par exemple. Savais tu que la longueur de notre génome (la taille de notre ADN) était énorme par rapport aux séquences dites "codantes"? On estime que seulement 1% de notre génome est codant.. Mais à mon avis, il nous réserve encore énormément de surprise! Cela dit, cela nous remet à notre place d' "animal le plus évolué", car d'autres espèces ont bien plus de séquences codantes...

Si tu as d'autres questions, n'hésite pas, je pourrais t'éclaircir simplement un des points. J'espère qu'en simplifiant le sujet, je n'aurais pas dis des choses trop ambigues.

[invite217f3aaa]

Oui le maitre mot est "régulation", régulation de l'expression génique aussi bien quantitativement que qualitativement.
Certaines portions du génome sont fermées, elles sont rendues inaccessibles, la cellule n'a pas accès à toute une partie de ses propres informations génétiques. La fermeture de certaines parties du génome se fait très tôt au cours du dévelloppement.
En effet la cellule oeuf fraichement fécondée a acces a toutes ses données génétiques. Puis au fil des divisions cellulaires, le génome des cellules filles se ferment progressivement. Ainsi les cellules n'expriment qu'une partie de leur génome et, de ce fait, acquierent une spécialisation : elles se différencient.

[piwi]

Salut,

La réponse de Lazyboy bien qu'exacte (si on excepte la fin sur l'évolution des espèces et le % de génome codant) ne me semble ni vraiment répondre à la question, ni être très pédagogique.

Accro-physique, j'aimerais savoir si sa réponse répond à votre question. Pour l'instant j'ai un peu la flemme de me coller sur le sujet mais si il le fallait, je serai là.

Cordialement,
piwi

[invite563835f6]

La réponse de Lazyboy bien qu'exacte (si on excepte la fin sur l'évolution des espèces et le % de génome codant) ne me semble ni vraiment répondre à la question, ni être très pédagogique.

Dans ce cas, j'aimerai pour ma part qu'on me précise les choses par rapport aux pourcentages et à l'évolution. Quant à l'aspect pédagogique, j'ai essayé de suivre une progression, qui me semble plutôt correcte.. C'est à "accro-physique" de nous dire ce qu'il en pense...

[invite39cbafd1]

Bonjour, pour la réponse lde lazboy je crois qu'en effet c'est a accro-physique de nous dire ce qu'il en pense et s'il a compris.

En ce qui concerne le % codant du génome humain je ne crois pas qu'on le connaisse réelement et ca n'a rien à voir avec "l'évolution d'une espèce"
Tout organisme vivant évolue et l'évolution n'est pas dirigée vers quelque chose. Les organismes changent et ceux qui ont le plus de chance restent... Mais de nombreux exemples montrent que l'évolution des génomes ne va pas forcement vers une augmentation du nombre de gènes ou vers une augmentation du % codant dans un génome.
Je suis bien d'accord, l'homme n'est pas "le plus evolué" mais ça n'a rien a voir avec son % de génome codant.
J'espere avoir été claire, n'hesitez pas à me dire sinon!

[MaliciaR]

Bonjour,

Perso, je suis d'accord avec Piwi. La manière qu'a Lazyboy d'introduire les notions est très floue pour une personne qui n'a pas vraiment une capacité d'abstraction et donc, ne possède pas de vraie pré-compréhension du sujet. Il y a pas mal de choses qui ne sont pas clairement définies et qui ne sont que soupçonnées dans le développement des idées. En dehors de la non existence de rapport entre le % de codant et l'évolution, l'exposé est correct
Lazyboy, ce n'est aucunement une attaque ou un truc du genre, ton envie d'expliquer est plus que louable C'est juste une critique pédagogique

Ceci dit, on ne comprend toujours pas quel est le lien entre le génotype et le phénotype particulier d'une cellule La régulation n'est pas abordée et pourtant, comme l'a dit Mecton, c'est le maître mot

Accro-physique, pourrais-tu préciser tes connaissances? Tu es en quelle année de collège?


Cordialement,

[Squalor]

salut à tous !

Je pense qu'il serait important pour répondre, de connaitre ce que notre interressé (éternellement louable de s'interresser à tout cela à son âge) possède comme connaissances sur ce sujet.

