PCR Vs Mini-prep (faite vos paris...)

[inviteb79b6ae1]

Bonjour, Bonsoir,

Je suis en train de finir mon compte rendu de travaux pratiques, qui en gros nous faisait utiliser la PCR, la mini-prep et les outils informatiques.
Donc dans mon poly on me demande les avantages et les inconvénients de chacune de ces techniques.
Pour le moment voila ce que j'ai trouvé un peu dans le désordre:

• mini-prep:-long, simple, dépend du taux de transformation et donc le la taille du vecteur recombinant, problème lors de la purification des plasmides.
• PCR: Rapide, sensible, lourde à mettre en place au niveau du choix des primers, possibilité de problème d'hybridation entre les primers ou hybridation sur plusieurs régions du plasmide.

Je ne vois pas vraiment d'autre chose. Pouvez-vous me donner vos avis?

Merci d'avance, RwG
-----

[berzelius]

le prix, une pcr c'est tres tres cher

[MaliciaR]

le prix, une pcr c'est tres tres cher

Euh... Une prep, c'est pas donne non plus hein
Mais bon... Ce qui me derange ici c'est l'aspect comparaison des deux. La prep sert a extraire de l'ADN plasmidique, la PCR - a amplifier de l'ADN tout court. Or, j'ai l'impression que la tendance est de comparer la PCR a la prep et ca me perturbe

Sinon, vous avez utilise quoi comme "outils informatiques"? Strider, BLAST,...?

[gorben]

Salut,

En rouge c'est faux, en vert c'est juste, en orange c'est pas evident

Surtout, les deux methodes n'ont pas du tout la meme finalite alors essaies pas de les comparer

Bonjour, Bonsoir,

Je suis en train de finir mon compte rendu de travaux pratiques, qui en gros nous faisait utiliser la PCR, la mini-prep et les outils informatiques.
Donc dans mon poly on me demande les avantages et les inconvénients de chacune de ces techniques.
Pour le moment voila ce que j'ai trouvé un peu dans le désordre:

• mini-prep:-long, simple, dépend du taux de transformation et donc le la taille du vecteur recombinant, problème lors de la purification des plasmides .
• PCR: Rapide, sensible, lourde à mettre en place au niveau du choix des primers, possibilité de problème d'hybridation entre les primers ou hybridation sur plusieurs régions du plasmide.

Je ne vois pas vraiment d'autre chose. Pouvez-vous me donner vos avis?

Merci d'avance, RwG

A+

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteb79b6ae1]

Mais bon... Ce qui me derange ici c'est l'aspect comparaison des deux. La prep sert a extraire de l'ADN plasmidique, la PCR - a amplifier de l'ADN tout court. Or, j'ai l'impression que la tendance est de comparer la PCR a la prep et ca me perturbe

En faite on fabrique un vecteur recombinant avec 3 inserts de taille différente. On transforme des bactéries et on les cultives sur boite de petri et l'on regarde le phénotype (les fragments d'ADN s'insert dans LacZ' dans le vecteur pUC19). Ensuite on extrait les plasmides pour faire une PCR et on fait en même temps une mini-prep pour comparer les résultats.

Sinon, vous avez utilise quoi comme "outils informatiques"? Strider, BLAST,...?

On a utilisé SECentral pour prévoir nos résultats de PCR et de miniprep. Merci pour vos avis.

[MaliciaR]

on extrait les plasmides pour faire une PCR et on fait en même temps une mini-prep pour comparer les résultats.

Dis-moi, Rowee, comment faites-vous pour extraire les plasmides sans faire de la prep? Quelle prep faites-vous pour comparer des resultats de PCR? Tu veux dire que vous faites une digestion?

[doubleD]

salut

Je pense qu'on peut comparer les deux si on utilise la PCR en PCR sur colonies, même si il semble que c'est pas ce qu'ils ont fait.

Dans ce cas là les deux techniques permettent de discriminer les bons plasmides recombinants.

Sachant que de toute façon il faudra bien avoir de l'ADN à la fin pour travailler, donc passer par la prep.

Le seul avantage de la PCR sur colonies je trouve c'est que ça pemet de screener un grand nombre de clones à la fois, c'est pas mal pour les clonages difficiles.
Voilà

[inviteb79b6ae1]

Dis-moi, Rowee, comment faites-vous pour extraire les plasmides sans faire de la prep? Quelle prep faites-vous pour comparer des resultats de PCR? Tu veux dire que vous faites une digestion?

En faite après avoir fait la transformation des bactéries par les différents vecteurs recombinant on sélectionne une colonie de l'on récupère avec un cône de pipette que l'on plonge ensuite dans le milieu à PCR et ce même cône on le plonge après dans le milieu de culture pour la mini-prep.
La PCR amplifie le site multiple de clonage.
Pour la mini-prep on digère de chaque côté du site multiple de clonage, ce qui revient à avoir les mêmes résultats au niveau des tailles de fragment à quelques pb près.
Dans leurs question ils sous entendent qu'on doit avoir une différence dans nos résultats au niveau des quantités que l'on observe car ils veulent que l'on compare les résultats obtenus pour chaque techniques utilisées. Moi j'obtient la même chose à quelques exception mais après c'est de l'ordre de la mauvaise manipulation. C'est pas moi c'est mon binome (je plaisante T0yt0y).

[doubleD]

re salut

donc c'est bien ça, vous avez fait une PCR sur colonies.

[inviteb79b6ae1]

donc c'est bien ça, vous avez fait une PCR sur colonies.

J'avoue ne pas savoir quel type de PCR j'ai fait.
Ce n'est pas spécifié dans notre poly et la responsable nous a pas parlé de ça. Donc je te fais une entièrement confiance doubleD.