techniques de genetique

[invite75b8241e]

bonjour,
supposons que l on vienne de decouvrir un gene important chez la drosophile, quelles techniques utiliseriez vous pour voir s il existe un homologue de ce gene chez d autres especes?
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[invite4b9cdbca]

tu détermine le role de ce gene, et après tu essaie d'établir soit une philogénie, soit une étude des caractères à fonctions et morphologies similaires. Ensuite tu disuqalifies les caractères clairement analogues et tu devrais deja avoir quelque chose de convenable. Après il faut voir un peu les séquances nucléotidiques des gènes comparés et ça devrait etre bon.

[Vinc]

Salut!
Tu clone le gène en utilisant la RT PCR (mais il faut déjà connaitre une partie de sa séquence) de manière à faire du séquençage et à obtenir sa séquence totale!
Ensuite tu utilises les banques de données comme par exemple celle du NCBI et tu fais du BLAST pour obtenir les séquences les plus proches chez d'autres organismes!
A+
Vinc

[invite9e6bc039]

Salut!
Tu clone le gène en utilisant la RT PCR (mais il faut déjà connaitre une partie de sa séquence) de manière à faire du séquençage et à obtenir sa séquence totale!
Ensuite tu utilises les banques de données comme par exemple celle du NCBI et tu fais du BLAST pour obtenir les séquences les plus proches chez d'autres organismes!
A+
Vinc

Hello
T'as pas besoin de RT PCR,

De plus, je te rappelle que le genome de la droso est connu, donc pas besoin de sequencer.

Je pense que la reponse attendue concerne les alignements...

A+

[A voir en vidéo sur Futura]

[invitef15d337c]

Ceci est de la bioinformatique tout autant que de la génétique!!

comparaison de séquences un BLAST contre nr (toutes les banques de données) mais il te faut la séquence protéique de ce que tu veux comparer... enfin tout ça si je ne me trompe pas

[invite75b8241e]

merci pour vos reponses
Cependant je pensais egalement utiliser la technique du knock in pour remplacer des genes murins par leur homologue chez la drosophile(j ai lu ca dans un article je crois). est ce possible? et si oui comment ca marche?

[invite9e6bc039]

merci pour vos reponses
Cependant je pensais egalement utiliser la technique du knock in pour remplacer des genes murins par leur homologue chez la drosophile(j ai lu ca dans un article je crois). est ce possible? et si oui comment ca marche?

Ca n'a aucun interet.

Ca a ete fait il y a bien longtemps pour cloner cdc2 entre autres (mais entre la levure et la souris). Avec un peu plus de bouteille dans les labos, tu comprendras que les techniques ne sont pas la pour faire joli. Faire un knock-in c'est au bas mot 6 mois de boulot. Si ton gene "homologue" ne l'est pas suffisamment, il ne complemente pas ta deletion.
Introduire un gene etranger dans un organisme afin d'etudier son degre d'homolgie n'est pas tres elegant, et surtout tres difficile a interpreter

[piwi]

completement inutile surtout quand un blast te donne la reponse à 5 minutes....

[invite75b8241e]

non en fait ce que je voulais dire, c est que les deux genes peuvent tres bien avoir une homologie de structure mais peut etre que leur role n est pas conserve au sein des differentes especes et j aimerais savoir comment on peut tester cela.

[invite9e6bc039]

Ben etudier la fonction de l'homologue dans l'autre organisme.

[Yoyo]

non en fait ce que je voulais dire, c est que les deux genes peuvent tres bien avoir une homologie de structure mais peut etre que leur role n est pas conserve au sein des differentes especes et j aimerais savoir comment on peut tester cela.

La complémentation fonctionnelle est tout de meme la meilleure facon de procéder.

YOyo

[invite9e6bc039]

La complémentation fonctionnelle est tout de meme la meilleure facon de procéder.

YOyo

Hello,

Je ne suis pas d'accord.