Cela nous permettrais de rebondir de manière encore plus efficace et de partir réelement d'une base solide pour le dévoleppement de son savoir!


amicalement,

Greg

[invite15bc8b69]

Bonjour,

Merci à tous pour vos réponses.
En ce qui concerne mes connaissances sur le sujet, j' ai fait tout un "cycle" de génétique au collège au niveau 3eme et je me suis informée sur le sujet.

L' ADN, le génome et les enzymes puis et "la sequence" me parlent mais le mot nucléotides me parle peu.

Vos réponses sont claires et je vous remercie mais il me reste encore une question: Comment les protéines peuvent-elles agir sur le programme(ou l' ADN) ?
Et sinon, pourquoi l' ADN a une forme de spirale? Est- ce que cela a un rapport ou est-ce totalement différent?

C' est étonnant qu'il y ait si peu de pourcentage codant ! C' est quand même lui qui dirige tout le fonctionnement du corps,non?

Encore merci pour tout.

[invite15bc8b69]

Rebonjour,

Pour rebondir sur l' information que m'a donnée Mecton, j' aimerais savoir comment les portes se ferment. La régulation serais-elle régulée par un facteur extérieur ou se régule-t-elle elle-même?

Merci beacoup .

Accro-physique

[invited6d0e3bb]

Bonsoir, elle est vraiment très intéréssante cette discussion !


J'aimerais aussi savoir comme ça ce fait que certaines portions de gènes se " ferment ".
A mon avis ce n'est pas du à un facteur extérieur....c'est aussi génétiquement déterminé ?

Et comment on a déterminé le pourcentage de gènes codant, grâce aux puces à ADN ?

Et qu'est ce qui permet à un gène de s'exprimer ? Je veux dire, qu'est ce qui fait qu'un gène va être transcrit dans une cellule à un moment donné ?

( désolé si je dévie la conversation ou si mes questions sont " bêtes " ou répétitive )

Cordialement.

[invite563835f6]

Le faible pourcentage n'a pas de rapport direct avec la complexité de l'organisme. Lorsqu'on prend une partie codante, un gène, on s'est rendu compte que celui-ci pouvait conduire à plusieurs protéines par le phénomène d'épissage alternatif (c'est un peu compliqué, mais retiens que 1 gène = plusieurs protéines).

La forme en hélice de l'ADN est due à sa nature chimique je pense, peut être que certaines enzymes remodellent l'ADN pour qu'il obtienne cette forme là.

Les protéines possèdent des domaines d'action qui peuvent se lier à l'ADN par divers procédés de complémentarité, divers motifs: une protéine peut par exemple s'insérer dans un sillon de la double hélice et agir ainsi sur l'ADN.

La régulation de l'expression génétique est assez complexe. Ce qui fait que certains gènes "se fermeront" dans certaines protéines est du à la présence d'une protéine qui à un moment donné et à un endroit donné sera exprimé et qui se fixera sur l'ADN inhibant la synthèse d'autres protéines, qui pouvaient par exemple activer certaines portions du "programme". Ces derniers ne seront donc plus exprimés...

[invite217f3aaa]

La régulation serais-elle régulée par un facteur extérieur ou se régule-t-elle elle-même?

C'est pas une question facile ...en fait je sais pas.
Dans nos cellules l'ADN est comparé, de manière métaphorique, à un véritable programme : le programme génétique. Selon cette vision la régulation de l'ADN dépend des interactions des protéines produites par la traduction de l'ADN. Le programme est lu puis exécuté.
Mais tu vois là que l'ADN ne se suffit pas à lui même : "il a besoin des produits de sa lecture et de leur exécution pour être lu et exécuté".(Atlan.H)
Donc oui l'ADN est sous le contrôle de facteurs extérieur, mais il est aussi la cause de ces facteurs extérieur !.Dans la cellule "toute chose est causée et causante"( Pascal"), la recherche de la cause des causes est vaine je pense.

Edit : whoua ca en jette les citations ! en fait je n'ai pas de meilleure formulation que celle que j'ai lue, c'est tout.

