Bonjour,
connaissez-vous un logiciel permettant d'ajouter des sites de restrictions sur une séquence? un logiciel de préférences gratuit
j'ai regarder sur google mais pour l'instant je ne trouve rien alors si l'un d'entre vous à une petite idée je suis preneur
Je ne comprends pas votre question. Vous avez votre séquence, vous connaissez vos sites de restriction d'intérêt. Quel est le besoin d'un logiciel?
Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
Pour rajouter des sites de restriction, tu regardes dans ton logiciel de manipulation de séquences ou dans le catalogue NEB et tu l'ajoute en 5'. N'oublie pas le "clamp" aussiEnvoyé par Bacillus 100
pour ne pas le faire à la main à chaque fois mais rapidement automatiquement à l'aide d'un logiciel pour ensuite copier coller mes primers à commander avec dedans mes sites de restriction!
Une manière d'aller plus vite
mais probablement que sa n'existe que dans ma tête donc je vais peut être arrêter de chercher.
Enfête ce que je trouve chiant c'est de devoir regarder sur un catalogue et de plus j'ai toujours du mal à rajouter mon site de restriction sur mon primers reverse(je dois faire fonctionner mes neurones pendant au moins 10 min!) c'est pour sa que je pensais à logiciel qui ajoute direcetement les sites de restrictions
Merci pour vos réponses
Peut-être cela, mais je ne suis pas sûr que cela soit complètement adapté: http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...?artid=1314889
Pourquoi? Un site de restriction est un palindrome. Il n'y a rien à réfléchir. Juste le coller en 5' (c'est un primer reverse donc il va être en antisens coté 3'.mon site de restriction sur mon primers reverse
Sinon sur le site NEB par exemple tu as une page avec à peu près toutes les enzymes de la création: http://www.neb.com/nebecomm/products/category1.asp#2 . Tu cliques sur le nom et tu as le site de restriction. Ça prend 10 secondes.
Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.
Comme logiciel pour la biologie moléculaire en général, les clonages en particulier, je te conseille Serial CLoner
http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html
Gratuit, toutes plateformes, intuitif et très puissant. Il te permettra de faire plein de choses avec des séquences d'ADN. Il est développé par un chercheur du CNRS.
Enjoy !
Le serial cloner est assez bien comme logiciel mais il y a certaines choses que je saisis pas bien:
Dans "enzyme library" il y a la liste des sites de restriction des enzymes y compris une extension mais à quoi sert cette extension?
lorsque qu'on ajoute un site de restriction sur un primers il faut ajouter d'autres bases pour permettre une meilleur digestion?
Merci pour votre aide
En effet, certains appellent cela le "clamp" et il permet d'"internaliser" le site de restriction. En effet, les enzymes de restrictions sont des endonucléases si bien que leur site de coupure doit être à l'intérieur d'une séquence ADN, et non en bordure.
On peut trouver une liste des séquences préférentielles à ajouter dans le catalogue 2003 de NEB (le vert), mais pas dans ceux d'après. Vous pouvez également consulter leur site web à cette page:
http://www.neb.com/nebecomm/tech_ref...ucleotides.asp
