Bonsoir,
j'ai un travail a faire sur le southern et il y une question dont je ne saisis pas le sens : "Qu est ce qui confere et/ou renforce la spécificité d'un signal d'hybridation?"
Je ne comprends pas le terme signal d'hybridation.
Merci de votre aide
Svp personne pour le southern??
salut , A mon avis il veut dire ce qui renforce le faite que chaque nucléotide soit correspondant à la séquence à hybrider. Pour cela on utilise des conditions d'haute stringence qui sont réalisés au moment de l'hybridation à la témpérature la plus élevée. Quand tu as fini de faire monter la témpérature à 100 degrés quand l'adn va être séparer au moment de revenir à température normal , tu incorpores ta soude à une témpérature très elevée par rapport à ce que cela aurait du être. Tu as donc forcement plus de chance que l'hybridation soit très précise ( à utiliser dans des cas d'analyses d'emprintes génétique précise).
bon courage
Ok merci !
en gros faut retenir que la spécificité est liée aux conditions de stringence.
Mais la spécificité du signal tient compte aussi de la longueur de la sonde marquée?
Ca dépend surtout de la région que tu as ciblée pour ta sonde. Les sondes de southern blot sont grandes (500-1000 pb) Il n'y a donc aucune chance de ne pas se fixer sur un site aspécifique sauf si il est répété. C'est le cas par exemple quand il existe des familles de molécules conservées. Dans ce cas là si on tape dans une région de conservation on ramasse tout. Comme l'évolution modifie les séquences, si elles divergent assez on peut quand même s'en affranchir en jouant sur la stringence.
Cordialement,
piwi
Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
Désolé mais j'ai du mal avec cette phrase : ca serai pas plutot "...aucune chance de se fixer sur un site..."Envoyé par piwi
Bonjour kazan, le principe d'un southern blot est de coller sur une cible (qui est de l'ADN simple brin) une sonde (qui est aussi une molécule d'ADN simple brin mais marquée généralement radioactivement).
Le but est de repérer une région c'est-à-dire une séquence bien précise de ta cible. Donc ta sonde (qui te permet de repérer ta région) doit être spécifique de l'endroit que tu cherches !
Si ta sonde est spécifique, c'est à dire que sa séquence est complémentaire à la région cible, alors elle va se fixer par complémentarité des bases (établissement des liaisons hydrogènes).
Ta sonde est de plus en plus spécifique si elle est de grande taille ; mais n'oublie pas qu'une hybridation (= fixation cible/sonde) dépend aussi de la température ! Selon la température, tu peux fixer une sonde sur une région qui ne lui correspond pas du tout : tu obtiens alors des faux positifs.
Si ce que j'ai dit n'est pas clair, n'hésite pas à me poser des questions.
Amicalement lnk.
Merci de ton aide.
J'aimerais savoir la signification du terme signal d'hybridation.
Pour ce qui est de la spécificité sonde/cible j'ai bien compris
Le signal d'hybridation est ton résultat après électrophorèse.
Si tu as spécifié sonde/cible : après lavage pour éliminer ton excès de sonde tu as un signal d'hybridation puisque tu as eu fixation de ta sonde sur ta région cible.
Si tu n'as pas de spécificité : le lavage va avoir pour effet d'enlever toutes les sondes radioactives donc sur ton autoradiographie tu n'aura aucun signal d'hybridation.
J'espère avoir été clair.
Amicalement lnk.
C'est tout a fait clair merci