[invite15bc8b69]

Bonjour à tous

Merci pour vos réponses.
Etonnant organisme!
Si je comprend bien,l' ADN contrôle ce qui doit le contrôler.

Mais si une partie de l'ADN est inhibée, comment la totalité du programme peut-elle se transmettre "entièrement" en donnant naissance à un individu "entier" qui aura au départ la cellule oeuf "normale" et qui fermera ses portes au fur et à mesure et ainsi de suite?

Sinon, est-ce que les protéines se renouvellent ou bien elles restent et ne "meurent" pas?
(J' espère que ça ne fait pas trop de questions)

Merci pour tout,
Accro-physique.

[MaliciaR]

Hello,

Ca fait super plaisir de voir "les jeunes" aussi intéressés par la bio!

A mon avis ce n'est pas du à un facteur extérieur....c'est aussi génétiquement déterminé ?

Tu peux avoir des facteurs de l'environnement qui influent sur des fonctionnements internes.

Et comment on a déterminé le pourcentage de gènes codant, grâce aux puces à ADN ?

De quelles puces parles-tu? Celles d'expression?
N'oublie pas que les puces sont un outil relativement récent.

Il y a plusieurs manières de déterminer le poucentage de codant, essentiellement par des outils bio-informatiques appelés outils d'annotation de génomes. Les séquences codantes contiennent des choses particulières que le non codant ne contient pas : des codons Il y a aussi divers signaux tels des séquences consensus de promoteurs (c'est chez les Procaryotes, ça), des sites d'épissage d'introns, îlots CpG, etc. Mais l'annotation est une chose très complexe et je ne suis pas sûre qu'ici ce soit le propos principal.

Et qu'est ce qui permet à un gène de s'exprimer ? Je veux dire, qu'est ce qui fait qu'un gène va être transcrit dans une cellule à un moment donné ?

Beh... question de régulation Soit il y a un facteur qui, dans des conditions précises, fera que l'expression sera réprimée, soit un facteur fera que le gène sera exprimé. Mais rien n'est blanc ou noir : tu peux avoir des interactions croisées, par exemple 2 clés pour ouvrir une porte (l'une des clés déverrouille, l'autre fait que la porte peut vraiment s'ouvrir). Il y a une telle diversité de mécanismes de régulation que c'en est étourdissant...!

Le faible pourcentage n'a pas de rapport direct avec la complexité de l'organisme.

Mettons les choses au clair une bonne fois pour toutes : le pourcentage de codant n'a strictement aucun rapport avec une quelconque complexité ou un "taux d'évolution" de l'organisme.

La forme en hélice de l'ADN est due à sa nature chimique je pense, peut être que certaines enzymes remodellent l'ADN pour qu'il obtienne cette forme là.

La question de savoir pourquoi l'ADN a cette forme en double hélice est un peu... spéciale Càd qu'il y a des contraintes stériques, des interactions chimiques, etc. Il ne faut pas perdre de vue le fait que les protéines ayant des domaines de liaison à l'ADN reconnaissent une forme. Donc, c'est une forme qui a été favorable et qui s'est maintenue...

Les protéines possèdent des domaines d'action qui peuvent se lier à l'ADN par divers procédés de complémentarité, divers motifs: une protéine peut par exemple s'insérer dans un sillon de la double hélice et agir ainsi sur l'ADN.

J'ai souligné une partie de ton propos qui est erronée : attention, dire que des domaines protéiques se lient à des domaines d'ADN par complémentarité signifie que tu as une liaison entre une base azotée contenue dans un nucléotide et un acide aminé provenant d'une protéine à la manière dont cela est possible entre les bases azotées au sein de l'ADN! Ce qui est un peu faux Tu as une complémentarité A-T et G-C, mais tu as quelle complémentarité entre A et la Leucine, par exemple...? Aucune. Donc, attention à la manière de t'exprimer...
Ensuite, le reste de ta remarque est correct

Ce qui fait que certains gènes "se fermeront" dans certaines protéines est du à la présence d'une protéine qui à un moment donné et à un endroit donné sera exprimé et qui se fixera sur l'ADN inhibant la synthèse d'autres protéines, qui pouvaient par exemple activer certaines portions du "programme". Ces derniers ne seront donc plus exprimés...