Personne ne fait ca, aujourd'hui, tu n'exprimes pas un gene de droso chez la souris pour savoir s'ils sont homologues (ou l'inverse).

Comme je l'ai dit plus haut, ca a ete fait par le passe...

[Yoyo]

C'est ce que tu fais quand tu as des homologues chez la levure
Maintenant chez la droso et la souris c'est en effet beaucoup plus compliqué.

Mais j'ai toujours trouvé que c'etait vraiment "genial" de pouvoir interchanger des genes d'especes différentes et que ca continue de fonctionner, je trouve cela tres élégant.

Maintenant y'a des cas ou c'est pas possible, et comme d'habitude quand ca ne marche pas cela ne signifie pas necessairement que la protéine ne joue pas la meme fonction.

Yoyo

[invite29ebacd5]

C’est sûr que l’on peut étudier la fonction du gène chez l’autre organisme avec des techniques spécifiques de cet organisme mais cela semble un peu lourd. La complémentation fonctionnelle semble plus ‘intéressante’... Est-ce vraiment dépassé comme le dit Nayeki? N’y a-t il pas d’autres techniques que l’on peut mettre en place ‘plus simples’?

[invite9e6bc039]

Si tu lis les articles actuels, plus personne ne fait ce genre de manip'.

C'etait tres en vogue a une epoque (clonage de cdc2 par exemple).

Perso, ca me parait logique (d'eviter ce genre de manip'), vu le nombre d'artefacts que tu introduis. Si tu trouves un gene interessant et que tu veux savoir sa fonction dans un autre organisme, tu fais un peu de bioinfo et delete directement de gene (la genomique, ca sert principalement a ca...)

[invite75b8241e]

Hello,

Je ne suis pas d'accord.

Personne ne fait ca, aujourd'hui, tu n'exprimes pas un gene de droso chez la souris pour savoir s'ils sont homologues (ou l'inverse).

Comme je l'ai dit plus haut, ca a ete fait par le passe...

voila j ai retrouve la reference et finalement ce n est pas si vieux que ca (1999)... : )
voici la page web:
http://ist.inserm.fr/BASIS/medsci/fq...i/DDD/6135.pdf

[invite75b8241e]

Nayeki je te prie de m excuser, j ai fait une tite erreur,ne tiens pas compte de mon message precedent!!!

[invite29ebacd5]

Non, non Solly, tu avais raison; l'article fait une réference au knock-in et le knock-in permet de tester l'homologie fonctionnelle (ou différence) entre deux gènes structurellement similaires.

[invite9e6bc039]

Hello


1999 ca date quand meme un peu

6 ans c'est enorme en bio mol

Je trouve ca pas tres elegant, tu introduis de nouveaux parametres sans trop pouvoir les controler.

[invited2e22de3]

Bonjour


Qu'est ce qu'un gene interressant ?
Le gene n'a pas la meme fonction dans tous les organismes ?

clonette



>>>>..........Si tu trouves un gene interessant et que tu veux savoir sa fonction dans un autre organisme,...........>>>>>

[invite9e6bc039]

Tu pourrais etre plus precise ?

C'est quoi ta question ?

[invited8287251]

Hello,

Je ne suis pas d'accord.

Personne ne fait ca, aujourd'hui, tu n'exprimes pas un gene de droso chez la souris pour savoir s'ils sont homologues (ou l'inverse).

Comme je l'ai dit plus haut, ca a ete fait par le passe...

Bcp de labos testent des gènes murins chez le mutant droso! voir même introduisent l'allèle humain déficient chez la mouche pour ensuite faire des cribles génétiques de suppression de phénotype ou d'aggravation du phénotypes (de même chez c.elegans). C'est tout à fait d'actaualité ya même des start-up la dessus.

D'autre part le terme homologue fonctionnel est un non sens biologique (bien qu'utilisé) car la notion d'homologie n'a rien à voir avec le fonction.

