Sequences ADN/ARN/proteine

[invite005a3d8a]

Bonjour à tous,

Voila, je suis en pleine révision pour les partiels et je bloque sur quelques questions.

EXERCICE 1: juste besoin de verification pour mes réponses, savoir si elles sont justes.

(brin 1) 5' -G-C-T-A-T-A-A-T-G-C-G-G-G-C-T-C-T-A-C-A-T-G-C-A-G-G-A-G-G-T-A-C-G-G-C-A-T-G-C-A-C-G-C-T-C-T-A-A-T-G-A-C... 3'
(brin 2) 3' -C-G-A-T-A-T-T-A-C-G-C-C-C-G-A-G-A-T-G-T-A-C-G-T-C-C-T-C-C-A-T-G-C-C-G-T-A-C-G-T-G-C-G-A-G-A-T-T-A-C-T-G... 5'

On a souligné la TATA-box, le sens de déplacement de l'enzyme etant de la gauche vers la droite, la transcription commence 10 nucléotide après la sequence soulignée.
Le brin d'ADN qui sera transcrit sera le brin n°2 (car la croissance de la molecule d'ARN s'éffectue dans le sens 5'->3') et le brin 1 sera le brin codant. On s'en sert donc pour determiné la sequence d'ARNm ainsi formée:

(ARNm) 5' ...-A-U-G-C-A-G-G-A-G-G-U-A-C-G-G-C-A-U-G-C-A-C-G-C-U-C-U-A-A-U-G-A-C... 3'

Les codons initiateurs sont bien les codons AUG ? Si oui, il y en a donc deux potentiels dans cette sequence (en gras). Or on me demande celui qui est effectivement utilisé pour démarrer la traduction. La réponse est le 1er ? (parcequ'étant le seul "entier" -> l'autre n'est pas lu)


EXERCICE 2:

Toujours la même sequence ADN:

(brin 1) 5' -G-C-T-A-|T-A-A-T-G-C-G|-G-G-C-T-C-T-A-C-A-T-G-C-A-G-G-A-G-G-T-A-C-G-G-C-A-T-G-C-A-C-G-C-T-C-T-A-A-T-G-A-C... 3'
(brin 2) 3' -C-G-A-T-|A-T-T-A-C-G-C|-C-C-G-A-G-A-T-G-T-A-C-G-T-C-C-T-C-C-A-T-G-C-C-G-T-A-C-G-T-G-C-G-A-G-A-T-T-A-C-T-G... 5'

Cette fois-ci on a des souches mutantes, la première à perdu une sequence de 7 paires de bases (encadrée).
La question est de savoir quelle étape du gène est affectée, et quelles sont les conséquences attendues concernant la proteine de ce gène.
Ici, l'étape est la reconnaissance de la pribnow-box. Est ce que l'enzyme pourra quand même démarré la transcription ou ça empêche tout ? A ce moment là, plus de proteine du tout ?

(brin 1) 5' -G-C-T-A-T-A-A-T-G-C-G-G-G-C-T-C-T-A-C-A-T-G-C-A-G-|G-A-G-G-T-A-C-G|-G-C-A-T-G-C-A-C-G-C-T-C-T-A-A-T-G-A-C... 3'
(brin 2) 3' -C-G-A-T-A-T-T-A-C-G-C-C-C-G-A-G-A-T-G-T-A-C-G-T-C-|C-T-C-C-A-T-G-C|-C-G-T-A-C-G-T-G-C-G-A-G-A-T-T-A-C-T-G... 5'
La deuxième mutation perd 8 pb (encadrées). Et là la piste que j'ai me parait bizarre. Ca affecte uniquement les codons qui alors changent -> la proteine formée n'est plus la même. C'est ça ?

(brin 1) 5' -G-C-T-A-T-A-A-T-G-C-G-G-G-C-T-C-T-A-C-A-T-G-C-A-G-G-A-G-G-T-A-C-G-G-C-A-T-G-C-A-C-G-C-T-|C|-T-A-A-T-G-A-C... 3'
(brin 2) 3' -C-G-A-T-A-T-T-A-C-G-C-C-C-G-A-G-A-T-G-T-A-C-G-T-C-C-T-C-C-A-T-G-C-C-G-T-A-C-G-T-G-C-G-A-[G|-A-T-T-A-C-T-G... 5'
la dernière mutation ne concerne qu'une lettre. Je ne vois comme réponse que la même que pour la 2eme mutation... pourtant il doit y avoir autre chose, mais je ne voit pas.


EXERCICE 3: même genre d'exercice posé différement, désolé pour la longueur de mes questions :/

On a:

(brin 1) 5' -G-T-G-C-T-A-T-A-A-G-A-T-A-T-C-C-G-C-C-C-A-T-C-G... 3'
(brin 2) 3' -C-A-C-G-A-T-A-T-T-C-T-A-T-A-G-G-C-G-G-G-T-A-G-C... 5'

La on a pas de tata-box ni de codons initiateur... le brin transcrit est le brin 2. On écrit la sequence d'ARN correspondante:
(arn) 5' -G-U-G-C-U-A-U-A-A-G-A-U-A-U-C-C-G-C-C-C-A-U-C-G... 3'

On nous dit: expliquez les differentes sequences polypeptidiques qui pourrait être codées. On m'a parler d'un essai à trois nucléotides: en commencant pas le codon -G-U-G puis U-G-C puis G-C-U... Qu'en est-il ?