Je n'ai pas saisi les gènes qui "se ferment" dans certaines protéines... Comment ça, "dans"?

Etonnant organisme!

C'est qui, l'organisme? L'ADN est une grosse molécule, pas un organisme

Si je comprend bien,l' ADN contrôle ce qui doit le contrôler.

Ouaip!

Mais si une partie de l'ADN est inhibée, comment la totalité du programme peut-elle se transmettre "entièrement" en donnant naissance à un individu "entier" qui aura au départ la cellule oeuf "normale" et qui fermera ses portes au fur et à mesure et ainsi de suite?

L'expression d'une partie de l'ADN peut être inhibée, pas une partie de l'ADN lui-même.
Le processus par le biais duquel l'ADN se "reproduit" ( = on obtient 2 molécules à partir d'une) s'appelle réplication. C'est un processus différent de celui de l'expression. Tu apprendras plus de choses dessus un peu plus tard dans le cadre de ton cursus.
Concernant la cellule oeuf, c'est vraiment complexe... Retiens juste que les interactions croisées de plein de facteurs vont faire que tel gène ou tel autre sera exprimé à tel moment ou tel autre. Mais toutes les cellules possèdent le même bagage génétique...

Sinon, est-ce que les protéines se renouvellent ou bien elles restent et ne "meurent" pas?

Oui, bien sûr qu'elles se renouvellent! Il y a une voie "de garage" qui fait que les protéines ayant déjà servi ou pas seront dégradées. D'autres seront produites, etc.

(J' espère que ça ne fait pas trop de questions).

Non, non, au contraire!


Cordialement,

[invite15bc8b69]

Rebonjour,

Je cite: "Il ne faut pas perdre de vue le fait que les protéines ayant des domaines de liaison à l'ADN reconnaissent une forme. Donc, c'est une forme qui a été favorable et qui s'est maintenue..."
Désolée de m' écarter un peu du sujet mais comment une forme peut-elle se maintenir?

Sinon, quand je parle d' organisme, c' est parce-que l'ADN contrôle tout le fonctionnement du corps. C' est la combinaison de tous ces "embriquements".
On pourrait dire aussi: Etonnant ADN, je me trompe?

En fait, le programme entier est conservé mais certaines parties sont "cachées" aux yeux de la cellule qui va exécuter telle ou telle tâche.

Pour l' ADN, il se déroule pour se dupliquer?

Merci beaucoup,
Accro-physique.

[piwi]

Donc, c'est une forme [celle de l'ADN] qui a été favorable et qui s'est maintenue...

Je ne suis pas certain que cette mise en relation entre l'ADN et l'évolution soit bienvenue. Je ne pense pas qu'il y ait une quelconque pression de sélection sur la structure de l'ADN, de la même manière qu'il n'y en a pas sur la structure des acides aminés. Si l'on synthétise de l'ADN chimiquement, il prend spontanément cette forme de double hélice.

Cordialement,
piwi

[MaliciaR]

En fait, le programme entier est conservé mais certaines parties sont "cachées" aux yeux de la cellule qui va exécuter telle ou telle tâche.

On peut dire ça, oui. Ou dire que "la cellule" ne voit pas le bouton "ON" pour certains gènes
Ce qu'il faut garder en mémoire, c'est que l'on peut séparer les gènes en 2 grandes catégories. Tu as une partie des gènes qui sont appelés des gènes de ménage : ils assurent des fonctions essentielles. Par exemple, dans toutes les cellules il faut dupliquer l'ADN et faire des protéines. Les gènes produisant ces machineries sont des gènes de ménage et ils sont exprimés.
Ensuite, en fonction de l'identité de la cellule en question, tu auras certains gènes qui seront ON et d'autres OFF. C'est facilement visualisable : si je suis une cellule de l'oeil, je ne vais pas exprimer les gènes qui vont avoir pour effet de faire pousser des ongles aux doigts de la main (C'est caricaturé, mais c'est grossièrement ça). Pour parler scientifique, tu as dans ce cas ce que l'on appelle les gènes tissu-spécifiques.
Je ne sais pas si c'est une bonne idée de donner des exemples concrets genre opéron lac et gradients de gènes de développement chez la Drosophile. Piwi, t'en penses quoi?

