Bonjour à tous,
Alors voilà, une question qui me titille depuis quelques temps. On me dit en cours que la PCR est un outil formidable car on peut amplifier des séquences choisies en fabriquant des amorces spécifiques. Mais comment fait-on pour obtenir la séquence de bases qu'on veut dans l'amorce ?
Merci !
Salut,
Il suffit que tes amorces puissent s'hybrider aux extrémités de la séquence que tu veux amplifier.
Oui, mais comment synthétiser in vitro une amorce avec une séquence précise de bases ?
Aaaahhh !! Désolé j'avais mal compris la question. Les amorces sont réalisées par synthèse en phase solide. Le premier nucléotide est fixé covalemment à un support comme tu peux le voir ici, puis les autres sont rajoutés un par un. On utilise le même principe pour synthétiser des peptides.
Tout en sachant que quotidiennement, personne ne fabrique ces propres amorces. Il y a des entreprises qui font cela très bien, ça ne coûte pas très cher.
Tu leur envoie la séquence de ton amorce, ils te la synthétise.
Merci à vous 2; j'aurai appris quelque chose aujourd'hui
Salut!! comment déduire les deux amorces qui permettront l'amplification par PCR d'un fragment?????????
Bonjour,
Par exemple, si vous voulez amplifier la région 500 à 1000 d'un gène, alors vous prenez une amorce s'hybridant du nucléotide 500 au nucléotide 520 (car les amorces que l'on utilise font le plus souvent 20 bases) en orientation sens (même séquence que la séquence codante du gène), et vous prenez une amorce s'hybridant du nucléotide 1000 au nucléotide 980 en orientation antisens (séquence complémentaire à la séquence codante du gène).
Greg
Bonjour,
Je me permets de continuer sur cette discussion car il y a quelque chose dite dans le message précédent que je ne comprends pas.
Admettons que la séquence nucléotidique de la region 500 à 520 soit ATAGCT (je mets moins de nucléotides exprès), dans le sens 5'-3'. Pour avoir une "orientation sens", il faut selon moi se placer sur le brin 3'-5' de séquence complémentaire : TATCGA. De ce fait, la polymérase va former un brin orienté 5'-3' de séquence ATAGCT. C'est bien ça ?
Mais alors, l'amorce ne va pas s'hybrider à la région 500-520 orientée 5'-3' puisque les bases sont les mêmes ?
Je doit m'embrouiller quelque part mais je ne sais où...merci de votre aide.
n'oublie pas que généralement on part de double brin, donc si tu prends une amorce ATAGCT, elle va s'hybrider sur le brin complémentaire.
