Répondre à la discussion
Affichage des résultats 1 à 10 sur 10

logiciel clonage



  1. #1
    Bacillus 100

    logiciel clonage


    ------

    Bonjour,
    connaissez-vous un logiciel permettant d'ajouter des sites de restrictions sur une séquence? un logiciel de préférences gratuit
    j'ai regarder sur google mais pour l'instant je ne trouve rien alors si l'un d'entre vous à une petite idée je suis preneur

    -----

  2. #2
    piwi

    Re : logiciel clonage

    Je ne comprends pas votre question. Vous avez votre séquence, vous connaissez vos sites de restriction d'intérêt. Quel est le besoin d'un logiciel?
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  3. #3
    jmbowie

    Re : logiciel clonage

    Citation Envoyé par Bacillus 100 Voir le message
    Bonjour,
    connaissez-vous un logiciel permettant d'ajouter des sites de restrictions sur une séquence? un logiciel de préférences gratuit
    j'ai regarder sur google mais pour l'instant je ne trouve rien alors si l'un d'entre vous à une petite idée je suis preneur
    Pour rajouter des sites de restriction, tu regardes dans ton logiciel de manipulation de séquences ou dans le catalogue NEB et tu l'ajoute en 5'. N'oublie pas le "clamp" aussi
    Blast up your life!

  4. #4
    Bacillus 100

    Re : logiciel clonage

    pour ne pas le faire à la main à chaque fois mais rapidement automatiquement à l'aide d'un logiciel pour ensuite copier coller mes primers à commander avec dedans mes sites de restriction!
    Une manière d'aller plus vite

  5. A voir en vidéo sur Futura
  6. #5
    Bacillus 100

    Re : logiciel clonage

    mais probablement que sa n'existe que dans ma tête donc je vais peut être arrêter de chercher.
    Enfête ce que je trouve chiant c'est de devoir regarder sur un catalogue et de plus j'ai toujours du mal à rajouter mon site de restriction sur mon primers reverse(je dois faire fonctionner mes neurones pendant au moins 10 min!) c'est pour sa que je pensais à logiciel qui ajoute direcetement les sites de restrictions

    Merci pour vos réponses

  7. #6
    jmbowie

    Re : logiciel clonage

    Citation Envoyé par Bacillus 100 Voir le message
    pour ne pas le faire à la main à chaque fois mais rapidement automatiquement à l'aide d'un logiciel pour ensuite copier coller mes primers à commander avec dedans mes sites de restriction!
    Une manière d'aller plus vite
    Peut-être cela, mais je ne suis pas sûr que cela soit complètement adapté: http://www.pubmedcentral.nih.gov/art...?artid=1314889
    Blast up your life!

  8. #7
    piwi

    Re : logiciel clonage

    mon site de restriction sur mon primers reverse
    Pourquoi? Un site de restriction est un palindrome. Il n'y a rien à réfléchir. Juste le coller en 5' (c'est un primer reverse donc il va être en antisens coté 3'.
    Sinon sur le site NEB par exemple tu as une page avec à peu près toutes les enzymes de la création: http://www.neb.com/nebecomm/products/category1.asp#2 . Tu cliques sur le nom et tu as le site de restriction. Ça prend 10 secondes.
    Je sers la science et c'est ma joie.... Il parait.

  9. #8
    obigattone

    Re : logiciel clonage

    Comme logiciel pour la biologie moléculaire en général, les clonages en particulier, je te conseille Serial CLoner
    http://serialbasics.free.fr/Serial_Cloner.html
    Gratuit, toutes plateformes, intuitif et très puissant. Il te permettra de faire plein de choses avec des séquences d'ADN. Il est développé par un chercheur du CNRS.
    Enjoy !

  10. #9
    Bacillus 100

    Re : logiciel clonage

    Le serial cloner est assez bien comme logiciel mais il y a certaines choses que je saisis pas bien:
    Dans "enzyme library" il y a la liste des sites de restriction des enzymes y compris une extension mais à quoi sert cette extension?
    lorsque qu'on ajoute un site de restriction sur un primers il faut ajouter d'autres bases pour permettre une meilleur digestion?

    Merci pour votre aide

  11. #10
    jmbowie

    Re : logiciel clonage

    Citation Envoyé par Bacillus 100 Voir le message
    Le serial cloner est assez bien comme logiciel mais il y a certaines choses que je saisis pas bien:
    Dans "enzyme library" il y a la liste des sites de restriction des enzymes y compris une extension mais à quoi sert cette extension?
    lorsque qu'on ajoute un site de restriction sur un primers il faut ajouter d'autres bases pour permettre une meilleur digestion?

    Merci pour votre aide
    En effet, certains appellent cela le "clamp" et il permet d'"internaliser" le site de restriction. En effet, les enzymes de restrictions sont des endonucléases si bien que leur site de coupure doit être à l'intérieur d'une séquence ADN, et non en bordure.
    On peut trouver une liste des séquences préférentielles à ajouter dans le catalogue 2003 de NEB (le vert), mais pas dans ceux d'après. Vous pouvez également consulter leur site web à cette page:
    http://www.neb.com/nebecomm/tech_ref...ucleotides.asp
    Dernière modification par jmbowie ; 09/03/2009 à 20h59. Motif: Correction lien
    Blast up your life!

Discussions similaires

  1. [biologie moleculaire][logiciel] logiciel graphic scientifique
    Par Bacillus 100 dans le forum Biologie
    Réponses: 0
    Dernier message: 18/07/2007, 21h27
  2. Clonage clonage clonage est ce c’est vraie ou non ???
    Par lovelysarah dans le forum Biologie
    Réponses: 1
    Dernier message: 12/04/2007, 18h35
  3. Clônage
    Par rael dans le forum Discussions scientifiques
    Réponses: 11
    Dernier message: 08/08/2006, 23h40
  4. ancien logiciel contre nouveau logiciel ?
    Par vampyer972 dans le forum Logiciel - Software - Open Source
    Réponses: 5
    Dernier message: 29/07/2006, 17h52
  5. Premier clonage de cellules souches : la course au clonage humain s'accélère
    Par RSSBot dans le forum Commentez les actus, dossiers et définitions
    Réponses: 0
    Dernier message: 23/05/2005, 09h13
Découvrez nos comparatifs produits sur le sport et la santé.