Pour l' ADN, il se déroule pour se dupliquer?

Tu veux savoir si l'on a une espèce de "ligne droite" à la place d'hélice?
En tout cas, les liaisons qui relient les bases azotées entre elles et donc assurent la forme "double hélice" sont défaites.
Je vais le refaire en plus clair Tu sais ce que c'est une base azotée, je crois. Un nucléotide est l'enchaînement d'une base liée à un sucre lui lié à un groupement phosphate (ou 3 phosphates, dans le cas des trinucléotides, tels ATP). Ces nucléotides sont liés entre eux à la queueleuleu, l'un en dessous de l'autre: on a donc des chaînes (brins) polynucléotidiques (poly = beaucoup). Dans la double hélice, tu as deux brins de ce genre l'un en face de l'autre, les bases azotées "se regardant" Les groupements phosphate sont donc vers l'extérieur. C'est à ce moment que tu as ces liaisons qui se forment entre deux bases complémentaires (A et T d'un côté et G et C d'un autre).
Comme la réplication de l'ADN consiste en la production d'une base complémentaire en face d'une déjà là, il va falloir libérer le terrain. C'est pour cette raison que l'on a affaire à une enzyme particulière qui passe entre les deux brins et défait les liaisons entre les bases. Ensuite, il y a une autre enzyme qui produit les bases complémentaires.
J'espère que c'est clair... Regarde la figure que j'ai ajoutée, ça permet de visualiser un peu mieux.

Je ne suis pas certain que cette mise en relation entre l'ADN et l'évolution soit bienvenue. Je ne pense pas qu'il y ait une quelconque pression de sélection sur la structure de l'ADN, de la même manière qu'il n'y en a pas sur la structure des acides aminés. Si l'on synthétise de l'ADN chimiquement, il prend spontanément cette forme de double hélice.

Cordialement,
piwi

Pour te dire la vérité, j'ai un peu spéculé Dans le sens où je ne suis pas certaine que si l'on fait de l'ARN double-brin, il prendra cette forme : si l'on a des structures secondaires chez les ARN, ce n'est pas de la double hélice...
Ensuite, je n'en sais pas grand-chose... Pour moi, ce sont plus des contraintes stériques et chimiques qu'autre chose, mais enfin je ne suis pas du tout spécialiste en structures
Enfin, je suis encore moins spécialiste en l'évolution des domaines protéiques ADN-Binding
Tu aurais des références sur le fait que l'ADN prend spontanément cette forme dans le cadre d'une synthèse chimique? Ca m'intéresse!


Cordialement,

[piwi]

Je me suis mal exprimé pour la synthèse chimique. Ce que je voulais dire c'est que si tu prends deux brins d'ADN simple brin complémentaires, si on les fait s'hybrider, alors ils forment spontanément une double hélice et pas autre chose. Ceci est effectivement due aux contraintes que tu évoques. Maintenant pour les ARN, on parle bien d'ARN simple brin qui localement forment des structures secondaires. Mais ici la complémentarité est relative et l'on peu voir se former des Hélices puis appariements plus ésotériques.
Je pense que si l'on a deux ARNs complémentaires antiparallèles ils doivent s'organiser comme l'ADN.
Moi non plus je ne suis pas le roi de la bio structurale, j'en reste donc là sinon je vais dire des anneries.

piwi

[invite217f3aaa]

Tout ce que je sais c'est que l'ADN a de forte probabilité d'avoir été selectionné pour sa stabilité par rapport à l'ARN en milieu aqueux.

Si je comprend bien,l' ADN contrôle ce qui doit le contrôler.

Ouaip!

Bah moi pas d'accord ( rrra le raleur !! ). Justement j'essayais de dire que la notion de causalité simple que l'on croit rencontrer tout les jours, n'est pas comme cela dans la cellule et que c'est une causalité non pas linéaire mais en boucle. Bon c'est pas très scientifique puisque l'on cherche la cause des causes en science mais c'est juste pour dire que réellement chaque chose peut être à la fois causée et causante. Ce n'est pas juste une belle tournure de phrase.