[invited2e22de3]

Re : techniques de genetique

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Si tu lis les articles actuels, plus personne ne fait ce genre de manip'.

C'etait tres en vogue a une epoque (clonage de cdc2 par exemple).

Perso, ca me parait logique (d'eviter ce genre de manip'), vu le nombre d'artefacts que tu introduis. Si tu trouves un gene interessant et que tu veux savoir sa fonction dans un autre organisme, tu fais un peu de bioinfo et delete directement de gene (la genomique, ca sert principalement a ca...)

[invite9e6bc039]

Bcp de labos testent des gènes murins chez le mutant droso! voir même introduisent l'allèle humain déficient chez la mouche pour ensuite faire des cribles génétiques de suppression de phénotype ou d'aggravation du phénotypes (de même chez c.elegans). C'est tout à fait d'actaualité ya même des start-up la dessus.

D'autre part le terme homologue fonctionnel est un non sens biologique (bien qu'utilisé) car la notion d'homologie n'a rien à voir avec le fonction.

Y'a une incomprehension, la.

En recherche appliquee, peut etre, mais pas en recherche fondamentale, y'a aucun papier qui sort la-dessus.
Si tu veux etudier LA FONCTION d'un gene, c'est la derniere chose a faire, que de l'exprimer dans un autre organisme. Au pire tu te mets a etudier son "equivalent" en terme de fonction.


edit: Essaye de soumettre un papier ou tu exprimes un gene humain chez la droso en soutenant que tu etudies bien la FONCTION du gene. Tu vas bien t'amuser avec les revieweurs

[invited8287251]

Y'a une incomprehension, la.

En recherche appliquee, peut etre, mais pas en recherche fondamentale, y'a aucun papier qui sort la-dessus.
Si tu veux etudier LA FONCTION d'un gene, c'est la derniere chose a faire, que de l'exprimer dans un autre organisme. Au pire tu te mets a etudier son "equivalent" en terme de fonction.


edit: Essaye de soumettre un papier ou tu exprimes un gene humain chez la droso en soutenant que tu etudies bien la FONCTION du gene. Tu vas bien t'amuser avec les revieweurs

Ohhhhhh Gamin du calme!
C'est effectivement plus facile de faire de la transgenese chez l'humain!
Pi question reviewers , tu peux me causer!

[invite9e6bc039]

C'est effectivement plus facile de faire de la transgenese chez l'humain!
Pi question reviewers , tu peux me causer!

Tu fais expres de pas comprendre, ou quoi ?


Bref, restons courtois

[invited8287251]

Nan, mais les affirmations péromptoires me donnent de l'urticaire!
Donc OK, j'ai fait un peu de provoc!
Mais, je pense mieux connaitre ce qu'il se passe en ce moment dans ces domaines, voila, et je suis "reviewer", même de " grants" d'autre pays, voili, voilou...;;

[invite9e6bc039]

Ben on s'est pas compris

C'est dommage d'en venir a la provoc' quand une simple incomprehension, remontant a des messages postes 3 jours plus tot, en est la cause.

[invited8287251]

Ben on s'est pas compris

C'est dommage d'en venir a la provoc' quand une simple incomprehension, remontant a des messages postes 3 jours plus tot, en est la cause.

PS:3 jours plus tot j'étais pas là....
Nan, simplement, la complémentation, les cribles génétiques ont leurs mots a dire,
quand tu dis 1999 c'est vieux ok! regarde 2005 ou 2006 et on en rediscutera!

[invited8287251]

Si tu veux etudier LA FONCTION d'un gene, c'est la derniere chose a faire, que de l'exprimer dans un autre organisme. Au pire tu te mets a etudier son "equivalent" en terme de fonction.:

Connais tu une discipline qui se nomme EVO-DEVO ou le NIH, le MAx palanck, Cambridge, et un chtit, peu le CNRS mettent de l' oseille dedans?????