EXERCICE 4: le dernier ^^

Ona un brin d'ADN ci dessous qui servira de matrice pour la synthèse d'un nouveau brin d'ADN:

5' -G-C-T-A-T-G-G-G-C-T-C-T-A-C-A-T-G-C-A-A-A-T-G... 3'

Dans l'experience 1, ce fragment d'ADN a été mis en présence d'une ADN polymérase III, d'un oligodésoxyribonucléotide (5' -T-G-T-A-G-A- 3') et de 4 nucléosides triphosphates (dATP, dTTP, dGTP, dCTP).
a) Quel est le nom donné à cet oligodésoxyribonucléotide ? Aucune idée...
b) A quoi sert-il ? Encore moins...
c) Sur le brin matrice, positionné et encadré l'oligodésoxyribonucléotide, puis ecrivez la séquence d'ADN eventuellement synthétisé ds cette 1ere experience.

-> pour ce 4eme exercice j'ai rien compris donc c'est là où j'aurais besoin du plus d'explications



Merci de prendre le temps de m'aider, désolée pour toutes ces questions mais comme je ne suis pas sûre de mes réponses...
Bonne soirée à tous.
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[Moumoutte]

Bonjour,

hé bien ça en fait des questions! Je ne te cache que j'ai lu tout ça en diagonal. Mais j'ai néanmoins quelques pistes pour t'éclairer:

Exercice 2: concernant la mutation 2, tu as raison les codons changent (donc la protéine aussi, normal). Mais tu peux compléter ta réponse: regarde bien les nouveau codons que crée cette perte de nucléotide. Regarde bien lesquels et surtout lequel apparaît.La protéine change vraiment!!! Il te faut pour ça le tableau du code génétique.

Exercice 3: oui, je pense qu'on te demande là d'explorer ce que l'on appelle les cadres de lecture. Etudie donc toutes les possibilités.

Exercice 4:ce qu'il faut que tu saches ici, c'est que l'ARN polymérase ne peut pas venir se fixer directement sur l'ADN. Il faut qu'une courte séquence soit déjà mise en place pour quelle vienne s'y fixer et entamer la polymérisation. Essaye donc de voir si tu ne pourrais pas positionner cet oligodesoxyribonucléotide quelque part sur ton brin. Lorsque tu auras sa fonction, tu auras automatiquement son nom. N'oublie pas également que Google connait pas mal de chose!!!

En espérant que ces quelques pistes puissent t'aider, reviens nous voir si tu as toujours des problèmes

cordialement

[invite005a3d8a]

Merci beaucoup déjà pour ces explications moumoutte, j'y vois plus clair !


Par contre, dans l'exercice 4 je ne vois toujours pas comment positionner l'oligodésoxyribonucléotide sur mon brin d'ADN (il n'y a pas de complémentarité, ni de ressemblance...).
Et comment peut-on determiner son nom ?

Bonne journée

[Moumoutte]

Par contre, dans l'exercice 4 je ne vois toujours pas comment positionner l'oligodésoxyribonucléotide sur mon brin d'ADN (il n'y a pas de complémentarité, ni de ressemblance...).
Et comment peut-on determiner son nom ?

Si si regarde bien la sequence de ton brin ADN, la séquence de l'oligodesoxyribonucléide et surtout leur orientation (5'-3'). Allez, une petite aide: l'oligo s'hybride sur le brin ADN (à toi de trouver a quel endroit et tu auras la réponse de la question c)).
Le nom ça m'étonne qu'on ne vous l'ai pas donné. A mon avis ça ne s'invente pas. Sache que ton oligo est une séquence qui sert à "amorcer" l'ARN polymérase sur le brin ADN (Oups! Petite aide pour la b)).

[A voir en vidéo sur Futura]

[inviteba4e940a]

bonjour à tous!Je suis en première année de pharmacie, ayant passé la moitié du concours au début du mois, je me remet à présent à réviser la génétique! Mais j'ai un peu de mal!
J'ai un exercice corrigé dont je ne comprend pas les solutions, qui sont surement très logiques , mais bon ...

Voici l'exercice :

1) On me donne la séquence suivante que je dois orienter pour obtenir un peptide actif de 5 acides aminés :

TTC ATA CTA ATG CCG TCA TGT AAT TCC CTC

Et la réponse est :
3' TTC ATA CTA ATG CCG TCA TGT AAT TCC CTC 5'

2) on cherche après à savoir si ce brin est codant ou pas!

réponse : le brin est non codant

alors le brin codant est :

5' AAG TAT GAT TAC GGC AGT ACA TTA AGG GAG 3'

3) déterminer la séquence d'ARN qui en découle :

5' AAG UAU GAU UAC GGC AGU ACA UUA AGG GAG 3'

4) Ensuite on doit définir le peptide actif qui est :

NH2- Ile - Thr - Ala - Val - Leu - COOH

Mes interrogations :
-Je ne comprend pas comment on doit procéder pour orienter l'ADN en 1) et comment on sait si il est codant ou pas
- la réponse 2) et 3) sont logiques d'après la réponse de la 1)
- j'aimerais savoir ce qu'est un peptide actif, si il est défini pas la présence au début de méthionine et à la fin d'un codon stop.
En utilisant le code génétique je ne trouve pas du tout cette suite d'acides aminés, et je ne sais pas comment choisir les 5 acides aminés faisant parti du peptide actif , parmi les 10 codon présents sur la séquence d'ADN.

[inviteba4e940a]

j'espère avoir été à peu près claire, et j'attends vos réponse avec impatience merci!!