[MaliciaR]

Salut,

Bah moi pas d'accord ( rrra le raleur !! ). Justement j'essayais de dire que la notion de causalité simple que l'on croit rencontrer tout les jours, n'est pas comme cela dans la cellule et que c'est une causalité non pas linéaire mais en boucle. Bon c'est pas très scientifique puisque l'on cherche la cause des causes en science mais c'est juste pour dire que réellement chaque chose peut être à la fois causée et causante. Ce n'est pas juste une belle tournure de phrase.

Euh... Peut-être l'heure est un peu tardive et que je ne saisis pas la profondeur de ta remarque... Mais je ne vois pas de linéarité ici, mais justement une boucle. On appelle ça un feedback
Enfin, l'affirmation que l'ADN contrôle ce qui le contrôle vient de la part d'Accro-Physique : il/elle a 14 ans... Veux-tu essayer d'expliquer la complexité des réseaux de régulation transcriptionnelle à un gosse de 4e ou 3e...? J'ai confirmé ce qu'il/elle disait pour cette raison justement : ce sont des choses beaucoup trop complexes pour que nous qui avons un niveau suffisamment élevé de connaissances puissions les appréhender, qu'est-ce qui reste pour quelqu'un qui a 14 ans... Et pour l'instant ici il n'y a (en tout cas, à mes yeux) de désir d'établir une causalité. C'est plutôt un sens possible et envisageable d'interactions qui est abordé, pas une relation cause-effet.


Cordialement,

[invite15bc8b69]

Bonjour,

Merci de vos réponses.

Pour la notion de causalité, pourrait-on dire que c' est un cercle qui s' est fermé à un moment donné, et par conséquent on ne peut pas comprendre par quel bout il s' est formé?

Merci.

Accro-physique.

[MaliciaR]

Je me suis mal exprimé pour la synthèse chimique. Ce que je voulais dire c'est que si tu prends deux brins d'ADN simple brin complémentaires, si on les fait s'hybrider, alors ils forment spontanément une double hélice et pas autre chose. Ceci est effectivement due aux contraintes que tu évoques. Maintenant pour les ARN, on parle bien d'ARN simple brin qui localement forment des structures secondaires. Mais ici la complémentarité est relative et l'on peu voir se former des Hélices puis appariements plus ésotériques.
Je pense que si l'on a deux ARNs complémentaires antiparallèles ils doivent s'organiser comme l'ADN.

Je vois ce que tu veux dire.
J'aimerais bien parvenir à trouver ne serait-ce qu'un papier parlant dela structure du génome des Reoviridae : ce sont des virus à dsRNA. Ca pourrait être intéressant


Cordialement,

[invite39cbafd1]

Bonjour,
D'abord je voulais dire à MaliciaR et piwi que j'étais épatée de leur façon d'expliquer!

Pour la structure de l'ADN, je ne m'y connais pas particulièrement mais je pense qu'elle est bien du au contraintes physico-chimiques de ses constituants.
En effet il existe plusieurs type d'hélice d'ADN, par exemple les régions riche en AT forment des hélices Z qui tournent vers la gauche et qui n'ont pas les même caractéristiques que l'hélice B, plus courante..
Par contre je me permet d'imaginer que l'ADN ai pu être sélectionné pour sa structure, stable et pleine de possibilités (regulationnelles entre autre...) parmi d'autres molécules informationnelles...
Bien sur c'est une hypothèse personnelle et qui viens juste de sortir!!


Juste une petite remarque sur un vieux post de MaliciaR:

Les séquences codantes contiennent des choses particulières que le non codant ne contient pas : des codons

Qu'entends tu par "codons"? Les triplets de nucléotides? Dans ce cas l'ensemble de l'ADN est composé de codon?
Ou alors c'était de l'humour que j'ai mal compris... si c'est le cas je m'en excuse d'avance!

Bonne journée à tous!

[MaliciaR]

Hello,

Bonjour,
D'abord je voulais dire à MaliciaR et piwi que j'étais épatée de leur façon d'expliquer!

Merci

Pour la structure de l'ADN, je ne m'y connais pas particulièrement mais je pense qu'elle est bien du au contraintes physico-chimiques de ses constituants.
En effet il existe plusieurs type d'hélice d'ADN, par exemple les régions riche en AT forment des hélices Z qui tournent vers la gauche et qui n'ont pas les même caractéristiques que l'hélice B, plus courante..

Les formes Z et B dépendent de l'hydratation et d'autres choses. Je crois me souvenir que pendant certains processus l'ADN forme B prenait normalement forme Z

Par contre je me permet d'imaginer que l'ADN ai pu être sélectionné pour sa structure, stable et pleine de possibilités (regulationnelles entre autre...) parmi d'autres molécules informationnelles...
Bien sur c'est une hypothèse personnelle et qui viens juste de sortir!!

Beh là... Autrement dit : est-ce que c'est la forme en double hélice avec petit et grand sillon qui est apparue en première et les domaines DNA-Binding des protéines s'y sont adaptés ou est-ce que ces domaines sont apparus en premier et l'ADN s'y est adapté...?

Juste une petite remarque sur un vieux post de MaliciaR:

Les séquences codantes contiennent des choses particulières que le non codant ne contient pas : des codons

Qu'entends tu par "codons"? Les triplets de nucléotides? Dans ce cas l'ensemble de l'ADN est composé de codon?
Ou alors c'était de l'humour que j'ai mal compris... si c'est le cas je m'en excuse d'avance!

Bonne journée à tous!

Ce que je disais c'est que si tu prends un gène codant une protéine, tu auras dans la séquence un codon initiateur, puis les autres codons et à la fin un STOP, dans cet ordre. Le codon est ce qui définit un acide aminé et l'enchaînement que je viens d'énoncer s'appelle une CDS (CoDing Sequence).
Prend un gène codant un ARN interférant. Cet ARN n'est pas traduit. Donc, au sein de sa séquence tu peux rencontrer un enchaînement de nucléotides que tu peux grouper 3 par 3 et en faire des triplets... mais qui ne seront pas de codons pour autant
Le problème que ça soulève est clair : lors de l'annotation, on cherche à déterminer des ORF contenant des CDS. Or, si tu as un machin qui a des STOP tous les 10 ou 20 triplets, tu vas le virer comme non codant. Ce n'est pas pour autant qu'il ne correspondra à un gène transcrit non traduit, donc à un gène produisant un ARN interférant par exemple et non pas une protéine.
Problème d'un genre un peu semblable se pose aussi dans la définition de tout ce qui est pseudogènes.

Mais bon, ce n'est pas trop le propos ici


Cordialement,

[MaliciaR]

Bouh, je n'avais pas vu ton post, désolée

Pour la notion de causalité, pourrait-on dire que c' est un cercle qui s' est fermé à un moment donné, et par conséquent on ne peut pas comprendre par quel bout il s' est formé?

Cette question est un peu... vache
Disons que c'est une interaction à facettes multiples. Selon le niveau auquel tu te positionnes pour l'analyser, tu auras une vision différente.
Tu pourras donc à chaque niveau différent de l'interaction considérée avoir une boucle... Donc, qui est LA cause et qui est LA conséquence...? Est-il par ailleurs nécessaires de se poser cette question et de tout tenter de ramener à ça?
Ce qui se fait actuellement et est très intéressant (même si abrupt) ce sont les modélisations de réseaux transcriptionnels. Le mot est très bien choisi : on a un réseau où chaque niveau peut être pris à part en tant que boucle ou autre mais fait partie d'un tout global.

Si tu as d'autres questions, n'hésite pas


Cordialement,

[invite15bc8b69]

Rebonjour,

Merci pour toutes ces explications.

Mais il me reste encore une question (je sais,ça ne me quittera jamais!):
Comme une cellule fait la différence entre la partie du programme qu' elle doit exercer et le reste du programme, comment fait-elle pour "lire" ces informations?

Sinon,je suis entièrement d' accord avec Teleri: vous expliquez très bien.

Encore merci,
Accro-physique.